View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20921_low_1 (Length: 719)
Name: NF20921_low_1
Description: NF20921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20921_low_1 |
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| [»] scaffold0635 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 214 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 10044018 - 10043595
Alignment:
| Q |
214 |
tgtattttccaatttttcttcttcttctt---tttgatgtatttgtcaaattaattgtttagctttaggaatatatatatttggattggtatgtaatgca |
310 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| || || | ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
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| T |
10044018 |
tgtattttccaatttttcttcttctttttgatttagttgtat--gtcaaatttaatgtttagctttaggaatatatatttttggattggtatgtaatgca |
10043921 |
T |
|
| Q |
311 |
atgaaatggaaatttataaaataaaatgagaatagttgagtgaaatgaaacatagatcagactctatattctatnnnnnnnnttatggtgaaattttaat |
410 |
Q |
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|||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||| |
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| T |
10043920 |
atgaaatgaaaatttataaaatagaatgagcatagttgagtgaaatgaaacatagatcagactct-tctttta----ataaattatggtgaaattttaat |
10043826 |
T |
|
| Q |
411 |
gaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcacttccattctattacataannnnnnnaaaatattcgaacaattgaatatcacatcatttcattatatg |
510 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
10043825 |
gaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcatttccattctattacataatttttt-aaaatattcaaacagttgaatatcacatcatttcattatatg |
10043727 |
T |
|
| Q |
511 |
gtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaattttaacatttatgaaatg |
610 |
Q |
| |
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|
| T |
10043726 |
gtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaattttaacatttatgaaatg |
10043627 |
T |
|
| Q |
611 |
agaataaccaaagttgaaagaagcaactctta |
642 |
Q |
| |
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| T |
10043626 |
agaataaccaaagttgaaagaagcaattctta |
10043595 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 290 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 10105655 - 10105309
Alignment:
| Q |
290 |
tttggattggtatgtaatgcaatgaaatggaaatttataaaataaaatgagaatagttgagtgaaatgaaacatagatcagactctatattctatnnnnn |
389 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |
|
|
| T |
10105655 |
tttggattggtatgtaatgcaatgaaatgaaaatttataaaatagaatgagcatagttgagtgaaatgaaacatagatcagactct-tctttta----at |
10105561 |
T |
|
| Q |
390 |
nnnttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcacttccattctattacataannnnnnnaaaatattcgaacaattgaat |
489 |
Q |
| |
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| T |
10105560 |
aaattatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcatttccattctattacataatttttt-aaaatattcaaacagttgaat |
10105462 |
T |
|
| Q |
490 |
atcacatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatga |
589 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105461 |
atcacatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatga |
10105362 |
T |
|
| Q |
590 |
aattttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaactctta |
642 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
10105361 |
aattttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaattctta |
10105309 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10105891 - 10105693
Alignment:
| Q |
22 |
tttggtaaatgcaggtgtgaattttgtgggattagagggagatgagaaagacaagatagtagttattggagatggtgtagatgctgtcacgttgacaaaa |
121 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105891 |
tttggtaaatgcaggtgtgaattttgtgggattagagggagatgagaaagacaagatagtagttattggagatggtgtagatgctgtcacgttgacaaaa |
10105792 |
T |
|
| Q |
122 |
tgtttgaggaaaaaagttggacaaactgaaattgtcagcttaggagaagttaaagccagttgaaaaactcaaagaaaacaagagaggaaagatgtatttt |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
10105791 |
tgtttgaggaaaaaagttggacaaactgaaattgtcagcttaggagaagttaaagccagttgaaaaactcaaagaaaacaagaga-gcaagatgtatttt |
10105693 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0635 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: scaffold0635
Description:
Target: scaffold0635; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 290 - 642
Target Start/End: Original strand, 3129 - 3475
Alignment:
| Q |
290 |
tttggattggtatgtaatgcaatgaaatggaaatttataaaataaaatgagaatagttgagtgaaatgaaacatagatcagactctatattctatnnnnn |
389 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |
|
|
| T |
3129 |
tttggattggtatgtaatgcaatgaaatgaaaatttataaaatagaatgagcatagttgagtgaaatgaaacatagatcagactct-tctttta----at |
3223 |
T |
|
| Q |
390 |
nnnttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcacttccattctattacataannnnnnnaaaatattcgaacaattgaat |
489 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
3224 |
aaattatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcatttccattctattacataatttttt-aaaatattcaaacagttgaat |
3322 |
T |
|
| Q |
490 |
atcacatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatga |
589 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3323 |
atcacatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatga |
3422 |
T |
|
| Q |
590 |
aattttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaactctta |
642 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
3423 |
aattttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaattctta |
3475 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0635; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Original strand, 2893 - 3091
Alignment:
| Q |
22 |
tttggtaaatgcaggtgtgaattttgtgggattagagggagatgagaaagacaagatagtagttattggagatggtgtagatgctgtcacgttgacaaaa |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2893 |
tttggtaaatgcaggtgtgaattttgtgggattagagggagatgagaaagacaagatagtagttattggagatggtgtagatgctgtcacgttgacaaaa |
2992 |
T |
|
| Q |
122 |
tgtttgaggaaaaaagttggacaaactgaaattgtcagcttaggagaagttaaagccagttgaaaaactcaaagaaaacaagagaggaaagatgtatttt |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
2993 |
tgtttgaggaaaaaagttggacaaactgaaattgtcagcttaggagaagttaaagccagttgaaaaactcaaagaaaacaagaga-gcaagatgtatttt |
3091 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University