View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20869_high_19 (Length: 593)

Name: NF20869_high_19
Description: NF20869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20869_high_19
NF20869_high_19
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (19-583)||(1962309-1962868)
chr8 (20-583)||(2015561-2016129)
chr8 (152-583)||(2018944-2019375)
chr8 (174-417)||(2005333-2005576)
chr8 (175-417)||(2008713-2008955)
chr8 (175-417)||(1968060-1968302)
chr8 (156-299)||(2013378-2013522)
chr8 (180-365)||(2012380-2012565)
chr8 (494-582)||(2012163-2012251)
chr8 (177-256)||(1964500-1964581)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (174-583)||(5901638-5902047)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (175-370)||(18189425-18189620)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (276-320)||(16565749-16565793)
chr7 (276-320)||(16599869-16599913)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Original strand, 1962309 - 1962868
Alignment:
Q  19 acatgtgtggctcttattcattcgttttgaaacttctcaaacatatacataatgttgattttgcagaacatgtataggtagttgagttgagttctgtttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||    
T  1962309 acatgtgtggctcttattcattcgttttgaaacttctcaaacatatacataatgttgattttgcagaacatgtataggtagttgagtt-----ctgtttt 1962403  T
Q  119 tggttttcctttcacaagcatnnnnnnntattaacttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctgg 218  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962404 tggttttcctttcacaagcataaaaaaatattaacttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctgg 1962503  T
Q  219 tgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962504 tgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggt 1962603  T
Q  319 tctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaagggg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962604 tctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaagggg 1962703  T
Q  419 ttgctttagcccttcaacttcagctcacactaactcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgcctt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1962704 ttgctttagcccttcaacttcagctcacactaactcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaagggcaccctttgttgcctt 1962803  T
Q  519 ggtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttgttgtcctatg 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962804 ggtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttgttgtcctatg 1962868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 2016129 - 2015561
Alignment:
Q  20 catgtgtggctcttattcattcgttttgaaacttctcaaacatatacataatgttgattttgcagaacatgtataggtagttgagttgagttctgttttt 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||| |||||| ||||||     ||||||||    
T  2016129 catgtgtggctcttattcat-cgttttgaaacttgtcaaacacatacataatgtcaattttgcagagcatgtagaggtaggtgagtt-----ctgttttt 2016036  T
Q  120 ggttttcctttcacaagcatnnnnnnntattaac-----------ttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcag 208  Q
    ||||||||||||||||||||        |  ||            |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  2016035 ggttttcctttcacaagcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagttataagcggtaaactaagaacaaatttttatggagaaaacaattcatattgcag 2015936  T
Q  209 ttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattcc 308  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||  || | |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2015935 ttgttccaggtgttggatatagccatttggtctctattcttcaattctccaagagacttgttcagcttcatccaaactttcatgtcacatgcttcattcc 2015836  T
Q  309 ctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgaccta 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2015835 ctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatccttcaaactcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactccaatgaccta 2015736  T
Q  409 ccacaaggggttgctttagcccttcaacttcagctcacactaactcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccct 508  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2015735 ccacaagggattgctttagtacttcaacttcagctcacactgactcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaagacaccct 2015636  T
Q  509 ttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttgttgtcctatg 583  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015635 ttgttgccttggtggttgatatatcagcaatggatgcactggattttgctaaggaattcaacttgttgtcctatg 2015561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 152 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 2019375 - 2018944
Alignment:
Q  152 acttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttca 251  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2019375 acttataagctgtaaactaataactaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttccaggtgttggatatggccacttattcccgattcttca 2019276  T
Q  252 attctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaa 351  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| ||  || ||    
T  2019275 attctccaagctacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgtttcattccctcaattgagtctctcccaaccgattcaaaaaccatcattcaa 2019176  T
Q  352 actcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggggttgctttagcccttcaacttcagctcacactaa 451  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| || ||| ||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||| |||    
T  2019175 actcttccatcaaacatcaactgtacttttcttccatcagtgagctccaaagacttaccacaagggattgctttagtacttcaaattcagctcacagtaa 2019076  T
Q  452 ctcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactaga 551  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  2019075 ttcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttggtggttgattcattagcaatcgatgcactaga 2018976  T
Q  552 ttttgctaaggaattcaacttgttgtcctatg 583  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||||    
T  2018975 ttttgctaaagagttcaacatgttgtcctatg 2018944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 174 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2005576 - 2005333
Alignment:
Q  174 acaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcag 273  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || | |||||||||||||||||   |||||||||     
T  2005576 acaagtttccatggagaaaacaattcatattgcagttgttccaggtgttggatatagccatttggtctctattcttcaattctccaagagacttgttcaa 2005477  T
Q  274 cttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagct 373  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||    ||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| |     
T  2005476 cttcatccaaactttcatgtcacatgtttcattccctcacttggatctccctcaactaccacaaaatctatccttcaaactcttccatcaaacatcaacc 2005377  T
Q  374 gtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggg 417  Q
     ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  2005376 atacttttcttccacctgtgaaccctaatgacctaccacaaggg 2005333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 175 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2008955 - 2008713
Alignment:
Q  175 caaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagc 274  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||   |||||||||||    
T  2008955 caaatttccatggagaaaacagttcatattgcagttgttccaggtgttggatatagccatttggtccctattcttcaattctccaagagacttgttcagc 2008856  T
Q  275 ttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctg 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||| | ||| ||   ||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| |      
T  2008855 ttcatccaaactttcatgtcacatgtttcattcccacgcttggatctccctcaaatgccacaaaatctatccttcaaactcttccatcaaacatcaacca 2008756  T
Q  375 tacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggg 417  Q
     |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  2008755 cacttttcttccacctgtgaaccccaatgacctaccacaaggg 2008713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 175 - 417
Target Start/End: Original strand, 1968060 - 1968302
Alignment:
Q  175 caaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagc 274  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  |||| |||||||||||||||||   ||||||||| |    
T  1968060 caaatttccatggagaaaacagttcatattgcagttgttccaggtgttggatatagtcatttggtccctattcttcaattctccaagagacttgttcaac 1968159  T
Q  275 ttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctg 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| | ||| ||   ||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| |      
T  1968160 ttcatccagactttcatgtcacatgtttcattcccacacttggatctccctcaaatgccacaaaatctatccttcaaactcttccatcaaacatcaacca 1968259  T
Q  375 tacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggg 417  Q
     |||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||    
T  1968260 cacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaaggg 1968302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 156 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 2013522 - 2013378
Alignment:
Q  156 ataagctgtaaactaag-aacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaatt 254  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2013522 ataagctgtaaactaaacaacaaatttccatggagaaaaaaattcatattgcagttgttccaggtgttggatatagtcacttattcccaattcttcaatt 2013423  T
Q  255 ctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatg 299  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2013422 ttcgaagctacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatg 2013378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 180 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 2012565 - 2012380
Alignment:
Q  180 tttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagcttcat 279  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| ||||| || ||| | |||||| |||| |||||||| ||||| ||  ||||| | |||||||||    
T  2012565 tttcatggataaaacaattcacattgccgttgttccaggtgtcgggtatggacacttagtccctattcttcatttctcaaagttacttatccagcttcat 2012466  T
Q  280 ccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaa 365  Q
    ||  || |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| |   ||| |||| || ||| |||| |||||||||||    
T  2012465 ccggacattcatgtcacatgtatcattcccacacttggttctcccccaagttcctcagaaaccatccttcaaacccttccatcaaa 2012380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 494 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2012251 - 2012163
Alignment:
Q  494 ctttaaggacaccctttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttgttgtcctat 582  Q
    |||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| || ||  |||| |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  2012251 ctttaaggattccccttgtggccttggtggttgatgcttttgctgttgaagcactaaactttgctaaagaattcaacatgttgtcctat 2012163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 177 - 256
Target Start/End: Original strand, 1964500 - 1964581
Alignment:
Q  177 aattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttgg--atatagccacttattcccaattcttcaattct 256  Q
    ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||| ||| || | |||||||||||||    
T  1964500 aatttccatggagaaaaccattcacattgcagttgttccaggtgttgggtatatatccatttagtctctattcttcaattct 1964581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 174 - 583
Target Start/End: Original strand, 5901638 - 5902047
Alignment:
Q  174 acaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcag 273  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||| | | |||||||| ||| || | |||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  5901638 acaaattttcatggagaaaacaattcacattgctgttattccaggtgcttggtatagccatttagtctctattcttgaattctccaagctacttgttcag 5901737  T
Q  274 cttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagct 373  Q
    || |||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||| || | | ||| ||  |||||  || | ||| |||||||||||||||||||  |||    
T  5901738 ctccatccagactttcatgtcacttgcttcattcctacacttggatcaccctcaagtgcctcaaagtcattccttcaaactcttccatcaaacattggct 5901837  T
Q  374 gtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggggttgctttagcccttcaacttcagctcacactaactcactcactgccatctataca 473  Q
      |||||||||||||| |||||  | || |||||||| ||||||  |  | |||     ||| |||| ||| ||   || | | | ||||||| | ||||    
T  5901838 acacttttcttccacctgtgaatcccaacgacctacctcaagggactagtgtagaatgccaaattcatctcgcaacgacactcactctgccatatttaca 5901937  T
Q  474 tcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttg 573  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||  ||| ||  ||||||||||| | ||| |    || ||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  5901938 tcaggcattgaactccttaactttaaggactccccctgtggcactggtggttgattctttatctgccgaagcactagatttggctaaggagttcaacatg 5902037  T
Q  574 ttgtcctatg 583  Q
    ||||||||||    
T  5902038 ttgtcctatg 5902047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 370
Target Start/End: Original strand, 18189425 - 18189620
Alignment:
Q  175 caaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagc 274  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||||| ||  ||||| | || |    
T  18189425 caaatttccatggataaaacaattcacattgcagttgttccaggtgttgggtatggacacttagtccctattcttcaattctcaaagttacttatccatc 18189524  T
Q  275 ttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatca 370  Q
    |||||||| || |||||| ||||||  |||||| | |||||||||||| ||||| |   ||| || | || ||| |||||||||||||||| ||||    
T  18189525 ttcatccagacattcatgccacatgtatcattcgcacacttggttctcccccaagttcctcagaacccatccttcaaactcttccatcaaatatca 18189620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 276 - 320
Target Start/End: Original strand, 16565749 - 16565793
Alignment:
Q  276 tcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttc 320  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  16565749 tcatccaaattttcatgtcacttgcatcattccctcacttggttc 16565793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 276 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 16599913 - 16599869
Alignment:
Q  276 tcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttc 320  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  16599913 tcatccaaattttcatgtcacttgcatcattccctcacttggttc 16599869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University