View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20926_high_2 (Length: 650)

Name: NF20926_high_2
Description: NF20926
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20926_high_2
NF20926_high_2
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (103-638)||(42577959-42578494)
chr5 (197-636)||(14277187-14277625)
chr5 (356-603)||(13022151-13022398)
chr5 (356-603)||(13093675-13093922)
chr5 (284-612)||(23149800-23150128)
chr5 (143-612)||(7273412-7273880)
chr5 (200-561)||(29291353-29291714)
chr5 (455-627)||(33496293-33496466)
chr5 (485-517)||(24011701-24011733)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (103-638)||(52966050-52966585)
chr3 (173-636)||(51141337-51141800)
chr3 (398-606)||(2500442-2500649)
chr3 (393-561)||(25898066-25898234)
chr3 (503-632)||(24596083-24596212)
chr3 (462-609)||(2332349-2332494)
chr3 (230-603)||(39695263-39695636)
chr3 (417-608)||(4755674-4755865)
chr3 (404-549)||(6864366-6864511)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (185-638)||(51492963-51493416)
chr1 (137-638)||(12459978-12460479)
chr1 (134-609)||(20128016-20128491)
chr1 (137-638)||(27644552-27645053)
chr1 (455-636)||(14647323-14647504)
chr1 (377-609)||(13189550-13189782)
chr1 (383-614)||(44138361-44138592)
chr1 (398-604)||(50181482-50181688)
chr1 (263-446)||(30839499-30839682)
chr1 (377-561)||(4049736-4049920)
[»] scaffold0703 (1 HSPs)
scaffold0703 (137-638)||(870-1371)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (137-638)||(16861625-16862126)
chr6 (197-632)||(21731029-21731463)
chr6 (188-612)||(10160176-10160600)
chr6 (167-512)||(21950873-21951218)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (200-597)||(646980-647375)
chr2 (182-561)||(4018393-4018772)
chr2 (167-512)||(8072361-8072705)
chr2 (263-610)||(42703951-42704298)
chr2 (200-514)||(24465741-24466055)
chr2 (522-638)||(4243149-4243264)
chr2 (344-537)||(19932468-19932661)
chr2 (19-66)||(16973004-16973053)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (292-603)||(43968587-43968898)
chr7 (395-624)||(18222698-18222927)
chr7 (173-612)||(46598219-46598658)
chr7 (284-612)||(31801014-31801341)
chr7 (284-612)||(41146285-41146613)
chr7 (263-612)||(512360-512711)
chr7 (284-606)||(12351964-12352286)
chr7 (393-561)||(31402454-31402621)
chr7 (393-516)||(3899223-3899346)
chr7 (394-516)||(3885309-3885431)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (195-612)||(9181952-9182369)
chr8 (195-612)||(11625904-11626321)
chr8 (182-561)||(35612034-35612413)
chr8 (381-561)||(29929675-29929855)
chr8 (393-561)||(27846150-27846318)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (353-615)||(54422628-54422890)
chr4 (284-612)||(32498077-32498405)
chr4 (471-603)||(43732634-43732766)
chr4 (209-577)||(23601337-23601704)
chr4 (386-552)||(29016800-29016964)
chr4 (170-225)||(29016584-29016639)
chr4 (476-565)||(1362181-1362270)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (134-636)||(237888-238390)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (527-612)||(189599-189684)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 103 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 42578494 - 42577959
Alignment:
Q  103 aaaagcgatatttgcttacctcaaagacggtatttggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  42578494 aaaagcgatatttgcttacctcaaagaccgtatttggaagaaatgtcaagcatggaatacacgctctctttctcgcgccggtaaagaagttctaattaaa 42578395  T
Q  203 tcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggg 302  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  42578394 tcggttgctcaagttatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattcattttatcggg 42578295  T
Q  303 gatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagc 402  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42578294 gatccaaaaaaaacggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagc 42578195  T
Q  403 tttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagg 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42578194 tttcaatctctcaatgcacggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcgaagctaaatacttccctagaagg 42578095  T
Q  503 gatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattg 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42578094 gatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttgggtcatagatggaagattg 42577995  T
Q  603 gagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcctt 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42577994 gagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcctt 42577959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 197 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 14277625 - 14277187
Alignment:
Q  197 attaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattcttttt 296  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||  |||| || |||||| |  | ||||||| ||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||| |    
T  14277625 attaaatcggttgcccaagccattccaacttattgtatggggacccttctcattcttagttcattatgtgaggaattagagaggatgatgaattctttat 14277526  T
Q  297 att-ggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgaca 395  Q
    ||  |||| || ||||||||||||    | || || || | ||||| || ||| ||| | || || || ||||||| | | || |||||||||||  | |    
T  14277525 ataaggggctctaagaagaatggtat--gtggtattaactagatgagataggaaaagttaaccctccacaaaagtcttagaggcctaggctttcgcaata 14277428  T
Q  396 tggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccc 495  Q
     ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || | || ||||| |||||||||||  || || | |||||||| |||||||||||    
T  14277427 cggaagttttcaacctctcaatgctcggtaagcaaagctggaaattcatgacagactctaactccttactcgcttgtattctcaaagccaaatacttccc 14277328  T
Q  496 tagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatgg 595  Q
    | |  |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||| |   ||| |||| ||||||||||    
T  14277327 ttgtcgggacttcttggatgtccctcttggtcataatccaagctacatccggaggagtctttggagtactcaatctctgtatacattgggtcatagatgg 14277228  T
Q  596 aagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcc 636  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  14277227 aagattggaggcggttcaaaaataaatttatggtatatgcc 14277187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 356 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 13022398 - 13022151
Alignment:
Q  356 actcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaa 455  Q
    ||||| || ||||||| ||| | |||||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  13022398 actctacacaaaagtcatggagatctaggcttttgtgatatggaagcatttaatctctctatgcttggtaagcaaagttggaaactcttgaccgactcta 13022299  T
Q  456 actccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtct 555  Q
     ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||  || ||||||| |||    
T  13022298 cctccttacttactcgtgtcctcaaagacaaatacttcccacgaagggatttcttggatgcctccctcggtcataatccaagctttacttggaggaatct 13022199  T
Q  556 ttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattgg 603  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||| |||| | |||||||||| |||||    
T  13022198 ttggagtactcaacattttcttactttgggttatagatggaaaattgg 13022151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 356 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 13093922 - 13093675
Alignment:
Q  356 actcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaa 455  Q
    ||||| || ||||||| ||| | |||||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  13093922 actctacacaaaagtcatggagatctaggcttttgtgatatggaagcatttaatctctctatgcttggtaagcaaagttggaaactcttgaccgactcta 13093823  T
Q  456 actccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtct 555  Q
     ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||  || ||||||| |||    
T  13093822 cctccttacttactcgtgtcctcaaagacaaatactttccacgaagggatttcttggatgcctccctcggtcataatccaagctttacttggaggaatct 13093723  T
Q  556 ttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattgg 603  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||| |||| | |||||||||| |||||    
T  13093722 ttggagtactcaacatttgcttactttgggttatagatggaaaattgg 13093675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 284 - 612
Target Start/End: Original strand, 23149800 - 23150128
Alignment:
Q  284 atgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctag 383  Q
    ||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||| || || |||||| |    ||||||||||||||||  || |||||||  || ||| |||    
T  23149800 atgaactcattttattggggctctaaaaagaacggtcgtcgtggaataaattggctacgttgggacaagctcactcgccacaaaagtcaaggaggtttag 23149899  T
Q  384 gctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagc 483  Q
    ||||  |  || | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||   |||| || || |  |  ||||||||||    
T  23149900 gcttcaggaacctcgaagcatttaatctttctatgctcggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcgtcctccctattttcaagaatcctcaaagc 23149999  T
Q  484 taaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttg 583  Q
    |||||| || ||  |||||||||| |||||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  23150000 taaatattttccccgaagggattttttggatgccaatctaggtcataatccaagttacacatggaggagtctatggagtactcaatctttacttaccttg 23150099  T
Q  584 gatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    |  ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  23150100 ggccataggtggaaaattggagacggttc 23150128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 143 - 612
Target Start/End: Original strand, 7273412 - 7273880
Alignment:
Q  143 aaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcat 242  Q
    ||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||| ||||| |||||  | |||||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||| || |    
T  7273412 aaatgtcaagcgtggagtgctcgatctctttcacgtgctggtaaggaaatcttgattaaatcagttgcccaagccataccttcttattgtatgggtgcct 7273511  T
Q  243 tcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaa 342  Q
    ||||  | ||||  ||| | |  |||||  | |||||||||||||| || || |||||||| || || ||||||| | |||| ||||| ||||| |||      
T  7273512 tccttctccctacctcactttacgaggagatcgaaagaatcatgaactcattctattggggctcaaa-aagaatgttagtcgtggcattaattgaatgcg 7273610  T
Q  343 atgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactc 442  Q
     ||||||||| | ||||| || ||||||   || || || | ||||||  ||||||||||||||||| | || ||| |  ||||||||||||||||||||    
T  7273611 ttgggacaagttaactctccacaaaagtttggggggcctcgactttcgaaacatggaagctttcaatttatccatgttttgtaagcaaagttggaaactc 7273710  T
Q  443 ctcaccgactcaaactcct-tacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctac 541  Q
    ||  |  | ||   || || ||||| |  |  | ||  |||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  7273711 ctttcaaa-tccgtcttctctactttcatgaattctataagccaaatatttcccacgaagggatttcttggatgcctctctcggccataatccaagctac 7273809  T
Q  542 acatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    |||||||| || |||||||| || |||  |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7273810 acatggagaagcctttggagtacacaacatttacttaccttgggtcatggatggaagattagagatggttc 7273880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 200 - 561
Target Start/End: Original strand, 29291353 - 29291714
Alignment:
Q  200 aaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttatt 299  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || || |||||||| |  || |||||||| ||| | ||||||| |||||||||||| ||||    
T  29291353 aaatcggttgctcaagcaattccttcatattgtatgggagcttttctcattccaacctctttatgtgaagaaattgaaagaaccatgaattctttctatt 29291452  T
Q  300 ggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatgga 399  Q
    |||| || || ||  ||||  || | || || |||||||||| |||| |||| ||  ||||||| ||||||| |||||| || || ||| | || |||||    
T  29291453 ggggttctaaaaaagatggcagtaggggtataaattggatgagatggaacaaactatctcttcacaaaagtcatggtggactcggatttagggatatgga 29291552  T
Q  400 agctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctaga 499  Q
    ||| || ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  | | ||||||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||| ||    
T  29291553 agcctttaatctatccatgctcggtaagcaaggttggaaactccttacagaacctagctccttactcactcgcattctcaaagccaaatatttccctcga 29291652  T
Q  500 agggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
     |||| ||||||||| ||  | |||| || |||||||| || || ||||||||  |||||||    
T  29291653 cgggacttcttggataccaatattggtcacaatccaagttatacttggaggagcatttggag 29291714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 455 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 33496466 - 33496293
Alignment:
Q  455 aactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtc 554  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||| ||||||| ||||| |  ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33496466 aactccttacttactcatgtcctcaaagctaaatacttttttagatgggatttattggacgaaccgattggtcataatccaagctacacatggaggagtc 33496367  T
Q  555 tttggagcactc-aatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatg 627  Q
      ||||| |||| ||| ||| || || |||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  33496366 catggagtactcaaatatttgctcactttgggtcatagatggaagattggagatggctcgaaaataaatctatg 33496293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 485 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 24011733 - 24011701
Alignment:
Q  485 aaatacttccctagaagggatttcttggatgcc 517  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24011733 aaatactttcctagaagggatttcttggatgcc 24011701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 103 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 52966585 - 52966050
Alignment:
Q  103 aaaagcgatatttgcttacctcaaagacggtatttggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaa 202  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  52966585 aaaagcaataattgcttacctcaaagaccgtatttggaagaaatgtcaagcatggaatgtacgctctctttcttgccccggtaaagaacttctaattaaa 52966486  T
Q  203 tcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggg 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  52966485 tcggttgctcaagctatcccttcttactacatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaattatgaattcattttattggg 52966386  T
Q  303 gatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagc 402  Q
    ||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52966385 gattcaaaaagaacgttcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagc 52966286  T
Q  403 tttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagg 502  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  52966285 tttcaatctctcaatgcttgttaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaattccttacttactcgtgttctctaagctaaatacttccctagaagg 52966186  T
Q  503 gatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattg 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52966185 gatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttgggtcatagatggaagattg 52966086  T
Q  603 gagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcctt 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52966085 gagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcctt 52966050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 173 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 51141800 - 51141337
Alignment:
Q  173 tctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaac 272  Q
    ||||| ||||| |||||| || | |||||||| ||||| ||||| || ||  |||| || ||| |||  || |||||||||||||| ||||||||||||     
T  51141800 tctcgagccgggaaagaagttttgattaaatcagttgcccaagccattccaacttattgtatgagggactttctcattcctagttctttatgtgaggaat 51141701  T
Q  273 tagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcg 372  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | || || || |||||||     
T  51141700 tagaaaggataatgaattctttctattggggctctaaacagaatggtcgtcgcggtatcaattggatgaaatgggaaaagttaaccctccacaaaagtct 51141601  T
Q  373 tggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgt 472  Q
    ||| || ||||||||| | || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||| | ||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  51141600 tggaggcctaggcttttgcgatatggaagctttcaacctttcaatgctcggtaagcaaaactggaaactcatgacaaactctaactccttactcactcgt 51141501  T
Q  473 gtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctt 572  Q
     | |||||||| |||||||||||| |  |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||| |     
T  51141500 attctcaaagccaaatacttccctcgtcgggacttcttggatgcccctattggtcataatccaagttacacatggagaattctttggagtactcaatatc 51141401  T
Q  573 tacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcc 636  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51141400 tgcttaccttgggtcatagatggaagattggagatggttcaaaaataaatgtatggtctatgcc 51141337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 398 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 2500649 - 2500442
Alignment:
Q  398 gaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttcccta 497  Q
    ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||   |||| || || |  |  ||| |||||||||||| || ||      
T  2500649 gaagcatttaatctttctatgctcggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcgtcctccctattttcaagaatcc-caaagctaaatattttcccc 2500551  T
Q  498 gaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaa 597  Q
    |||||||||| || ||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  2500550 gaagggattttttagatgccaatctaggccataatccaagttacacatggaggagtctatggagtactcaatctttacttaccttgggccataggtggaa 2500451  T
Q  598 gattggaga 606  Q
     ||||||||    
T  2500450 aattggaga 2500442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 393 - 561
Target Start/End: Original strand, 25898066 - 25898234
Alignment:
Q  393 acatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatactt 492  Q
    ||||||||||||||||  | |  ||||||||||| ||| |||||||||||||||  || || | |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  25898066 acatggaagctttcaacttatgtatgctcggtaaacaaggttggaaactcctcaatgattctagctccttacttactcgtattctcaaagccaaatactt 25898165  T
Q  493 ccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  || |||| ||  |||||||||  ||||| |||||  |||||||    
T  25898166 ccctaaaagggatttcttggatgcaactattggtcacgatccaagctttacatgaaggagcatttggag 25898234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 503 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 24596212 - 24596083
Alignment:
Q  503 gatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattg 602  Q
    |||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||    
T  24596212 gatttcttggatgcaccttttggtcacaatccaagctacacatggaggagtctttggagtgcccaatctttacttactttggaccttcgatggaagattg 24596113  T
Q  603 gagatggttcaaacataaatgtatggtcta 632  Q
       ||||||| || || ||||| |||||||    
T  24596112 ttaatggttcgaaaattaatgtgtggtcta 24596083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 462 - 609
Target Start/End: Original strand, 2332349 - 2332494
Alignment:
Q  462 tacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||    | |||||||| ||||||| || ||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  2332349 tacttactcgtgttctcaaagccaaatacttcatgtgtagggattt-ttggatgtccatctcggtcataatccaagctatacttggaggagtctttggag 2332447  T
Q  562 cactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatgg 609  Q
     ||| ||  ||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||    
T  2332448 tact-aacatttacttaccttgtattatagatggaaaattggtgatgg 2332494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 230 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 39695636 - 39695263
Alignment:
Q  230 tgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattcttttt-attggggatccaagaagaatggtcgtcgcggc 328  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||  ||  | ||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||| |||||   || || ||||| |||||| | ||     
T  39695636 tgcatgggcgcattcctcctccctacctctctttgtgaggaaattcaaagaataatgaactcttttttattggaactctaaaaagaacggtcgttgtgga 39695537  T
Q  329 atcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagc 428  Q
    ||||||||||||  |||||| || | ||| ||||| |||  |  ||| || ||||| | |||||| ||| |||||||||| || || ||| | | |||||    
T  39695536 atcaattggatgtgatgggataaacacacacttcacaaatatgttggaggcctaggttgtcgtgatatgcaagctttcaacctatctatgtttgataagc 39695437  T
Q  429 aaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggcca 528  Q
    |||||||||||||| |  |  ||||    || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    ||||||||||||   ||||| ||||||| ||    
T  39695436 aaagttggaaactcttgtcaaactcttcttcgttacttactcgtgtactcaaagccaaatacttctagcgaagggatttctcaaatgccactcttggtca 39695337  T
Q  529 taatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattgg 603  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||   | |||||  |||| ||||| ||||||||||||    
T  39695336 ta-tccaatctacacttggaggagtctttggagtactcaacaatgacttattttgggtcatatatggaagattgg 39695263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 417 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 4755865 - 4755674
Alignment:
Q  417 tgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgc 516  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |||||| |||| | ||| |||||| || | ||  | |||| |||||| || |   || ||||||| ||||||||    
T  4755865 tgcttggtaagcaaagttggaagcttctcaccaactctacctctttacttgctagagtttttaaagttaaatattttctccgacgggattttttggatgc 4755766  T
Q  517 ccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatg 608  Q
    |   |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||  |||||||| | | |  ||||||||||||||||| ||||    
T  4755765 caaccttggctataatccaagctatacatggaggagtctttggagtacccaaaatttacttatcataggccatagatggaagattggtgatg 4755674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 404 - 549
Target Start/End: Original strand, 6864366 - 6864511
Alignment:
Q  404 ttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaaggg 503  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||| | ||| |||| | || | |||||||||| |||||| |||||  || |||    
T  6864366 ttcaacctctctatgcttggtaagcaacgctggaaacttctcatcgactccacctctttacatgctagagtcctcaaagttaaatatttcccccgacggg 6864465  T
Q  504 atttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggag 549  Q
    |||| |||||||||   |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  6864466 attttttggatgccaaccttggccacaatccaagctatacgtggag 6864511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 185 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 51493416 - 51492963
Alignment:
Q  185 aaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatca 284  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51493416 aaagaagttctgattaaatcggttgcttaagctatcccttcttactgcatgagggcattcatcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatca 51493317  T
Q  285 tgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctagg 384  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  51493316 tgaattcattttattggggatccaaaaagaacggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaag 51493217  T
Q  385 ctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagct 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51493216 ctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaattccttacttactcgtgtcctcaaagct 51493117  T
Q  485 aaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttgg 584  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51493116 aaatacttccctagaatggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacgcatggaggggtctttggagcactcaatctttacttaccttgg 51493017  T
Q  585 atcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcctt 638  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51493016 gtcatagatggaagattggagctggttcaaacataaatgtatggtatatgcctt 51492963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 137 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 12460479 - 12459978
Alignment:
Q  137 tggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgg 236  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||||    
T  12460479 tggaagaagtgtcaatcctggaatgctcgttctctatctcgagctggtaaggaaattttaattaaatcagtcgctcaggctattccatcttattgtatgg 12460380  T
Q  237 gggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattg 336  Q
    |||| || || |||||| |||| || ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| || || |||||    
T  12460379 gggcctttcttattcctggttctttgtgtgaggaattagaaaggatgatgaactctttttactggggttcgaaaaagaatggccgtcggggtataaattg 12460280  T
Q  337 gatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttgg 436  Q
    ||||| |||||| || |||||| | || ||||||| |||||| || || |||||  |  ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  12460279 gatgagatgggagaaactcactttgcacaaaagtcttggtggccttggttttcgcaatttggaagcattcaatctttctatgctcggtaagcaaagttgg 12460180  T
Q  437 aaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaa 536  Q
    |||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  12460179 aaactcatgacagactcaaattccttacttactcgtgtcctcaaagccaaatatttccctcgacgggatttcttggaagcacctcttggtcataatccaa 12460080  T
Q  537 gctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcc 636  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||   ||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||| |||||    
T  12460079 gctatacatggaggagtctttggagtacccaatcattacttacgttgggctatagatggaagattggtaatggctcaaaaataaatgtgtggtcaatgcc 12459980  T
Q  637 tt 638  Q
    ||    
T  12459979 tt 12459978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 134 - 609
Target Start/End: Original strand, 20128016 - 20128491
Alignment:
Q  134 atttggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgca 233  Q
    |||||||| ||||||||| | |||| ||| || ||||| || ||||| || |||||| |  | || ||||| || || |||||||| || |||||||| |    
T  20128016 atttggaaaaaatgtcaatcttggagtgctcgatctctatcccgtgcaggaaaagaagtcttgatcaaatccgtggcacaagctataccctcttactgta 20128115  T
Q  234 tgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaa 333  Q
    |||| || |||||| |||||  |||||||||||||||| | |||||||  ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||  | || || || ||    
T  20128116 tgggtgctttcctctttcctgcttcattatgtgaggaaatggaaagaaggatgaactctttttactggggttctaagaaaaatggcaggcgtggtattaa 20128215  T
Q  334 ttggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagt 433  Q
     ||||||  |||||| || |||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  20128216 ctggatgcgatgggaaaaactcactctacataaaagtcttggtggccttggctttcgcaacatggaagcattcaatctttcaatgcttggtaagcaaggt 20128315  T
Q  434 tggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatc 533  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| || | | ||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  20128316 tggaaactcatgaccgactcaaactccttactcactcgtactctcaaagccaaatactttcccatacgggatttcttggaagcacctcttggtcataatc 20128415  T
Q  534 caagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatgg 609  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  20128416 caagctacacttggaggagtctatggagtacccaatctcttcttaccttgggacatagatggaagattggtgatgg 20128491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 137 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 27645053 - 27644552
Alignment:
Q  137 tggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgg 236  Q
    ||||| ||||||||| | |||| ||| || || ||||| ||||| ||||| |||||| | || |||||   |||||| ||||| || ||||| || ||||    
T  27645053 tggaacaaatgtcaatcttggagtgctcggtcactttcccgtgctggtaaggaaattttgatcaaatctactgctcaggctattccctcttattgtatgg 27644954  T
Q  237 gggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattg 336  Q
    | || |||||  | |||| |||| | |||| |||| | || ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || || |||||    
T  27644953 gtgccttccttctccctacttcactttgtgcggaaattgagagaataatgaattcattttattggggttctaaaaagaatggtcgtcgtggtataaattg 27644854  T
Q  337 gatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttgg 436  Q
    ||||  |||||| || ||||||  ||||||||  |  || || ||  | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  27644853 gatgcgatgggagaaactcacttatcataaaaccctcggcggcctcagttttcgtaacatggaagctttcaatctttcaatgcttggtaaacaaagttgg 27644754  T
Q  437 aaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaa 536  Q
    |||||| | |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  27644753 aaactcttgaccgactctacctccttacttactcgtatcctcaaagccaaatatttcccgcgtagggatttcttggatgcctctcttggtcataatccaa 27644654  T
Q  537 gctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcc 636  Q
    |||| || ||||||||||||||||| || ||    || |||||||| |  || || |||||||||||| ||||||| || |||||||| ||| |||||||    
T  27644653 gctatacttggaggagtctttggagtacccagcacttgcttaccttaggacacaggtggaagattggaaatggttccaaaataaatgtgtggactatgcc 27644554  T
Q  637 tt 638  Q
    ||    
T  27644553 tt 27644552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 455 - 636
Target Start/End: Original strand, 14647323 - 14647504
Alignment:
Q  455 aactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtc 554  Q
    ||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  14647323 aactctttactcactcgtattctcaaagctaaatatttccctcgtcgggacttcttggatgcacctcttgatcataatccaagctacatatggaggagtc 14647422  T
Q  555 tttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcc 636  Q
    ||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14647423 tttggagtactcaatctctgcttaccttgggtcatagatggaaaattggagatggttcaaaaataaatgtatggtctatgcc 14647504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 377 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 13189782 - 13189550
Alignment:
Q  377 ggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcc 476  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||| |||||| | || ||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||     |  ||||||| ||||| |    
T  13189782 ggtcttggctttcatgatatggaagccttcaatttgtctatgcttggtaagaaaagttggaaactcttaaccgactcttctacgctacttacccgtgttc 13189683  T
Q  477 tcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttact 576  Q
     |||||||||||| | |||  ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||||    
T  13189682 ccaaagctaaatattccccacgaagggacttcttggatgcacctattggccataatccaagctacacttggagaagtctttggagtactcaacatttact 13189583  T
Q  577 taccttggatcatagatggaagattggagatgg 609  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  13189582 taccttgggttatagatggaaaattggagatgg 13189550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 383 - 614
Target Start/End: Original strand, 44138361 - 44138592
Alignment:
Q  383 ggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaag 482  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||  | || ||    ||  ||||||| ||  | |||||||    
T  44138361 ggctttcgaaacatggaagctttcaatttatctatgcttggtaagcaaagttggaaactcctttcagattcgtcttctctacttacacgaattctcaaag 44138460  T
Q  483 ctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttacctt 582  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||  | |||  ||||||||||||    
T  44138461 ctaaatatttcccgcgaagggatttcttggatgcccctctcggccataatccaagctacacctggagaagcctatggagtgcacaacatttacttacctt 44138560  T
Q  583 ggatcatagatggaagattggagatggttcaa 614  Q
    ||  |||||||||||||||||  |||||||||    
T  44138561 gggacatagatggaagattggttatggttcaa 44138592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 398 - 604
Target Start/End: Original strand, 50181482 - 50181688
Alignment:
Q  398 gaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttcccta 497  Q
    ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||  |||  || |  |  |  ||||||||||||||||||| ||      
T  50181482 gaagcattcaacctttctatgctcggtaagcaaagttggaaacttctatccgactcatcctctctattctcaaggatcctcaaagctaaatactttcccc 50181581  T
Q  498 gaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaa 597  Q
    |||||||||| |||||||||  ||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  50181582 gaagggattttttggatgccaatctcggccacaatccaagttatacatggaggagtctatggagtacgcaatctttacttaccttaggccatagatggaa 50181681  T
Q  598 gattgga 604  Q
    |||||||    
T  50181682 gattgga 50181688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 263 - 446
Target Start/End: Original strand, 30839499 - 30839682
Alignment:
Q  263 tgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttc 362  Q
    ||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||| || || ||||||||  ||||||| || || ||| ||| |||||| ||| | || | ||    
T  30839499 tgtgaagaattagagagaatgatgaattctttttattagggttcaaaaaagaatggaagtcgcggtataaactggttgagatgggataagttaacgcatc 30839598  T
Q  363 ataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctca 446  Q
    | || |||   ||| |||| || |||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  30839599 acaagagttcaggttgtcttggttttcgaaacatggaagctttcaatctctctatgcttggtaaacaaggttggaaactcctca 30839682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 377 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 4049920 - 4049736
Alignment:
Q  377 ggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcc 476  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |  ||||| ||||| ||| | ||||||||||| |  ||| | | ||||||||| ||| || |||    
T  4049920 ggtctaggctttcgcaatatggaagctttcaatctatttatgcttggtaaacaaggatggaaactcctaaaagaccctagctccttactcacttgtatcc 4049821  T
Q  477 tcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    ||||||||||||| ||||| | | || |||||||||| |||    |  |||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  4049820 tcaaagctaaatatttccccaaatggaatttcttggaagccaacatcagccacaatccaagctacacgtggaggagcatttggag 4049736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0703 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0703
Description:

Target: scaffold0703; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 137 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 1371 - 870
Alignment:
Q  137 tggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgg 236  Q
    |||||||| |||||| | || ||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||||    
T  1371 tggaagaagtgtcaatcctgtaatgctcgttctctatctcgagctggtaaggaaattttaattaaatcagtcgctcaggctattccatcttattgtatgg 1272  T
Q  237 gggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattg 336  Q
    |||| || || |||||| |||| || ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| || || |||||    
T  1271 gggcctttcttattcctggttctttgtgtgaggaattagaaaggatgatgaactctttttactggggttcgaaaaagaatggccgtcggggtataaattg 1172  T
Q  337 gatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttgg 436  Q
    ||||| |||||| || |||||| | || ||||||| |||||| || || |||||  |  ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  1171 gatgagatgggagaaactcactttgcacaaaagtcttggtggccttggttttcgcaatttggaagcattcaatctttctatgctcggtaagcaaagttgg 1072  T
Q  437 aaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaa 536  Q
    |||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  1071 aaactcatgacagactcaaattccttacttactcgtgtcctcaaagccaaatatttccctcgacgggatttcttggaagcacctcttggtcataatccaa 972  T
Q  537 gctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcc 636  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||   ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  971 gctatacatggaggagtctttggagtatccaatcattacttacgttgggctatagatggaagattggtaatggttcaaatataaatgtgtggtcaatgcc 872  T
Q  637 tt 638  Q
    ||    
T  871 tt 870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 137 - 638
Target Start/End: Original strand, 16861625 - 16862126
Alignment:
Q  137 tggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgg 236  Q
    |||||||| |||||| | || ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||||    
T  16861625 tggaagaagtgtcaatcctgaaatgctcgttctctatctcgagctggtaaggaaattctaattaaatcagtcgctcaggctattccatcttattgtatgg 16861724  T
Q  237 gggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattg 336  Q
    |||| || || |||||| |||| || ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| || || |||||    
T  16861725 gggcctttcttattcctggttctttgtgtgaggaattagaaaggatgatgaactctttttactggggttcgaaaaagaatggccgtcggggtataaattg 16861824  T
Q  337 gatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttgg 436  Q
    ||||| |||||| || |||||| | || ||||||| |||||| || || |||||  |  ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  16861825 gatgagatgggagaaactcactttgcacaaaagtcttggtggcctcggttttcgcaatttggaagcattcaatctttctatgcttggtaagcaaagttgg 16861924  T
Q  437 aaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaa 536  Q
    |||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  16861925 aaactcatgacagactcaaattccttacttactcgtgtcctcaaagccaaatatttccctcgacgggatttcttggaagcacctcttggtcataatccaa 16862024  T
Q  537 gctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctatgcc 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||   ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||| | |||||    
T  16862025 gctacacatggaggagtctttggagtaaccaatcattacttacgttgggctatagatggaagattggtaatggttcaaatataaatgtgtggccaatgcc 16862124  T
Q  637 tt 638  Q
    ||    
T  16862125 tt 16862126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 197 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 21731463 - 21731029
Alignment:
Q  197 attaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattcttttt 296  Q
    |||||||||||||| ||||  || ||  |||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||  |||| || || ||||||||||| |    
T  21731463 attaaatcggttgcccaagtcattccaacttattgtatgggggcctttctcattcctagttctttatgtgacgagttagagaggatgatgaattctttct 21731364  T
Q  297 attggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacat 396  Q
    ||||||  || |  ||||||||||||||||| || |||| ||||| |||||| ||| | || || || ||||||| ||| || |||||||||||  | ||    
T  21731363 attgggtctctacaaagaatggtcgtcgcggtataaattagatgagatgggaaaagttaac-ctccacaaaagtcttggaggcctaggctttcgcaatat 21731265  T
Q  397 ggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccct 496  Q
    |||||||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||| | |  ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  21731264 ggaagctttcaacctattaatgcttggtaagcaaagctggaaactcatgatagactctaactccttactcactcgtattctcaaagctaaatacttccct 21731165  T
Q  497 agaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatgga 596  Q
     |  |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||  ||||||||||    
T  21731164 cgtcgggacttcttggatgcacctcttggtcataatccaagctacatatggaggagtctttggagtactcaatctcttcttaccttgggccatagatgga 21731065  T
Q  597 agattggagatggttcaaacataaatgtatggtcta 632  Q
    | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21731064 aaattagagacggttcaaaaataaatgtatggtcta 21731029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 188 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 10160600 - 10160176
Alignment:
Q  188 gaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatga 287  Q
    |||||| |||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||  | || || ||  ||||||| || ||||    
T  10160600 gaaattttaatcaaatcggtggcccaagccattccttcttattgcatgggggcctttctcattcctacctccctttgcgatgagatagaaaggatgatga 10160501  T
Q  288 attctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctt 387  Q
    | ||||| |||||||| || || |||||||| || || ||||| |||||| ||  |||||| ||||| || | ||| |||||    || || ||||||||    
T  10160500 actctttctattggggctcgaaaaagaatgggcgacgaggcattaattggttgcgatgggaaaagcttacacgtcacaaaagcttagggggcctaggctt 10160401  T
Q  388 tcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaa 487  Q
     ||  || | |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||| |||||  |  |  ||||||||||||||    
T  10160400 ccggaacctagaagcttttaacctctctatgcttggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcaacctctttactatcaaggatcctcaaagctaaa 10160301  T
Q  488 tacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatc 587  Q
    |||| |||  |||||||||| |||||||||   || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  10160300 tactacccgcgaagggattttttggatgccaacctcggccataatccaagttatacatggaggagtctatggagtacacaatctttacttaccttgggtc 10160201  T
Q  588 atagatggaagattggagatggttc 612  Q
    ||||||||||||| || ||||||||    
T  10160200 atagatggaagataggtgatggttc 10160176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 167 - 512
Target Start/End: Original strand, 21950873 - 21951218
Alignment:
Q  167 tctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtg 266  Q
    ||||||||| | || ||||||||  | || || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||  || || ||||| || |  || |||||||    
T  21950873 tctctttctagagctggtaaagaggtgctcatcaaatctgttgctcaagcaattccttcttattgtatggcagcttttctcatccccacctctttatgtg 21950972  T
Q  267 aggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataa 366  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| || || | ||| ||| |||| || || |||||||||| |||||| ||  |  |  | |||||    
T  21950973 aagaaatagaaagaaccatgaattctttttactggggttcaaaaaggaacggtagtcggggaataaattggatgagatgggataaattatcattgcataa 21951072  T
Q  367 aagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttactt 466  Q
    || |||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||  | | |||||||||     
T  21951073 aactcgtggtggtctcggatttcgtgatatggaagcctttaatctttccatgctcggtaaacaaggttggaaactcctcacagagcccagctccttactc 21951172  T
Q  467 actcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttgg 512  Q
    |||||  | |||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21951173 actcgcattctcaaagctaaatatttccctcgtcgggatttcttgg 21951218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 200 - 597
Target Start/End: Original strand, 646980 - 647375
Alignment:
Q  200 aaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttatt 299  Q
    |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||  || || ||||| ||||| ||||| || ||| | ||||||||||    
T  646980 aaatcggtcgcacaagccattccatcttattgcatgggggcattcctcatacctaagtctttgtgtgacgaacttgaaaggatgatgcactctttttatt 647079  T
Q  300 ggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatgga 399  Q
    |||| || || |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||  || |||||||  ||||| |||||||||||| | |||||    
T  647080 ggggttctaaaaagaatgggcgtcgtggcatcaattg--tgaaatgggataagctcactccacacaaaagtcagggtggcctaggctttcgtaatatgga 647177  T
Q  400 agctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctaga 499  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  647178 agctttcaatctctcaatgcttggtaagcaaagctggaaactcctaaccgactctaattccatacttactcgcgtcctcaaagccaaatacttccctaga 647277  T
Q  500 agggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaa 597  Q
     | ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||    
T  647278 cgagatttcttggaggcccctctgggccacaacccaagctacacttggaggagtctatggagtactcaatctttacttacattgggatatagatggaa 647375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 182 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 4018772 - 4018393
Alignment:
Q  182 ggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaa 281  Q
    |||||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || || |||||||| |  || |||||||| ||| | |||||||    
T  4018772 ggtaaagagatgctcatcaaatcggttgctcaagcaattccttcatattgtatgggagcttttctcattccaacctctttatgtgaagaaattgaaagaa 4018673  T
Q  282 tcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtct 381  Q
     |||||||||||| |||||||| || || ||  ||||  || | || || |||||||||| |||| |||| ||  ||||||| ||||||| |||||| ||    
T  4018672 ccatgaattctttctattggggttctaaaaaagatggcagtaggggtataaattggatgagatggaacaaactatctcttcacaaaagtcatggtggact 4018573  T
Q  382 aggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaa 481  Q
     || ||| | || |||||||| || ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  | | ||||||||| |||||  | ||||||    
T  4018572 cggatttagggatatggaagcctttaatctatccatgctcggtaagcaaggttggaaactccttacagaacctagctccttactcactcgcattctcaaa 4018473  T
Q  482 gctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    || ||||| |||||| || |||| ||||||||| ||  | |||| || |||||||| || || ||||||||  |||||||    
T  4018472 gccaaatatttccctcgacgggacttcttggataccaatattggtcacaatccaagttatacttggaggagcatttggag 4018393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 167 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 8072705 - 8072361
Alignment:
Q  167 tctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtg 266  Q
    ||||||||| | || ||||||||  | || || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| || || ||||| || |  || |||||||    
T  8072705 tctctttctagagctggtaaagaggtgctcatcaaatctgttgctcaagcaattccttcttattgtatgggagcttttctcatccccacctctttatgtg 8072606  T
Q  267 aggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataa 366  Q
    | ||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || || | ||| ||| |||| || || |||||||||| |||||| ||  |  |  | |||||    
T  8072605 aagaa-tagaaagaaccatgacttctttttactggggttcaaaaaggaacggtagtcggggaataaattggatgagatgggataaattatcattgcataa 8072507  T
Q  367 aagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttactt 466  Q
    || |||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||  | | |||||||||     
T  8072506 aactcgtggtggtctcggatttcgtgatatggaagcctttaatctttccatgctcggtaaacaaggttggaaactcctcacagagcccagctccttactc 8072407  T
Q  467 actcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttgg 512  Q
    |||||  | |||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  8072406 actcgcattctcaaagctaaatatttccctcgtcgggatttcttgg 8072361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 263 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 42704298 - 42703951
Alignment:
Q  263 tgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttc 362  Q
    ||||||||| | ||| | |||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| || || || ||  |||||   |||||||| || ||||| |    
T  42704298 tgtgaggaaattgaacggatcatgaattctttctactggggttctaataagaatggtcgccgtggaataaaccggatgcggtgggacaaactaactctac 42704199  T
Q  363 ataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactcctt 462  Q
    | |||| || | | || |||||||||||| | |||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||||||||| |  |  ||||    ||  |    
T  42704198 acaaaaatcatagaggcctaggctttcgtaatatggaagctttcaacctatctatgttaggtaagcaaagttggaaactcttgtctaactcttcttcact 42704099  T
Q  463 acttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagc 562  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| | |||  |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||     
T  42704098 tcttactcgtgttctcaaagccaaatattacccgcgaagggatttcttggaggtccctattggccataatccaagctttacttggagaagtctttggagt 42703999  T
Q  563 actcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggt 610  Q
    || |||   || ||||| |||| ||||| || ||||||||| ||||||    
T  42703998 acccaacacttgcttacattgggtcatatattgaagattggtgatggt 42703951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 200 - 514
Target Start/End: Original strand, 24465741 - 24466055
Alignment:
Q  200 aaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttatt 299  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || || |||||||| |  || |||||||| ||| | ||||||| |||||||||||| ||||    
T  24465741 aaatcggttgctcaagcaattccttcatattgtatgggagcttttctcattccaacctctttatgtgaagaaattgaaagaaccatgaattctttctatt 24465840  T
Q  300 ggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatgga 399  Q
    |||| || || ||  ||||  || | || || |||||||||| |||| ||||  |  ||||||| ||||||| |||||| || || ||| | || |||||    
T  24465841 ggggttctaaaaaagatggcagtaggggtataaattggatgagatggaacaaattatctcttcacaaaagtcatggtggactcggatttagggatatgga 24465940  T
Q  400 agctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctaga 499  Q
    ||| || ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  | | ||||||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||| ||    
T  24465941 agcctttaatctatccatgctcggtaagcaaggttggaaactccttacagaacctagctccttactcactcgcattctcaaagccaaatatttccctcga 24466040  T
Q  500 agggatttcttggat 514  Q
     |||| |||||||||    
T  24466041 cgggacttcttggat 24466055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 522 - 638
Target Start/End: Original strand, 4243149 - 4243264
Alignment:
Q  522 ttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaa 621  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||| || || |||||    
T  4243149 ttggtcataatccaagctatacatggaggagtctatggagtactcaatctttgctcactttgggtcatagatggaa-attggagatggctcgaaaataaa 4243247  T
Q  622 tgtatggtctatgcctt 638  Q
    | ||||| | |||||||    
T  4243248 tctatggaccatgcctt 4243264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 344 - 537
Target Start/End: Original strand, 19932468 - 19932661
Alignment:
Q  344 tgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcc 443  Q
    |||||||| |||||| | || ||||||| |||||| ||  | |||||| |||||| |||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||     
T  19932468 tgggacaaactcactttacacaaaagtcttggtggccttagatttcgtaacatggtagctttcagtctctcaatgcttgataaacaaagttggaaactct 19932567  T
Q  444 tcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaag 537  Q
    | |||  || ||| | |||||||||||   | |||||||| | | | ||| |   ||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||    
T  19932568 tgaccagcttaaattacttacttactcagattctcaaagccagacaattctcacaaagggatttcttatatgcctctcttggacataatccaag 19932661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 66
Target Start/End: Original strand, 16973004 - 16973053
Alignment:
Q  19 aaacctgaagc--aaagagtacaatatttcacctccctttgataattggg 66  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16973004 aaacctgaagctaaaagagtacaatatttcacctccctttgatagttggg 16973053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 292 - 603
Target Start/End: Original strand, 43968587 - 43968898
Alignment:
Q  292 tttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgt 391  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||     |||||||| |||||| | || ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  43968587 tttttattggggctcgaataagaatggtcgtcgtggcataaattggaaacgttgggacaaactcactttacacaaaagtcatggaggcctaggctttcgt 43968686  T
Q  392 gacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatact 491  Q
    || ||| |||| || ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  43968687 gatatgaaagcatttaatctatctatgcttggtaagcaaagtttgaaactcttgaccgactctacctccttacttactcgtgtcctcgaagccaaatact 43968786  T
Q  492 tccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatag 591  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||  || || |||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||| | |||     
T  43968787 tcccacgaagggatttcttggatgcctccctcggtcataatccaagctttacttgaaggagtctttggagtactcaacatttgcttactttgggttatat 43968886  T
Q  592 atggaagattgg 603  Q
    |||||| |||||    
T  43968887 atggaaaattgg 43968898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 395 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 18222927 - 18222698
Alignment:
Q  395 atggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttcc 494  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| |||||| | ||||| || | || ||||||||||||| |||| ||||  ||||| ||||    
T  18222927 atggaagctttcaatcttttaatgtttggtaagcaaagttgaaaactcttgaccgaatctacctgcttacttactcgtatcctgaaagtcaaatatttcc 18222828  T
Q  495 ctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatg 594  Q
    |  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  18222827 cgcgaagggatttcttggatgcctctctcggccataatccaagctatacttggaggagtctttggagtattcaatcattacttaccttggggcatagatg 18222728  T
Q  595 gaagattggagatggttcaaacataaatgt 624  Q
    |||||||||||| ||| | || ||||||||    
T  18222727 gaagattggagacggtactaaaataaatgt 18222698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 173 - 612
Target Start/End: Original strand, 46598219 - 46598658
Alignment:
Q  173 tctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaac 272  Q
    |||||||||| ||| ||| || | || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||   ||  | ||||| ||||    
T  46598219 tctcgtgccgataaggaagttttgataaaatccgttgcacaagccatcccttcttactgtatgggagcctttctcatccctgcatcgctttgtgaagaac 46598318  T
Q  273 tagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcg 372  Q
    | ||  | || |||||||| ||||| ||||| || || || |||||||| || |||||||||||||||   |||||    ||||| ||||| |||||||     
T  46598319 ttgagcggatgatgaattcattttactggggttcgaaaaaaaatggtcgacgaggcatcaattggatgcgttgggatttcctcacacttcacaaaagtct 46598418  T
Q  373 tggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgt 472  Q
     ||||| || ||||||||  |  |||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||| |  |||||||   ||| ||| | ||  |     
T  46598419 aggtggccttggctttcgaaatttggaagctttcaatctatctatgctcggcaagcaaggttggaaactcttatccgactcctcctctttattcaccaga 46598518  T
Q  473 gtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctt 572  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  | || || |||||||||||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||||    
T  46598519 atcctcaaagctaaatacttccctagacgggacttcttggatgcaaccctcggtcataatccaagctatacctggaggagcttatggagtactcaatctt 46598618  T
Q  573 tacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  46598619 tacttactttgggccatagatggaagattggagatggttc 46598658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 284 - 612
Target Start/End: Original strand, 31801014 - 31801341
Alignment:
Q  284 atgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctag 383  Q
    |||||||| ||||| ||||| || || || |||||||| || ||||||||||||||| | |||||  | ||||| ||||| |||||||  ||||| || |    
T  31801014 atgaattcattttactggggttcgaaaaa-aatggtcgacgaggcatcaattggatgcattgggattacctcacacttcacaaaagtctaggtggccttg 31801112  T
Q  384 gctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagc 483  Q
    |||||||  |  |||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||| |  |||||||   ||| ||| | ||  |  ||||||||||    
T  31801113 gctttcgaaatttggaagctttcaatctatctatgctcggcaagcaaggttggaaactcttatccgactcctcctctttattcaccagaatcctcaaagc 31801212  T
Q  484 taaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttg 583  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||||||  | || || |||||||||||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  31801213 taaatacttccctagactggacttcttggatgctaccctcggtcataatccaagctatacttggaggagcttatggagtactcaatctttacttactttg 31801312  T
Q  584 gatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  31801313 ggccatagatggaagattggagatggttc 31801341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 284 - 612
Target Start/End: Original strand, 41146285 - 41146613
Alignment:
Q  284 atgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctag 383  Q
    ||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||| || || |||||| |    ||||||||||||||||  || |||||||  || ||| |||    
T  41146285 atgaactcattttattggggctctaaaaagaacggtcgtcgtggaataaattggctacgttgggacaagctcactcgccacaaaagtcaaggaggtttag 41146384  T
Q  384 gctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagc 483  Q
    ||||  |  || | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||   |||| || || |  |  ||||||||||    
T  41146385 gcttcaggaacctcgaagcatttaatctttctatgctcggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcgtcctccctattttcaagaatcctcaaagc 41146484  T
Q  484 taaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttg 583  Q
    |||||| || ||  |||||||||| |||||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  41146485 taaatattttccccgaagggattttttggatgccaatctaggtcataatccaagttacacatggaggagtctatggagtactcaatctttacttaccttg 41146584  T
Q  584 gatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    |  ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  41146585 ggccataggtggaaaattggagacggttc 41146613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 263 - 612
Target Start/End: Original strand, 512360 - 512711
Alignment:
Q  263 tgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaa--tggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactct 360  Q
    ||||| ||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| || || || ||  |||||| || ||||||||||||||||  |||||  | ||||| ||    
T  512360 tgtgaagaacttgaacggatgatgaattcattttattggggttcgaaaaaaaaaatggtcgacggggcatcaattggatgatttgggattacctcacact 512459  T
Q  361 tcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactcc 460  Q
    ||| |||||||  ||||| || ||||||||  |  |||||||||||||||| || |||||| | ||| || ||||||||||| |  |||||||   |||     
T  512460 tcacaaaagtctaggtggccttggctttcgaaatttggaagctttcaatctatctatgctcagcaagtaaggttggaaactcttatccgactcctcctct 512559  T
Q  461 ttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttgga 560  Q
    ||| | ||  |  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  | || || |||||||||||||| || || |||||  | ||||    
T  512560 ttattcaccagaatcctcaaagctaaatacttccctagacgggacttcttggatgcaaccctcggtcataatccaagctatacctgaaggagcttatgga 512659  T
Q  561 gcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    | ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| || |||||||||    
T  512660 gtactcaatctttacttactttgggccatagatggaagaatgtagatggttc 512711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 284 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 12352286 - 12351964
Alignment:
Q  284 atgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctag 383  Q
    ||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||| || || |||||| |    ||||||||||| ||||  || |||||||  || ||| |||    
T  12352286 atgaactcattttattggggctctaaaaagaacggtcgtcgtggaataaattggctacgttgggacaagctaactcgccacaaaagtcaaggaggtttag 12352187  T
Q  384 gctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagc 483  Q
    ||||  |  || | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||   |||| || || |  |  ||||||||||    
T  12352186 gcttcaggaacctcgaagcatttaatctttctatgctcggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcgtcctccctattttcaagaatcctcaaagc 12352087  T
Q  484 taaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttg 583  Q
    |||||| || ||  |||||||||| |||||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  12352086 taaatattttccccgaagggattttttggatgccaatctaggtcataatccaagttacacatggaggagtctatggagtactcaatctttacttaccttg 12351987  T
Q  584 gatcatagatggaagattggaga 606  Q
    |  ||||| ||||| ||||||||    
T  12351986 ggccatagctggaaaattggaga 12351964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 393 - 561
Target Start/End: Original strand, 31402454 - 31402621
Alignment:
Q  393 acatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatactt 492  Q
    ||||| ||||||||||  | || ||||||||||| ||| |||||||||||||||  || || | |||||||||||||||| | |||||||| |||||| |    
T  31402454 acatgtaagctttcaacttgtctatgctcggtaaacaaggttggaaactcctcaatgattctagctccttacttactcgtattctcaaagccaaatac-t 31402552  T
Q  493 ccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||   | |||| |||||||||||||  |||||||||||  |||||||    
T  31402553 ccctagaagggatatctcggatgcaaatattggtcataatccaagctttacatggaggagcatttggag 31402621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 3899346 - 3899223
Alignment:
Q  393 acatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatactt 492  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||| ||| ||| |||||||||||||||  || |  | |||||||||||||| | | || ||||| ||||| ||    
T  3899346 acatggaagctttcaatttatctatgctcgataaacaaggttggaaactcctcaatgattgtagctccttacttactcatattctgaaagccaaatattt 3899247  T
Q  493 ccctagaagggatttcttggatgc 516  Q
    |||||| ||||||||| |||||||    
T  3899246 ccctaggagggatttcgtggatgc 3899223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 394 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 3885431 - 3885309
Alignment:
Q  394 catggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttc 493  Q
    |||||||||||||||| | |  ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||  || || | |||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||     
T  3885431 catggaagctttcaatttatatatgcttggtaaacaaggttggaaactcgtcattgattctagctccttgcttactcgtattctcaaagccaaatatttt 3885332  T
Q  494 cctagaagggatttcttggatgc 516  Q
    | ||  |||||||||||||||||    
T  3885331 catatgagggatttcttggatgc 3885309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 195 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 9182369 - 9181952
Alignment:
Q  195 taattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattcttt 294  Q
    |||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||  | || || ||  ||||||| || ||||| |||||    
T  9182369 taatcaaatcggtggcccaagccattccttcttattgcatgggggcctttctcattcctacctccctttgcgatgagatagaaaggatgatgaactcttt 9182270  T
Q  295 ttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgac 394  Q
     |||||||| || || |||||||| || || ||||| |||||| ||  |||||| ||||| || | ||| |||||    || || |||||||| ||  ||    
T  9182269 ctattggggctcgaaaaagaatgggcgacgaggcattaattggttgcgatgggaaaagcttacacgtcacaaaagcttagggggcctaggcttccggaac 9182170  T
Q  395 atggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttcc 494  Q
     | |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||| |||||  |  |  |||||||||||||||||| ||    
T  9182169 ctagaagcttttaacctctctatgcttggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcaacctctttactatcaaggatcctcaaagctaaatactacc 9182070  T
Q  495 ctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatg 594  Q
    |  |||||||||| |||||||||   || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9182069 cgcgaagggattttttggatgccaacctcggccataatccaagttatacatggaggagtctatggagtacacaatctttacttaccttgggtcatagatg 9181970  T
Q  595 gaagattggagatggttc 612  Q
    |||||| || ||||||||    
T  9181969 gaagataggtgatggttc 9181952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 195 - 612
Target Start/End: Original strand, 11625904 - 11626321
Alignment:
Q  195 taattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattcttt 294  Q
    |||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||  | || || ||  ||||||| || ||||| |||||    
T  11625904 taatcaaatcggtggcccaagccattccttcttattgcatgggggcctttctcattcctacctccctttgcgaagagatagaaaggatgatgaactcttt 11626003  T
Q  295 ttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgac 394  Q
     |||||||| || || |||||||| || || ||||| |||||| ||  |||||| ||||| || | ||| |||||    || || |||||||| ||  ||    
T  11626004 ctattggggctcgaaaaagaatgggcgacgaggcattaattggttgcgatgggaaaagcttacacgtcacaaaagcttagggggcctaggcttccggaac 11626103  T
Q  395 atggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttcc 494  Q
     | |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||| |||||  |  |  |||||||||||||||||| ||    
T  11626104 ctagaagcttttaacctctctatgcttggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcaacctctttactatcaaggatcctcaaagctaaatactacc 11626203  T
Q  495 ctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatg 594  Q
    |  |||||||||| |||||||||   || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11626204 cgcgaagggattttttggatgccaacctcggccataatccaagttatacatggaggagtctatggagtacacaatctttacttaccttgggtcatagatg 11626303  T
Q  595 gaagattggagatggttc 612  Q
    |||||| || ||||||||    
T  11626304 gaagataggtgatggttc 11626321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 182 - 561
Target Start/End: Original strand, 35612034 - 35612413
Alignment:
Q  182 ggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaa 281  Q
    |||||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || || |||||||| |  || |||||||| ||| | |||||||    
T  35612034 ggtaaagagatgctcatcaaatcggttgctcaagcaattccttcatattgtatgggagcttttctcattccaacctctttatgtgaagaaattgaaagaa 35612133  T
Q  282 tcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtct 381  Q
     |||||||||||| |||||||| || || ||  ||||  || | || || |||||||||| |||| |||| ||  ||||||| ||||||| |||||| ||    
T  35612134 ccatgaattctttctattggggttctaaaaaagatggcagtaggggtataaattggatgagatggaacaaactatctcttcacaaaagtcatggtggact 35612233  T
Q  382 aggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaa 481  Q
     || ||| | || |||||||| || ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  | | ||||||||| |||||  | ||||||    
T  35612234 cggatttagggatatggaagcctttaatctatccatgctcggtaagcaaggttggaaactccttacagaacctagctccttactcactcgcattctcaaa 35612333  T
Q  482 gctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    || ||||| |||||| || |||| ||||||||| ||  | |||| || |||||||| || || ||||||||  |||||||    
T  35612334 gccaaatatttccctcgacgggacttcttggataccaatattggtcacaatccaagttatacttggaggagcatttggag 35612413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 381 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 29929855 - 29929675
Alignment:
Q  381 taggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaa 480  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||| | || |||||  |||||||| ||||||||||| | ||   ||||  |||  |  |||||||||| |||||    
T  29929855 taggctttcgtgatatggaatctctcaatatatctatgctaagtaagcaacgttggaaactcttgacaatctcatcctcactttttactcgtgttctcaa 29929756  T
Q  481 agctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    || ||||||||||||  || ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  29929755 agataaatacttcccacgacgggatttcttggacgaccctcttggtcataatccaagcaacacttgcaggagtctttggag 29929675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 393 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 27846318 - 27846150
Alignment:
Q  393 acatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatactt 492  Q
    ||||||||||||||||| | |  ||||||||||| ||  ||||||||||||| |   | |  | ||||||||||| ||||  ||| ||||| ||||| ||    
T  27846318 acatggaagctttcaatttatttatgctcggtaaacattgttggaaactcctgaataatttcagctccttacttagtcgtaccctaaaagccaaatattt 27846219  T
Q  493 ccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggag 561  Q
    || ||| |||||||||||||||||   | |||| || ||||||| ||  |||||||||||  |||||||    
T  27846218 ccttaggagggatttcttggatgcaaatattggtcacaatccaaactttacatggaggagcatttggag 27846150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 9e-44; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 353 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 54422890 - 54422628
Alignment:
Q  353 ctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgact 452  Q
    |||||| | |||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||| |   |||||    
T  54422890 ctcactttacataaaagtcttggtggccttggctttcgtaacatggaagcattcaatctttcaatgcttggtaaacaaggttggaaactcatgcacgact 54422791  T
Q  453 caaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggag 552  Q
    |||||||||||||  ||| |   |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || | |||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  54422790 caaactccttactcgctcatactctcaaagccaaatacttcccgaggcgggatttcttggaagcacgtcttggtcacaatccaagctacacttgaaggag 54422691  T
Q  553 tctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaa 615  Q
    ||| |||||  | |||||| | ||||||||||  |||||||||||||| || ||||| |||||    
T  54422690 tctatggagtgcccaatctctgcttaccttggggcatagatggaagatcggtgatggctcaaa 54422628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 284 - 612
Target Start/End: Original strand, 32498077 - 32498405
Alignment:
Q  284 atgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctag 383  Q
    ||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||| || || |||||| |    ||||||||||||||||  || |||||||  || ||| |||    
T  32498077 atgaactcattttattggggctctaaaaagaacggtcgtcgtggaataaattggctacgttgggacaagctcactcgccacaaaagtcaaggaggtttag 32498176  T
Q  384 gctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagc 483  Q
    ||||  |  || | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||   |||| || || |  |  ||||||||||    
T  32498177 gcttcaggaacctcgaagcatttaatctttctatgctcggtaagcaaagttggaaactcttatccgactcgtcctccctattttcaagaatcctcaaagc 32498276  T
Q  484 taaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttg 583  Q
    |||||| || ||  |||||||||| |||||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  32498277 taaatattttccccgaagggattttttggatgccaatctaggtcataatccaagttacacatggaggagtctatggagtactcaatctttacttaccttg 32498376  T
Q  584 gatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    |  ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  32498377 ggccataggtggaaaattggagacggttc 32498405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 471 - 603
Target Start/End: Original strand, 43732634 - 43732766
Alignment:
Q  471 gtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatc 570  Q
    |||| |||||||| |||||||||||  ||  ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||      
T  43732634 gtgttctcaaagccaaatacttcccacgacaggatttcgtggaggcccctcttggtcataatccaagctacacttggagaagtctttggagtgcccaaca 43732733  T
Q  571 tttacttaccttggatcatagatggaagattgg 603  Q
     ||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  43732734 cttagttactttgggtcatagatggaagattgg 43732766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 209 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 23601704 - 23601337
Alignment:
Q  209 gctcaagctatcccttcttactgcatgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatcca 308  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||||| ||| ||||| || ||  | ||   ||| |||||||| ||||||||| | ||      
T  23601704 gctcaagctatcccttcttattgtatgggtgcctttctcattcctacttctttatgcgatgagatcgagccaatgatgaattcgttttattggagttctg 23601605  T
Q  309 agaagaatggtcgtcgcggcatcaattggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaa 408  Q
    | ||||||||| |||| || || |||||||||   ||||| ||||||||| | || ||||||   || || || ||||||||| |  |||| ||||||||    
T  23601604 aaaagaatggttgtcgtggaattaattggatgtgttgggataagctcactttacacaaaagtttagggggccttggctttcgtaatttggaggctttcaa 23601505  T
Q  409 tctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttc 508  Q
    ||| || ||| | || ||| ||| ||||||| ||      ||||| | |||  |||| ||  |  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23601504 tctatctatgattggaaagaaaatttggaaaatctaatttgactccacctctctactcacctggatcctcaaagctaaatacttcccgcgaagggatttc 23601405  T
Q  509 ttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttactt 577  Q
    ||||||| |   |||||||||||||||| ||| || ||| ||||| | | |||||||||||||||||||    
T  23601404 ttggatgtcaaccttggccataatccaacctatacctgg-ggagtttgttgagcactcaatctttactt 23601337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Original strand, 29016800 - 29016964
Alignment:
Q  386 tttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagttggaaactcctcaccgactcaaa-ctccttacttactcgtgtcctcaaagct 484  Q
    |||||| |||| ||||| |||||| | || ||||||||||| ||| ||||||||||||| || || ||| | |||||||||  ||| | |  ||||||||    
T  29016800 tttcgtaacatagaagccttcaatttttctatgctcggtaaacaaggttggaaactcctaactga-tcatagctccttactatctcatattatcaaagct 29016898  T
Q  485 aaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggag 552  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  29016899 c--tacttccctagaagggatttcttggattcccgtattggtcacaatccaagctatacttggaggag 29016964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 225
Target Start/End: Original strand, 29016584 - 29016639
Alignment:
Q  170 ctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttc 225  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  29016584 ctttctcgtgcaggtaaagaggttcttattaaatcggttgcgcaagctattccttc 29016639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 476 - 565
Target Start/End: Original strand, 1362181 - 1362270
Alignment:
Q  476 ctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatccaagctacacatggaggagtctttggagcact 565  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  ||| || |||| |||| |||||| | ||| ||||||||| |||||||||||    
T  1362181 ctcaaagctaaatatttccctagaagcgggtttttgggcgccactattggtcatagtccaagtttcacgtggaggagtatttggagcact 1362270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 134 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 238390 - 237888
Alignment:
Q  134 atttggaagaaatgtcaagcatggaatgcacgctctctttctcgtgccggtaaagaaattctaattaaatcggttgctcaagctatcccttcttactgca 233  Q
    |||||||||||||||||| | |||| | |  | ||||| ||||| || ||||||||| |||| ||||||||  |||| || |||||||| ||||| || |    
T  238390 atttggaagaaatgtcaatcttggagttctagatctctctctcgggcaggtaaagaagttcttattaaatctattgcacatgctatcccctcttattgta 238291  T
Q  234 tgggggcattcctcattcctagttcattatgtgaggaactagaaagaatcatgaattctttttattggggatccaagaagaatggtcgtcgcggcatcaa 333  Q
    ||||||||||  | ||||||| |||  | ||||| ||| | || || || ||||| || || |||||||| || || ||||| ||||  || || || ||    
T  238290 tgggggcatttttgattcctacttccctttgtgaagaaatcgagaggatgatgaactccttctattgggggtcgaaaaagaacggtcaacgaggaataaa 238191  T
Q  334 ttggatgaaatgggacaagctcactcttcataaaagtcgtggtggtctaggctttcgtgacatggaagctttcaatctctcaatgctcggtaagcaaagt 433  Q
    ||||||||  ||||| || || ||||| |||||      ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | ||| ||    
T  238190 ttggatgaggtgggataaacttactctgcataagtccaatggtggtcttggttttcgtaacatggaagcattcaacctctctatgcttggttaacaaggt 238091  T
Q  434 tggaaactcctcaccgactcaaactccttacttactcgtgtcctcaaagctaaatacttccctagaagggatttcttggatgcccctcttggccataatc 533  Q
    ||||||||||| || ||  | | ||||||||| |||||  | |||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||  | ||||||| ||||    
T  238090 tggaaactcctaactgatcctagctccttactcactcgaattctcaaagctaaatatttccctcgtcgggatttcttggatgccaatattggccacaatc 237991  T
Q  534 caagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttcaaacataaatgtatggtctat 633  Q
    |||||| ||| ||||||||  | |||||  |||||||| | || |||||||   |||||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||    
T  237990 caagcttcacttggaggagcatatggagttctcaatctcttctaaccttgggctatagatggaagattggtgacggttcgaaaatcaatgtttggtccat 237891  T
Q  634 gcc 636  Q
    |||    
T  237890 gcc 237888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 527 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 189684 - 189599
Alignment:
Q  527 cataatccaagctacacatggaggagtctttggagcactcaatctttacttaccttggatcatagatggaagattggagatggttc 612  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||    
T  189684 cataatccaagttttacatggaggagtcttttgagtactcaatctttactcaccttgggacatagatggatgattggtgatggttc 189599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University