View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20904_high_1 (Length: 800)

Name: NF20904_high_1
Description: NF20904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20904_high_1
NF20904_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-788)||(54237824-54238586)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 788
Target Start/End: Original strand, 54237824 - 54238586
Alignment:
Q  20 ggacaatgtttaggatctgcagacagtaggtattatccgggcttttggcaggtggtatgtatcttgtttggctttgaaattttatggtttgctatcagta 119  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54237824 ggacaatgtttaggatttgcagacagtaggtattatccgggcttttggcaggtggtatgtatcttgtttggctttgaaattttatggtttgctatcagta 54237923  T
Q  120 aagttgcatatagttggttatgaagctgctggtttttgcttcaatggatcatccgtttatggttaaatatcacaggtattcggcagcaacactgaaagta 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  54237924 aagttgcatatagttggttatgaagctgctggtttttgcttcaatggatcatccgtttatggttaaataacataggtattcggcagcaacactgaaagta 54238023  T
Q  220 tagtaagtgtgatttttctcttttatttgagtttgaaccgaaactccaactccaattatccgttaattactcaaacaagctaagttccccaactcatgtg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54238024 tagtaagtgtgatttttctcttttatttgagtttgaaccgaaactccaactccaattatccgttaattactcaaacaagctaagttccccaactcgtgtg 54238123  T
Q  320 tgttgtctacnnnnnnnttgttggatcccttctctaaaannnnnnnaatgaatggttaattattagannnnnnnncttcttctttgccacaacttgaact 419  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||    
T  54238124 tgttgtctacaaaaaa-ttgttggatcccttctcttaaaaaaatttaatgaatggttaattattagatttttttt-ttcttctttgccacaacttgaact 54238221  T
Q  420 ctcttaattcaaaccaattaaactatccgtcccttctctgattggagtattaaacaagtgaaattgggcaatgaaatagtttgatcatagttaagtactt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       
T  54238222 ctcttaattcaaaccaattaaactatccgtcccttctctgattggagtattaaacaagtgaaattgggcaatgaagtagtttgatcatagttaagta--- 54238318  T
Q  520 agttagtaggaggtagtagcttgttattcgttgaatgattgggatactttgtagtgagagaatcgagaatcttcggaatgtgcgaggtggtggaagtgtc 619  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54238319 -gttagtaggaggtagtagcttgttattcgttgaatgattgggatactttgtagtgagagaatcgagaatcttcggaatgtgcgaggtggtggaagtgtc 54238417  T
Q  620 ctattagaagaattagaataagatcatagattagtgatagtattacggtggaaattgggtggaggagggtggaccgttgctgctggaaaaggtgggataa 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54238418 ctattagaagaattagaataagatcatagattagtgatagtattacggtggaaattgggtggaggagggtggaccgttgctgctggaaaaggtgggataa 54238517  T
Q  720 cctggacctatcaaatttatgtcactgttatcgtgccgtctaaagtaaagcatatatattggtattgat 788  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54238518 cctggacctatcaaatttatgttactgttatcgtgccgtctaaagtaaagcatatatattggtattgat 54238586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University