View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20911_low_14 (Length: 244)

Name: NF20911_low_14
Description: NF20911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20911_low_14
NF20911_low_14
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-228)||(31560952-31561179)
chr6 (1-227)||(33273503-33273729)
chr6 (1-228)||(33411663-33411890)
chr6 (3-228)||(33059273-33059498)
chr6 (3-228)||(33642747-33642972)
chr6 (1-228)||(33287252-33287479)
chr6 (1-222)||(9168490-9168711)
chr6 (4-225)||(33402327-33402548)
chr6 (3-225)||(33389785-33390007)
chr6 (1-162)||(31567271-31567432)
chr6 (4-228)||(33264359-33264583)
chr6 (3-228)||(33306196-33306421)
chr6 (159-227)||(13609434-13609502)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (3-228)||(17438973-17439198)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (4-228)||(8470-8694)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (88-230)||(31150047-31150189)
chr4 (91-227)||(31497160-31497296)
chr4 (102-228)||(31158950-31159076)
chr4 (102-228)||(31489919-31490045)
chr4 (74-227)||(31477190-31477343)
chr4 (52-216)||(31033694-31033858)
chr4 (148-227)||(31019502-31019581)
chr4 (148-227)||(31029383-31029462)
chr4 (19-227)||(31502257-31502468)
chr4 (98-230)||(31161355-31161485)
chr4 (99-227)||(31245323-31245451)
chr4 (124-225)||(31483094-31483195)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 31560952 - 31561179
Alignment:
Q  1 acttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560952 acttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgatt 31561051  T
Q  101 cttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561052 cttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagc 31561151  T
Q  201 atatattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561152 atatattgaaagagtatggagtggatgt 31561179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33273729 - 33273503
Alignment:
Q  1 acttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgatt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |  ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  33273729 acttcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattacagcgtaactaatttgatacgaagtaggctatgtcgtgaaagggtccttctgatt 33273630  T
Q  101 cttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33273629 cttgataatgtggatcaagttgcacagttggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaattataatcatttctagagatgagc 33273530  T
Q  201 atatattgaaagagtatggagtggatg 227  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||    
T  33273529 atatattgaaatactatggagtggatg 33273503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 33411890 - 33411663
Alignment:
Q  1 acttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||   |   || ||||||||| |||||||||||||    
T  33411890 acttcaaactgtcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaactgatttgatacgacgtaggttacgtcatgaaaaggcccttctgatt 33411791  T
Q  101 cttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagc 200  Q
     |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  33411790 tttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagctgtgcatcgtgaatggttaggtgcgggtagtagaatcgttatcatttctagagatgagc 33411691  T
Q  201 atatattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  33411690 atatattgaaagagtacggagtggatgt 33411663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 33059498 - 33059273
Alignment:
Q  3 ttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattct 102  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||   ||||||| |||||| | ||  || ||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  33059498 ttcaaactctcggcatagaacaccaacaaatatgcaatcgttaccatgcaactactttgatacaaaggaagctatgtcatgaaagaacccttatgattct 33059399  T
Q  103 tgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcat 202  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33059398 tgataatgtggaccaagttgaacaattggagaaaatagcggtgcatcgtgaatggttaggtccaggtagtagaattattatcatttctagagatgagcat 33059299  T
Q  203 atattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
     ||||||||| |||||||||||||||    
T  33059298 gtattgaaagcgtatggagtggatgt 33059273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 33642747 - 33642972
Alignment:
Q  3 ttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattct 102  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| | |||  |||||| ||||||| |||   |  ||| ||| ||| | |||||||||||||||    
T  33642747 ttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgtaacatggcaactgatttgatacgacgtaggctacgtcgtgagaaggcccttctgattct 33642846  T
Q  103 tgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcat 202  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  33642847 tgataatgttgatcaagttgaacaatttgaaaaaataggtgtgcgtcgtgaatggttaggtgcaggtagtatagttattatcatttctagagatgagcat 33642946  T
Q  203 atattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  33642947 atattgaaagtgtatggagtggatgt 33642972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 33287479 - 33287252
Alignment:
Q  1 acttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgatt 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||| || |||| |||||||||| | || | |||||||||||||| | ||  |  ||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  33287479 acttcaaaccgtcggaatagaagaccatcatatatgcaatcgtcaccgtgcaactaatttgatacaaagtaggctacgtcgtgaaagggcccttcttatt 33287380  T
Q  101 cttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagc 200  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33287379 cttgataatgtagatcgagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggcgtaggtagtagaattattatcatttctagagatgagc 33287280  T
Q  201 atatattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  33287279 atatattggaagagtatggagtggatgt 33287252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9168711 - 9168490
Alignment:
Q  1 acttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgatt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| || || ||||||||  ||   |  ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  9168711 acttcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgctacagtgccacaaatttgatatgacgtatactatgtcgtgaaagggccctcctgatt 9168612  T
Q  101 cttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  9168611 cttgataatgttgatcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcgtgaatggttaggtgtgggtagtagaattattatcgtatcttgagatgagc 9168512  T
Q  201 atatattgaaagagtatggagt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  9168511 atatattgaaagagtatggagt 9168490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 33402548 - 33402327
Alignment:
Q  4 tcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattctt 103  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||| | |   |  ||| ||| ||||| ||| ||||||||| ||    
T  33402548 tcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaattgatttgatacaacgtaggctacgtcgtgaaaaggctcttctgattttt 33402449  T
Q  104 gataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcata 203  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33402448 gataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggtgcgggtagtagaattattatcatttctagagatgaacata 33402349  T
Q  204 tattgaaagagtatggagtgga 225  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  33402348 tattgaaagagtatgaagtgga 33402327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 33390007 - 33389785
Alignment:
Q  3 ttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattct 102  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||| |||   |  ||| ||| ||||| | ||||  |||||||    
T  33390007 ttcaaactctcgacataaaacaccatcaaatatgcaatcgttacattgcaactgatttgatacgacgtaggctaagtcgtgaaaagaccctagtgattct 33389908  T
Q  103 tgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcat 202  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33389907 tgataatgtggatcaaggtgaacaatcggaaaaaatagctgtgcatcgtgagtggttaggtgcaggtagtagaataattatcatttctagagatgagcat 33389808  T
Q  203 atattgaaagagtatggagtgga 225  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33389807 atattgaaagagtatggagtgga 33389785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Original strand, 31567271 - 31567432
Alignment:
Q  1 acttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgatt 100  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  31567271 acttcaaactgttggcatagatcaccaacaaatatgcaatcattacagcgccactaatttgatacgaagaaggctatgtcgtgaaagggcccttctgatt 31567370  T
Q  101 cttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttagg 162  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31567371 cttgaaaatgtagatcaagttgaacaaatggaaaaaatagttgtgcgtcgtgaatggttagg 31567432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 33264583 - 33264359
Alignment:
Q  4 tcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattctt 103  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||  |||  |  ||| ||| ||||| | ||||||| ||||||    
T  33264583 tcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttgataagaaataggctaagtcgtgaaaagacccttctaattctt 33264484  T
Q  104 gataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcata 203  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  33264483 gataatgtggatcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacata 33264384  T
Q  204 tattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    |||||||||| |||  |||||||||    
T  33264383 tattgaaagaatataaagtggatgt 33264359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 33306421 - 33306196
Alignment:
Q  3 ttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattct 102  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||| ||||||| ||||||| |||   |  ||| ||| ||||| || ||||||||||||    
T  33306421 ttcaaactctaggcatagaacaccatctaataagcaatcgttacaacgcaactgatttgatacgacgtaggctacgtcgtgaaaaggtccttctgattct 33306322  T
Q  103 tgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcat 202  Q
    |||||||||  || |||||| ||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  33306321 tgataatgtcaatgaagttgaacaattggaaaaaattgcagtgcatcgcgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttgtcatttctagagatgagcat 33306222  T
Q  203 atattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    
T  33306221 atattgaaggagtatggagtggatgt 33306196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 159 - 227
Target Start/End: Original strand, 13609434 - 13609502
Alignment:
Q  159 taggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatg 227  Q
    ||||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||  ||||| |||| |||| ||||||| ||||    
T  13609434 taggttcagggagtagaattatcgtaatttctagagatggccatatcttgagagagcatggagtagatg 13609502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 17438973 - 17439198
Alignment:
Q  3 ttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga-ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattc 101  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||| ||  ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17438973 ttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaacatatttgatacggcataga-ctatgtcatgaaagggcacttctgattc 17439071  T
Q  102 ttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagca 201  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17439072 ttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcttgaatggttaggtgcaggtagtagaatcattatcatttctagagatgagca 17439171  T
Q  202 tatattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||    
T  17439172 tatattgaaaaagtatggagtggatgt 17439198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 8694 - 8470
Alignment:
Q  4 tcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattctt 103  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||   |  ||| ||| ||||| | ||||||| ||||||    
T  8694 tcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttgataagacataggctaagtcgtgaaaagacccttctaattctt 8595  T
Q  104 gataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcata 203  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  8594 gataatgtggatcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacata 8495  T
Q  204 tattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    |||||||||| |||  |||||||||    
T  8494 tattgaaagaatataaagtggatgt 8470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 88 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 31150189 - 31150047
Alignment:
Q  88 ggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatt 187  Q
    ||||||| | |||||||| ||||| |||||||||| |||| | || ||| |||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  31150189 ggcccttataattcttgacaatgttgatcaagttgaacaactcgagaaattagccgtgaatcgtgaatggttaggtgcggggagtagaatcattataatt 31150090  T
Q  188 tctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgttg 230  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31150089 tctagagacgagcatatcttgaaagagtatggagtggatgttg 31150047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 91 - 227
Target Start/End: Original strand, 31497160 - 31497296
Alignment:
Q  91 ccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttct 190  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||  || |||| ||| ||||||||||||    
T  31497160 ccttttgatttttgataatgttgataaagttgaacaattagaaaaaatagttgttcgtcgtgattggttagatgtgggtagtaaaatcattatcatttct 31497259  T
Q  191 agagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatg 227  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31497260 agagacgagcatatactgaaagagtatggagtggatg 31497296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 102 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31159076 - 31158950
Alignment:
Q  102 ttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagca 201  Q
    |||||||||| ||| |||||| |||| | || ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||    
T  31159076 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 31158977  T
Q  202 tatattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  31158976 tatcttgaaagagtatggagttgatgt 31158950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 102 - 228
Target Start/End: Original strand, 31489919 - 31490045
Alignment:
Q  102 ttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagca 201  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| | || ||| | | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||    
T  31489919 ttgataatgttgataaagttggacaacttgataaattgggtgtgaatcgtgaatggttaggtgcagggagtagaatcattataatttctggagatgaaca 31490018  T
Q  202 tatattgaaagagtatggagtggatgt 228  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  31490019 tatcttgaaagagtatggagttgatgt 31490045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 227
Target Start/End: Original strand, 31477190 - 31477343
Alignment:
Q  74 ctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagta 173  Q
    ||||||| | |||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||  || ||||    
T  31477190 ctatgtcgtcaaagggtccttatgatttttgataatgttgataaagttgaacaactggaaaaaataggtgtttgtcgtgaatggctaggtgagggaagta 31477289  T
Q  174 gaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatg 227  Q
     ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||    
T  31477290 aaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaattatggagtagatg 31477343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 52 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 31033858 - 31033694
Alignment:
Q  52 aactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgt 151  Q
    |||||||||||| ||| | || ||| |||||  ||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||   ||| ||| |||||||| || ||    
T  31033858 aactaatttgatacgactcaagctaggtcatataagagcccttctagttcttgataatgttgatcaagttgaacagcaggagaaattagctgtgagtagt 31033759  T
Q  152 gaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagta 216  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  31033758 gaatgtttaggtgctgggagtagaattgttataacttctagagatgttcatatcttgaaagagta 31033694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 148 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31019581 - 31019502
Alignment:
Q  148 tcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatg 227  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  31019581 tcgtgaatgtttaggtgtagggagtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatg 31019502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 148 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31029462 - 31029383
Alignment:
Q  148 tcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatg 227  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  31029462 tcgtgaatatttaggtgcagggagtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatg 31029383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Original strand, 31502257 - 31502468
Alignment:
Q  19 agaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |  ||| |||| ||||| |||   |  ||||||| | |||||| |||| ||||| |||||||||| ||| ||    
T  31502257 agaacacaatcaaatatgcaatctttctactgcatctaacttgattcgacgcaggctatgtcgtcaaagggtccttttgatttttgataatgttgataaa 31502356  T
Q  119 gttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtc----gtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagag 214  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||| ||     |||||||||||||||  || |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||       
T  31502357 gttgaacaactggaaaaaataggtgtgtgtgtgtggtgaatggttaggtgg-ggtagtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaaattt 31502455  T
Q  215 tatggagtggatg 227  Q
    | |||||||||||    
T  31502456 tttggagtggatg 31502468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 98 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 31161485 - 31161355
Alignment:
Q  98 attcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatg 197  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||| | |||||| |||||| |  || |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| | || ||||||||    
T  31161485 attcttgacaatgttgatcaagttgaacaactcgaaaaactagctgag--tcatgaatggttatgtgcggggagtagaatcattataacttttagagatg 31161388  T
Q  198 agcatatattgaaagagtatggagtggatgttg 230  Q
    ||||||| ||||||| || ||  ||||||||||    
T  31161387 agcatatcttgaaagtgtttgttgtggatgttg 31161355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 227
Target Start/End: Original strand, 31245323 - 31245451
Alignment:
Q  99 ttcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatga 198  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||| | ||| ||   || |||||| ||||  ||||||||||||| || || |||||||||||||     
T  31245323 ttcttgataatgttgatcaagttgaacaactggataaattggctatgacacgagaatggctaggcacagggagtagaatcatcataatttctagagatgt 31245422  T
Q  199 gcatatattgaaagagtatggagtggatg 227  Q
     ||||| |||| |||| ||||||| ||||    
T  31245423 tcatatcttgagagagcatggagtagatg 31245451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 124 - 225
Target Start/End: Original strand, 31483094 - 31483195
Alignment:
Q  124 acaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtg 223  Q
    ||||||||| ||| ||||||||  |||| |||  |||| ||||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||    
T  31483094 acaattggagaaactagctgtgactcgtaaatcattagctgcagggagcagaatcattatagtttgtagagatgctcatatcttggaagagtatggagtg 31483193  T
Q  224 ga 225  Q
    ||    
T  31483194 ga 31483195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University