View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2087_low_7 (Length: 492)

Name: NF2087_low_7
Description: NF2087
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2087_low_7
NF2087_low_7
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (20-492)||(23036168-23036640)
chr3 (20-474)||(23039039-23039493)
chr3 (20-486)||(23145918-23146384)
chr3 (30-448)||(23024280-23024698)
chr3 (20-480)||(23032712-23033157)
chr3 (20-448)||(23148756-23149184)
chr3 (30-465)||(23140054-23140489)
chr3 (30-458)||(23017070-23017498)
chr3 (22-206)||(22946404-22946588)
chr3 (20-233)||(22971949-22972162)
chr3 (30-229)||(22831843-22832042)
chr3 (94-229)||(22941367-22941502)
chr3 (77-152)||(22916741-22916816)
chr3 (331-435)||(22832145-22832249)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-455)||(21779811-21780246)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (20-459)||(6317-6756)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (20-453)||(15885531-15885964)
chr1 (20-436)||(12609903-12610319)
chr1 (20-450)||(12636999-12637426)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (30-450)||(62161-62581)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (30-229)||(5594023-5594222)
chr8 (343-400)||(23610538-23610595)
chr8 (331-435)||(5593816-5593920)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 492
Target Start/End: Original strand, 23036168 - 23036640
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036168 ttcttccggcaccaaaaggaatgtactcaaagttactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 23036267  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036268 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 23036367  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036368 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagttcgttgatacaattctcttcgacccttcctt 23036467  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036468 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 23036567  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcagtaagttcaagcaaatccaagaatgtttaagg 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23036568 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcagtaagttcaagcaaatccaagaatctttaagg 23036640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 20 - 474
Target Start/End: Original strand, 23039039 - 23039493
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  23039039 ttcttccggcaccaaaaggaatgtactcataattacttcctttatagtcaatggcgctgtcaaggaatctctctggataaaatctctccggctcagtcca 23039138  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||| ||||||    
T  23039139 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatctcacatgtttgacgacattctctt 23039238  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  23039239 ggcagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacaactgacttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctt 23039338  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23039339 tcattttgaaaacctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccagtctatggtgcttgctgatgt 23039438  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcagtaagttcaagcaa 474  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  23039439 ctcacctccagcaccaaaaacgtcctgaaaagtagctatcaataaggtcaagcaa 23039493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 20 - 486
Target Start/End: Original strand, 23145918 - 23146384
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23145918 ttcttccagcaccaaaaggaatgtactcaaagttactccctttatagtcaatatcgctgtcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 23146017  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |   |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||| |||||     
T  23146018 gtagtttggatctcttgcaactgcccaagcattgactaacaccttagtcttaatcggtatgtgataaccatttatatcacattcttgactacattctctc 23146117  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  23146118 ggtaacaaaagaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctt 23146217  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23146218 tcattttgaaaacctctctcacctcatcttgtgctttcttcatgattcttggatcctttaccaattctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 23146317  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcagtaagttcaagcaaatccaagaatgt 486  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||    
T  23146318 ctcacctccagcagcaaaaatgtcctgtaaagtagctatcaataaggttaagctaatccaagaatgt 23146384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 30 - 448
Target Start/End: Original strand, 23024280 - 23024698
Alignment:
Q  30 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 129  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  23024280 accaaaaggaatatactcaaagttactccctttatagtcaatatcactatcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcggtccagtaatttgga 23024379  T
Q  130 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | | |||||| ||||| | || |||| |||||| | ||||  ||||| |||| |||| ||||| ||||  ||||    
T  23024380 tctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttagtcttagttggaatgtcataaccgtctatcttacatgattgagcacattctctcggtattaaaa 23024479  T
Q  230 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 329  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  23024480 gtggtgccggagggtgtaacctcagggtttctttgacaattgatttcaaataattaagttcattgatacaattctcttcaacccttcctttcatattgaa 23024579  T
Q  330 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 429  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23024580 aatctctcgcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattctttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 23024679  T
Q  430 gcaccaaaaatgtcctgaa 448  Q
    |||||||||||||||||||    
T  23024680 gcaccaaaaatgtcctgaa 23024698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 20 - 480
Target Start/End: Original strand, 23032712 - 23033157
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||    
T  23032712 ttcttccggcaccaaagggaatgtactcaaaattacttcctttatagtcaatagcgctgtcgatgaatctctc---------------tggttcagtcca 23032796  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||    
T  23032797 gtagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttacttttaattggtatgtgataaccatttatctcacatgcttgaccgcattctctt 23032896  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    |||||||||||||||  || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |  |||  |||| || || ||| ||||||    
T  23032897 ggtagcaaaagaggtactgtagggtggaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagatcggggatgtaattttcatcaacctttcctt 23032996  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23032997 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcgttgatctcttatcatttctgtcatcgcccaatctatggtgcttgctgatgt 23033096  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcagtaagttcaagcaaatccaa 480  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  23033097 ctcgcctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcaataaggtcaaccaaatccaa 23033157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 20 - 448
Target Start/End: Original strand, 23148756 - 23149184
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23148756 ttcttccggcaccaaaaggaatgtactcgaagttactccctttatagtcaatatcgctttcaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 23148855  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| | || ||| ||||||| || |||||||||||||||||  |||| ||||||  ||| |||||     
T  23148856 gtagtttgaatctcttgcaattgcccaagcattgattatcactttagtcttaatcggaatgtgataaccatttatatcacacgcttgactacattctctc 23148955  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||| ||| | |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||| ||||||    
T  23148956 ggtaacaaaagaggtgccggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacctttcctt 23149055  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23149056 tcattttgaaaacctctctcacctcatcttgtgctttcttcattattcttggatcctttaccatctctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 23149155  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaa 448  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23149156 ctcgcctccagcaccaaaaatgtcctgaa 23149184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 30 - 465
Target Start/End: Original strand, 23140054 - 23140489
Alignment:
Q  30 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 129  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | |  | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23140054 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 23140153  T
Q  130 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 229  Q
    ||||| || |||||||| ||||| |     |||||| ||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23140154 tctctcgcgattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaaatggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 23140253  T
Q  230 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 329  Q
    ||||    |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||| | |||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  23140254 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgacgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23140353  T
Q  330 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 429  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140354 aacctctctcacctcatcttgcactttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 23140453  T
Q  430 gcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcagtaag 465  Q
    ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||    
T  23140454 gcaccaaaaatgtcctgaacaataactatcactaag 23140489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 30 - 458
Target Start/End: Original strand, 23017070 - 23017498
Alignment:
Q  30 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 129  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23017070 accaaaaggaatgtattcgaagttactccctttatagtcaataccgttgtcaatgaatctctctggataaaacttctctggttcagtccagtagtttgga 23017169  T
Q  130 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 229  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| | |||||| ||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  23017170 tctcttgcgattgcccaagcattaattatcaccttagtcttaactggtatgtgataaccatgtatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaa 23017269  T
Q  230 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 329  Q
    |||||  || ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||  || || || || || || |||| |||||||||||| |     
T  23017270 gaggtactgaaggatgtaatctaagggtttctttgacaactgatttcagataactgagttcatttatgcatttttcatcaacccgtcctttcatttttat 23017369  T
Q  330 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 429  Q
    ||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23017370 aacatccctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggattccttatcatttctatcattgcccaatctgtggtgcttgctgatgtctcacctcca 23017469  T
Q  430 gcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctat 458  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||    
T  23017470 ccaccgaaaatgtcctgaaaagtagctat 23017498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 206
Target Start/End: Original strand, 22946404 - 22946588
Alignment:
Q  22 cttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagt 121  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||  | |||||| | |||| ||  || || || ||||| || ||||||||  | ||||| |||||||| |    
T  22946404 cttccggcaccaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaacagaactatcaataaatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaat 22946503  T
Q  122 aatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttg 206  Q
    | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||| || || ||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  22946504 attttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctactattgattggtatgtgataaccatcaatctcacatgcttg 22946588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 20 - 233
Target Start/End: Original strand, 22971949 - 22972162
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||||||  | |||||| | |||| ||  || || || ||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||    
T  22971949 ttcttccagcaccaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaagagaactatcaataaatctttcaggataaaacttatctggatcagtcca 22972048  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
     || |||||||| ||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||| || || ||||||||||||||||  ||| |||| |||||  ||||| | |||    
T  22972049 atattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctacttttgattggtatgtgataaccatcaatctcacaagcttgtccacacaccctt 22972148  T
Q  220 ggtagcaaaagagg 233  Q
    ||||  ||||||||    
T  22972149 ggtactaaaagagg 22972162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 229
Target Start/End: Original strand, 22831843 - 22832042
Alignment:
Q  30 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | || || ||||| | |   || || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||   ||| | |||||||    
T  22831843 accaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaactatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtcccaatgatttgga 22831942  T
Q  130 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 229  Q
    |||||| |||| ||||||||||| | | | || || || |||| |||||| | ||| ||||||||| |||||||||   |||| |||||||| |||||||    
T  22831943 tctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctcttggaagcaaaa 22832042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22941502 - 22941367
Alignment:
Q  94 ggataaaatctctctggttcagtccagtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccattta 193  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||| | | | || || || |||| |||||| | ||| |||||||    
T  22941502 ggataaaatctctctgggtcatcccaatgatttggatctcttccaatggcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccattta 22941403  T
Q  194 tcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 229  Q
    |  ||||||||||  |||| |||||||| |||||||    
T  22941402 tttcacatgcttgtccacattctcttggaagcaaaa 22941367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 22916816 - 22916741
Alignment:
Q  77 tgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatt 152  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| ||||| |||  ||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  22916816 tgtcgatgaacctttcaggataaaatctttctggatcatcccaattatttggatctcttccaatggcccaagcatt 22916741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 331 - 435
Target Start/End: Original strand, 22832145 - 22832249
Alignment:
Q  331 acctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccag 430  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| | |||||  | | ||| |||||||| |||||   ||||||  | ||||||||||||| ||||     
T  22832145 acctctcttacctcagcttgtactttctccattattttgggatttttaatcatctctgccatcgcccatgttatggttgtagctgatgtctcacttccac 22832244  T
Q  431 cacca 435  Q
    |||||    
T  22832245 cacca 22832249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 455
Target Start/End: Original strand, 21779811 - 21780246
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  21779811 ttcttccggcaccaaatggaatgtactcaaaattactccctttaaagtcaatatcgctatcgatgaatctctctggataaaacatctctggttcagtcca 21779910  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||||||  ||| |||||     
T  21779911 gtagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttagtcttaatcggaatgtggtaaccatttatatcacatgcttgactacattctctc 21780010  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  21780011 ggtaacaaaagaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactgatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctt 21780110  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21780111 tcattttgaaaacttctctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggatcccttaccatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 21780210  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagc 455  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21780211 ctcacctccagcaccaaacatgtcctgaaaagtagc 21780246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 6756 - 6317
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  6756 ttcttccagcaccaaaaggaatgtactcaaaattaccccctttatagtcaatagtgctgtcagtgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 6657  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||    
T  6656 gaagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttactcctaaacggtatgttataaccatttatctcacatgctttaccacattctctt 6557  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| || || ||| |||| |    
T  6556 ggtagcaaaagaggtgctggagggtgtaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagtttgctaatgtaattttcatcaacctttccat 6457  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    ||| | | ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6456 tcaatgtaaaaacttctcgcacctcagcttgtgctttcatcattattcttggctcccttatcatttctgccattgcccaatctatggtggttgctgatgt 6357  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatc 459  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6356 atcacctccagcaccaaaaatgtcctaaaaagtagctatc 6317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 126; Significance: 9e-65; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 15885964 - 15885531
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||  | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  15885964 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 15885865  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
     || |||||||||||| |||| ||||| ||||| | | | ||||| || ||  | ||||| ||||||||||  ||| ||||||||||  |||| ||||||    
T  15885864 atactttggatctcttccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttggttggtatatgataaccatcaatctcacatgcttgttcacattctctt 15885765  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    || || |||||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| ||||||||| |||| |  || ||| | |||||  | ||  ||||||    
T  15885764 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaataagtgagctcattaatatagttctcaccaacaattcctt 15885665  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    |  | ||||| |  ||||| || ||| |||||||||||||||| | ||||  || ||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |    |||||    
T  15885664 ttgtgttgaacatttctcttacttcatcttgtgctttcttcatcactctttcatcccttaccaactctgccattgcccaaactatggtggtactcgatgt 15885565  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaagta 453  Q
     || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15885564 atctcctccagcaccaaacatgtcctgaaaagta 15885531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 436
Target Start/End: Original strand, 12609903 - 12610319
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  12609903 ttcttccagcaccaaagggaatgtactcaaaattattccctttgtagtcaatagagctaccgatgaatctctccggataaaacttctctggttcagtcca 12610002  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| | | | ||||| || || || |||||  |||| ||||  ||| ||||||||||  |||| ||||||    
T  12610003 gtactttggatctcttccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttgattggtatacgatacccatcaatctcacatgcttgtccacattctctt 12610102  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
    || || ||||||||   |||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||| || |||||| ||||||  || |||||||| ||||| ||  ||||||    
T  12610103 ggaagtaaaagaggacctggaggatgtaaccttaaggtctctttcacaactgactttaaataagtgagttcatttatacaattttcttcaacatttcctt 12610202  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    |||| ||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||  || ||||||||  |||| |||||||||| |||| ||    ||||||||    
T  12610203 tcatgttgaatatatctcttacctcatcttgtgctttcttcatcactcttttatcccttaccaactctgacattgcccaaactatagtagaagctgatgt 12610302  T
Q  420 ctcacctccagcaccaa 436  Q
     ||||||||||||||||    
T  12610303 atcacctccagcaccaa 12610319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 450
Target Start/End: Original strand, 12636999 - 12637426
Alignment:
Q  20 ttcttccggaaccaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 119  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||  | ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  12636999 ttcttcctgcaccaaaaggaatgtactcaaaattatttcctttgtagtcaatagagctaccaatgaatctctctggatgaaacctctctggttcagtcca 12637098  T
Q  120 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 219  Q
    ||| |||||||||||  |||||| ||| ||||||| | | |||||||| ||    ||||| ||||| || |  ||  ||||||||||  |||| |||||     
T  12637099 gtactttggatctctaccaattgtccatgcatttactatcaccttacttttggctggtatatgatacccttcaatttcacatgcttgtccacattctct- 12637197  T
Q  220 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctt 319  Q
       || |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || ||| | ||||||||   |||||  || ||| | || ||  | ||  ||||||    
T  12637198 --aagtaaaagaggagttggagggtgtaaccttagagtctctttcactactaacttcaaatattcgagttcatttatatagttttcaccaacagttcctt 12637295  T
Q  320 tcattttgaaaacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgt 419  Q
    || | ||||| |  | |||||| |||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||| |  ||||||||||||||| |||||||  | | ||||||    
T  12637296 tcttgttgaatatttttctcacttcatattgtgctttcttcatcactcttggatcccttactaactctgccattgcccaaactatggtagtggatgatgt 12637395  T
Q  420 ctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaaaa 450  Q
     ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  12637396 ttcacctccagcaccaatgatgtcctgaaaa 12637426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 450
Target Start/End: Original strand, 62161 - 62581
Alignment:
Q  30 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 129  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||  ||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||    
T  62161 accaaaaggaatgtactcgaaattattcccgttgtagtcaatagaactaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttccgtccagtaccttgga 62260  T
Q  130 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 229  Q
    |||||| | |||||||| ||||| | | | | |||  | || || ||||| ||||| ||||  ||| |||||||||    ||| |||||||| || ||||    
T  62261 tctcttccgattgcccatgcattaactatcagctttgttttcattggtatatgatacccatcaatctcacatgcttctctacattctcttggaagtaaaa 62360  T
Q  230 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 329  Q
    |||    ||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||  ||  ||||||  |  |||||| | || || |    ||| ||||| ||| |    
T  62361 gagcacctggggggtgtaacctcagggtctctttcacaattgacttcacgtatttgagttcatgcatacaactttcatcaaaagctcccttcatgttgta 62460  T
Q  330 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 429  Q
     |  |||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||  |||||||  ||||||||||||||| ||| | |    |||||||| |||||||||    
T  62461 tatttctctcacttcatcttgtgctttcttcatcactcttggatctcttaccaactctgccattgcccaaactacgctcaaagctgatgtatcacctcca 62560  T
Q  430 gcaccaaaaatgtcctgaaaa 450  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  62561 gcaccaaacatgtcctgaaaa 62581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 5594222 - 5594023
Alignment:
Q  30 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | || || ||||| | |   || || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||   ||| | |||||||    
T  5594222 accaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaactatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtcccaatgatttgga 5594123  T
Q  130 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 229  Q
    |||||| |||| ||||||||||| | | | || || || |||| |||||| | ||| ||||||||| |||||||||   |||| |||||||| |||||||    
T  5594122 tctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctcttggaagcaaaa 5594023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 343 - 400
Target Start/End: Original strand, 23610538 - 23610595
Alignment:
Q  343 tcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaat 400  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||| | ||| ||| || |||||||||||||    
T  23610538 tcagcttgtgctttcttcaaaattcttggatcctttatcatctcagccattgcccaat 23610595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 331 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5593920 - 5593816
Alignment:
Q  331 acctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccag 430  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| | |||||  | | ||| |||||||| |||||   ||||||  | ||||||||||||| ||||     
T  5593920 acctctcttacctcagcttgtactttctccattattttgggatttttaatcatctctgccatcgcccatgttatggttgtagctgatgtctcacttccac 5593821  T
Q  431 cacca 435  Q
    |||||    
T  5593820 cacca 5593816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University