View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20885_low_11 (Length: 503)

Name: NF20885_low_11
Description: NF20885
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20885_low_11
NF20885_low_11
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-485)||(15646141-15646625)
chr2 (18-485)||(15655293-15655760)
chr2 (19-485)||(15625743-15626209)
chr2 (70-485)||(15534958-15535367)
chr2 (70-485)||(15518144-15518549)
chr2 (303-485)||(15494357-15494539)
chr2 (17-244)||(15494724-15494951)
chr2 (222-485)||(15605809-15606057)
chr2 (22-176)||(15607844-15607999)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15646625 - 15646141
Alignment:
Q  1 caccatagataacaaaggatatttccagaacttctcatttgcagaaatattgatcaatataattttctccaattgcagacttagccttaaaaatggtaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  15646625 caccatagataacaaaggatatttccacaacttctcatttgcagaaatattgatcaatataattttctccaattgcagacttagccttaaaaatgttaat 15646526  T
Q  101 aggtaggaatgcactagcttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcgaatgcctttggattccggttgtcattgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646525 aggtaggaatgcactagcttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcgaatgcctttggattccggttgtcattgt 15646426  T
Q  201 cctgaacatgatcataatcccatcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatattttttaaattcttttacattggtttcgttaacttaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646425 cctgaacatgatcataatcccatcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatttttttaaaattcttttacattggtttcgttaacttaag 15646326  T
Q  301 taaccatatttcgtattgcaggcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggaccacgattcttgaaaaacactactcctcaaagga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646325 taaccatatttcgtattgcaggcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggaccacgattcttgaaaaacactactcctcaaagga 15646226  T
Q  401 ggagttaaacaaaatcctaaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagctt 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646225 ggagttaaacaaaatcctaaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagctt 15646141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15655760 - 15655293
Alignment:
Q  18 gatatttccagaacttctcatttgcagaaatattgatcaatataattttctccaattgcagacttagccttaaaaatggtaagaggtaggaatgcactag 117  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  15655760 gatatttccagattttctcatttgcaaaaatattgatcgatataattttctccaattgcagacttagccttaaaaatgctaataggtaggaatgcactag 15655661  T
Q  118 cttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcgaatgcctttggattccggttgtcattgtcctgaacatgatcataa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15655660 cttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcgaatgcctttggattccggttgtcattgtcctgaacatgatcataa 15655561  T
Q  218 tcccatcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatattttttaaattcttttacattggtttcgttaacttaagtaaccatatttcgtatt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15655560 tcccatcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatattttttaaattcttttacattggtttcgttaacttaagtaaccatatctcgtatt 15655461  T
Q  318 gcaggcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggaccacgattcttgaaaaacactactcctcaaaggaggagttaaacaaaatcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||     
T  15655460 gcaggcatgaaaaatcacgtggttttccaattggttaaatttctttggaccacgattcttgaaaaacactactcatcaaaggaggagctaaataaaatca 15655361  T
Q  418 taaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagctt 485  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15655360 ttaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagctt 15655293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15626209 - 15625743
Alignment:
Q  19 atatttccagaacttctcatttgcagaaatattgatcaatataattttctccaattgcagacttagccttaaaaatggtaagaggtaggaatgcactagc 118  Q
    |||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  15626209 atatttacataacttcttatttgcaaaaatattgatcaatataattttctccaattgcagacttagccttaaaaatggtaagagatagaaatgcactagc 15626110  T
Q  119 ttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcgaatgcctttggattccggttgtcattgtcctgaacatgatcataat 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15626109 ttttgcacgtgatgtgaatgaagagacagctttgcatatcttggctcaaaatggattgcctttaaattctggttgtcattgtcctgaacatgatcataat 15626010  T
Q  219 cccatcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatattttttaaattcttttacattggtttcgttaacttaagtaaccatatttcgtattg 318  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||     
T  15626009 cccataatgaccaatcccggtaaatccttacattaacttttatattttttaaattcttttacattggtttcattaacttaattaaccataattcgtattt 15625910  T
Q  319 caggcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggaccacgattcttgaaaaacactactcctcaaaggaggagttaaacaaaatcct 418  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |    
T  15625909 caggcatgaaaagtcacattgttttccaattagttaaatttctttggaccaccattcttgaaaaacactactcatcaaaggtggagttaaataaaatcat 15625810  T
Q  419 aaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagctt 485  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15625809 aaatgaaccttctcaggtaatatttgatgctgcagaagttggaaattttggattcttatcggagctt 15625743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 70 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15535367 - 15534958
Alignment:
Q  70 caattgcagacttagccttaaaaatggtaagaggtaggaatgcactagcttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaa 169  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  | ||| | |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  15535367 caattgcagacttggccttcaaaatggcaagagacaagaaagaactatcttttgcacgcgatgtgaataaagaaacagctttgcatctcttggctcaaga 15535268  T
Q  170 tcgaatgcctttggattccggttgtcattgtcctgaacatgatcataatcccatcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatatttttta 269  Q
    || |||||| ||||||||   |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |     
T  15535267 tcaaatgccattggattcttcttgtcattatccagaacatgatcataatcacatcatgaccaatcctggtaaa-ccttacattaac-tttatattttatt 15535170  T
Q  270 aattcttttacattggtttcgttaacttaagtaaccatatttcgtattgcaggcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggacca 369  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  15535169 aatttttttacattggtttcattaacttaa-taaccaaattttgtattgcaggcctgaaaaatcatatggtttttcaattcgttaaatttctttggacca 15535071  T
Q  370 cgattcttgaaaaacactactcctcaaaggaggagttaaacaaaatcctaaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgg 469  Q
    ||||||| || | ||||||||| ||||   ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15535070 cgattctagacagacactactcatcaa---aggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttttg 15534974  T
Q  470 attcttatcagagctt 485  Q
     || ||||| ||||||    
T  15534973 gtttttatcggagctt 15534958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 70 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15518549 - 15518144
Alignment:
Q  70 caattgcagacttagccttaaaaatggtaagaggtaggaatgcactagcttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaa 169  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||  | ||| | |||||||||||||||||||| |||| || | |||||||| |||||||||||| ||||    
T  15518549 caattgcagacttggccttcaaaatggtaagagacaagaaagaactagcttttgcacgtgatgagaatgaaaaaacagctttacatctcttggctaaaaa 15518450  T
Q  170 tcgaatgcctttggattccggttgtcattgtcctgaacatgatcataatcccatcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatatttttta 269  Q
    || |||||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||   |||         
T  15518449 tcaaatgccattggattcttcttgtcattgtccagaacatgatcataatcacatcatcaccaatcctggtaaa-ccttacattaacttt---att----- 15518359  T
Q  270 aattcttttacattggtttcgttaacttaagtaaccatatttcgtattgcaggcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggacca 369  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  15518358 aatttatttacattggtttcattaactta-gtaaccaaattttgtatcgcaggcctgaaaaatcatatggttttccaattggttaaatttctctggacca 15518260  T
Q  370 cgattcttgaaaaacactactcctcaaaggaggagttaaacaaaatcctaaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgg 469  Q
    ||||||| |||| | ||||||| |||||| ||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15518259 cgattctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaaattggaaattttgg 15518160  T
Q  470 attcttatcagagctt 485  Q
     |||||||| ||||||    
T  15518159 gttcttatcggagctt 15518144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 303 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15494539 - 15494357
Alignment:
Q  303 accatatttcgtattgcaggcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggaccacgattcttgaaaaacactactcctcaaaggagg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||| | |||||||| |    
T  15494539 accatatttcgtattgcaggcatgaaaaatcacgtggttttccaattggttaaatttctttggacaacgattctagacagacactacacatcaaaggatg 15494440  T
Q  403 agttaaacaaaatcctaaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagctt 485  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  15494439 agttaaacgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggttcttatcggagctt 15494357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 15494951 - 15494724
Alignment:
Q  17 ggatatttccagaacttctcatttgcagaaatattgatcaatataattttctccaattgcagacttagccttaaaaatggtaagaggtaggaatgcacta 116  Q
    ||||||||| |||||||  || ||||| ||||||||||||  ||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || ||||||||     
T  15494951 ggatatttcaagaactttgcaattgcaaaaatattgatcataatattttttcccaattgcagacttggccttgaaaatggcaagaggcagaaatgcactt 15494852  T
Q  117 gcttttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcgaatgcctttggattccggttgtcattgtcctgaacatgatcata 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||     
T  15494851 gcttttgcacgtgatgtgaatgaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcaaatgccattggattcttgttgtcattgtctggaacatgatcatc 15494752  T
Q  217 atcccatcatgaccaatcctggtaaatc 244  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15494751 atcccatcatgactaatcctggtaaatc 15494724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 222 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15606057 - 15605809
Alignment:
Q  222 atcatgaccaatcctggtaaatccttacattaacttttatattttttaaattcttttacattggtttcgttaacttaagtaaccatatttcgtattgcag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||||| ||            | |||| | |||| |||| |||||||||    
T  15606057 atcatgaccaatcctggtaaatccttgcattatattttatattttattaattcttttcca------------aattaaatcaccaaattttgtattgcag 15605970  T
Q  322 gcatgaaaaatcacgtggttttccagttggttaaatttctttggaccacgattcttgaaaaacactactcctcaaaggaggagttaaacaaaatcctaaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||| |||| |  ||||||||| | |||||| ||||    
T  15605969 gcatgaaaaatcacgtggttttccaattggttaaatttctttggacaacgattttggaccaacactac-cctcca--gaggagttacataaaatcataaa 15605873  T
Q  422 tgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagctt 485  Q
    | ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15605872 tcaaccttctcaactgatttttgatgctgcagaagttggaaattatggattcttatcagagctt 15605809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 22 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 15607999 - 15607844
Alignment:
Q  22 tttccagaacttctcatttgcagaaatattgatcaatataattttct-ccaattgcagacttagccttaaaaatggtaagaggtaggaatgcactagctt 120  Q
    |||||| |||||| || || || ||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||| || |||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  15607999 tttccacaacttcgcaattacaaaaatattgatcataatatttttcttccaattgcagactttgcattaaaattggcaagagataggaatgaactagctt 15607900  T
Q  121 ttgcacgtgatgtgaataaagagacagctttgcatctcttggctcaaaatcgaatg 176  Q
    ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  15607899 ttgtacgtgatgtaaatgaagagacagctttgcatctcttggctcgaaatctaatg 15607844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University