View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20908_high_1 (Length: 705)

Name: NF20908_high_1
Description: NF20908
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20908_high_1
NF20908_high_1
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (1-689)||(13080463-13081151)
chr1 (100-685)||(19278865-19279450)
chr1 (90-666)||(13244205-13244784)
chr1 (147-689)||(13271492-13272034)
chr1 (330-662)||(12963802-12964134)
chr1 (147-689)||(13086013-13086555)
chr1 (181-689)||(30367889-30368394)
chr1 (331-668)||(13070104-13070441)
chr1 (331-668)||(13204386-13204723)
chr1 (141-635)||(13064954-13065445)
chr1 (331-668)||(13094326-13094663)
chr1 (181-665)||(13007130-13007611)
chr1 (331-668)||(13100928-13101264)
chr1 (331-668)||(13129755-13130092)
chr1 (90-283)||(12963598-12963791)
chr1 (331-668)||(13161448-13161785)
chr1 (106-281)||(19727464-19727639)
chr1 (106-279)||(13214132-13214305)
chr1 (113-285)||(13101307-13101479)
chr1 (181-281)||(13069957-13070057)
chr1 (179-293)||(13130127-13130241)
chr1 (126-284)||(13161829-13161987)
chr1 (179-284)||(13094707-13094812)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (505-560)||(377572-377627)
chr6 (181-281)||(31396456-31396557)
chr6 (505-561)||(346874-346930)
chr6 (505-561)||(355533-355589)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (490-548)||(12164320-12164378)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (485-542)||(36668178-36668235)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 689
Target Start/End: Original strand, 13080463 - 13081151
Alignment:
Q  1 gtagcaaaagaaaatcttcaccaattcatatacaaatgtttgaactactacagaagtggtgaagagaaaagaagcgatgatagtcatctttgcttgctta 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080463 gtagcaaaagaaaatcttcatcaattcatatacaaatgtttgaactactacagaagtggtgaagagaaaagaagcgatgatagtcatctttgcttgctta 13080562  T
Q  101 aagatctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080563 aagatctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattag 13080662  T
Q  201 tacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgag 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080663 tacaggtctcacttggtttttttggctggtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgag 13080762  T
Q  301 aattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttc 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080763 aattttatcgctaatttaggtgtggaagagcttgataagctagtttaccttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttc 13080862  T
Q  401 agcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatgga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080863 agcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatgga 13080962  T
Q  501 gcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgttt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  13080963 gcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgttt 13081062  T
Q  601 aatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaagtttcacat 689  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13081063 aatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaagtttcacat 13081151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 100 - 685
Target Start/End: Original strand, 19278865 - 19279450
Alignment:
Q  100 aaagatctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaatta 199  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||| |||||| |||| |  ||||| |||||||||||| ||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  19278865 aaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagatgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaatta 19278964  T
Q  200 gtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatga 299  Q
    || | ||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||  || || |  |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | | || ||    
T  19278965 gttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagagga 19279064  T
Q  300 gaattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcattt 399  Q
     ||||| ||| | |||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||    
T  19279065 taatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagctagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccattt 19279164  T
Q  400 cagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatgg 499  Q
     | |||||||||||  | || || |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19279165 gaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtctaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgg 19279264  T
Q  500 agcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtt 599  Q
    | ||||||||||| || |||||| | || |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||    
T  19279265 aacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtt 19279364  T
Q  600 taatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaagtttc 685  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||    
T  19279365 taatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttc 19279450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 90 - 666
Target Start/End: Original strand, 13244205 - 13244784
Alignment:
Q  90 ttgcttgcttaaagatctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggt---tgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcagga 186  Q
    |||| |||| ||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |   ||||| |||||| ||||| ||| |  | |||||||| | |||||||    
T  13244205 ttgcctgctaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggggaaatgatcgatgagaagtatatcagagacactgcggtaaatctcttcggtgcagga 13244304  T
Q  187 aatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtt 286  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13244305 aatggaacaattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataattgtc 13244404  T
Q  287 taaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatcc 386  Q
    ||| ||| || |||||||| |||  |||||||  ||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  13244405 taacacaagaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaagattgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcc 13244504  T
Q  387 ttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgca 486  Q
    | || | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13244505 tcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgca 13244604  T
Q  487 atgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttata 586  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||   |||||| | || || ||||| |    
T  13244605 atgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagctagaggagggattataaatgtaccgtcttaca 13244704  T
Q  587 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagct 666  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  13244705 agttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagct 13244784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 147 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 13272034 - 13271492
Alignment:
Q  147 gtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagg 246  Q
    |||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  13272034 gtatattagagacactgcattcactctcttggctgcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctaat 13271935  T
Q  247 gtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagctagttt 346  Q
    || || |  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || |||||||| |||  |||||||   || ||| |  ||||||||||  |||    
T  13271934 gtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagctgattt 13271835  T
Q  347 atcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagacca 446  Q
    | ||||||| ||| ||||||||| |||| || || |||||| || || ||||| | |||||||||||  | || || |||| ||| ||||||||| ||||    
T  13271834 accttcatgcagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacacca 13271735  T
Q  447 tgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatgg 546  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271734 tgttggtccaaacacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatgg 13271635  T
Q  547 atatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttc 646  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  13271634 atatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctgtcttgggaaagatattagctttattc 13271535  T
Q  647 aaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaagtttcacat 689  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||  |||||||||||    
T  13271534 aaatgaaaatggttgcagcttctgtattatggaagtttcacat 13271492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 330 - 662
Target Start/End: Original strand, 12963802 - 12964134
Alignment:
Q  330 gcttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaa 429  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| || || ||||| | ||||||||||| || ||||| |||| |    
T  12963802 gcttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatata 12963901  T
Q  430 cttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagt 529  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |    
T  12963902 ttacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaat 12964001  T
Q  530 ttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaa 629  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  12964002 ttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaa 12964101  T
Q  630 agatattagttttcttcaaatgaaaatggttgc 662  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  12964102 agatattagctttgttcaaatgaaaatggttgc 12964134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 147 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 13086555 - 13086013
Alignment:
Q  147 gtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagg 246  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||||| | |||||||| ||||||| ||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||   |      
T  13086555 gtatattagagacactgcattcaatctcttagctgcaggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttcata 13086456  T
Q  247 gtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagctagttt 346  Q
    || || | |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  ||| || || |||||  || |||||||| | || ||| ||||| |||| ||||| |    
T  13086455 gtggaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgt 13086356  T
Q  347 atcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagacca 446  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||| |||||||||||  |    
T  13086355 accttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagatta 13086256  T
Q  447 tgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatgg 546  Q
    |||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| |||| || |||||||| |||||||||    
T  13086255 tgttaaaccaaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatgg 13086156  T
Q  547 atatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttc 646  Q
    |||||||||| |||||| ||| | || || |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  || |||    
T  13086155 atatcagataaaggacatattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttc 13086056  T
Q  647 aaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaagtttcacat 689  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||  |||||||||||    
T  13086055 aaatgaaaatggttgcagctgctatgttatggaagtttcacat 13086013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 181 - 689
Target Start/End: Original strand, 30367889 - 30368394
Alignment:
Q  181 gcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagata 280  Q
    ||||| ||||| ||| ||||| || |||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||  || || |  |||||||||||||||||||||||||    
T  30367889 gcaggtaatggcacacttagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagata 30367988  T
Q  281 attgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggct 380  Q
    ||||| ||  | |  |||||||||  ||  ||   | |   ||||||   |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| || | ||| |    
T  30367989 attgtgtatcaaaacatgagaattggataact---tcaatggtggaaagccttgataagctagtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggtt 30368085  T
Q  381 atatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttg 480  Q
     |||||| ||||| | ||| |||  |   |||| |||||||| |||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  30368086 gtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttg 30368185  T
Q  481 tatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccat 580  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||    
T  30368186 tatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtaccat 30368285  T
Q  581 cttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaa 680  Q
    |||| ||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||| | || |||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | ||||  ||    
T  30368286 cttacaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaa 30368385  T
Q  681 gtttcacat 689  Q
    |||||||||    
T  30368386 gtttcacat 30368394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 331 - 668
Target Start/End: Original strand, 13070104 - 13070441
Alignment:
Q  331 cttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaac 430  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||| || || |||||| ||||| | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||| ||    
T  13070104 cttgataatctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13070203  T
Q  431 ttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtt 530  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||    
T  13070204 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13070303  T
Q  531 taagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaa 630  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||| | || |||    
T  13070304 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaa 13070403  T
Q  631 gatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgc 668  Q
    ||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  13070404 gatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgc 13070441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 331 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 13204723 - 13204386
Alignment:
Q  331 cttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaac 430  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||| | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||| ||    
T  13204723 cttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13204624  T
Q  431 ttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtt 530  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||    
T  13204623 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13204524  T
Q  531 taagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaa 630  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||| | || |||    
T  13204523 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaa 13204424  T
Q  631 gatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgc 668  Q
    ||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  13204423 gatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgc 13204386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 141 - 635
Target Start/End: Original strand, 13064954 - 13065445
Alignment:
Q  141 tgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcat 240  Q
    ||||| |||| ||||||| ||| || ||||||| ||| | || ||||| || ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||    
T  13064954 tgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcat 13065053  T
Q  241 cctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagc 340  Q
    |||   || || |  || |||||||||||||| |||||||||||| ||    | ||||| || || ||   || || |   |||||| |||||||||| |    
T  13065054 cctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgat---tacttcaattgtggaaaagcttgataaac 13065150  T
Q  341 tagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtgg 440  Q
    || |||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  |  |||| |||| ||| |||||| | |||| ||||||||||||    
T  13065151 taatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtgg 13065250  T
Q  441 agaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgag 540  Q
    || |||||| ||||||||||||| | || |||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||    
T  13065251 agtccatgtaagtccaaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgag 13065350  T
Q  541 agatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatat 635  Q
    |||||||||||| | || |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||| | || ||||||||    
T  13065351 agatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatat 13065445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 331 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 13094663 - 13094326
Alignment:
Q  331 cttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaac 430  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||| | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||| ||    
T  13094663 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatac 13094564  T
Q  431 ttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtt 530  Q
    | ||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||    
T  13094563 tacctagtggataccatgttactccaaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13094464  T
Q  531 taagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaa 630  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||| | |||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||  |||| || ||||  ||| | || |||    
T  13094463 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaa 13094364  T
Q  631 gatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgc 668  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  13094363 gatattagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgc 13094326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 181 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 13007611 - 13007130
Alignment:
Q  181 gcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagata 280  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||  || || |  |||||||||||||| ||||||||||    
T  13007611 gcaggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagata 13007512  T
Q  281 attgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggcgtggaagagcttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggct 380  Q
    | ||    | ||| || ||||||   |   ||  |||  | |  |  || |||||||||||||| || || ||||||||  ||||||||||| | |||||    
T  13007511 actggcccacacaagaggagaatcaga---ctcctttgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggct 13007415  T
Q  381 atatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttg 480  Q
     |||||| ||||| | ||| |||| |  ||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | || ||||||    
T  13007414 ttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttg 13007315  T
Q  481 tatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccat 580  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || ||||    
T  13007314 tacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccat 13007215  T
Q  581 cttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagc 665  Q
    |||| ||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||| | || || |||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||    
T  13007214 cttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagc 13007130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 331 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 13101264 - 13100928
Alignment:
Q  331 cttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaac 430  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||| ||||| | ||| |||| |  ||| | |||||||| |||| ||    
T  13101264 cttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatac 13101165  T
Q  431 ttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtt 530  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| | || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||    
T  13101164 ttcctagtggagagcgttttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13101065  T
Q  531 taagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaa 630  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||| | || ||     
T  13101064 taagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaag 13100966  T
Q  631 gatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgc 668  Q
    |||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  13100965 gatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagctgc 13100928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 331 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 13130092 - 13129755
Alignment:
Q  331 cttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaac 430  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || | ||| |||| |  ||| | |||||||| |||| ||    
T  13130092 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatac 13129993  T
Q  431 ttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtt 530  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||  || || || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||    
T  13129992 tacctagtggataccatgttagtccaaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13129893  T
Q  531 taagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaa 630  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||| | |||||||| || |||||||| |||||| |||| || ||  |||| || ||||  ||| | || |||    
T  13129892 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaa 13129793  T
Q  631 gatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgc 668  Q
    ||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  13129792 gatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgc 13129755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 90 - 283
Target Start/End: Original strand, 12963598 - 12963791
Alignment:
Q  90 ttgcttgcttaaagatctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaat 189  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||| | | || ||| |||||||||| | |||||||| |    
T  12963598 ttgcctgctaaaagatctaatgaaggaaggattgggaaagggggaaatggctgagaaatatattataaacacaacactcaatctcttagctgcaggaagt 12963697  T
Q  190 ggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataatt 283  Q
    |||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||   |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12963698 ggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagattaaagataatt 12963791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 331 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 13161785 - 13161448
Alignment:
Q  331 cttgataagctagtttatcttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaac 430  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||  || || | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||| ||    
T  13161785 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 13161686  T
Q  431 ttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtt 530  Q
    | ||||||||||| | | |||||||||||||||  ||||| || ||| ||||| | ||||| |||||||| ||| ||||||| || || ||| |||| ||    
T  13161685 tacctagtggagaacgtattagtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatt 13161586  T
Q  531 taagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagttccatcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtcttgggaaa 630  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||| | |||||||| || || ||||| ||||||||| | || ||  |||| || ||||  ||| | || |||    
T  13161585 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccttcttacaagttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaa 13161486  T
Q  631 gatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgc 668  Q
    ||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  13161485 gatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgc 13161448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 19727639 - 19727464
Alignment:
Q  106 ctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacag 205  Q
    |||||| |||||||||  | |||||||||||||  ||||| |||| ||||||| | |  | ||| ||||||  | |||||||||||  || |||||||||    
T  19727639 ctaatgaaggaaggatctggaaagggggaaatgaatgagaagtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatggcccagttagtacag 19727540  T
Q  206 gtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataa 281  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| || |||||||  || || |  |||||||||||||| |||||||||||    
T  19727539 gtctcagttggtttttttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataa 19727464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 106 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 13214305 - 13214132
Alignment:
Q  106 ctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacag 205  Q
    |||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||| ||||||| | | | |||| ||||||  | |||||||||||  || || || |||    
T  13214305 ctaatgaaggaaggatttggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatggcccagttcgttcag 13214206  T
Q  206 gtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagat 279  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||| |||| ||  || || | ||||||||||||||| || ||||||    
T  13214205 gtctcatttggtttttctggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaagaaataaaagat 13214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 113 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 13101479 - 13101307
Alignment:
Q  113 aggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcac 212  Q
    |||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||| ||||||| | |  ||||| ||||||  | |||||||||||  || ||||| ||| |||||     
T  13101479 aggaaggatctggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcag 13101380  T
Q  213 ttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgt 285  Q
    |||||| || ||||||||||| || |||||||  || || |  ||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  13101379 ttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgt 13101307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 281
Target Start/End: Original strand, 13069957 - 13070057
Alignment:
Q  181 gcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagata 280  Q
    ||||||||||| ||| ||| | ||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||  || || |  |||||||||||||| || |||||||    
T  13069957 gcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaataaaagata 13070056  T
Q  281 a 281  Q
    |    
T  13070057 a 13070057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 13130241 - 13130127
Alignment:
Q  179 ttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaaga 278  Q
    |||| ||||||||  |||||||| ||| ||||| |||||| || |||||| |||||||  ||||||  || || |  ||||| |||||||||||||||||    
T  13130241 ttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaaga 13130142  T
Q  279 taattgtttaaaaca 293  Q
    |||||| |||| |||    
T  13130141 taattggttaacaca 13130127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 13161987 - 13161829
Alignment:
Q  126 aaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttgg 225  Q
    ||||||||||||   ||||| |||| ||||||||||| || ||| | |  || |||| ||||||||  |||||||| ||| ||||| |||||| || |||    
T  13161987 aaagggggaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctgg 13161888  T
Q  226 cttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattg 284  Q
    ||  |||||||  ||||||  || || |  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13161887 ctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattg 13161829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 13094812 - 13094707
Alignment:
Q  179 ttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttgtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaaga 278  Q
    |||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| || |||||| |||||||  ||||||  || || |  ||||| ||||||||||||| |||    
T  13094812 ttgccggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcagaga 13094713  T
Q  279 taattg 284  Q
    ||||||    
T  13094712 taattg 13094707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 505 - 560
Target Start/End: Original strand, 377572 - 377627
Alignment:
Q  505 atatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagagg 560  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  377572 atatggggagaagattgcttggagttcaagccagagagatggatatctgagagagg 377627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 281
Target Start/End: Original strand, 31396456 - 31396557
Alignment:
Q  181 gcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggttcttttggcttg-tttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagat 279  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||  |||||| || ||||||| ||||||| |||||||  || || |  |||||||||||||||||  |||||    
T  31396456 gcaggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcctaatgtggaagccaaaattattcaagagattcaagat 31396555  T
Q  280 aa 281  Q
    ||    
T  31396556 aa 31396557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 505 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 346930 - 346874
Alignment:
Q  505 atatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagagga 561  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  346930 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagagga 346874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 505 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 355589 - 355533
Alignment:
Q  505 atatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagagga 561  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  355589 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagagga 355533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 490 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 12164378 - 12164320
Alignment:
Q  490 ggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggat 548  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  12164378 ggaagggtcgaggaaatatggggagaagattgcttggaatttaagccagagaggtggat 12164320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 485 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 36668235 - 36668178
Alignment:
Q  485 caatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagag 542  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  36668235 caattggaagggtggaggaaatatggggagaagattgcttggaatttaaaccagagag 36668178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University