View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20919_high_3 (Length: 708)

Name: NF20919_high_3
Description: NF20919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20919_high_3
NF20919_high_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (15-694)||(29547037-29547716)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 694
Target Start/End: Original strand, 29547037 - 29547716
Alignment:
Q  15 catgtatataaccaaccaacaccggaagcaaaaggaaaagaagagatgaaaatataagaaccaatatatggtaatgcaagaattaagcactgaaagtgat 114  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29547037 catgtacataaccaaccaacaccggaagcaaaaggaaaagaagagatgaaaatataagaaccaatatatggtaatgcaagaattaagcactgaaagtgat 29547136  T
Q  115 gaaacaatagaccagtccagacaggctggccgaaaaaacatgaaaattatatctttgaattgtcgttggcttgggaatccacaaaccgttagagctctta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29547137 gaaacaatagaccagtccagacaggctggccgaaaaaacatgaaaattttatctttgaattgtcgttggcttgggaatccacaaaccgttagagctctta 29547236  T
Q  215 agaaaattatttctcttgagaaccttgatatgattttcattatggaaactaaaagaaaagattataaattgttccaacttagcaacattggcaacctgga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29547237 agaaaattatttctcttgagaaccttgatatgattttcactatggaaactaaaagaaaagattataaattgttccaacttagcaacattggcaacctgga 29547336  T
Q  315 ctgtttagcggcggtaagttgtgcaatggaaggtaagcatagagttgttggcttgtcttgcttatggaacaacacagttaacattgacattagaggtatg 414  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29547337 ctgtttagtggcggtaagttgaacaatgtaaggtaagcatagagttgttggcttgtcttgcttatggaacaatacagttaacattgacattagaggtatg 29547436  T
Q  415 tctctaaaccatattctatatgattataactgatagtactaactctgaattggagagttagcggaatttatggtcatcctgagaaaggtnnnnnnnngat 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||    
T  29547437 tctctaaaccatattctatatgattataactgatagtactaactctgaattggagagttagcggaatttatggtcatcctgagaaaggtaaaaaaaagat 29547536  T
Q  515 cccacctgcaatttaataaaatccttatagaatttgtcatatgttaattctaactggttagtatttggggattttaatattattgtctcaaactgaaaat 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29547537 cccacctgcaatttaataaaatccttatagaatttgtgttatgttaattctaactggttagtatttggggattttaatattattgtctcaaactgaaaat 29547636  T
Q  615 tgggggaaacctctgtgatgctaaacattgttcagaattttaaagagcttttacaagaatgctcattgagtaacttggat 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29547637 tgggggaaacctctgtgatgctaaacattgttcagaattttaaagagcttttacaagaatgctcattgagtaacttggat 29547716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University