View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2088_high_1 (Length: 344)

Name: NF2088_high_1
Description: NF2088
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2088_high_1
NF2088_high_1
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (13-329)||(8395268-8395584)
chr2 (13-329)||(8405988-8406304)
chr2 (13-315)||(8412119-8412424)
chr2 (13-315)||(8434217-8434522)
chr2 (13-329)||(8375582-8375901)
chr2 (13-329)||(8439202-8439521)
chr2 (13-315)||(8417337-8417639)
chr2 (13-144)||(8431321-8431452)
chr2 (15-76)||(41119223-41119284)
chr2 (288-329)||(8431244-8431285)
chr2 (132-187)||(8404183-8404238)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (37-236)||(55331017-55331216)
chr4 (137-329)||(55336350-55336551)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 8395268 - 8395584
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395268 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 8395367  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395368 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggaaaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 8395467  T
Q  213 atttgagcctgctaattggtggccttccaaaagaggaaaaacacaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatggaa 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395468 atttgagcctgctacttggtggccttccaaaaaaggaaaaacacaaagcaagaaaacggggaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatggaa 8395567  T
Q  313 atgagggaagttgttga 329  Q
    |||||||||||||||||    
T  8395568 atgagggaagttgttga 8395584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 8406304 - 8405988
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406304 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 8406205  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406204 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggaaaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 8406105  T
Q  213 atttgagcctgctaattggtggccttccaaaagaggaaaaacacaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatggaa 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406104 atttgagcctgctacttggtggccttccaaaaaaggaaaaacacaaagcaagaaaacggggaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatggaa 8406005  T
Q  313 atgagggaagttgttga 329  Q
    |||||||||||||||||    
T  8406004 atgagggaagttgttga 8405988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 8412424 - 8412119
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  8412424 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatccta 8412325  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 212  Q
      ||||||||||| || | ||||||||| || ||||||||  |||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8412324 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcaattgataaagcataccctcttcctttattgggagcaatgcttgaaaaatacccttcaaa 8412225  T
Q  213 atttgagcctgctaattggtggcc---ttccaaaagaggaaaaacacaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatg 309  Q
    |||||| |||||||||||||||||   ||||||||  | |||||| ||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  8412224 atttgaacctgctaattggtggcctatttccaaaaaggtaaaaactcaaagcaagaagatggggaaaatgaacaatggatggagtgaagaattagaaatg 8412125  T
Q  310 gaaatg 315  Q
    ||||||    
T  8412124 gaaatg 8412119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 8434522 - 8434217
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  8434522 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatccta 8434423  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 212  Q
      ||||||||||| || | ||||||||| || ||||||||  |||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8434422 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcaattgataaagcataccctcttcctttattgggagcaatgcttgaaaaatacccttcaaa 8434323  T
Q  213 atttgagcctgctaattggtggcc---ttccaaaagaggaaaaacacaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatg 309  Q
    |||||| |||||||||||||||||   ||||||||  | |||||| ||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  8434322 atttgaacctgctaattggtggcctatttccaaaaaggtaaaaactcaaagcaagaagatggggaaaatgaacaatggatggagtgaagaattagaaatg 8434223  T
Q  310 gaaatg 315  Q
    ||||||    
T  8434222 gaaatg 8434217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 8375582 - 8375901
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    |||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  8375582 atccaaccttctcaattggccgaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatccta 8375681  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 212  Q
      ||||||||||| || | ||||||||| || ||||||||  |||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8375682 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcaattgataaagcataccctcttcctttattgggagcaatgcttgaaaaatacccttcaaa 8375781  T
Q  213 atttgagcctgctaattggtggcct---tccaaaagaggaaaaacacaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatg 309  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   || ||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8375782 atttgaacctgctaattggtggcctatgtcaaaaaaggtaaaaacacaaagcaagaaaatggggaaaatgaataatgggtggagtaaagaattggaaatg 8375881  T
Q  310 gaaatgagggaagttgttga 329  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  8375882 gaaatgagggaagttgttga 8375901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 8439521 - 8439202
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    |||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | || ||||||| ||| ||| | ||||||||||    
T  8439521 atccaaccttctcaattggccgaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaagcaacttcaaagtcaaatccaaactaaaattgctataggaaatccta 8439422  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 212  Q
      ||||||||||| || | ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8439421 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcacttgataaagcataccctcttcctttattgggagcaatgcttgaaaaatacccttcaaa 8439322  T
Q  213 atttgagcctgctaattggtggcct---tccaaaagaggaaaaacacaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatg 309  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   || ||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8439321 atttgaacctgctaattggtggcctatgtcaaaaaaggtaaaaacacaaagcaagaaaatggggaaaatgaataatgggtggagtaaagaattggaaatg 8439222  T
Q  310 gaaatgagggaagttgttga 329  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  8439221 gaaatgagggaagttgttga 8439202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 8417639 - 8417337
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    |||||||| |||||| |  | ||||| ||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||  | || ||||| | ||| |||||||||||| |||    
T  8417639 atccaaccttctcaattggccgaggagcaatgaaacactacaagattgttcaagcaacttcaaagtcaaatccaaacaaaaattgctcttggaaattcta 8417540  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaa 212  Q
     | | |||||||| || |  || || || ||||||||||| | ||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  8417539 ctaaagaagatgtcaaagaagctattgaaaaagttttggcacatgataaagcacacccacttcctttattgggagcaatgcttgaaaattaccctgctaa 8417440  T
Q  213 atttgagcctgctaattggtggccttccaaaagaggaaaaacacaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatggaa 312  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8417439 atttgttcctgctaattggtggccttccaaaaaaggaaaaacacaaagcaagaaaatagggaaaatgaacaacggatggagtaaagaattagaaatggaa 8417340  T
Q  313 atg 315  Q
    |||    
T  8417339 atg 8417337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 8431452 - 8431321
Alignment:
Q  13 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatccta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8431452 atccaaccctctcaactcacagaagaacaaaggaatgccacaagattgttcaagtaacttcaaaggcaaattcaaactacaattgctcttggaaatccta 8431353  T
Q  113 gtgaggaagatgttaagggtgcaatggagaaa 144  Q
    ||||| || ||||||||||||  |||||||||    
T  8431352 gtgagaaatatgttaagggtgagatggagaaa 8431321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 41119284 - 41119223
Alignment:
Q  15 ccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaa 76  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  41119284 ccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgctacaagaatgttcaaaaaccttcaaa 41119223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 288 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 8431285 - 8431244
Alignment:
Q  288 atggagtgaagaattggaaatggaaatgagggaagttgttga 329  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8431285 atggagtgaagaattagaaatggaaatgagggatgttgttga 8431244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 132 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 8404238 - 8404183
Alignment:
Q  132 tgcaatggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggag 187  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  8404238 tgcaattgagaaggttttggctcttgataaagcctatccacttcctttattaggag 8404183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 37 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 55331216 - 55331017
Alignment:
Q  37 gaacaaagaaatgctacaagattgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatcctagtgaggaagatgttaagggtgcaa 136  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||| | ||  |||  ||| | |||||||||||||  |  ||  ||||||| ||| ||   |    
T  55331216 gaacaaagaaacgctacaagattattcaaacatcttcgaagccaaatcgaaaacacagttgctcttggaaatcaaacagaacaagatgtgaagtgtttca 55331117  T
Q  137 tggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaaatttgagcctgctaattggtggcc 236  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||  |||||||||| | | ||||||  |||||||||    
T  55331116 tggagaaagttttggcacttgacaaagcttatccacttcctttattaggtgttatgcttgaaaaatttcctgcaaaatataaacctgctgtttggtggcc 55331017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 137 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 55336551 - 55336350
Alignment:
Q  137 tggagaaagttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggagcaatgcttgaaaaataccctgcaaaatttgagcctgctaattggtggcc 236  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||||||| ||||||||||| |  |||||||||| ||| ||| ||  |||||||||    
T  55336551 tggagaaagtgttggcacttgacaaagcttatccacttcctctgttaggagctatgcttgaaaagtttcctgcaaaatatgaaccttctgtttggtggcc 55336452  T
Q  237 ttccaaaag------aggaaaaac---acaaagcaagaaaacggagaaaatgaataatggatggagtgaagaattggaaatggaaatgagggaagttgtt 327  Q
    | | |||||      ||||||  |   | |||||||||| | | | || |  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  55336451 tgcaaaaagaaaagaaggaaatgctgaagaaagcaagaagaggaaaaatagtaaaaatggatggagtgaagaattagaaatggaaatgagggaagttatt 55336352  T
Q  328 ga 329  Q
    ||    
T  55336351 ga 55336350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University