View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2089R-Insertion-1 (Length: 996)

Name: NF2089R-Insertion-1
Description: NF2089R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2089R-Insertion-1
NF2089R-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-996)||(7332096-7333083)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (547-737)||(6820294-6820484)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 996
Target Start/End: Original strand, 7332096 - 7333083
Alignment:
Q  10 agtggatagaaagaaaattgaagttactaaaagctctcttagaggatcatagtcaacttgtgaagaaacgagaagaagcagaatcacgagtccgttcttt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7332096 agtggatagaaagaaaattgaagttactaaaagctctcttagaggatcatagtcaacttgtgaagaaacgagaagaagcagaatcacgagtccgttcttt 7332195  T
Q  110 ctgggatatagaaaacttgtctgaaattcatcatcagctaagtatagctgagagtgaatgggtagaatcaacaagagatgttgtcagtaaagcagaaggt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7332196 ctgggatatagaaaacttgtctgaaattcatcatcagctaagtatagctgagagtgaatggatagaatcaacaagagatgttgtcagtaaagcagaaggt 7332295  T
Q  210 tgtatcgccgagtacaaaaaacaaagcccgggatcgttttggagtgctattacagttatctttagattgatgaccattaaagatgttctccgacaaatag 309  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7332296 tgtgtcgccgagtacaaaaaacaaagcccgggattgttttggagtgctattacagttatctttagattgatgaccattaaagatgttctccgacaaatag 7332395  T
Q  310 atgatgttgaaaatgagctaacacgtagttttgaaaagagaaatgaaaatgccgaatacatccatacgtcaatggagaaatcaaggtcaaagagtagaag 409  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7332396 atgatgttgaaaatgagctaacacttagttttgaaaagagaaatgaaaatgccaaatacatccatatgtcaatggagaaatcaaggtcaaagagtagaag 7332495  T
Q  410 tcttctggatcaatttacatttgaagaggaggatagatctccagctagagaggtccatacatctgtagcagctcaaaaccaaatgcagaataagccttct 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  7332496 tcttctggatcaatttacatttgaagaggaggatagatctgtagctagagaggtccacacatctgtagcagctcaaaaccaaatgcagaaaaagccttca 7332595  T
Q  510 ccaagttttgatcaattgatgaataagagcatggccatggacctattttctggcatggaagagagatggtcgatataccttctacttccactgcatgctt 609  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7332596 ataagttttgatcaattgatgaataagagcgtggcaatggacctattttctggcatggaagagagatggtcgatataccttctacttccactgcatgctt 7332695  T
Q  610 tcctgaaggatttgagtcagcttcagttaataacagaaactgaaaagcaatggagaacagtagctggagaaataattaaagatgcagagatccacattag 709  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  7332696 tcctgaaggatttgcgtcagcttcagttaataacagaaactgaaaagcaatggaaaacagtagctggagaaataattgaagatgcagagatctacattag 7332795  T
Q  710 caactacttatggtggtttgaaacttttggcatagtgaagaaatccaagatggacattccatttattacaaatcatttcagaaaggagatgaagctcatt 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7332796 caactacttatggtggtttgaaactttcggcatactgaagaaatccaagatgaacattccattaattacaaatcatttcagaaaggatatgaagctcatt 7332895  T
Q  810 gtaactgggtttgaggatcttctcaagtacaacttaactttcattgacagagctgcagaaaaatcaacctaccatcctattacagatgacagagaaatcg 909  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  7332896 gtaactgggtttgaggatcttctcaagtacaacttaactttcattgacagagctgcagaaaagtcaaccttccaccctattacagatgacagagaaattg 7332995  T
Q  910 catcaaccattgcaagcattgaaagcaagctgagaaatatggacacaagctcacagcaagcagct-aagcgaacttaaggtgtgataa 996  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||| |||||||||    
T  7332996 catcaaccattgcaagcattgaaagcaagctgagagatatggacacaagctcacagcaagtggctaaagagaacttaaagtgtgataa 7333083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 547 - 737
Target Start/End: Original strand, 6820294 - 6820484
Alignment:
Q  547 tggacctattttctggcatggaagagagatggtcgatataccttctacttccactgcatgctttcctgaaggatttgagtcagcttcagttaataacaga 646  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||||  ||| || || ||  | |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||  ||| ||    
T  6820294 tggagctattttcgagcatggaagagagaccgtctatctatctcatgcttccattgcatgctttcctcaaggacttgagtcatcttcaattagaaactga 6820393  T
Q  647 aactgaaaagcaatggagaacagtagctggagaaataattaaagatgcagagatccacattagcaactacttatggtggtttgaaactttt 737  Q
    ||| |||||    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  6820394 aacagaaaattgctggagaacagtagcagaagaaataattaaagatgctgagatccacatttgaaactacttaaggtggtttgatactttt 6820484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University