View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20872_low_6 (Length: 435)

Name: NF20872_low_6
Description: NF20872
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20872_low_6
NF20872_low_6
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (19-422)||(13446898-13447301)
chr5 (19-422)||(13419347-13419750)
chr5 (19-422)||(13426238-13426641)
chr5 (19-417)||(13413002-13413400)
chr5 (19-257)||(13453851-13454089)
chr5 (38-422)||(13388997-13389381)
chr5 (19-264)||(13393562-13393807)
chr5 (19-422)||(13385176-13385579)
chr5 (26-274)||(13378892-13379140)
chr5 (35-274)||(13373105-13373344)
chr5 (311-420)||(13454143-13454252)
chr5 (349-422)||(13393404-13393477)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-277)||(47601169-47601427)
chr4 (332-420)||(47601482-47601570)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (35-274)||(28430528-28430767)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 13446898 - 13447301
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13446898 actaattacggtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaacaactcctatattcataccaggcttg 13446997  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446998 tcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 13447097  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447098 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaatt 13447197  T
Q  319 ctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttccc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447198 ctcaatatcgtcggcacaattttcgcaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttccc 13447297  T
Q  419 acct 422  Q
    ||||    
T  13447298 acct 13447301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 13419347 - 13419750
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  13419347 actaattacggtcacattagcaccgaaagcttttgcaaatttcacagccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcataccaggcttg 13419446  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13419447 tcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaagaagaggaccggcagcatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 13419546  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| ||||  ||    ||||    ||| || | | |||||||||    
T  13419547 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgacggtgccatcacgatactttgcaccacatgtgactgtaaatgttgggcagtaatt 13419646  T
Q  319 ctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttccc 418  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  13419647 ctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaactttaaacttttctactttgcttcca 13419746  T
Q  419 acct 422  Q
    ||||    
T  13419747 acct 13419750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 13426238 - 13426641
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  13426238 actaattactgttacattagcaccaaaagctttggcgaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaacaacgcctatattcataccaggcttg 13426337  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    ||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13426338 tcgagttgaaaatgacgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 13426437  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaatt 318  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||   ||||||||||| ||||| ||    ||||    || | || || |||||||||    
T  13426438 agtgctcatctgcaaccattgagtcggaataacctccatatgtgacgctgccatcacgatacttagcaccacatgtaactgtttgttgggggcagtaatt 13426537  T
Q  319 ctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttccc 418  Q
    ||||| ||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  13426538 ctcaagatcttccgcacaattttcgcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccactcctactttgtctccaactttaaacttttctactttgcttcca 13426637  T
Q  419 acct 422  Q
    ||||    
T  13426638 acct 13426641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 417
Target Start/End: Original strand, 13413002 - 13413400
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||  | |||||||||     
T  13413002 actaattacggtaacattagcaccgaaagctttggcaaatttcacagccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgtaaaccaggctta 13413101  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| |||   |||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  13413102 tcgagtccaaaaaatcgaagaggactatatacggtgacaccagcacaaaggagaggaccagcaaattcaagaggtatgttgtcaggaatgcgaatcacaa 13413201  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  || ||||||||| ||||  ||    ||||      | |||||| |||||||||    
T  13413202 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccataagtgacggttccatcacgatacttggcaccacatgtgactacaaatttggggcagtaatt 13413301  T
Q  319 ctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcc 417  Q
    ||||| || |||   ||||| ||  || || ||||||||||||| || ||| || || |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  13413302 ctcaagattgtcattacaatcttggcatgatcgacatgaatcaatcaagtagccaacacctactttgtctccaactttaaacttctccactttgcttcc 13413400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 257
Target Start/End: Original strand, 13453851 - 13454089
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  13453851 actaattacggtcacattagcaccgaaagctttggcgaatttcacggccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcatatcaggcttg 13453950  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || || |  ||||| ||||| |||||| | ||  |||||||||||||   ||| |||||||||| |||||    
T  13453951 tcgagtccaaaatgtcgaagaggactatatacggttatcccagcacaaaggagaggagcagctgcatcaagaggtaactgatctggaatgcgaaacacaa 13454050  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccat 257  Q
    |||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||    
T  13454051 agtgctcgtcggaaaccattgagtcagagaagcctccat 13454089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 38 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 13389381 - 13388997
Alignment:
Q  38 gcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaa 137  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||   | |||||| || ||||||||| ||| |||||    
T  13389381 gcaccaaatgctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaa 13389282  T
Q  138 gaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccat 237  Q
    ||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| |||||  | ||| | ||||| ||||| | |||||||||| ||| ||| |||| ||| ||||||||||     
T  13389281 gaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatctgcaaccaa 13389182  T
Q  238 tgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaattctcaatatcgtcggcacaa 337  Q
    |||||| ||  |||||||||| ||| | || ||||| ||| ||||  ||    ||||   |||| || |||  |||||||| |||| || |||  |||||    
T  13389181 tgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtgggacagtaattttcaagattgtcaacacaa 13389082  T
Q  338 ttttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccacct 422  Q
    |||| ||| || |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  13389081 ttttgacatgatcgacatgaatcaaccatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttcccacct 13388997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 13393807 - 13393562
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  13393807 actaattactgttacattagctccaaaagcttttgcaaacttcacacccaagtgaccaagtccaccaagaccaacaatacctatattcataccaggcttg 13393708  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |  || || ||||| |||||| | |||   ||||| ||||||| |||||||||| |||  | ||    
T  13393707 tcgagtccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcacaaaggagaggagcagcagattcaagtggtaagccatcaggaatgtgaactataa 13393608  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgat 264  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||    
T  13393607 agtgctcatctgcaaccattgagtcagagtaccctccatatgtgat 13393562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 13385579 - 13385176
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || | ||  | |||||| |||    
T  13385579 actaattacggtcacattagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacaccgacatgaagaccaggtttg 13385480  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| |||||  | ||| | ||||| ||||| | |||||||||| ||| ||| |    
T  13385479 tcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacga 13385380  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaatt 318  Q
    ||| |||  |  |||||| |||||| ||  ||||||| |  ||||| || |||||||||  | | |||   | |||   ||| |||  || |||||||||    
T  13385379 agttctcagccacaaccaatgagtcagaataacctccgtgtgtgatggttccatcacgatgcatgccaccaactgtagtagtgtatgcggggcagtaatt 13385280  T
Q  319 ctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttccc 418  Q
     |||| || |||  ||||||||| ||| || |||||||||||||  ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  13385279 ttcaagattgtcaacacaattttgacacgatcgacatgaatcaattatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttccc 13385180  T
Q  419 acct 422  Q
    ||||    
T  13385179 acct 13385176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 274
Target Start/End: Original strand, 13378892 - 13379140
Alignment:
Q  26 acagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtc 125  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||||||| ||  ||||| ||||| | ||    
T  13378892 acagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtcaaatc 13378991  T
Q  126 caaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctc 225  Q
    |||||||| | |  || |||||||||||||  ||||| ||||| |||||| ||||| ||||||| | ||||  ||| ||||| || |  | |||||| ||    
T  13378992 caaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttc 13379091  T
Q  226 gtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatca 274  Q
    |||  ||||||| | ||| ||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  13379092 gtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtgccatca 13379140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 35 - 274
Target Start/End: Original strand, 13373105 - 13373344
Alignment:
Q  35 ttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtc 134  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || | ||  | |||||||||||  |||||||||| |     
T  13373105 ttagcaccaaaagctttggtaaatttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacccacatgtaaaccaggcttgttaagtccaaaatatt 13373204  T
Q  135 taagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaac 234  Q
    | | ||| ||||| |||||||  || || |||||||||||| | ||  ||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| ||||| ||||  |||||    
T  13373205 tcaaagggctatatactgtgatccccgcacaaagaagaggagcagcggcatcaagtggtaaggcatcaggaatacggatcacgaagtgttcgtgggcaac 13373304  T
Q  235 cattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatca 274  Q
    ||| |  || ||| | |||||||| ||||| || ||||||    
T  13373305 catggtatcagagtagcctccatatgtgattgttccatca 13373344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 311 - 420
Target Start/End: Original strand, 13454143 - 13454252
Alignment:
Q  311 cagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactt 410  Q
    ||||||||||||| ||  ||  ||||||||| ||| ||  |||| |||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13454143 cagtaattctcaagattatcaacacaattttgacatgagtgacaagaatcaaccaagcatcccacacctactctgtctccaactttgaactttttcactt 13454242  T
Q  411 tgcttcccac 420  Q
    ||||||||||    
T  13454243 tgcttcccac 13454252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 349 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 13393477 - 13393404
Alignment:
Q  349 acgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccacct 422  Q
    |||||| |||||||| | | ||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||| ||||    
T  13393477 acgacacgaatcaactaagcatcccacacccactttgtctccaattttgaacttctctactttgcttcctacct 13393404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 277
Target Start/End: Original strand, 47601169 - 47601427
Alignment:
Q  19 actaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttg 118  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||     
T  47601169 actaattacagtcacattagccccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggttta 47601268  T
Q  119 tcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 218  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  || || |||||||||||| | | | | ||||| || || | ||| |||||| ||| |||||    
T  47601269 tcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaa 47601368  T
Q  219 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacga 277  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| || ||| | ||||||||||||    
T  47601369 agtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacga 47601427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 420
Target Start/End: Original strand, 47601482 - 47601570
Alignment:
Q  332 gcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccac 420  Q
    |||||||||| ||| || |  |||||||| | |||| | || || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  47601482 gcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttgtctccaactttgaacttttctactttgcttcccac 47601570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 35 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 28430767 - 28430528
Alignment:
Q  35 ttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtc 134  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||  | ||    ||| || || |||||||||| |     
T  28430767 ttagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaaccacacctaattgcaagttaggtttatcaagtccaaaatatt 28430668  T
Q  135 taagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaac 234  Q
    | | ||| |||||||| ||||  || ||||| || |||||| | ||| |||||||||||| |||||  |||||||  |||||||||   ||||| |  ||    
T  28430667 tcaaagggctatacaccgtgatcccggcgcagaggagaggagctgcagcatcaagaggtaggctatttggaatgctgatcacaaagctttcgtcggtgac 28430568  T
Q  235 cattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatca 274  Q
    ||||| ||||||| | |||||||| ||||| |||||||||    
T  28430567 cattgtgtcggagtagcctccatatgtgatggtgccatca 28430528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University