View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20920_low_2 (Length: 630)

Name: NF20920_low_2
Description: NF20920
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20920_low_2
NF20920_low_2
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (20-620)||(27869843-27870453)
chr8 (23-398)||(27879160-27879540)
chr8 (23-398)||(28019341-28019721)
chr8 (23-417)||(27917013-27917418)
chr8 (23-417)||(27963432-27963837)
chr8 (25-396)||(27975451-27975838)
chr8 (25-396)||(28032720-28033107)
chr8 (384-620)||(27976017-27976251)
chr8 (384-620)||(28033286-28033520)
chr8 (415-620)||(27964235-27964444)
chr8 (429-620)||(27881608-27881802)
chr8 (429-620)||(28021789-28021983)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 559; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 620
Target Start/End: Original strand, 27869843 - 27870453
Alignment:
20 atccattatggatggtctaactctttaccttttcctagactct---gtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcctcgttaacacggaagatttgctc 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27869843 atccattatggatagtctaactctttaccttttcctagactcttttgtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcctcgttaacacggaagatttgctc 27869942  T
117 ttttatttagtgtacataatttgcgaaatataaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaaaaactagctagggtacgaatttcatagatgtatagg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
27869943 ttttatttagtgtacataatttgcgaaatctaaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaaaaactagctagagtacgaatttcatagatgtatagg 27870042  T
217 tttaggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaacaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27870043 tttaggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaacaaa 27870142  T
317 aat-------aataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattactcctttaattaagtgattgttttcaagagattaataaac 409  Q
    |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27870143 aataataaataataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattactcctttaattaagtgattgttttcaagagattaataaac 27870242  T
410 tttactaaatgacaacaaattgtttggagttgcttgtgtttgaattcgtgagtgaaacaattcttgatctcacttaatttatcttttaatcaaattttag 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27870243 tttactaaatgacaacaaattgtttggagttgcttgtgtttgaattcgtgagtgaaacaattcttgatctcacttaatttatcttttaatcaaattttag 27870342  T
510 attattaaaatttcattatcatagaaagtggagggttttaacacaaaaaacactttcctccctctgctttatttataagaaagtcatttttcacttttta 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27870343 attattaaaatttcattatcatagaaagtggagggttttaacacaaaaaacactttcctccctctgctttatttataagaaagtcatttttcacttttta 27870442  T
610 actgtcctttg 620  Q
    |||||||||||    
27870443 actgtcctttg 27870453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 23 - 398
Target Start/End: Original strand, 27879160 - 27879540
Alignment:
23 cattatggatggtctaactctttaccttttcctagactct--gtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcct-cgttaacacggaagatttgctcttt 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
27879160 cattgtggatggtctaactctttaccttttactagactctttgtcttttcttaatgaaaattaaccctttgccttctttaacacggaagatttgctctat 27879259  T
120 tatttagtgtacataatttgcgaaatataaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaa-aaactagctagggtacgaatttcatagatgtataggtt 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |    
27879260 tatttagtgtacataatatgcgaaatctaaactccctaacttgctagaatacggcgtaaaataaaccagctagagtacgaatttgatagatgtataggat 27879359  T
219 taggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaacaaaaa 318  Q
    | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
27879360 tggttactatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacacacaaaaa 27879459  T
319 taataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattact-cctttaattaagtgattgttttcaaga 398  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
27879460 taaaaaataatctatgcatgtaagtgatagacaatcaatattacactattactccctttaattaagtgattgttttcaaga 27879540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 23 - 398
Target Start/End: Original strand, 28019341 - 28019721
Alignment:
23 cattatggatggtctaactctttaccttttcctagactct--gtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcct-cgttaacacggaagatttgctcttt 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
28019341 cattgtggatggtctaactctttaccttttactagactctttgtcttttcttaatgaaaattaaccctttgccttctttaacacggaagatttgctctat 28019440  T
120 tatttagtgtacataatttgcgaaatataaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaa-aaactagctagggtacgaatttcatagatgtataggtt 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |    
28019441 tatttagtgtacataatatgcgaaatctaaactccctaacttgctagaatacggcgtaaaataaaccagctagagtacgaatttgatagatgtataggat 28019540  T
219 taggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaacaaaaa 318  Q
    | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
28019541 tggttactatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacacacaaaaa 28019640  T
319 taataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattact-cctttaattaagtgattgttttcaaga 398  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
28019641 taaaaaataatctatgcatgtaagtgatagacaatcaatattacactattactccctttaattaagtgattgttttcaaga 28019721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 23 - 417
Target Start/End: Original strand, 27917013 - 27917418
Alignment:
23 cattatggatggtctaactctttaccttttcctagactct--gtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcct-cgttaacacggaagatttgctcttt 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
27917013 cattgtggatggtctaactctttaccttttactagactctttgtcttttcttaatgaaaattaaccctttgccttctttaacacggaagatttgctctat 27917112  T
120 tatttagtgtacataatttgcgaaatataaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaaaaactagctagggtacgaatttcatagatgtataggttt 219  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  || |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
27917113 tatttagtgtacataatatgcaaaatctaaactccctaacttgctagaatacggcgaaaataaaccagctagagtacgaatttgatagatgtataggatt 27917212  T
220 aggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaac------ 313  Q
     | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||          
27917213 ggttactatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtatggacgaattaatcaacacacaaaaat 27917312  T
314 -aaaaataataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattact-cctttaattaagtgattgttttcaagagattaataaactt 411  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27917313 aaaaaataaaaaataatctatgcatgtaagtgatagacaatcaatattacactattactccctttaattaagtgattgttttcaagagattaataaactt 27917412  T
412 tactaa 417  Q
    ||||||    
27917413 tactaa 27917418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 23 - 417
Target Start/End: Original strand, 27963432 - 27963837
Alignment:
23 cattatggatggtctaactctttaccttttcctagactct--gtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcct-cgttaacacggaagatttgctcttt 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
27963432 cattgtggatggtctaactctttaccttttactagactctttgtcttttcttaatgaaaattaaccctttgccttctttaacacggaagatttgctctat 27963531  T
120 tatttagtgtacataatttgcgaaatataaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaaaaactagctagggtacgaatttcatagatgtataggttt 219  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  || |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
27963532 tatttagtgtacataatatgcaaaatctaaactccctaacttgctagaatacggcgaaaataaaccagctagagtacgaatttgatagatgtataggatt 27963631  T
220 aggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaac------ 313  Q
     | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||          
27963632 ggttactatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtatggacgaattaatcaacacacaaaaat 27963731  T
314 -aaaaataataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattact-cctttaattaagtgattgttttcaagagattaataaactt 411  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27963732 aaaaaataaaaaataatctatgcatgtaagtgatagacaatcaatattacactattactccctttaattaagtgattgttttcaagagattaataaactt 27963831  T
412 tactaa 417  Q
    ||||||    
27963832 tactaa 27963837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 25 - 396
Target Start/End: Original strand, 27975451 - 27975838
Alignment:
25 ttatggatggtctaactctttaccttttcctagactct--gtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcct-cgttaacacggaagatttgctctttta 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
27975451 ttatagatggtctaactctttaccttttcctaaactctttgtcttttcttaatgaaaattaaccctttgccttctttaacacggaagatttgctctttta 27975550  T
122 ttt----agtgtacataatttgcgaaatataaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaa-aaactagctagggtacgaatttcatagatgtatagg 216  Q
    |||    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
27975551 ttttattagtgtacataatttgcgaaatctaaactccctaacttgctagaatacggcgtaaaataaactagctagagtacgaatttcatagatgtatagg 27975650  T
217 tttaggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaac--- 313  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||       
27975651 tttagttattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaaacatatcctataattttttctctatatgtttggacgaattaatcaacacacaaa 27975750  T
314 ----aaaaataataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattact-cctttaattaagtgattgttttcaa 396  Q
        |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
27975751 aataaaaaataaaaaataatatatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattactccctttaattaagtgattgttttcaa 27975838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 25 - 396
Target Start/End: Original strand, 28032720 - 28033107
Alignment:
25 ttatggatggtctaactctttaccttttcctagactct--gtcttttcttaatgaaaattaaccctttgcct-cgttaacacggaagatttgctctttta 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
28032720 ttatagatggtctaactctttaccttttcctaaactctttgtcttttcttaatgaaaattaaccctttgccttctttaacacggaagatttgctctttta 28032819  T
122 ttt----agtgtacataatttgcgaaatataaactccgtaacttgctagaatacggcgtcaaa-aaactagctagggtacgaatttcatagatgtatagg 216  Q
    |||    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
28032820 ttttattagtgtacataatttgcgaaatctaaactccctaacttgctagaatacggcgtaaaataaactagctagagtacgaatttcatagatgtatagg 28032919  T
217 tttaggtattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaacaatatcctataattttttctctatctgtgtggacgaattaatcaacaaac--- 313  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||       
28032920 tttagttattatttacctaaattaaaagaaaataacatcttcaaaaacatatcctataattttttctctatatgtttggacgaattaatcaacacacaaa 28033019  T
314 ----aaaaataataaataatctatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattact-cctttaattaagtgattgttttcaa 396  Q
        |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
28033020 aataaaaaataaaaaataatatatgcatgtaagtggtagacaatcaatattacactattactccctttaattaagtgattgttttcaa 28033107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 384 - 620
Target Start/End: Original strand, 27976017 - 27976251
Alignment:
384 tgattgttttcaagagattaataaactttactaaatgacaacaaatt-gtttggagttgcttgtgtttgaattcgtgagtgaaacaattcttgatctcac 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||    
27976017 tgattgttttcaagagattaataaactttactaaatgacagcaaatttgtttggagttgcttgtgtttgaatta-----tgaaacaattcttgatctcac 27976111  T
483 ttaatttatcttttaatcaaattttagattattaaaatttcattatcatagaaagtggagggttttaacacaaaaaacactttcctccctct-gctttat 581  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
27976112 ttaatttatcttttaatcaaatttcagattactaagattttattatcatagaaagtggagggttttaacacaaaaaacactttactccctctatctttat 27976211  T
582 ttataagaaagtcatttttca-ctttttaactgtcctttg 620  Q
    | |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
27976212 tgataagaaagtcatttttcatttttttaactgtcttttg 27976251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 384 - 620
Target Start/End: Original strand, 28033286 - 28033520
Alignment:
384 tgattgttttcaagagattaataaactttactaaatgacaacaaatt-gtttggagttgcttgtgtttgaattcgtgagtgaaacaattcttgatctcac 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||    
28033286 tgattgttttcaagagattaataaactttactaaatgacagcaaatttgtttggagttgcttgtgtttgaatta-----tgaaacaattcttgatctcac 28033380  T
483 ttaatttatcttttaatcaaattttagattattaaaatttcattatcatagaaagtggagggttttaacacaaaaaacactttcctccctct-gctttat 581  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
28033381 ttaatttatcttttaatcaaatttcagattactaagattttattatcatagaaagtggagggttttaacacaaaaaacactttactccctctatctttat 28033480  T
582 ttataagaaagtcatttttca-ctttttaactgtcctttg 620  Q
    | |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
28033481 tgataagaaagtcatttttcatttttttaactgtcttttg 28033520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 415 - 620
Target Start/End: Original strand, 27964235 - 27964444
Alignment:
415 taaatgacaacaaatt-gtttggagttgcttgtgtttgaattcgtgagtgaaacaattcttgatctcacttaatttatcttttaatcaaattttagatta 513  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
27964235 taaatgacagcaaatttgtttggagttgcttgtgtttgaat-catgagtgaaacaattttttatctcacttaatttatcttttaatcaaatttcagatta 27964333  T
514 ttaaaatttcattatcatagaaagtggagggttttaacac--aaaaaacac-tttcctccctctg-ctttatttataagaaagtcatttttcacttttta 609  Q
     ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||    
27964334 ctaagatttcattgtcatagaaagtagagggttttaacaccaaaaaaacacttttactccttctgtctttatttataagaaaattatttttcacttttta 27964433  T
610 actgtcctttg 620  Q
    | |||||||||    
27964434 attgtcctttg 27964444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 429 - 620
Target Start/End: Original strand, 27881608 - 27881802
Alignment:
429 ttgtttggagttgcttgtgtttgaattcgtgagtgaaacaattcttgatctcacttaatttatcttttaatcaaattttagattattaaaatttcattat 528  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
27881608 ttgtttagagttgcttgtgtttgaat-catgagtgaaacaattttttatctcacttaatttatcttttaatcaaatttcagattactaagatttcattat 27881706  T
529 catagaaagtggagggttttaacac--aaaaaacac-tttcctccctctg-ctttatttataagaaagtcatttttcactttttaactgtcctttg 620  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  | ||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
27881707 catagaaagtagagggttttaacaccaacaaaacacttttactccttctgtctttatttataagaaaattatttttcactttttaattgtcctttg 27881802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 429 - 620
Target Start/End: Original strand, 28021789 - 28021983
Alignment:
429 ttgtttggagttgcttgtgtttgaattcgtgagtgaaacaattcttgatctcacttaatttatcttttaatcaaattttagattattaaaatttcattat 528  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
28021789 ttgtttagagttgcttgtgtttgaat-catgagtgaaacaattttttatctcacttaatttatcttttaatcaaatttcagattactaagatttcattat 28021887  T
529 catagaaagtggagggttttaacac--aaaaaacac-tttcctccctctg-ctttatttataagaaagtcatttttcactttttaactgtcctttg 620  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  | ||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
28021888 catagaaagtagagggttttaacaccaacaaaacacttttactccttctgtctttatttataagaaaattatttttcactttttaattgtcctttg 28021983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University