View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20901_high_5 (Length: 391)

Name: NF20901_high_5
Description: NF20901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20901_high_5
NF20901_high_5
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (30-374)||(38227039-38227383)
chr4 (30-370)||(38214620-38214960)
chr4 (39-374)||(38238568-38238903)
chr4 (30-364)||(38248664-38248998)
chr4 (33-374)||(38243506-38243847)
chr4 (30-374)||(38253769-38254113)
chr4 (75-374)||(38220658-38220957)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (33-370)||(17455273-17455610)
chr6 (67-370)||(17434173-17434476)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (75-211)||(11485202-11485338)
chr2 (75-288)||(11478931-11479144)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (75-212)||(21546636-21546773)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 30 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 38227383 - 38227039
Alignment:
Q  30 cttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctt 129  Q
    ||||| || |||||||||||||| || | |||||  ||| |||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  38227383 cttgtaaggaacagtggcatatgccagggaaatgctatttcacaatactttggacttgggtcagaaacacgaggaacgacaacagatattccagatcctt 38227284  T
Q  130 tcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataa 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38227283 tcggtatagagataggtaatcctgaagagattccacaagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataa 38227184  T
Q  230 attagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgt 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38227183 attagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgt 38227084  T
Q  330 tatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38227083 tatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 38227039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 30 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 38214960 - 38214620
Alignment:
Q  30 cttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38214960 cttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatcctt 38214861  T
Q  130 tcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataa 229  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  38214860 ttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcggcgcagaggataa 38214761  T
Q  230 attagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgt 329  Q
     ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38214760 gttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattatgaaggaggtttgttatgttgt 38214661  T
Q  330 tatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgaggg 370  Q
    |||||  ||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  38214660 tatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggg 38214620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 39 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 38238903 - 38238568
Alignment:
Q  39 aacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcggtatag 138  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    ||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||||||||||||||    
T  38238903 aacagtggcatatgtcaaggaaatactcttggacaatactttggccttggatccgaaacacgtggaacggcgaccgatattccggatcctttcggtatag 38238804  T
Q  139 agataggtaatcctgaagagattccactagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataaattagggtg 238  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  38238803 agataggcaatcctgaagagattccagaagggtttcacgaaaaatggttgcttaatgttcatgccatcgatacgcgaggcacaaaggataaattagggtg 38238704  T
Q  239 cactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgttatgaccat 338  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  38238703 cactgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggccagattataaaggaggtttgttatgttgttatgattct 38238604  T
Q  339 acacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 374  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38238603 aaacagtgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 38238568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 30 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 38248998 - 38248664
Alignment:
Q  30 cttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctt 129  Q
    ||||| || |||||||||||||| || | ||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  38248998 cttgtaaggaacagtggcatatgccagggaaataccattccacaatactttggccttggatcagaaacacgaggaacgacaacagatattccagatcctt 38248899  T
Q  130 tcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataa 229  Q
    | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  38248898 ttggtatagagacaggtagtcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttgcttaatgttcatgccatcgatacgcgtggcacagaggataa 38248799  T
Q  230 attagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgt 329  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248798 attagggtgcactgaatgtaagtgtgacctttataatgttacagtggatgagtatggaaaatctattaggccagattataaaggaggtttgttatgttgt 38248699  T
Q  330 tatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttt 364  Q
    |||||   |||||  ||||||||||||||||||||    
T  38248698 tatgattctacacggtgcaagttgaaggaaggttt 38248664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 33 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 38243847 - 38243506
Alignment:
Q  33 gtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcg 132  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||    ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  38243847 gtgaggaacagtggcatatgtcagggaaatactcttggacaatactttggcattggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatccttttg 38243748  T
Q  133 gtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataaatt 232  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| || ||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||    
T  38243747 gtatagagataggtaatcctgcagaggtttcagaagggtccgaggataaatgggtgcttaatgttcatgccattgatacacgtggcgtagaggataagtt 38243648  T
Q  233 agggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgttat 332  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38243647 agggtgcactgagtgtaagtgcgagctttataatgttacggtggatgaatatggaaggtctataaggccagattataaaggaggttggttatgttgttat 38243548  T
Q  333 gaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 374  Q
    ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38243547 gattgtacacagtgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 38243506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 30 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 38254113 - 38253769
Alignment:
Q  30 cttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | ||||    ||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| ||||    
T  38254113 cttgtgagaaacagtggcatatgccagggaaattatcttggacaatactttggccttggatccgaaacaagaggaacactgacagatattccggaccctt 38254014  T
Q  130 tcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataa 229  Q
    | ||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||||| || |||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  38254013 ttggtatagaggtaggtaatcctgcagaggttccagaagggtttgatgagaaatggatggttaatgttcatgccatcgatacacgaggtgcagaggataa 38253914  T
Q  230 attagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgt 329  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |  |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38253913 gttagggtgcaccgagtgtaagtgcgagctttataatgttacggtggatgagtacggaaggtctgtaaggcctgattataaaggaggtatgttatgttgt 38253814  T
Q  330 tatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 374  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253813 tatgatcatacacggtgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 38253769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 75 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 38220957 - 38220658
Alignment:
Q  75 tactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttg 174  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||    
T  38220957 tactttgggcttggatctgaaacacgagggacggcgactgatattccggatccttttggtatagagataggtaatcctgcagagattccagaagggtatg 38220858  T
Q  175 aggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataaattagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagt 274  Q
    |||| | |||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  38220857 aggagatatggatgctaaacgttcatgccattgatacgcgcggcgtggaggataagttagggtgtactgagtgcaagtgtgagctttataatgttacagt 38220758  T
Q  275 ggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgttatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 374  Q
     ||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38220757 tgatgaatatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaaggttttgagcgtcca 38220658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 33 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17455610 - 17455273
Alignment:
Q  33 gtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcg 132  Q
    ||||| ||||||||||| || |||| |||| |  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |    
T  17455610 gtgaggaacagtggcatttgccaaggaaatattcttccacagtatttcggccttggatcagaaacacgaggaacaccgaccgatattccggatccttttg 17455511  T
Q  133 gtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataaatt 232  Q
    |||| ||||| ||||||||   ||| ||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||| || |||| |||||||||  |    
T  17455510 gtatggagatgggtaatccaacagaaattccagaagggtttgaggagaaatggttgtttaatattcatgccatcgatacacgtggcgtagaggataagct 17455411  T
Q  233 agggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgttat 332  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   | | ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17455410 agggtgcactgagtgcaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggcctttaatgtctgattataaaggaggtttgtcatgttgttat 17455311  T
Q  333 gaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgaggg 370  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17455310 gataatacacaatgcaagttgaaggaaggttttaaggg 17455273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 67 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17434476 - 17434173
Alignment:
Q  67 ttccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcggtatagagataggtaatcctgaagagattccact 166  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||      
T  17434476 ttccacagtatttcggccttggatccgaaacacgaggaacgccgactgacattccagatccttttggtatagagataggtaatcctgcagatattccaga 17434377  T
Q  167 agggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataaattagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataat 266  Q
    |||||||||||| || |||||| ||||| |||||||||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  17434376 agggtttgaggagaagtggttgtttaatattcatgccatcgatacacgtggcgtagaggataagttagggtgcactgaatgcaagtgtgagctttataat 17434277  T
Q  267 gttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgttatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttg 366  Q
    || ||||||||||||||||||||  || |  |   |||||||||||| ||| ||  ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17434276 gtaacagtggatgaatatggaagacctttaagtttagattataaagggggtatgaaatgttgtcatgataatacacaatgcaagttgaaggtaggttttg 17434177  T
Q  367 aggg 370  Q
    ||||    
T  17434176 aggg 17434173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 75 - 211
Target Start/End: Original strand, 11485202 - 11485338
Alignment:
Q  75 tactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttg 174  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||  ||| ||||||| || ||||  || |||||  | |||||||||||||| ||||||  ||||| ||    
T  11485202 tactatggtcttggatctgaaacaagaggcacaaatacatatattcctgacccttatggcatagaagttggtaatcctgaagaaattccaaaagggtatg 11485301  T
Q  175 aggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatac 211  Q
     ||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  11485302 tggaaaaatggtttattaatgttcatgctattgatac 11485338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 75 - 288
Target Start/End: Original strand, 11478931 - 11479144
Alignment:
Q  75 tactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttg 174  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||  ||| |||||||  | ||||  || |||||  | ||||||| |||||| ||||||  ||||| ||    
T  11478931 tactatggtcttggatctgaaacaagaggcacaaatacatatattcctcaaccttatggaatagaagttggtaatcatgaagaaattccaaaagggtatg 11479030  T
Q  175 aggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgaggcgcagaggataaattagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagt 274  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||  | || | ||| |||| | | ||||| | |||||| ||||| ||  | ||||||||||||      
T  11479031 tggaaaaatggttgattaatgttcatgctattgatactaggggtgtagaagatagaatggggtgtattgagtgtaagtgtgatttgtataatgttacaaa 11479130  T
Q  275 ggatgaatatggaa 288  Q
    ||||||| ||||||    
T  11479131 ggatgaaaatggaa 11479144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 212
Target Start/End: Original strand, 21546636 - 21546773
Alignment:
Q  75 tactttggccttggatccgaaacacgaggaacaacaacagatattccggatcctttcggtatagagataggtaatcctgaagagattccactagggtttg 174  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| || | ||||  ||| ||||||| || ||||  ||||||||  | ||||||||||  || ||||||  ||||| ||    
T  21546636 tactatggtcttggatcagaaacaagaagcacaaatacatatattccagacccttatggtatagaagttggtaatcctgctgaaattccaaaagggtatg 21546735  T
Q  175 aggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacg 212  Q
     ||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  21546736 tggagaaatggttgatcaatgttcatgcaattgatacg 21546773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University