View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2089-Insertion-8 (Length: 678)

Name: NF2089-Insertion-8
Description: NF2089
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2089-Insertion-8
NF2089-Insertion-8
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-676)||(4932364-4933032)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 676
Target Start/End: Original strand, 4932364 - 4933032
Alignment:
Q  7 aggataatcaaggcaacttcgttcactcactctattgggacacaaaggtatggatgtcattttcacttcagattatgattgaattgtatatgtggtgatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  4932364 aggataatcaaggcaacttcgttcactcactctattgggacacaaaggtatggatgtcattttcacttcagattatgattga-ttgcatatgtggtgatt 4932462  T
Q  107 tcaactaaattccagattttactatctttttcagggtcattggtccatagctgtcttgcaatttaactctagttagaaatttcagctagcaaaatgacat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4932463 tcaactaaattccagattttactatctttttcagggtcattggtccatagctgtcttgcaatttaactctagttagaaatttcagctagcaaaatgacat 4932562  T
Q  207 caaatcatgagtcatggacaagttggtcgtgtgatttggtaaataaaattatgattttactcaaccacacaattttgtttgcacnnnnnnnnggatcttt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||    
T  4932563 caaatcatgagtcatggacaagttggttgtgtgatttggtaaataaaattatgattttactcaaccacacaattttgtttgcacttttttttggatcttt 4932662  T
Q  307 tcattaattttacataaactcttgtgactttccacaggaaccagaagattacaatatcatcaatgagattaacatagccactttgccagaagagaataac 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4932663 tcattaattttacataaactcttgtgactttccacaggaaccagaagattacaatatcatcaatgagattaacatagccactttgccacaagagaataac 4932762  T
Q  407 aacttgcaacaatctttttctggtggtagccattgctctcacacaacctcaaacactatgagcaattcttcaggagatgttaacaagactaacccttcaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4932763 aacttgcaacaatctttttctggtggtagccattgctctcacacaacctcaaacactatgagcaattcttcaggagatgttaacaagactaacccttcaa 4932862  T
Q  507 acatagggtacccttccttaccaaaaaaggattcttcccattcttacattctttgttttggaaatgagaatccagaatcaatgttgaacattggttcaac 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4932863 acatagggtacccttccttaccaaaaaaggattcttcccattcttacattctttgttttggaaatgagaatccagaatcaatgttgaacattggttcaac 4932962  T
Q  607 tttaaaaccaaaaggcaaggtttctaatcatgggaaatcttcaacctcaaaagggtccttagaaaaccaa 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  4932963 tttaaaaccaaaaggcaaggtttctaatcatgggaaatctttagcctcaaaagggtccttagaaaaccaa 4933032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University