View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20924_low_1 (Length: 828)

Name: NF20924_low_1
Description: NF20924
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20924_low_1
NF20924_low_1
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (74-810)||(40597181-40597917)
chr5 (198-804)||(40387067-40387673)
chr5 (219-804)||(40333789-40334374)
chr5 (219-804)||(40376822-40377407)
chr5 (192-791)||(40277681-40278280)
chr5 (201-759)||(40303377-40303930)
chr5 (236-757)||(40256684-40257205)
chr5 (540-758)||(40326264-40326482)
chr5 (401-618)||(40409077-40409294)
chr5 (540-758)||(40310984-40311202)
chr5 (401-565)||(40457258-40457422)
chr5 (358-565)||(40406421-40406628)
chr5 (9-50)||(40597116-40597157)
chr5 (674-723)||(40283392-40283441)
chr5 (540-648)||(40283446-40283554)
chr5 (401-464)||(40388442-40388505)
chr5 (447-565)||(40362388-40362506)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 74 - 810
Target Start/End: Original strand, 40597181 - 40597917
Alignment:
Q  74 accaattcacataccttccgagacgatggaattatattatatcatattcttaactgctatcgctagtaaagtaaaaattggttattatagaataatgcaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597181 accaattcacataccttccgagactatggaattatattatatcatattcttaactgctatcgctagtaaagtaaaaattggttattatagaataatgcaa 40597280  T
Q  174 atagaagtcttttgaaggatattacatacccggttgtataagcctttccggacaaattcgacacttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctc 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597281 atagaagtcttttgaaggatattacatacccggttgtataagcctttccggacaaattcgacacttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctc 40597380  T
Q  274 tgaatcaattccaaaattattttcatgttgagccatgtctttgccataacattttctcaaatgccttatgtctgacggatccactttgtaaaagattggc 373  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  40597381 tgagtcaattccaaaattattttcatgttgagccatgtcttcgccataacaatttctcaaatgccttatgtctgacggtttcactttgtaaaagattggc 40597480  T
Q  374 caaactaattgattcttcaatttcatacactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcg 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597481 caaactaattgattcttcaatttcatacactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcg 40597580  T
Q  474 acagccttgattcttcaattgcatttagaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgaca 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597581 acagccttgattcttcaattgcatttagaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgaca 40597680  T
Q  574 taaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatct 673  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597681 taaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatct 40597780  T
Q  674 agtgatactttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgttctcggtaacccttcgcattcaaaggaaacttcacgtg 773  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597781 agtgatgctttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgttctcggtaacccttcgcattcaaaggaaacttcacgtg 40597880  T
Q  774 ccacattcaataagtcaaatgaagacgagtgcccttc 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597881 ccacattcaataagtcaaatgaagacgagtgcccttc 40597917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 198 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 40387673 - 40387067
Alignment:
Q  198 catacccggttgtataagcctttccggacaaattcgacacttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctctgaatcaattccaaaattattttc 297  Q
    ||||||| || || |||| | ||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || || |||||    
T  40387673 catacccagtcgtgtaagtcattccggacaaattagaaacttcaagcaatgctgacttccatttttgtactctctccgagtcaattccgaattttttttc 40387574  T
Q  298 atgttgagccatgtctttgccataacattttctcaaatgccttatgtctgacggatccactttgtaaaagattggccaaactaattgattcttcaatttc 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  40387573 atgttgagccatgtctttgccataaccatttctcaaatgccttatgtctgatggctctactttgtaaaagattggccaaactaattgattattccatttc 40387474  T
Q  398 atacactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcat 497  Q
     |||| || | ||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||||| || |||||| ||||||||||||    
T  40387473 ttacattcaagaatcttcacaagttcatcaagacaccatgtggaatttgcatagttttcagacaaaacaataatcgaaagtcttgatgcttcaattgcat 40387374  T
Q  498 ttagaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgt 597  Q
    ||  ||||   ||||||| |  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |||||||    
T  40387373 ttctaagacaaggtgaaactcggtccccagtgtgcagtccttcatcatccatgaaagtcttgaatcccccttgggataaagcttgaaaaagactacctgt 40387274  T
Q  598 aaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcctcaatt 697  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  || || | |||||  ||  |||||||||||| | | |||||||||  || ||||||||| |||    
T  40387273 aaaagagtagcgagtatcttcccctctaaaactgagaaacatctcccattgagcagttgaatgtctcaaattgtctagtgatttttcccattcctccatt 40387174  T
Q  698 ggtttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgttctcggtaacccttcgcattcaaaggaaacttcacgtgccacattcaataagtcaaatgaag 797  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||  | |   | ||| |||  |||||||| || |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40387173 ggtttacttcttacggaagaccctgccttaatgatttttcctggtaacccatcacattcaaaagcaatttcacgtgccacattcaataagtcaaatgagg 40387074  T
Q  798 acgagtg 804  Q
    | |||||    
T  40387073 aggagtg 40387067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 219 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 40334374 - 40333789
Alignment:
Q  219 ttccggacaaattcgacacttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctctgaatcaattccaaaattattttcatgttgagccatgtctttgcc 318  Q
    ||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||    
T  40334374 ttccggacaaattagaaacttcaagcaaagcagacttccatttttgtactctctccgagtctattccaaatcttctttcatgttgagccatgtctttgcc 40334275  T
Q  319 ataacattttctcaaatgccttatgtctgacggatccactttgtaaaagattggccaaactaattgattcttcaatttcatacactccataattttgaca 418  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || | ||| || |||    
T  40334274 ataactttttctcaaatgccttatgtctgatggctctactttgtaaaagattggccaaactaattgattattccatttcttacattcaagaatcttcaca 40334175  T
Q  419 agttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcatttagaagagtgggtgaaattt 518  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||||| || |||||| ||||||||||||||  ||||   ||||||| |     
T  40334174 agttcatcaagacaccatgtggaatttgcatagttttcagacaaaacaataatcgaaagtcttgatgcttcaattgcatttctaagacaaggtgaaactc 40334075  T
Q  519 tgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttc 618  Q
     ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40334074 ggtccccagtgtgcagtccttcatcatccatgaaagtcttgaatcccccttgggataaagcttgaaaaagactacctgtaaaagagtagcgagtatcttc 40333975  T
Q  619 tcctctaaaacttaagaaaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagat 718  Q
     ||||||||||| |  || || |||||||  ||  |||||||||||| | | | |||||||  || ||||||||| | || ||||| ||||||| ||||     
T  40333974 ccctctaaaactgagaaacatctgccattgagctgttgaatgtctcaaattgtgtagtgatttttcccattcctccaatgatttacttcttaagaaagac 40333875  T
Q  719 cccacatctttaattgttctcggtaacccttcgcattcaaaggaaacttcacgtgccacattcaataagtcaaatgaagacgagtg 804  Q
    ||  | |   | ||| |||  |||||||| || |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  40333874 ccttccttaatgattcttcctggtaacccatcacattcaaaagcaacttcacgtgccacattgaataagtcaaatgaggaggagtg 40333789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 219 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 40377407 - 40376822
Alignment:
Q  219 ttccggacaaattcgacacttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctctgaatcaattccaaaattattttcatgttgagccatgtctttgcc 318  Q
    |||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  40377407 ttccagacaaattagaaacttcaagcaaagctgacttccatttttgtactctctccgagtctattccaaactttttttcatgttgagccatgtctttgcc 40377308  T
Q  319 ataacattttctcaaatgccttatgtctgacggatccactttgtaaaagattggccaaactaattgattcttcaatttcatacactccataattttgaca 418  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || | ||| || |||    
T  40377307 ataaccttttctcaaatgccttatgtctgatggctctactttgtaaaagattggccaaactaattgattattccatttcttacattcaagaatcttcaca 40377208  T
Q  419 agttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcatttagaagagtgggtgaaattt 518  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||| || || |||| | |||||||||||||| ||||||   ||||||||     
T  40377207 agttcatcaagacaccatgtggaatttgcatagttttcagacaaaacaataattgaaagtcttgttgcttcaattgcatttcgaagagaatgtgaaattc 40377108  T
Q  519 tgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttc 618  Q
     |||||||||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| |||||||||| |||||||| |||||  |    
T  40377107 ggtctccagtgtgcaatcctttatcatccatgaaaatcttgaatcccccttgggataaagcttgaaaaagactacctgtaaaggagtagcgagtatcccc 40377008  T
Q  619 tcctctaaaacttaagaaaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagat 718  Q
     ||||||||||| | ||| || |||||||   || |||||||||||| | | |||||||||  || |||||| || | || ||||| ||||||||||||     
T  40377007 ccctctaaaactgaggaacatctgccattgatccgttgaatgtctcaaattgtctagtgatttttcccattcttccaatgatttacttcttaaggaagac 40376908  T
Q  719 cccacatctttaattgttctcggtaacccttcgcattcaaaggaaacttcacgtgccacattcaataagtcaaatgaagacgagtg 804  Q
    ||  | |   | ||| |||  |||||||  || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  40376907 ccttccttaatgatttttcctggtaacctatcacattcaaaagcaacttcacgtgccacattcaataagtcaaatgaggaggagtg 40376822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 192 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 40278280 - 40277681
Alignment:
Q  192 atattacatacccggttgtataagcctttccggacaaattcgacacttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctctgaatcaattccaaaatt 291  Q
    ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| | ||| |||||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||| || || ||||||||  |    
T  40278280 atattacttacccggatctataagtctttccggatatattagacacttcgatcaaagctgatctccatttttgtactctctccgagtctattccaaatct 40278181  T
Q  292 attttcatgttgagccatgtctttgccataacattttctcaaatgccttatgtctgacggatccactttgtaaaagattggccaaactaattgattcttc 391  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  40278180 tctttcatgtcgagccatgtctttgccataacattctctcatataccttatttctgatggctccactttgaaaaagatcggccaaactaattgattattc 40278081  T
Q  392 aatttcatacactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaa 491  Q
     ||||| |||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||  | ||| || ||||||| | ||||||    
T  40278080 gatttcctacattcaagaatcttgacaagttcatcaagacaccatgtggaacttgcatagttttcagacaaaacaacaattgaaagccttgctgcttcaa 40277981  T
Q  492 ttgcatttagaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagatt 591  Q
    ||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| || ||  || |||| | ||||||  ||||| ||  |||   |||||| | ||| |||      
T  40277980 ttgaatttaaaagagttggtgaaatttggtctccagtgtgtaggccatcaccatcaaagaaggttgtgaattccatttggtctaaagcatgataaagaga 40277881  T
Q  592 acctgtaaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcc 691  Q
    ||||||||| | || ||| ||||||   ||||||||||| | |||||||||  |||| |  |  |||||| ||| ||| |||||  |||||||||||| |    
T  40277880 acctgtaaatgtgtcgcgggtatctatccctctaaaactgaggaaaatttggtatttagttaacgaatgtttcaaactgtctagcaatactttccatttc 40277781  T
Q  692 tcaattggtttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgttctcggtaacccttcgcattcaaaggaaacttcacgtgccacattcaataagtcaa 791  Q
    || ||||||| ||||||||||  |  ||| |||||||  | | |||| ||||||||||| ||||   | | |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  40277780 tctattggttcacctcttaagcgatgtcctacatcttctacttttctaggtaacccttcacatttggaagcaacttcacgtgcgagattcaataagtcaa 40277681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 201 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 40303930 - 40303377
Alignment:
Q  201 acccggttgtataagcctttccggacaaattcgacacttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctctgaatcaattccaaaattattttcatg 300  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||||   || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| || || | || |||    
T  40303930 acccgattttataagcctttccagacaaaccagaaacttcaaaaaaagctgacttccatttctgtaatctctcagaatcacttccgaatttttgtttatg 40303831  T
Q  301 ttgagccatgtctttgccataacattttctcaaatgccttatgtctgacggatccactttgtaaaagattggccaaactaattgattcttcaatttcata 400  Q
    || || ||| | |||||||||||  ||||||| ||| ||||| ||||| || | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||| ||    
T  40303830 ttcagtcatatatttgccataactatttctcatatgtcttatatctgaaggtttcactttgtaaaagataggccaaaccaattgattcttcgacttctta 40303731  T
Q  401 cactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcattta 500  Q
    ||||  |  || ||  |||| || |||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||  | |||||| ||| ||||| |||||     ||| |    
T  40303730 cactgaaggatcttcgcaagctcatcaagacaccattaggaacttgcataattttcagacaaaacaacaatcgaaagctttgatgcttca-----attaa 40303636  T
Q  501 gaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaa 600  Q
     ||||| ||||||||||| ||| ||| | |||| ||| |||| ||||||||| || ||||||||  || |||| | ||| | ||| |||  ||| |||||    
T  40303635 taagagagggtgaaatttggtccccaatatgcaatcccccataatccatgaatgttttgaatccttctcgacagagagcatcatagagaaaacccgtaaa 40303536  T
Q  601 agagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcctcaattggt 700  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||   ||||||||| | |||| | | |||   ||| ||||||| ||||| |  ||     
T  40303535 agagtaccgagtatcttctcctctaaaactgatgaaaatctgccatcgagccattgaacgcctcaaattgtctgaagattctttccactcctccacagga 40303436  T
Q  701 ttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgttctcggtaacccttcgcattcaaa 759  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||| |  ||||||||||| ||||||||    
T  40303435 ttaccttttaaggaagatcccacttctattattgtaccaggtaacccttcacattcaaa 40303377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 236 - 757
Target Start/End: Original strand, 40256684 - 40257205
Alignment:
Q  236 acttcaaacaaagctgacttccatttctgtactctctctgaatcaattccaaaattattttcatgttgagccatgtctttgccataacattttctcaaat 335  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||| ||||   ||||  ||||| ||||||||||||||||||||| || |||  |||| |||||||  ||  ||  ||    
T  40256684 acttgaaacaaagctgatctccatttttgtatcttctcataatcatttccaaaattattttcatgttcagtcattgctttaccataactattcttctgat 40256783  T
Q  336 gccttatgtctgacggatccactttgtaaaagattggccaaactaattgattcttcaatttcatacactccataattttgacaagttcttcaagacacca 435  Q
     |||||  ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| || |||||||| || ||||||||    
T  40256784 accttacatctgatggctccactttgtaaaaaattggccaaactaattgattcttcattttcatacactcaagaatcttaacaagttcatcgagacacca 40256883  T
Q  436 tgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcatttagaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagt 535  Q
    ||| ||||  ||| ||||||| || ||||  ||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||| |   ||||||||| ||| |||   | || |    
T  40256884 tgatgaatatgcaaagttttcggataaaacaataatggaaagccttgatgcttcaattgcattgagaagtgaaagtgaaatttggtcaccaccctccaat 40256983  T
Q  536 cctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaaga 635  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||  | || || |||||   ||| |||   ||||||||||| || || ||||||||||||| ||| || |  |    
T  40256984 cctccttcatccatgaaggttttaaatccgacctggcacaaagcacgatagagagagcctgtaaaagaataacgagtatcttctcctcgaaagctgagaa 40257083  T
Q  636 aaatttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgt 735  Q
    |||| ||  |    ||||||||||||||||  || |||| |||| ||||||| |||||||  ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  40257084 aaatatggtagcgagccattgaatgtctcaagctgtctaatgattctttccactcctcaacaggtttactttttaaggaagatcccacttctttaattgt 40257183  T
Q  736 tctcggtaacccttcgcattca 757  Q
     |  ||||||||||| ||||||    
T  40257184 accaggtaacccttcacattca 40257205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 540 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 40326482 - 40326264
Alignment:
Q  540 catcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaat 639  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| || |||| | |   ||||| |||  |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||    
T  40326482 catcatccatgaaggtcttgaacccctctcgacacagaatattatagagaaaacctgtgaaagagtagcgagtatcttctcctttaaaacttagaaaaat 40326383  T
Q  640 ttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgttctc 739  Q
     |   |||  | | |||||| | |||||   ||||  ||| ||||||| ||||| || ||||| | |||||||||||||||| | ||| ||||||||||     
T  40326382 atcatattgagaccttgaatatttcagatggtctaacgatgctttccactcctcgataggtttgcttcttaaggaagatcccgcgtctataattgttcta 40326283  T
Q  740 ggtaacccttcgcattcaa 758  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  40326282 ggtaacccttcacattcaa 40326264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 401 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 40409294 - 40409077
Alignment:
Q  401 cactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcattta 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||   || |||||||||||||||  | ||| || |||||||||| ||||||||| || |    
T  40409294 cactccataatcttgacaagttcatcaagacaccatgtggaatatccaaagttttcagacaaaacaacaattgaaagccttgatttttcaattgctttga 40409195  T
Q  501 gaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaa 600  Q
    | | |||  ||||||||| || ||||   | || |||  |||||||||||||| | ||||||||| | ||||  ||| | | ||| |||   ||||||||    
T  40409194 gtaaagtttgtgaaatttggtttccacccttcaatccctcatcatccatgaagattttgaatccctcatgacgcaaatcatgatagagaaatcctgtaaa 40409095  T
Q  601 agagtagcgtgtatcttc 618  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  40409094 agagtagcgagtatcttc 40409077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 540 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 40311202 - 40310984
Alignment:
Q  540 catcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaat 639  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |  | |||| ||| | ||| |||  ||| ||||||||||  || ||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  40311202 catcatccatgaaggtcttgaacccttcccggcatagagcatcatagagaaaacccgtaaaagagtcacgagtatcttttcctctaaaactgatgaaaat 40311103  T
Q  640 ttgccatttggccattgaatgtctcagactatctagtgatactttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagatcccacatctttaattgttctc 739  Q
     |   | |  | ||| |||||||| ||||  |||| ||||  |||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  40311102 atcgtactgagacatagaatgtcttagaccgtctaatgatgttttccactcctcaataggtttacttcttaaggatgatcccacatctttaattgttcca 40311003  T
Q  740 ggtaacccttcgcattcaa 758  Q
    || |||||||  |||||||    
T  40311002 ggcaacccttgacattcaa 40310984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 401 - 565
Target Start/End: Original strand, 40457258 - 40457422
Alignment:
Q  401 cactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcattta 500  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||   |||| ||||| |||||||  | ||| || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  40457258 cactccataatcttcacaagttcatcaagacaccatgtcgaatatccataattttcggacaaaacaacaattgagagccttgatttttcaattgctttta 40457357  T
Q  501 gaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtcttgaatccc 565  Q
     ||||||  ||||||||| || ||||   | || |||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  40457358 aaagagtttgtgaaatttggtttccaccctccaatccctcatcatccatgaagatcttgaatccc 40457422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 358 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 40406628 - 40406421
Alignment:
Q  358 tttgtaaaagattggccaaactaattgattcttcaatttcatacactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttca 457  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||    ||||| ||||  ||||| ||| | ||||| ||||||||||| | |||||   || ||||||||    
T  40406628 tttgtaaaaaataggccaaaccaattgattcttggtcttcatgcacttgataatcttgtctagttcatcaagacaccacgtggaatatccaaagttttca 40406529  T
Q  458 gacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcatttagaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatccatgaaggtct 557  Q
    |||||||  | ||| || |||||||||| ||||||||| |  ||||||||  ||||||||| || ||||   | || |||  |||||||||||||| |||    
T  40406528 gacaaaacaacaattgaaagccttgatttttcaattgcttcgagaagagtttgtgaaatttggtttccaccctccaatccctcatcatccatgaagatct 40406429  T
Q  558 tgaatccc 565  Q
    ||||||||    
T  40406428 tgaatccc 40406421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 9 - 50
Target Start/End: Original strand, 40597116 - 40597157
Alignment:
Q  9 ggtagattatacttcaattgatagcagctataaagaagagca 50  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40597116 ggtaaattatacttcaattgatagcagctataaagaagagca 40597157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 674 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 40283441 - 40283392
Alignment:
Q  674 agtgatactttccattcctcaattggtttacctcttaaggaagatcccac 723  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  40283441 agtgatgctttccattcctcaattggtttacttccgaaggaagatcccac 40283392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 540 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 40283554 - 40283446
Alignment:
Q  540 catcatccatgaaggtcttgaatcccccttgacataaagctttatacagattacctgtaaaagagtagcgtgtatcttctcctctaaaacttaagaaaat 639  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |  | || ||||| | ||| |||  |||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  40283554 catcatccatgaaggtcttgaacccctcccggcacaaagcatcatagagaaaacctgtaaaagactgacgagtatcttcccctctaaaactgaggaaaat 40283455  T
Q  640 ttgccattt 648  Q
     ||||||||    
T  40283454 ctgccattt 40283446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 401 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 40388505 - 40388442
Alignment:
Q  401 cactccataattttgacaagttcttcaagacaccatgaggaattcgcatagttttcagacaaaa 464  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||   || |||||||||||||||    
T  40388505 cactccataatattgacaagttcatcaagacaccatgtcgaatatccaaagttttcagacaaaa 40388442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 447 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 40362506 - 40362388
Alignment:
Q  447 catagttttcagacaaaatgataatcgacagccttgattcttcaattgcatttagaagagtgggtgaaattttgtctccagtgtgcagtcctccatcatc 546  Q
    |||| |||||||||||||  | ||| || |||||||||| ||||||||| || || |||||  ||||||||| || ||||   | || |||  |||||||    
T  40362506 cataattttcagacaaaacaacaattgaaagccttgatttttcaattgctttgagtagagtttgtgaaatttggtttccaccctccaatccctcatcatc 40362407  T
Q  547 catgaaggtcttgaatccc 565  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  40362406 catgaagatcttgaatccc 40362388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University