View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20878_low_5 (Length: 317)

Name: NF20878_low_5
Description: NF20878
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20878_low_5
NF20878_low_5
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (62-300)||(2569000-2569234)
chr1 (89-260)||(29119324-29119495)
chr1 (91-260)||(32676136-32676305)
chr1 (112-260)||(8462129-8462276)
chr1 (88-260)||(8809638-8809811)
chr1 (89-179)||(46435465-46435556)
chr1 (166-260)||(25161309-25161402)
chr1 (107-178)||(16679773-16679845)
chr1 (89-260)||(35998252-35998424)
chr1 (199-260)||(46435563-46435624)
chr1 (226-259)||(16679835-16679868)
chr1 (167-250)||(3688917-3689000)
chr1 (89-165)||(35534498-35534574)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (89-260)||(19357262-19357432)
chr5 (89-255)||(33858538-33858704)
chr5 (89-260)||(11607534-11607705)
chr5 (89-244)||(33271630-33271785)
chr5 (93-260)||(1826259-1826426)
chr5 (89-260)||(38010613-38010785)
chr5 (125-260)||(39570079-39570214)
chr5 (89-260)||(29989962-29990134)
chr5 (93-260)||(13015381-13015549)
chr5 (144-260)||(13086753-13086870)
chr5 (112-205)||(42148201-42148294)
chr5 (148-260)||(9827788-9827900)
chr5 (93-240)||(10292893-10293039)
chr5 (144-260)||(13478099-13478216)
chr5 (112-156)||(25482742-25482786)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (104-260)||(35341536-35341692)
chr7 (89-260)||(48250154-48250327)
chr7 (89-236)||(32694570-32694717)
chr7 (89-260)||(48072389-48072558)
chr7 (89-261)||(31306868-31307046)
chr7 (105-162)||(40856943-40857000)
chr7 (196-260)||(40856392-40856456)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (89-260)||(34392081-34392252)
chr2 (105-257)||(7381695-7381846)
chr2 (89-246)||(23863803-23863958)
chr2 (89-260)||(37357917-37358092)
chr2 (93-210)||(4779635-4779752)
chr2 (96-260)||(4775634-4775799)
chr2 (89-209)||(25275622-25275741)
chr2 (157-260)||(21603959-21604061)
chr2 (89-150)||(21606149-21606210)
chr2 (89-217)||(41095786-41095914)
chr2 (212-259)||(34904304-34904351)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (89-247)||(37742738-37742896)
chr3 (93-260)||(44380254-44380421)
chr3 (86-256)||(33509684-33509854)
chr3 (114-260)||(47426350-47426496)
chr3 (89-260)||(47186175-47186347)
chr3 (148-259)||(50934501-50934613)
chr3 (112-258)||(39498693-39498838)
chr3 (92-260)||(31187072-31187241)
chr3 (91-252)||(35094554-35094717)
chr3 (89-260)||(42664673-42664845)
chr3 (192-258)||(32319468-32319534)
chr3 (194-260)||(10179868-10179934)
chr3 (96-237)||(17466296-17466437)
chr3 (89-260)||(34029290-34029462)
chr3 (194-260)||(10018671-10018737)
chr3 (194-260)||(10123211-10123277)
chr3 (89-141)||(19619217-19619269)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (89-260)||(12473704-12473875)
chr4 (89-260)||(12528113-12528284)
chr4 (93-260)||(35869575-35869742)
chr4 (93-260)||(51811914-51812081)
chr4 (104-260)||(21260794-21260950)
chr4 (97-260)||(22343337-22343500)
chr4 (109-259)||(33249394-33249544)
chr4 (89-260)||(55590482-55590642)
chr4 (89-260)||(52012778-52012950)
chr4 (89-259)||(52910050-52910219)
chr4 (188-259)||(34829182-34829253)
chr4 (89-260)||(9799362-9799534)
chr4 (93-162)||(1796648-1796717)
chr4 (201-256)||(49998486-49998541)
chr4 (162-259)||(49999662-49999758)
chr4 (93-148)||(35781021-35781076)
chr4 (106-177)||(53593731-53593805)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (93-260)||(41179567-41179734)
chr8 (89-260)||(24337830-24338001)
chr8 (89-260)||(11254028-11254198)
chr8 (115-252)||(4708333-4708470)
chr8 (97-253)||(18168392-18168549)
chr8 (97-253)||(18631949-18632106)
chr8 (157-260)||(1514803-1514905)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (89-260)||(34194-34363)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (93-259)||(1211848-1212014)
chr6 (89-260)||(5403876-5404047)
chr6 (89-260)||(32644838-32645007)
chr6 (93-260)||(34245567-34245735)
chr6 (195-260)||(11753167-11753232)
chr6 (89-133)||(10503259-10503303)
chr6 (188-259)||(11113557-11113628)
chr6 (105-159)||(26526385-26526439)
[»] scaffold0229 (1 HSPs)
scaffold0229 (89-259)||(13005-13176)
[»] scaffold0519 (1 HSPs)
scaffold0519 (89-260)||(11195-11365)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (154-259)||(23165-23263)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 181; Significance: 8e-98; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 62 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 2569234 - 2569000
Alignment:
Q  62 gttccaacatccaaagtacgctgacaaatagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2569234 gttccaacatccaaagtacgctgacggatagcacttgtgtaacataatgatatatactattgcctaattagaatgtgccacatggcacaccctttaaaaa 2569135  T
Q  162 atatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtggg 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2569134 atatatcaaataaagca-ttggtaatgtaacattggtaggtggcacactctaattggcaaatgatatataccattggtaccttaatggtacacaagtggg 2569036  T
Q  262 cttaataatcatctacaacatgctcaaaaatgttattaa 300  Q
    || ||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2569035 ctcaata---atctacaacatgctcaaaaatgttattaa 2569000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 29119324 - 29119495
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||| ||||||| ||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||     
T  29119324 atagcatttgtgtaccataagggtatatacaattgcccaattagaatgtgccatgtggcacaccctttaaaaaaatatatcaaataaagcatcta-taaa 29119422  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29119423 gtaacaatgataggtggcacactctaattggccaatggtatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 29119495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 91 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 32676305 - 32676136
Alignment:
Q  91 agcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgt 189  Q
    |||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||    
T  32676305 agcatttgtgtactataatggtatataccattgtccaattagattgtgccatgtggcacatgctttaaaaaaatatatcaaataaagcattta-taaagt 32676207  T
Q  190 aacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||||||||||  || | |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32676206 aacattggtaggtggtgcattctaattggccaatggtatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 32676136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 112 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 8462276 - 8462129
Alignment:
Q  112 tatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacact 210  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||  ||||||||||||||||||||||    
T  8462276 tatataccattgtccaattaaaatgtgtcacgtggcacgccctttaaaaaagtatattaaataaaacattt-ataaaataacattggtaggtggcacact 8462178  T
Q  211 gtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     ||||||   ||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||    
T  8462177 ataattgatcaatgatatataccattggtactttaat-atacacaagtgg 8462129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 260
Target Start/End: Original strand, 8809638 - 8809811
Alignment:
Q  88 aatagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggta 185  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||   |||| ||  |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||  ||    
T  8809638 aatagcacttgtgtaccattatgttatataacattagccaattaaggtgtgacatgtggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaaacattta-ta 8809736  T
Q  186 atgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    | |||||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8809737 aagtaacattggtacgtggcacactcttattggtcaatgttatataacattggtaccttaatggtacacaagtgg 8809811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 89 - 179
Target Start/End: Original strand, 46435465 - 46435556
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcat 179  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46435465 ataggacttgtgtaccataatggtatataccattgcccaattagaatgtgtcatgtgacacaccctttaaaaatatatatcaaataaagcat 46435556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 25161402 - 25161309
Alignment:
Q  166 atcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||||| |||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||  || ||||||||||||||||||    
T  25161402 atcaaataaaacattta-taaagtaacattgttaggtggcacactgtaattggtcaatggtatataccattgagactttaatggtacacaagtgg 25161309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 16679845 - 16679773
Alignment:
Q  107 aatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaat--atatcaaataaagca 178  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  16679845 aatgttatatactattg-ccaattaggatgtgtcacgtgacacaccctttaaaaaatatatatcaaataaagca 16679773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 35998424 - 35998252
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    ||||||| |||||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||  ||||| ||  |||||||| ||||||||||  ||||| ||||||| || ||  |||    
T  35998424 atagcacctgtgtaccattatgttatataacattagccaattaagatgtgccatgtggcacacactttaaaaaacatatataaaataaaacactta-taa 35998326  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
      |||||||| || |||||||||| | |||    |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35998325 aataacattgatatgtggcacactcttattaatcaatgttatataacattggtaccttaatggtatacaagtgg 35998252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 199 - 260
Target Start/End: Original strand, 46435563 - 46435624
Alignment:
Q  199 aggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||| | |||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46435563 aggtgacgcactctaattggccaattgtatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 46435624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 259
Target Start/End: Original strand, 16679835 - 16679868
Alignment:
Q  226 tatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16679835 tatataacattggtaccttaatggtacacaagtg 16679868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 167 - 250
Target Start/End: Original strand, 3688917 - 3689000
Alignment:
Q  167 tcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcatt-ggtaccttaatggt 250  Q
    ||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||  |||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  3688917 tcaaataaaacattta-taaagtaacattggtaggttgtacactctaattggtcaatgatatatattattgggtatcttaatggt 3689000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 89 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 35534574 - 35534498
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatat 165  Q
    |||| ||||||| | ||||||| ||||||  |||| |||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  35534574 atagaacttgtgaaccataatgttatataatattggccaattaaggtgtgtcatgtggcacaccctttaaaaaatat 35534498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 19357262 - 19357432
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatg 188  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |    
T  19357262 atagcacttgtgtaccataatggtatatatcattgtccaattagaatgtgtcacgtgggacatcctttaaaaaatatatcaaataaagcattt-ataaag 19357360  T
Q  189 taacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  19357361 taatattggtaggtggcacactctaattggccaatggtatataccattggtaccctaatggtacacaagtgg 19357432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 89 - 255
Target Start/End: Original strand, 33858538 - 33858704
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||     
T  33858538 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgcccaattagaatgtgtcacgtggcacaccctttaaaaaagtatatcaaataaaacattt-ataaa 33858636  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacaca 255  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  33858637 gtaacattggtaggtggcacactataattggtcaatgatatatactattggtaccttaatggtacaca 33858704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 11607534 - 11607705
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||     
T  11607534 atagcacttgtgtaccataatgatatataccattgtccaattagaatgtggcccgtggcacaccctttaaaaaagtatatcaaataaaacattt-ataaa 11607632  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11607633 gtaatattggtaggtggcacactataattggtcaatggtatataccattggtaccttaatggtatacaagtgg 11607705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 33271785 - 33271630
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaa-aaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    ||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||  | |     
T  33271785 atagcacttatgtaccataatggtatatactattgcccaattagaatgtgccacgtggcgcatcctttaaaaaaatatatcaaataaagcattt-atcaa 33271687  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtacctt 244  Q
    ||||||||| ||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33271686 gtaacattgatagatgacacactctaattggccaatgatatatatcattggtacctt 33271630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 93 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 1826426 - 1826259
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaa 191  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||  |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |   || ||||    
T  1826426 cacttgtgtatcataatgatatatatcattgttcaattaaaatgtgccatgtggcacatactttaaaaaaatatatcaaataaagcatct-acaaagtaa 1826328  T
Q  192 cattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     ||||||||||| |||||| |||||| | |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1826327 tattggtaggtgacacactctaattgaccaatggtatataccattggtactttaatggtacacaagtgg 1826259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 38010613 - 38010785
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||   |||| ||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||  |||    
T  38010613 atagcacttgtgtaccattatgttatataacattagccaattaaggtgtgccatgtggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaagtattta-taa 38010711  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     |||||||||||| |||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010712 agtaacattggtatgtggcacactcttattggccaatgttatataacattggtaccttaatggtacacaagtgg 38010785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 125 - 260
Target Start/End: Original strand, 39570079 - 39570214
Alignment:
Q  125 ccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaat 223  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  39570079 ccaattagaatatgtcaggtggcacaccctttaaaaaagtatatcaaataaaacattta-taaagtaacattggtaggtgacacactctaattggccaat 39570177  T
Q  224 gatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    | |||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  39570178 ggtatataccattgatactttaatgatacacaagtgg 39570214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 29990134 - 29989962
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||   |||| ||  |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||    
T  29990134 atagcacttgtgtaccattatgttatataacattagccaattaaggtgtgacatgtggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaaacattta-taa 29990036  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     |||||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29990035 agtaacattggtatgtggcacactcttattggtcaatgttatataacattgataccttaatggtacacaagtgg 29989962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 93 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 13015549 - 13015381
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatat--caaataaagcatttggtaatgta 190  Q
    |||||| ||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||  ||||| ||  |||||||  |||||||||||||||  ||||||||  ||||  ||| |||    
T  13015549 cacttgcgtatcattatgttatataacattagccaattaagatgtgacatgtggcacatactttaaaaaatatatatcaaataaaatattta-taaagta 13015451  T
Q  191 acattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13015450 acattggtatgtggcacactcttattggtcaatgttatataacattggtaccttaatggtacacaagtgg 13015381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 144 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 13086870 - 13086753
Alignment:
Q  144 tggcacaccctttaaaaaata--tatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtac 241  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||||  ||||  |||  ||||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| |||||||||    
T  13086870 tggcacacactttaaaaaatacatatcaaataaaatattta-taaaataacattggtatgtggcacactcttattggtcaatgttatataacattggtac 13086772  T
Q  242 cttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13086771 cttaatggtacacaagtgg 13086753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 112 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 42148294 - 42148201
Alignment:
Q  112 tatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaa-aaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggc 205  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  42148294 tatataccattgttcaattagaatgtgcaacgtggtacaccctttaaaaaaatatatcaaataaaacattt-ataaagtaacattggtaggtggc 42148201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 148 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 9827900 - 9827788
Alignment:
Q  148 acaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaa 246  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  ||| |||| |||||||||||| ||||| |||||| | || | |||||| ||||||||||||||    
T  9827900 acacccttaaaaaagatatatcaaataaaatattta-taaagtaatattggtaggtggtacactctaattgactaaaggtatataccattggtaccttaa 9827802  T
Q  247 tggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||    
T  9827801 tggtacacaagtgg 9827788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 93 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 10293039 - 10292893
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaac 192  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||   |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||   ||  ||||    
T  10293039 cacttgtgtaccataatgttatataacattggccaattaaggtgtgccacgtggcacaccctttaaaaaaaatatcaaataaaacactt-acaaaataac 10292941  T
Q  193 attggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggta 240  Q
    ||| ||| |||||||| | | |||||| |||| |||||| ||||||||    
T  10292940 attagtacgtggcacattcttattggccaatgttatataacattggta 10292893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 144 - 260
Target Start/End: Original strand, 13478099 - 13478216
Alignment:
Q  144 tggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtac 241  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||  ||| |||||| ||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| ||||||| |    
T  13478099 tggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaaatattta-taaagtaacaatggtatgtggcacactcttattggtcaatgttatataacattggttc 13478197  T
Q  242 cttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13478198 cttaatggtacacaagtgg 13478216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 112 - 156
Target Start/End: Original strand, 25482742 - 25482786
Alignment:
Q  112 tatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt 156  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  25482742 tatataacattgcccaattaggatgtgccacatggcacacccttt 25482786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 104 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 35341692 - 35341536
Alignment:
Q  104 cataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggt 202  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||    
T  35341692 cataatgatatatatcattgtccaattagaatgtgtcacgtggcacaccctttaaaaaagtatatcaaataaaacattta-taaagtaacattggtaggt 35341594  T
Q  203 ggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35341593 ggcacactataattggtcaatggtatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 35341536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 48250327 - 48250154
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatg--gcacaccctttaaaaaata-tatcaaataaagcatttggta 185  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |  ||    
T  48250327 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattagaatgtgacacatgtagcataccctttaaaaaaaaatatcaaataaagcatcta-ta 48250229  T
Q  186 atgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48250228 aagtaacattggtaggtggcacactctaattgaccaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 48250154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Original strand, 32694570 - 32694717
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||     
T  32694570 atagcacttgtgtactataatggtatataccattgcctaattagaatgtgtcacgtggcacaccctttaaaaaaatatatcaaataaagaattt-ataaa 32694668  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcatt 236  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||| |||||  | |||| |||||||||||    
T  32694669 gtaacattgatagatgggacactctaatttaccaatggtatatatcatt 32694717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 48072558 - 48072389
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaa-aaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||  |||     
T  48072558 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgcccaattagaatgtgccacgtggcacaccctttaaaaaaatacatcaaataaaatattt-ataaa 48072460  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     ||||||||  | |||||||||| ||||||   ||||   ||||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  48072459 ataacattgaaatgtggcacactctaattgatcaatg--gtatactattggtaccttaatagtacacaagtgg 48072389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 261
Target Start/End: Original strand, 31306868 - 31307046
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatat------caaataaagcatttg 182  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||| ||| |||   || |||      ||||||||||||||     
T  31306868 atagcatttgtgtaccataatgatatatatcattgtccaattagaatgtaccacatgacacatcctataatttatttattttcatcaaataaagcattta 31306967  T
Q  183 gtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaa-ttggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtggg 261  Q
     ||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  31306968 -taaagtaacattggtaggtagcacactttaaattggacaatgatatatatcattgatactttaatggtacacaaatggg 31307046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 105 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 40857000 - 40856943
Alignment:
Q  105 ataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa 162  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  40857000 ataatggtatatatcattgtccaattagaatgtgtcatgtggcacaccctttaaaaaa 40856943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 40856456 - 40856392
Alignment:
Q  196 ggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||| |||||| ||||||   ||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  40856456 ggtaggtgacacactctaattgatcaataatatatatcattagtaccttaatgatacataagtgg 40856392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 34392081 - 34392252
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||     
T  34392081 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattagattgtgccatgtggcacaccctttaaaaaaatatatcaaataaagcattt-ataaa 34392179  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34392180 gtaagattggtaggtggcacactctaattggccaatggtatataccattggtacctcaatggtacacaagtgg 34392252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 105 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 7381846 - 7381695
Alignment:
Q  105 ataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtgg 204  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||| |||    
T  7381846 ataatggtatatactattgcccaattaaaatgtgtcacatgacacatcctttaaaaaatatatcaaataaagaattt-ataaagtaacattggtagatgg 7381748  T
Q  205 cacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaag 257  Q
    |||||| |||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7381747 cacactctaattggccaatagtatataccattggtaccttaatggtacacaag 7381695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 89 - 246
Target Start/End: Original strand, 23863803 - 23863958
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||     
T  23863803 atagcactagtgtaccataatgatatatatcattgtccaattagaatgtgccatgtggcacaccctttaaaaatatatatcaaataaagcattt-ataaa 23863901  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaa 246  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||   ||||| ||||||||||||||    
T  23863902 gtaacattggtaggtggcacactctaattgaccaat--aatataccattggtaccttaa 23863958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 37357917 - 37358092
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaata-----tatcaaataaagcatttgg 183  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| |     ||| |||||||||||||      
T  37357917 atagcacttgtgtatcataatagtatataccattgtccaattagaatgtgtcacgtggcacatagtttaaaaaaaaaaaaatattaaataaagcattta- 37358015  T
Q  184 taatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37358016 taaagtaacattgataggtgacacactctaattagtcaatggtatatatcattggtaccttaatgatacacaagtgg 37358092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 93 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 4779752 - 4779635
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaa-aaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaa 191  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||| ||||    
T  4779752 cacttgtgtatcataatggtatataccattgtccaattagaatgtgtcacgtgacacatcctttaaaaaaatatatcaaataaagtattt-ataaagtaa 4779654  T
Q  192 cattggtaggtggcacact 210  Q
    ||||| |||| ||||||||    
T  4779653 cattgttaggcggcacact 4779635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 4775799 - 4775634
Alignment:
Q  96 ttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacat 194  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| || ||  ||| |||| ||    
T  4775799 ttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattaaattgtgccatgtggcacatcctttaaaaaaatatattaaataaaacaattaataaagtaagat 4775700  T
Q  195 tggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||| ||  ||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4775699 tggtagatgagacattctaattggccaataatatatatcattggtagcttaatggtacataagtgg 4775634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 89 - 209
Target Start/End: Original strand, 25275622 - 25275741
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    ||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||   ||     
T  25275622 atagcacttctgtatcataatggtatatatcattgtccaattagaatgtatcacgtggcacatcctttaaaaaagtatatcaaataaagtattt--aaaa 25275719  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacac 209  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  25275720 gtaacattgataggtggcacac 25275741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 157 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 21604061 - 21603959
Alignment:
Q  157 aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaa 256  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21604061 aaaaagtatatcaaataaaacattta-taaagtaacattggtaggtgatacactataattggtcaatggtatataccattggtaccttaatggtacacaa 21603963  T
Q  257 gtgg 260  Q
    ||||    
T  21603962 gtgg 21603959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 21606210 - 21606149
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcaca 150  Q
    ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21606210 atagcacttctgtatcataatggtatataccattgtccaattagaatgtgtcacgtggcaca 21606149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 217
Target Start/End: Original strand, 41095786 - 41095914
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||  ||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||  |||| ||  ||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||     
T  41095786 atagcacttaggtaccataatggtatataccattggccatttagggtgtgccatgtggcataccttttaaaaaaatctatcaaataaagcattt-ataaa 41095884  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattg 217  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  41095885 gtaacattggtaggtggtgcactctaattg 41095914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 212 - 259
Target Start/End: Original strand, 34904304 - 34904351
Alignment:
Q  212 taattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  34904304 taattagcaaatgatatataacattggtaccttaatgatacaaaagtg 34904351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 89 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 37742896 - 37742738
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37742896 atagcacttgtgtaacataatggtatataccattgcccaattataatgtgccacgtggcacactctttaaaaaaatatatcaaataaagca-ttggtaat 37742798  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaat 247  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||    
T  37742797 gtaacattggtaggtggcatactctaattgaccaatgatatataccattggtaccttaat 37742738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 93 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 44380421 - 44380254
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaa 191  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  44380421 cacttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattagaatgtgtcacgtggcacaccctttaaaaaagtatatcaaataaagcattt-ataaagtaa 44380323  T
Q  192 cattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     |||| |||||| |||||| |||||||  |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44380322 tattgataggtgacacactataattggtcaatagtatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 44380254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 86 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 33509854 - 33509684
Alignment:
Q  86 caaatagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggt 184  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |  |    
T  33509854 caaatagcacttgtgtacaataatggtatatatcattgtctaattagaatgtgccatgtggcacatcctttaaaaaaatacatcaaataaagcatcta-t 33509756  T
Q  185 aatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaa 256  Q
    || |||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  33509755 aaagtaatattggtaggtggcacactctaattggtcaatgatatatactattagtaccttaatggtacacaa 33509684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 114 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 47426496 - 47426350
Alignment:
Q  114 tataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgt 212  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||||| |||||| |    
T  47426496 tataccattgcccaattagaatgtaccatgtggcacaccctttaaaaaaatatatcaaataaagcatcta-taaagtaacattgataggtgacacactct 47426398  T
Q  213 aattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  47426397 aattggccaatggtatatactattggtaccttaatggtacacaagtgg 47426350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 47186347 - 47186175
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||   |||| ||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||  |||    
T  47186347 atagcacttgtgtaccattatgttatataacattagccaattaaggtgtgccatgtggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaagtattta-taa 47186249  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     |||||||||||| |||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47186248 agtaacattggtatgtggcacactcttattggccaatgttatataacattggtaccttaatggtacacaagtgg 47186175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 148 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 50934613 - 50934501
Alignment:
Q  148 acaccctttaaa--aaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtacctta 245  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  50934613 acaccctttaaataaaatatatcaaataatgcattta-taaagtaacattggtaagtggcacactctaattggccaatggtatataccattggtacctta 50934515  T
Q  246 atggtacacaagtg 259  Q
    ||||||||||||||    
T  50934514 atggtacacaagtg 50934501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 112 - 258
Target Start/End: Original strand, 39498693 - 39498838
Alignment:
Q  112 tatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactg 211  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||  ||||  |||  |||||| | |||||| ||||||     
T  39498693 tatatactattgctcaattagaatgtgtcacgtggcacatcctttaaaaattatattaaataaaatattta-taaaataacatcgataggtgacacactt 39498791  T
Q  212 taattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagt 258  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39498792 taattgaccaataatatatatcattggtactttaatggtacacaagt 39498838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 92 - 260
Target Start/End: Original strand, 31187072 - 31187241
Alignment:
Q  92 gcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatat--caaataaagcatttggtaatgt 189  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||   |||| ||  |||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||  ||| ||    
T  31187072 gcacttgtgtaccattatgttatataacattagccaattaaggtgtgacatgtggcacacactttaaaaaatatatatcaaataaaacattta-taaagt 31187170  T
Q  190 aacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31187171 aacattggtatgtggcacactcttattggtcaatgttatataacattggtaccttaatggtacataagtgg 31187241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 91 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 35094717 - 35094554
Alignment:
Q  91 agcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaa-aaaatatatcaaataaagcatttggtaatgt 189  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||| ||    
T  35094717 agcatttgtgtaccataatggtatgtatcattgtccaattagaatgtgtcacgtgacacatcctttaaaaaaatatatcaaataaaatattt-ataaagt 35094619  T
Q  190 aacattggtaggtggc--acactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtac 252  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| |  |||| |||||| || |||||| ||||||||||    
T  35094618 aacattggtaggtggcatactctataattagtcaatggtatataccactggtactttaatggtac 35094554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 42664845 - 42664673
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  | |||||   |||| ||  |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||    
T  42664845 atagcacttgtgtaccattatgttatataacattagctaattaaggtgtgacatgtggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaaacattta-taa 42664747  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
      ||||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  42664746 aataacattggtatgtggcacactcttattggtcaatgttatataactttggtaccttaatggtacacaagtgg 42664673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 192 - 258
Target Start/End: Original strand, 32319468 - 32319534
Alignment:
Q  192 cattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagt 258  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32319468 catttgtaggtggcacactctaattggccaatggtatataccattggtaccttaatggtacacaagt 32319534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 260
Target Start/End: Original strand, 10179868 - 10179934
Alignment:
Q  194 ttggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10179868 ttggtaggtggcacactctaattgaccaatggtatataccattggtactttaatggtacacaagtgg 10179934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17466437 - 17466296
Alignment:
Q  96 ttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacat 194  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||||  || ||||| ||||  || ||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||  ||| |||||||    
T  17466437 ttgtgtaccgtaatggtatataccattgctcagttagattgtggtacgtggcataccctttaaaaaaatatatcaactaaatcattta-taaagtaacat 17466339  T
Q  195 tggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattg 237  Q
    || |||||| |||||| |||||| | ||||||||||| |||||    
T  17466338 tgataggtgacacactctaattgaccaatgatatataccattg 17466296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 34029290 - 34029462
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  |||||||   ||||  |  || ||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||    
T  34029290 atagcacttgtgtaccattatgttatataacattagccaattaaggtgtgatatgtgacacacactttaaaaaacatatatcaaataaaacattta-taa 34029388  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     |||||||| ||| |||||||||| | ||||   |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34029389 agtaacattagtatgtggcacactcttattgatcaatgttatataacattggtaccttaatggtaaacaagtgg 34029462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 194 - 260
Target Start/End: Original strand, 10018671 - 10018737
Alignment:
Q  194 ttggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10018671 ttggtaggtggcacacttttattgaccaatggtatataacattggtactttaatggtacacaagtgg 10018737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 260
Target Start/End: Original strand, 10123211 - 10123277
Alignment:
Q  194 ttggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10123211 ttggtaggtggcacacttttattgaccattgatatataacattgatactttaatggtacacaagtgg 10123277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 19619269 - 19619217
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtca 141  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  19619269 atagcacatgtgtaccataatggtatataccattgcccaattaaaatgtgtca 19619217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 12473875 - 12473704
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||     
T  12473875 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgctcaattagaatgtgtcatgtgccacaccctttaaaaaaatatatcaaataaagcatcta-taaa 12473777  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12473776 gtaacattggtaggtggcacactctaattggccaatggtatataccattggtaccttaatggtatacaagtgg 12473704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 12528284 - 12528113
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||     
T  12528284 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgctcaattagaatgtgtcatgtgccacaccctttaaaaaaatatatcaaataaagcatcta-taaa 12528186  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12528185 gtaacattggtaggtggcacactctaattggccaatggtatataccattggtaccttaatggtatacaagtgg 12528113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 93 - 260
Target Start/End: Original strand, 35869575 - 35869742
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaa 191  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||  ||||    
T  35869575 cacttgtctaccataatggtatataccattgttcaattagaatgtgtcacgtggcacaccctttaaaaaagtatatcaaataaaacattt-atatagtaa 35869673  T
Q  192 cattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35869674 cattggtaggtggcacattataattggtcaatggtatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 35869742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 93 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 51812081 - 51811914
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaa-aaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaa 191  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||  ||| ||||    
T  51812081 cacttgtatatcataatggtatataccattatccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaaatatatcaaaaaaaaaattt-ataaagtaa 51811983  T
Q  192 cattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  51811982 cattggtaggtggcatactctaattggccaataatatatatctttgataccttaatggtacacgagtgg 51811914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 104 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 21260950 - 21260794
Alignment:
Q  104 cataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggt 202  Q
    ||||||| |||||| ||||  |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||    
T  21260950 cataatggtatataacattacccaattagaatgtgccatgtggcacaccctttaaaaaaatatatcaaataaaacattta-taaagtaacattggtaggt 21260852  T
Q  203 ggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  21260851 gacacactctaattggccaatgatatatatcattggtaccttaatggtatataagtgg 21260794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 97 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 22343500 - 22343337
Alignment:
Q  97 tgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaa-aatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacatt 195  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  22343500 tgtgtaccataatggtatatatcattgttcaattagaatgtgtcatgtggcacatcctttaaaataatatatcaaataaagcattta-taaagtaacatt 22343402  T
Q  196 ggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    | ||| || |||||| |||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22343401 gatagatgacacactctaattggtcaatgatatataccattgataccttaatggtacacaagtgg 22343337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 109 - 259
Target Start/End: Original strand, 33249394 - 33249544
Alignment:
Q  109 tgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcac 207  Q
    ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||    
T  33249394 tgatatatatcattgctcaattagattgtgccatgtggcacaccctttaaaaatatatatcaaataaagcattta-taaagtaacattggtaggtgacac 33249492  T
Q  208 actgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    ||| |||||||| |||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  33249493 actctaattggccaattgtatataccatttgtaccttaatggtacacaagtg 33249544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 55590642 - 55590482
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||                
T  55590642 atagcacttgcgtaccataatggtatattccattgcccaattagaatgtgtcacgtggcacatcctttaaaaaagtatatcaaataaa------------ 55590555  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55590554 gtaacattggtaggtgacacactataattgatcaatgatatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 55590482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 52012950 - 52012778
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  | |||||   |||| ||  |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||    
T  52012950 atagcacttgtgtaccattatgttatataacattagctaattaaggtgtgacatgtggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaaacattta-taa 52012852  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     |||||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52012851 agtaacattggtatgtggcacacttttattggtcaatgttatataacattggtaccttaatggtacacaagtgg 52012778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 89 - 259
Target Start/End: Original strand, 52910050 - 52910219
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatg 188  Q
    ||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||  |||||||  |||| ||| ||||| ||| |||||    | |||||||||||||||||  ||| |    
T  52910050 atagcacttatgtaccattatggtatataccattgatcaattagggtgtgccacgtggcataccttttaatttttttatcaaataaagcattta-taaag 52910148  T
Q  189 taacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  52910149 taatattggtaggtggcacactttaattggccaatggtatataacattggtaccattatggtacacaagtg 52910219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 188 - 259
Target Start/End: Original strand, 34829182 - 34829253
Alignment:
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  34829182 gtaacattggtaggtgacacactttaattggccattgatatatatcattggtaccttaatagtacataagtg 34829253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 9799362 - 9799534
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  | |||||   |||| ||  || ||||| ||||||||||  ||||| ||||||| |||||  |||    
T  9799362 atagcacttgtgtaccattatgttatataacattagctaattaaggtgtgacatgtgacacacactttaaaaaacatatattaaataaaacattta-taa 9799460  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
     |||||||||||| |||||||| | |  ||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9799461 agtaacattggtatgtggcacattcttgttggtcaatgttatataacattggtaccttaatggtatacaagtgg 9799534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 1796717 - 1796648
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa 162  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||| || |||| |||||||||||    
T  1796717 cacttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattaaattgtgccacgtgacacatcctttaaaaaa 1796648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 49998541 - 49998486
Alignment:
Q  201 gtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaa 256  Q
    |||||||||  |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  49998541 gtggcacaccctaattggccaatgatatataatattggtaccttaatggtacacaa 49998486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 259
Target Start/End: Original strand, 49999662 - 49999758
Alignment:
Q  162 atatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||| ||| |||||| |||||| | ||||| | ||| |||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  49999662 atatatcaaataaagcattta-taaaataacattggtatgtgacacactctaattgaccaatgacacataacattagtatcttgatggtacacaagtg 49999758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 35781076 - 35781021
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggca 148  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  35781076 cacttgcgtaccataatggtatataccattgcccaattagaatgtgccacgtggca 35781021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 106 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 53593805 - 53593731
Alignment:
Q  106 taatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacc---ctttaaaaaatatatcaaataaagc 177  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||| |||||||||    ||||||||| | ||||||||||||    
T  53593805 taatgatatataacattagccaattagaatgtgccacgtggcacaccttgttttaaaaaaaaaatcaaataaagc 53593731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 93 - 260
Target Start/End: Original strand, 41179567 - 41179734
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaatgtaa 191  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||| ||||||| |||||  ||| ||||    
T  41179567 cacttgtgtaccataatggtatataccattgcccaattagaatgtgccatgtggcacatccattaaaaaaatatattaaataaaacattta-taaagtaa 41179665  T
Q  192 cattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41179666 catcggtaggtgacacactttaattggccaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 41179734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 24337830 - 24338001
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||     
T  24337830 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattagaatgtgctatgtggcacaccctttaaaaatatatatcaaataaagcatct-ataaa 24337928  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| |  ||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  24337929 gtaacattggtagatggcacactctaattgaccgatggtatataccattgctaccttaatagtacacaagtgg 24338001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 11254028 - 11254198
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||     
T  11254028 atagcatttgtgtaccataatggtatataccattgctcagttagaatgtgtcacgtggcacaccctttaaaaatgtatatcaaataaaacattt-ataaa 11254126  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||| |||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  11254127 gtaacattggtaggtggtatactataa-tggtcaatgatatatatcattggtaatttaatggtacacaagtgg 11254198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 115 - 252
Target Start/End: Original strand, 4708333 - 4708470
Alignment:
Q  115 ataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgta 213  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||| |||||| ||    
T  4708333 ataccattgcctaattagaatgtgccacgtggcacaccctttaaaaatatatatcaaataaaacattta-taaagtaacattggtaggtgacacacttta 4708431  T
Q  214 attggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtac 252  Q
    ||||||  |||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  4708432 attggcgcatgatatatgccattggtaccttagtggtac 4708470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 97 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18168549 - 18168392
Alignment:
Q  97 tgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacat 194  Q
    |||||| ||||||| ||||||  |||  | ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||| |||| ||    
T  18168549 tgtgtaccataatggtatatattattacctaattagattgtgtcacgtggcacatcctttaaaaaaaatatatcaaataaagtattta-taaagtaagat 18168451  T
Q  195 tggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtaca 253  Q
    |||||||||| ||||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18168450 tggtaggtgggacactctaattgatcaatgatatataccattggtaccttaatggtaca 18168392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 97 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18632106 - 18631949
Alignment:
Q  97 tgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaatgtaacat 194  Q
    |||||| ||||||| ||||||  |||  | ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||| |||| ||    
T  18632106 tgtgtaccataatggtatatattattacctaattagattgtgtcacgtggcacatcctttaaaaaaaatatatcaaataaagtattta-taaagtaagat 18632008  T
Q  195 tggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtaca 253  Q
    |||||||||| ||||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18632007 tggtaggtgggacactctaattgatcaatgatatataccattggtaccttaatggtaca 18631949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 1514905 - 1514803
Alignment:
Q  157 aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaa 256  Q
    |||| |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||| |||| ||||| | ||||   |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1514905 aaaatatatatcaaataaaacattta-taaagtaacattggtatgtggtacactcttattgatcaatgttatataacattggtaccttaatggtacacaa 1514807  T
Q  257 gtgg 260  Q
    ||||    
T  1514806 gtgg 1514803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 34363 - 34194
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatg 188  Q
    |||||| ||||||| ||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| |    
T  34363 atagcatttgtgtaccataagg-tatataacattatccaattagaatgtgtcacgtgacacaccctttaaaaaatatatcaaataaaatattta-taaag 34266  T
Q  189 taacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34265 taatattggtaagtggcacactctaattggccaataatatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 34194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 93 - 259
Target Start/End: Original strand, 1211848 - 1212014
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaa 191  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||| ||||    
T  1211848 cacttgtgtaccataatggtatataccattgccccattagaatgtgccacgtggcacaccctttaaaaaaatatatcaaataaagca-tcgataaagtaa 1211946  T
Q  192 cattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    |||||  |||||||||||  ||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1211947 cattgaaaggtggcacacactaattagccaatggtatataccattggtaccttaatggtacacaagtg 1212014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 5403876 - 5404047
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||  || |||||| ||||||||||||||||||| ||| |  |||     
T  5403876 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattagaatgtgtcatgtgatacgccctttaaaaaaatatatcaaataaaacatct-ataaa 5403974  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5403975 gtaacattggtaggtggcagactctaactgaccaataatatataccattagtaccttaatggtacacaagtgg 5404047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Original strand, 32644838 - 32645007
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacacccttt-aaaaaatatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||     
T  32644838 atagcacttgtgta-cataatggtatataccattgttcaattagattgtatcatgtggcacaccctttaaaaaaatataacaaataaagtattt--taaa 32644934  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||| ||||||| |||||  |||||||| |||||||||||  || | || |||||||||||||| ||||    
T  32644935 gtaacatttgtaggtgacacaccttaattggccaatgatatatactatcgatatcttaatggtacacaggtgg 32645007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 93 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 34245735 - 34245567
Alignment:
Q  93 cacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaaa--tatatcaaataaagcatttggtaatgta 190  Q
    |||||||||| ||| ||  |||||| ||||  |||||||   |||||||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||| |||    
T  34245735 cacttgtgtaccattatattatataacattagccaattaaggtgtgtcatgtggcacacactttaaaaaacatatatcaaataaagtattta-taaagta 34245637  T
Q  191 acattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  34245636 acattggtacgtggcacacttttattggtcaatgttatataacattaataccttaatggtacacaagtgg 34245567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 195 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 11753232 - 11753167
Alignment:
Q  195 tggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11753232 tggtaggtgggacactctaattggccgatggtatataccattggtaccttaatggtacacaagtgg 11753167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 89 - 133
Target Start/End: Original strand, 10503259 - 10503303
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattaga 133  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10503259 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgtccaattaga 10503303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 11113628 - 11113557
Alignment:
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| | ||| |  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11113628 gtaacattagtatgtgacacactcttattagtcaatgttatatagcattggtaccttaatggtacacaagtg 11113557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 159
Target Start/End: Original strand, 26526385 - 26526439
Alignment:
Q  105 ataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaa 159  Q
    |||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  26526385 ataatggtatctactattgttcaattagaatgtgtcacgtgacacaccctttaaa 26526439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0229 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0229
Description:

Target: scaffold0229; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 89 - 259
Target Start/End: Original strand, 13005 - 13176
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcaca-ccctttaaaaaa-tatatcaaataaagcatttggtaa 186  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  | |||    
T  13005 atagcacttgtgtaccataatggtatataccattgccccattagaatgtgccacgtggcacaaccctttaaaaaaatatatcaaataaagcatc-gataa 13103  T
Q  187 tgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtg 259  Q
     |||||||||  |||||||||||  ||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13104 agtaacattgaaaggtggcacacactaattagccaatggtatataccattggtaccttaatggtacacaagtg 13176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0519 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0519
Description:

Target: scaffold0519; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 89 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 11365 - 11195
Alignment:
Q  89 atagcacttgtgtaacataatgatatataccattgtccaattagaatgtgtcacatggcacaccctttaaaaa-atatatcaaataaagcatttggtaat 187  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||     
T  11365 atagcatttgtgtaccataatggtatataccattgctcagttagaatgtgtcacgtggcacaccctttaaaaatgtatatcaaataaaacattt-ataaa 11267  T
Q  188 gtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtacacaagtgg 260  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||| |||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  11266 gtaacattggtaggtggtatactataa-tggtcaatgatatatatcattggtaatttaatggtacacaagtgg 11195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 259
Target Start/End: Original strand, 23165 - 23263
Alignment:
Q  154 tttaaaaaatatatcaaataaagcatttggtaatgtaacattggtaggtggcacactgtaattggcaaatgatatatatcattggtaccttaatggtaca 253  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||  ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||    
T  23165 tttaaaaaatatatcaaataaaatattta-taaagtaaaattggtaggtggcacactctaattggccaatgatatatc------gtaccttaatggtaca 23257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University