View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2086_high_4 (Length: 630)

Name: NF2086_high_4
Description: NF2086
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2086_high_4
NF2086_high_4
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (21-626)||(33975124-33975735)
chr8 (17-626)||(33952524-33953138)
chr8 (17-626)||(33959824-33960444)
chr8 (17-626)||(33992044-33992658)
chr8 (310-454)||(33942254-33942397)
chr8 (300-434)||(33913544-33913678)
chr8 (139-272)||(33913712-33913847)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-626)||(8277615-8278231)
chr7 (336-456)||(2891495-2891615)
[»] scaffold0391 (2 HSPs)
scaffold0391 (156-455)||(12246-12551)
scaffold0391 (567-626)||(12115-12174)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 33975735 - 33975124
Alignment:
21 tgagaccaatccaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaaatcacgcgatcaattgcagaaaagaaattaataacagattgcaacagatttttcaata 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
33975735 tgagaccaatccaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaactcacgcaatcaattgcagaaaaggaattaataacagattgcaacagatttttcaata 33975636  T
121 gcatttttagatggtcaaatttagagaaaggtaagtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggattttgtttaacaca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33975635 gcatttttagatggtcaaatttagaggaaggtaagtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggattttgtttaacaca 33975536  T
221 caatctcataaactttgaaaatatacgggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttattgttattcatgtcaataatcagtctttttctt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33975535 caatctcataaactttgaaaatatacgggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttattgttattcatgtcaataatcagtctttttctt 33975436  T
321 tgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatcgtccgtgtcac 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
33975435 tgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttattgtccgtgtcac 33975336  T
421 ttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaattatttgacaggatttatgtagagtatcattcatgtgagatatt 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33975335 ttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaattatttgacaggatttatgtagagtatcattcatgtgagatatt 33975236  T
521 taacaacttaagtagcctagaagaaaatataata------ataacagtcctagtaccttggcattatgacattagccaaattcatgatgcctaatttgtt 614  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||      |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33975235 taacaatttaagtagcctagaagaaaatataataataataataatagtcgtagtaccttggtattatgacattagccaaattcatgatgcctaatttgtt 33975136  T
615 gatgatgtccat 626  Q
    |||||| |||||    
33975135 gatgatttccat 33975124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 33953138 - 33952524
Alignment:
17 catttgagaccaatccaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaaatcacgcgatcaattgcagaaaagaaattaataacagattgcaacagatttttc 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| | | ||| |    
33953138 catttgagaccaatcgaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaactcaagcgatcaattgcggaaaaggaatgaataacagattgcaaaaaaattt-c 33953040  T
117 aatagcattttt-agatggtcaaatttagagaaagg-----taagtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggatttt 210  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||      
33953039 aatagcattttttagatggtcaaagttagaaaaagggagtataagtattactaaccagctgataccgacaatatacgggcagtgagctgttgaggattcc 33952940  T
211 gtttaacacacaatctcataaactttgaaaatatacgggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttattgttattcatgtcaataatcag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
33952939 gtttaacacacaatctcataaactttgacaatatacaggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttatttttattaatgtcaataatcag 33952840  T
311 tctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatcg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
33952839 tctttttctttgctcaaatggttccttggcgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttattg 33952740  T
411 tccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaattatttgacaggatttatgtagagtatcattcat 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
33952739 tccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaatcatttgacaggatttatgtagagtatcattcat 33952640  T
511 gtgagatatttaacaacttaagtagcctagaagaaaatataataataacagtcctagtaccttggcattatgacattagccaaattcatgatgcctaatt 610  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33952639 gtgagatatttaacaatttaagtagcctagaagaaaatataataataatagtcatagtaccttggtattatgacattagccaaattcatgatgcctaatt 33952540  T
611 tgttgatgatgtccat 626  Q
    |||||||||| |||||    
33952539 tgttgatgatttccat 33952524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 33960444 - 33959824
Alignment:
17 catttgagaccaatccaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaaatcacgcgatcaattgcagaaaagaaattaataacagattgcaacagatttttc 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| | | ||| |    
33960444 catttgagaccaatcgaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaaatcaagcgatcaattgcggaaaaggaatgaataacagattgcaaaaaaattt-c 33960346  T
117 aatagcattttt-agatggtcaaatttagagaaagg-----taagtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggatttt 210  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||      
33960345 aatagcattttttagatggtcaaagttagaaaaagggagtataagtattactaaccagctgataccgacaatatacgggcagtgagctgttgaggattcc 33960246  T
211 gtttaacacacaatctcataaactttgaaaatatacgggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttattgttattcatgtcaataatcag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
33960245 gtttaacacacaatctcataaactttgacaatatacaggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttatttttattaatgtcaataatcag 33960146  T
311 tctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatcg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33960145 tctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatcg 33960046  T
411 tccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaattatttgacaggatttatgtagagtatcattcat 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33960045 tccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaattatttgacaggatttatgtagagtatcattcat 33959946  T
511 gtgagatatttaacaacttaagtagcctagaagaaaatataata------ataacagtcctagtaccttggcattatgacattagccaaattcatgatgc 604  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||      |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
33959945 gtgagatatttaacaatttaagtagcctagaagaaaatataataataataataatagtcgtagtaccttggtattatgacattagccaaattcatgatgc 33959846  T
605 ctaatttgttgatgatgtccat 626  Q
    |||||||||||||||| |||||    
33959845 ctaatttgttgatgatttccat 33959824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 33992658 - 33992044
Alignment:
17 catttgagaccaatccaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaaatcacgcgatcaattgcagaaaagaaattaataacagattgcaacagatttttc 116  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||| | || | ||||||||  |||||| ||| ||||||||||| || || | || ||    
33992658 catttgagaccaatctgacgcacatgcttcatctgcaaatttgaaactaacacaatcaattgtggaaaaggaatgaataacagattacagcaaaattatc 33992559  T
117 aatagcattttta-gatggtcaaatttagagaaaggta-----agtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggatttt 210  Q
    ||||| ||||||  | ||||  ||| |||| |||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||    
33992558 aatagtatttttttgttggtgtaatatagaaaaaggtagtataagtattactaaccagttgataccgacaatatgtgagcagcaagctgttggggatttt 33992459  T
211 gtttaacacacaatctcataaactttgaaaatatacgggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttattgttattcatgtcaataatcag 310  Q
    |||||| |||||||||||| |  ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
33992458 gtttaatacacaatctcattacttttgacaatatacgggtcaacaagctttgctgcttctccgcgagctcacttctatttttattaatgtcaataatcag 33992359  T
311 tctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatcg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
33992358 tctttttctttgctcaaatggttgcttggtgctttggtaaattccaagatctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttattg 33992259  T
411 tccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaattatttgacaggatttatgtagagtatcattcat 510  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
33992258 tctgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagaagaggttaattaattactt-aaagataaaaaatcatttgacaggatttatgtagagtatcattcat 33992160  T
511 gtgagatatttaacaacttaagtagcctagaagaaaatataataataacagtcctagtaccttggcattatgacattagccaaattcatgatgcctaatt 610  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33992159 gtgagatatttaacaatttaagtagcctagaagaaaatataataataatagtcgtagtaccttggtattatgacattagccaaattcatgatgcctaatt 33992060  T
611 tgttgatgatgtccat 626  Q
    |||||||||| |||||    
33992059 tgttgatgatttccat 33992044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 310 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 33942397 - 33942254
Alignment:
310 gtctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatc 409  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||| |||| |||| ||| | ||||| ||||| || | ||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||     
33942397 gtctttttctttgttcaataggttcctgggtgttttgataattcccaagctctctcagcagatcatgaaggacgatgaagtgatta-tgtagtagtaatt 33942299  T
410 gtccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaat 454  Q
     || |||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||    
33942298 ttctgtgtcacttgcatttttcctgggaattgaacagaagttaat 33942254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 300 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 33913678 - 33913544
Alignment:
300 tcaataatcagtctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgt 399  Q
    |||||||  |||||||||||||| |||| |||||||| | || |||| ||| |||| || |||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||||||    
33913678 tcaataagaagtctttttctttgttcaattggttcctggttgttttgataatttcctagctctcttagaagatcatgaaggaatatgaagtggctattgt 33913579  T
400 agttgttatcgtccgtgtcacttgcatttttcctg 434  Q
    ||| || |   || |||||||||||||||||||||    
33913578 agtagtaactttctgtgtcacttgcatttttcctg 33913544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 139 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 33913847 - 33913712
Alignment:
139 atttagagaaaggt--aagtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggattttgtttaacacacaatctcataaacttt 236  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  |||| | | || ||||  | ||||||||| ||  |||||||||||||| | | ||| ||     
33913847 atttagagaaaggtgaaagtataactaaccagttgatatagacactgtgcgagcagggacctgttgaggcttcggtttaacacacaatttaaaaaaattg 33913748  T
237 gaaaatatacgggtcatcaagccttgctgcttctcc 272  Q
    || ||||| ||||||||   ||| ||||||||||||    
33913747 gacaatatgcgggtcattgtgccctgctgcttctcc 33913712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 626
Target Start/End: Original strand, 8277615 - 8278231
Alignment:
18 atttgagaccaatccaacgcacatgtttcatctgcaaatgtgaaaatcacgcgatcaattgcagaaaagaaattaata---acagattgcaacagatttt 114  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||| | |||||    
8277615 atttgagaccaatccaacgcatatgtttcatctgcaaatgtgaaactcacgtggtcaattgcggaaaagaaatgaatagcaacagattgcaagaaatttt 8277714  T
115 tcaatagcattttt-agatggtcaaatttagagaaaggta-----agtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggatt 208  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
8277715 tcgatagcattttttagttggtcaaatttagagaaagttagtataagtattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcgaaatgttgaggatt 8277814  T
209 ttgtttaacacacaatctcataaactttgaaaatatacgggtcatcaagccttgctgcttctccgcgagcccacttttattgttattcatgtcaataatc 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
8277815 ttgtttaacacaaaatctcataaactttgacaatatacgggtcatcaaaccttgctgcttctccgcgagcccacttttatttttattcttgtcaataatc 8277914  T
309 agtctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttat 408  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8277915 agtttttctctttgctcaaatggttccttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttat 8278014  T
409 cgtccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagaggttaattagttacttaaaagataaaaaattatttgacaggatttatgtagagtatcattc 508  Q
     ||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
8278015 tgtccgtgtcactttcactttttcaggtaaatgagcagaggttaattagttactt-aaagataagaaattatttcacaggatttatgtagagtatcattc 8278113  T
509 atgtgagatatttaacaacttaagtagcctagaagaaaatataataataacagtcctagtaccttggcattatgacattagccaaattcatgatgcctaa 608  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
8278114 atgtgagatatttaacaattttattagccaagaagaaaatataataataatagtcctagtaccttggtattatcacattagccaaattcatgaggcctaa 8278213  T
609 tttgttgatgatgtccat 626  Q
    ||| |||||||| |||||    
8278214 tttattgatgatttccat 8278231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 336 - 456
Target Start/End: Original strand, 2891495 - 2891615
Alignment:
336 ttggtgctttggtaaattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatcgtccgtgtcacttgcatttttcctgg 435  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||  ||||| || ||||| ||||||||||||  |||| ||||||| || ||  ||||||||||||||||| ||||    
2891495 ttggtgctttgagaaattccaagctctagtagaagattatgaaagatgatgaagtggctattatagttgtaattgtatgtgtcacttgcattttttctgg 2891594  T
436 taaatgagcagaggttaatta 456  Q
    |||||||||| ||| ||||||    
2891595 taaatgagcaaagggtaatta 2891615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 123; Significance: 7e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 156 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 12551 - 12246
Alignment:
156 tattactaaccagttgataccgacaatatacgggcagcaagctgttgaggattttgtttaacacacaatctcataaactttgaaaatatacgggtcatca 255  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||  |||||||    
12551 tattactaaccagttgatactgacaatatacgggcagcgagctgttgcagattttgtttaacacacaatgtcagaagttttgacaatatacaagtcatca 12452  T
256 agccttgctgcttctccgcgagcc------cacttttattgttattcatgtcaataatcagtctttttctttgctcaaatggttccttggtgctttggta 349  Q
     || ||| ||||||||| | |  |      ||  ||| || | |||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||| || |||| ||||||    
12451 ggctttgatgcttctcccctaaacaccgttcatgtttgttttcattcatgtcaataatcagcctttttctcttctcaattggttctttagtgcattggta 12352  T
350 aattccaagttctcttagaatatcatgaaggatgatgaagtgattattgtagttgttatcgtccgtgtcacttgcatttttcctggtaaatgagcagagg 449  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
12351 aattccaagatctcttagaagatcatgaaggatgatgaagtggttattgtagttgtaattgtctgcatcacttgcatttttcctagtatatgagcagagg 12252  T
450 ttaatt 455  Q
    ||||||    
12251 ttaatt 12246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 567 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 12174 - 12115
Alignment:
567 gtaccttggcattatgacattagccaaattcatgatgcctaatttgttgatgatgtccat 626  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||| |||||    
12174 gtaccttgctattatgacattagccagattcatggagcctaatttgtttatgatttccat 12115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University