View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20882_high_3 (Length: 578)

Name: NF20882_high_3
Description: NF20882
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20882_high_3
NF20882_high_3
[»] chr3 (30 HSPs)
chr3 (37-578)||(10262646-10263184)
chr3 (37-578)||(10582558-10583094)
chr3 (20-578)||(10197621-10198176)
chr3 (30-578)||(10373421-10373966)
chr3 (43-578)||(10431633-10432165)
chr3 (20-578)||(10090738-10091294)
chr3 (31-578)||(10519433-10519974)
chr3 (18-578)||(10128873-10129427)
chr3 (18-565)||(9840819-9841360)
chr3 (18-578)||(10361368-10361922)
chr3 (37-578)||(10033948-10034486)
chr3 (37-578)||(9851687-9852222)
chr3 (37-578)||(11779568-11780103)
chr3 (20-578)||(11771182-11771734)
chr3 (37-291)||(10665698-10665949)
chr3 (36-509)||(10502600-10503066)
chr3 (37-385)||(13853047-13853392)
chr3 (385-578)||(10665474-10665658)
chr3 (384-578)||(10079358-10079549)
chr3 (384-578)||(10186328-10186519)
chr3 (115-270)||(10967364-10967519)
chr3 (119-239)||(11244188-11244308)
chr3 (114-271)||(13397732-13397889)
chr3 (45-295)||(10530892-10531136)
chr3 (45-150)||(10679833-10679935)
chr3 (445-514)||(11129020-11129089)
chr3 (122-167)||(11230092-11230137)
chr3 (442-514)||(10530659-10530731)
chr3 (476-528)||(13162975-13163027)
chr3 (476-528)||(13334899-13334951)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (37-578)||(55188-55723)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (114-532)||(26908882-26909297)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (98-284)||(17850570-17850756)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (42-519)||(11487042-11487507)
chr8 (442-512)||(44955662-44955732)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (474-521)||(827895-827942)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (476-528)||(143961-144013)
scaffold0002 (476-528)||(152266-152318)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10263184 - 10262646
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||   | | ||| || |    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10263184 aagtgtttggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg---aatcacagctacgatttaactcaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 10263088  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10263087 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaag 10262988  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 336  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262987 gaagagaactgagtttcaagtgtgttagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 10262888  T
Q  337 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgttt 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262887 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgttt 10262788  T
Q  437 ggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgta 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||  ||||||||| |||    
T  10262787 ggctctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaagtttgctaggcaaatgttcccttagttctggacaattatgta 10262688  T
Q  537 acttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    ||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||    
T  10262687 actccatagctctaagtcgaggaaaagaaagttttatgcctt 10262646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 37 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10583094 - 10582558
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | ||| || |   | || | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10583094 aagtgttcggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---aatcacagctacgatagaactaaagactcacaagtgatgtgtagttgctc 10582998  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10582997 cacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcgatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaag 10582898  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 336  Q
     |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |     || ||| | ||||||||    
T  10582897 aaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacagctaataggttaacgcagtttgccatcactgcatcttgcat 10582798  T
Q  337 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttcttt-actgacgacaaccaatgcaaagtgtt 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||      
T  10582797 catacacggagaatcactctcaagcaataacaattgggtcctttcaccaagcccatcaatcttaatttttttttattgacgacaaccaatgcaaagtg-- 10582700  T
Q  436 tggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgt 535  Q
     |||||||||||||||||||||  ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582699 -ggctctgtttccaatagatgaacacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgt 10582601  T
Q  536 aacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10582600 aacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattgtatgcctt 10582558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10198176 - 10197621
Alignment:
Q  20 ctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaa 119  Q
    |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    ||| ||    | ||||| ||| |||||||    
T  10198176 ctacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatc---acagctatgacttaaataaagtctcacaa 10198080  T
Q  120 gtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgaggg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10198079 gtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgaggg 10197980  T
Q  220 aaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacga 319  Q
     ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||| | |||||||| |||| |||| |  |||    
T  10197979 taatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcga 10197880  T
Q  320 ataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgaca 419  Q
    || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10197879 atcactacatcttccatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcctttcaccaaacccatcgatattaattttctttactgacgaca 10197780  T
Q  420 accaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttag 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  10197779 accaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttag 10197680  T
Q  520 tttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    ||   ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10197679 ttctcgacaattacgtaactccatagctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgcctt 10197621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 30 - 578
Target Start/End: Original strand, 10373421 - 10373966
Alignment:
Q  30 gtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgta 129  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||   | | ||| || |   |||||| ||| | |||||||||||||||    
T  10373421 gtatcataagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatataagtg---aatcacagctacgatataaataaagccacacaagtgatgtgta 10373517  T
Q  130 attgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtg 229  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||  | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373518 attgctccacatttcaagaggaaggaaggataaattctcacagtatctaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtg 10373617  T
Q  230 agagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactactt 329  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373618 agagaagaaagagaatcgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactactt 10373717  T
Q  330 cttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcca---tcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatg 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||   |||||||||| |||||| ||||  |||| ||| |||||||||||    
T  10373718 cttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacagttgggaactttcactctcaagcccattgatattcatttcttttattgaagacaaccaatg 10373817  T
Q  427 caaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttggga 526  Q
    || |||   |||   ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||||||  |||    
T  10373818 cagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctgga 10373914  T
Q  527 caattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    |||||||||||||  |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10373915 caattacgtaactctatagccttaagtcgaggaaaagcaaattttatgcctt 10373966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 43 - 578
Target Start/End: Original strand, 10431633 - 10432165
Alignment:
Q  43 ttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtt 142  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||   | | |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10431633 ttggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg---aatcacaactgctccataaataaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtt 10431729  T
Q  143 tcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagag 242  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  10431730 tcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcagtgagagaagaaagag 10431829  T
Q  243 aattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcataca 342  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |    ||| ||||| | ||||||||||||    
T  10431830 aatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacaactaatagcttaacacagttttcaatcactacatgttgcatcataca 10431929  T
Q  343 cggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctct 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10431930 cggagaatcactctcaagcaatgacaaattggtccttccgtcaagcccattgatattaactttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctct 10432029  T
Q  443 gtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttca 542  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||  |||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||||||  ||||||||| |||||| ||    
T  10432030 gtttccagtagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcaggacaattatgtaactcca 10432129  T
Q  543 tagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    || ||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  10432130 taactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgcctt 10432165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 20 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10091294 - 10090738
Alignment:
Q  20 ctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaa 119  Q
    |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    ||| ||    | ||||| ||| |||||||    
T  10091294 ctacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatc---acagctatgacttaaataaagtctcacaa 10091198  T
Q  120 gtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgaggg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10091197 gtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgaggg 10091098  T
Q  220 aaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacga 319  Q
     ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||| | |||||||| |||| |||| |  |||    
T  10091097 taatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcga 10090998  T
Q  320 ataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgaca 419  Q
    || ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10090997 atcactacatcttccatcatacatggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcctttcaccaaacccatcgatattaattttctttactgacgaca 10090898  T
Q  420 accaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttag 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  10090897 accaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttag 10090798  T
Q  520 tttgggacaattacgt-aacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    ||   |||||||||||  ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10090797 ttctcgacaattacgtgtactccatagctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgcctt 10090738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 31 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10519974 - 10519433
Alignment:
Q  31 tatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaa 130  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    ||| || |   | || | ||||||||||||||||||||||    
T  10519974 tatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtgtatc---acagctacgatagaacttaagactcacaagtgatgtgtaa 10519878  T
Q  131 ttgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtga 230  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519877 ttgatccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaacattgaatattaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtga 10519778  T
Q  231 gagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttc 330  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |    |||  |||| ||    
T  10519777 gagaagaaagagaatcgagtcccaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttaacacactttttaatctctacatc 10519678  T
Q  331 ttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaa 430  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  10519677 ttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcaaa 10519578  T
Q  431 gtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaat 530  Q
    ||   |||   ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||||||  |||||||    
T  10519577 gtagatgg---tgtttccaatagatgaacacaaccttttattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaat 10519481  T
Q  531 tacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    |||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519480 tacgtaactttatagccttaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 10519433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10129427 - 10128873
Alignment:
Q  18 tcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcac 117  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    |||||| |||| ||||| || ||||||    
T  10129427 tcctacaattatgtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatc---acaactactccgtaaatcaatactcac 10129331  T
Q  118 aagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10129330 aagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgag 10129231  T
Q  218 ggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcac 317  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |       
T  10129230 ggaaatgcagtgagagaagaaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgt 10129131  T
Q  318 gaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacga 417  Q
    ||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||    
T  10129130 gaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaaga 10129031  T
Q  418 caaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtcccttt 517  Q
    ||||||||||| |||   |||   ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||    
T  10129030 caaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtcccctt 10128934  T
Q  518 agtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    ||||  |||||||| | |||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10128933 agttctggacaattccataactctatagccttaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 10128873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 9841360 - 9840819
Alignment:
Q  18 tcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcac 117  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    ||| || | |||||| |||||||||||    
T  9841360 tcctacaatcaagtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgggaaggatgtaagtgtatc---acagctccaccataactgaagactcac 9841264  T
Q  118 aagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841263 aagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaactacgaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgag 9841164  T
Q  218 ggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcac 317  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |       
T  9841163 ggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacaactaatagtttaacacactttt 9841064  T
Q  318 gaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacga 417  Q
     ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||    
T  9841063 caatcactacatcttgcatcatacatggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaaga 9840964  T
Q  418 caaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtcccttt 517  Q
    ||||||||||| |||   |||   ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| ||||||| | | | ||||||| |||| ||    
T  9840963 caaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaattttttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatcccctt 9840867  T
Q  518 agtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagca 565  Q
    ||||  |||||||| |||||||  |||||   ||||||||||||||||    
T  9840866 agttctggacaattgcgtaactctatagccttaagttgaggaaaagca 9840819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 18 - 578
Target Start/End: Original strand, 10361368 - 10361922
Alignment:
Q  18 tcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcac 117  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |   ||| ||      |||||| ||| ||||    
T  10361368 tcctacaatcacgtatggtaagtgttcggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg---aaccacagctatgatctaaatgtagagtcac 10361464  T
Q  118 aagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361465 aagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgag 10361564  T
Q  218 ggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcac 317  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | | || | || |       
T  10361565 ggaaatgcagtgagagaagaaagattaccgagtcccaagagtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacagatgacagcatagcgcactttt 10361664  T
Q  318 gaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacga 417  Q
    |||| ||| | | |||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  || |||| ||||||    
T  10361665 gaatcactgcatgttgcatcatacatggagaatcgctcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaaattttttattgacga 10361764  T
Q  418 caaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtcccttt 517  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||    
T  10361765 caaccaatgcaaagtg---ggctctgtttccaatagatgagaacaaccttgtattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctcggcaaatgtcccctt 10361861  T
Q  518 agtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    ||||  ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10361862 agttctggacaattatgtaactccatagctctaagttgaggaaaagcacattttatgcctt 10361922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 37 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10034486 - 10033948
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034486 aagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatc---acaactatgaattaaataaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 10034390  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034389 cacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacattttacaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaag 10034290  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 336  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |   ||||  |||| | ||||||    
T  10034289 aaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcat 10034190  T
Q  337 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcca---tcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtg 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||   |||||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||| |||     
T  10034189 catacacggagaatcactctcaagcaatgacagttgggaactttcactctcaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagta 10034090  T
Q  434 tttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattac 533  Q
      |||   ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||||||  |||||||||     
T  10034089 gatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaattttttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattat 10033993  T
Q  534 gtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
     |||||  |||||   |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  10033992 ataactctatagccttaagtcgaggaaaagcacattttatgcctt 10033948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 37 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 9852222 - 9851687
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||   | | ||| || |   | ||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9852222 aagtgtttggagcacagggaaaccatcgagtggaaaggatttaagtg---aatcacagctacgatagaaccgaagactcacaagtgatgtgtagttgctc 9852126  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  9852125 catgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcattgagagaag 9852026  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 336  Q
     ||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |    |||  |||| ||||||||    
T  9852025 aaagtgaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttggcacagctaatagcttaacacacttttcaatctctacatcttgcat 9851926  T
Q  337 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgttt 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||   |    
T  9851925 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaacgcagagtagat 9851826  T
Q  437 ggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgta 536  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| | | | ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||    
T  9851825 gg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttttggacaatcacgta 9851729  T
Q  537 acttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    |||  || ||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9851728 actctattgccttaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 9851687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 37 - 578
Target Start/End: Original strand, 11779568 - 11780103
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |    |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11779568 aagtgtttggagcacagggaaaccatcaagtgggaaggatgtaagtgcatc---acaactactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaattgctc 11779664  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    |||||||||| ||| || |||||||| |||| |||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11779665 cacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 11779764  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 336  Q
     |||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| || ||| || | |||| |    ||| ||||| | ||||||    
T  11779765 aaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaaatgcttctcaaaatcaattttggcacaactgatagctcagcacacttttcaatcactacatgttgcat 11779864  T
Q  337 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgttt 436  Q
    |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| || || |||| || | |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||   |    
T  11779865 catagatagagaatcactatcaagcaatgacaattgtgtcttttcaccaagtcctttgatattcatttcttttattgacgacaaccaatgcaaagtagat 11779964  T
Q  437 ggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgta 536  Q
    ||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |    
T  11779965 gg---tttttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttcgatgcaaggaaggttggtaggcaaatgtccccttagttcaggacaattacgca 11780061  T
Q  537 acttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    ||| ||||| |   ||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  11780062 actccatagttttgagtcgaggaaatgcaaattttatacctt 11780103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 11771734 - 11771182
Alignment:
Q  20 ctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaa 119  Q
    |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  11771734 ctacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatc---acaactactccataaataaagactcacaa 11771638  T
Q  120 gtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgaggg 219  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| |||| |||      ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11771637 gtgaagtgtaatagctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtatttgcaatgaagtgggtagaccacttggggg 11771538  T
Q  220 aaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacga 319  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||| || |||| | |    |    
T  11771537 aaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacaactgatagctcaacatacttttca 11771438  T
Q  320 ataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgaca 419  Q
    || ||||| | |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||| || ||| || || |||| || | |||||| ||||  |||| ||||||||    
T  11771437 atcactacatgttgcatcatagatagagaatcactatcaagcaatgacaactgtgtcttttcaccaaggccgttgatattcatttcttttattgacgaca 11771338  T
Q  420 accaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttag 519  Q
    |||||||||||||   |||   | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||| |||||| || ||||    
T  11771337 accaatgcaaagtagatgg---tttttccaatagatgagaacaacctttgattacaatttcttcgatgcaaggaaggttggtaggaaaatgtacccttag 11771241  T
Q  520 tttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    ||  ||||||||||| |||| ||||| |   ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  11771240 ttcaggacaattacgcaactccatagttttgagtcgaggaaaagcaaattttatacctt 11771182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 37 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 10665949 - 10665698
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    |||||||   |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10665949 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatc---acaactttgacataaatctagacgcacaagtgatgtgtaattgctc 10665853  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10665852 cacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaccacaaaatattaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 10665753  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttgg 291  Q
     ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10665752 aaagtgaatagagtgccaagtgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttgg 10665698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 36 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10503066 - 10502600
Alignment:
Q  36 taagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgct 135  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   |    ||| || |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  10503066 taagtctttggagtgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgttagtccatc---acagctactccataaatcaagactcacaagcaatgtgtaattgct 10502970  T
Q  136 ccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaa 235  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||     ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||  |  ||||||  ||||||||||     
T  10502969 ccacgtttcagcaggaagaaaggataaattctcacaccttttaatactaagtgactgcaaagaagtgggtagaccatctttgggaaacacagtgagagat 10502870  T
Q  236 ggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgca 335  Q
    |||| |  || |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | |||||||   || ||| ||||| | |||||    
T  10502869 ggaatatcatagagttccaagtgttgaagacaagtgcttctca-aatcatttttggaatagataatagcgtaacacacctacaaatgactacatgttgca 10502771  T
Q  336 tcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtt 435  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| || || ||||||||| |||||||  ||| || | |||||||| |||||||||||   |    
T  10502770 tcatacatggagagtcactcccaagcaatgataattgagtcttttcaccaagcccattgatattaccttttttcaatgacgacagccaatgcaaag---t 10502674  T
Q  436 tggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaat 509  Q
     |||  ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||| ||||    
T  10502673 aggcggtgtttccaatagatgagcacaaccttctattacaatttcttctatgaaagaaaggtggcaaggtaaat 10502600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 37 - 385
Target Start/End: Original strand, 13853047 - 13853392
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |    ||| || |||| ||||  ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  13853047 aagtctttggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatc---acagctactccgtaaagtaagactcgcaagcgatgtgtaattgctc 13853143  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||| |||       || |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  13853144 catgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacatttttctatttcaagtgattgcaatggagttggcagaccacttgacggaaatacagtgagagatg 13853243  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 336  Q
    ||| |  || ||||| |||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||| | || | | | | ||||||| |    ||| ||| | | ||||||    
T  13853244 gaatatcatagagtttcaagtgttgaagaaaagtgcttctcaaaatcaattttggcatagatgacagcataacacacttttcaatcactgcatgttgcat 13853343  T
Q  337 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatca 385  Q
    | | || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13853344 cgtgcaaggagaatcgctcccaagaaatgacaattgggtccttccatca 13853392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 385 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10665658 - 10665474
Alignment:
Q  385 aagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttct 484  Q
    |||||||| ||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||  ||||||| |||||| ||      ||||  ||| |||||||||||    
T  10665658 aagcccattgattttaactttttttattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggacctgtttctaatagacga------ccttcaatttcaatttcttct 10665568  T
Q  485 atgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10665567 atacaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagttttggacaattacgtaactccatggctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgcctt 10665474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 384 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10079549 - 10079358
Alignment:
Q  384 caagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttc 483  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||   |||   ||||||||||||||  | ||| |||||||| | |||||||||    
T  10079549 caagaccattgatattaattttttttactgacggcaaccaatccaaagtaggtgg---tgtttccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttc 10079453  T
Q  484 tatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||  ||||||| |  ||||| ||||| || |||| |||||||| |||| ||||| ||||    
T  10079452 tatgcaaggaaggtcgctaggaaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattcctt 10079358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 384 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 10186519 - 10186328
Alignment:
Q  384 caagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttc 483  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||   |||   ||| ||||||||||  | ||| |||||||| | |||||||||    
T  10186519 caagaccattgatattaattttttttactgacggcaaccaatccaaagtaggtgg---tgtatccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttc 10186423  T
Q  484 tatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||  ||||||| |  ||||| ||||| || |||| |||||||| |||| ||||| ||||    
T  10186422 tatgcaaggaaggtcactaggcaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattcctt 10186328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 115 - 270
Target Start/End: Original strand, 10967364 - 10967519
Alignment:
Q  115 cacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| | ||||||||||||     ||||||||||||| | |||||||||||| || ||| |     
T  10967364 cacaagtgatgtgtaattgctccacatttccggaggcaagaatgctaaattcttacagtcggaaatatcaagtgacttcaatgaagtgggaagtccatta 10967463  T
Q  215 gagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagt 270  Q
    || | ||||||||||||||| | || | || |||||| |||||||  |||||||||    
T  10967464 gatgaaaatgcagtgagagaggaaatataaatgagttgcaagtgttgaagacaagt 10967519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 119 - 239
Target Start/End: Original strand, 11244188 - 11244308
Alignment:
Q  119 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||  | | |||    | ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  11244188 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaatgttaagctgtcacaattgcgaatatgaagtgtttgcaaagaagtgggtagaccatttgtag 11244287  T
Q  219 gaaatgcagtgagagaaggaa 239  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  11244288 gaaatgcagtgagagatggaa 11244308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 13397889 - 13397732
Alignment:
Q  114 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||| | |||||||| ||||      |||  |||||| ||||| |||||||| |||||| |    
T  13397889 tcacaagtgatgtgtaattgctccatgtttcaggacgcaagaatgctaaattctgacactcatctatacgaagtgactgcaacgaagtgggaagaccatt 13397790  T
Q  214 tgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtg 271  Q
    ||  ||||||||||||||||| | || | || |||| |||||||||  ||||||||||    
T  13397789 tgctggaaatgcagtgagagaggaaatataaatgagatccaagtgttgaagacaagtg 13397732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 45 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10531136 - 10530892
Alignment:
Q  45 ggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttc 144  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |    ||| || |||||||||  ||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||    
T  10531136 ggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatc---acagctactccataaaataagactctcaagcgatgtgtatctgctccacgtttc 10531040  T
Q  145 aggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaa 244  Q
    |||||| | ||| | ||| |||| |||      ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |    ||||||| ||||||    ||||||  |    
T  10531039 aggaggcatgaatgctaacttctcacaattatcaatacaaagtgactgcaatgaagtgggtagaccattcttcggaaatgtagtgag---gggaagacca 10530943  T
Q  245 ttgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaaca 295  Q
    | ||| ||| |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  10530942 tagagctccgagtgtagaagacaagtgcttctcataatcattttaggaaca 10530892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 45 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 10679935 - 10679833
Alignment:
Q  45 ggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttc 144  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |    ||| || |||||||||  |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||    
T  10679935 ggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatc---acagctactccataaaataagactcacaagcgatgtatatctgctccacgtttc 10679839  T
Q  145 aggagg 150  Q
    ||||||    
T  10679838 aggagg 10679833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 445 - 514
Target Start/End: Original strand, 11129020 - 11129089
Alignment:
Q  445 ttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccc 514  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||  |||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||    
T  11129020 ttccaacagatgaggacaacctttatttacaaattcttctatggaagagagatggctaggcaaatttccc 11129089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 167
Target Start/End: Original strand, 11230092 - 11230137
Alignment:
Q  122 gatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattct 167  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||    
T  11230092 gatgtgtaattgctccacgtatcaagaggaagaaacgataaattct 11230137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 442 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 10530731 - 10530659
Alignment:
Q  442 tgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccc 514  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  ||||||||||||| |||  || |||||||| |||||||||    
T  10530731 tgtttccaatagacgagcacaaccttctatttgaatttcttctatggaagataggtggctaggaaaatgtccc 10530659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 476 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 13163027 - 13162975
Alignment:
Q  476 atttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggaca 528  Q
    ||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13163027 atttcatctattgaaggaagactgctaggcaaatgtccctttagtttaggaca 13162975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 476 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 13334951 - 13334899
Alignment:
Q  476 atttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggaca 528  Q
    ||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13334951 atttcgtctattgaaggaagactgctaggcaaatgtccctttagtttaggaca 13334899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 37 - 578
Target Start/End: Original strand, 55188 - 55723
Alignment:
Q  37 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 136  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | ||||||     ||| || |||||| |||||||||||||||||||||    
T  55188 aagtgtttggagggcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---aatcacaactatatgatatattaagactgacaagtgatgtgtaattgctc 55284  T
Q  137 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaag 236  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55285 cacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaag 55384  T
Q  237 gaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcat 336  Q
     ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |   ||||  |||| | ||||||    
T  55385 aaagtgaatggagtttcaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcat 55484  T
Q  337 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgttt 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| |||||| ||| | |||| ||| ||||||||||||| |||   |    
T  55485 catacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattatttttattgaagacaaccaatgcagagtagat 55584  T
Q  437 ggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgta 536  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||||||  ||||||| |||||    
T  55585 gg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaatcacgta 55681  T
Q  537 acttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 578  Q
    |||  || ||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55682 actctattgccttaagttgaggaaaagcaaattttatgcctt 55723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 165; Significance: 6e-88; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 114 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 26909297 - 26908882
Alignment:
Q  114 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26909297 tcacaagtgatgtgtaattgctccaggtttcaagaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccact 26909198  T
Q  214 tgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacat 313  Q
    |||||| ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||| |  ||||||     
T  26909197 tgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacatgtgcttctcagaatcaattttggcaaacctaatagcccaacacaa 26909098  T
Q  314 tcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactg 413  Q
    |   |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  | ||||||||| |||||||||||||  ||  |    
T  26909097 ttttgaatcactacatcttgcatcatacagggagaatcactcttaagcaatgacaatatggtccttttaccaagcccatggatattaattttcggtatgg 26908998  T
Q  414 acgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtcc 513  Q
    |||||| |||||| |||||   |||   |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  26908997 acgacacccaatgtaaagtagatgg---tgtttccaatagatgatagcaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaaagtcc 26908901  T
Q  514 ctttagtttgggacaatta 532  Q
     |||||||| |||||||||    
T  26908900 ttttagttttggacaatta 26908882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 98 - 284
Target Start/End: Original strand, 17850570 - 17850756
Alignment:
Q  98 ctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatg 197  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||   | ||||| |||||| |||||||    
T  17850570 ctccataactcaagactcgcaagtgatgtgtaattgttccacgtttcaggaggcatgaaggataaattcttacacatactaatatgaagtgactgcaatg 17850669  T
Q  198 aagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatca 284  Q
    ||||| || || ||   |  ||||||||||||||||| |||| |  |||||||  |||||||  |||||||||||| |||| |||||    
T  17850670 aagtgagttgaacatccgtcggaaatgcagtgagagacggaatatcattgagtgtcaagtgttgaagacaagtgctcctcataatca 17850756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 11487507 - 11487042
Alignment:
Q  42 tttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgt 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||| || ||  |||| | |||   |||||| ||  ||||||||||||||||    
T  11487507 tttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---catcacagctactaaataactcaagcgacacaagagacttgtaattgctccacgt 11487411  T
Q  142 ttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaaga 241  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||      || |  |||||||||||||||||| ||||||||    |  ||||||||||||||||| ||||      
T  11487410 ttcaggaggaaggaatgataaattctcacaactatgaacacaaagtgattgcaatgaagtaggtagaccctccgtaggaaatgcagtgagagacggaatc 11487311  T
Q  242 gaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatac 341  Q
      || ||||  ||||| |  |||| || |||| | | ||||||||||||| |||| | | ||| | ||||| |    |||  |||  |  ||| ||||||    
T  11487310 ttatagagtctcaagtcttgaagaaaattgctgcactgaatcaattttggcacagatgacaacgtgacacacttttcaatcgctatatgctgcctcatac 11487211  T
Q  342 acggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctc 441  Q
    ||||||| |||||| |||| || |||| || |||| ||||||      ||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||    |||       
T  11487210 acggagagtcactcccaagtaaagacagttcggtcattccat------cattgatatcaattttttttattgacgacaaccaatgcaaagcagatgg--- 11487120  T
Q  442 tgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttag 519  Q
    ||||||||| ||||| | ||| ||| ||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  11487119 tgtttccaaaagatgggcacaacctgttatattaattttttctatgcaaggaaggtggctaggcaaatgtccccttag 11487042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 442 - 512
Target Start/End: Original strand, 44955662 - 44955732
Alignment:
Q  442 tgtttccaatagatgagaacacccttttattacaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtc 512  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||| ||| |||||| || ||||| ||||    
T  44955662 tgtttccaatagatgagcacaatcttttatttcaatttcttctatggaagaaagatgacttggcaagtgtc 44955732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 474 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 827942 - 827895
Alignment:
Q  474 caatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtt 521  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  827942 caatttcctctatggaaggaagatggctaggcaaatgtcccttcagtt 827895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 476 - 528
Target Start/End: Original strand, 143961 - 144013
Alignment:
Q  476 atttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggaca 528  Q
    ||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  143961 atttcatctattgaaggaagactgctaggcaaatgtccctttagtttaggaca 144013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 476 - 528
Target Start/End: Original strand, 152266 - 152318
Alignment:
Q  476 atttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggaca 528  Q
    ||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  152266 atttcatctattgaaggaagactgctaggcaaatgtccctttagtttaggaca 152318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University