View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20926_low_3 (Length: 639)

Name: NF20926_low_3
Description: NF20926
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20926_low_3
NF20926_low_3
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (2-622)||(21513683-21514303)
chr4 (70-622)||(42267024-42267572)
chr4 (70-622)||(48700469-48701017)
chr4 (70-622)||(30948831-30949379)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (71-622)||(34353135-34353679)
chr5 (70-622)||(41719531-41720079)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (70-622)||(9442740-9443288)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (70-622)||(27877357-27877905)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (70-622)||(5821923-5822471)
chr3 (70-622)||(2815911-2816459)
chr3 (230-283)||(42586235-42586288)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (2-622)||(826530-827148)
chr2 (155-333)||(15603878-15604056)
chr2 (566-622)||(13842492-13842548)
chr2 (107-282)||(13842779-13842957)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (71-623)||(8137106-8137654)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 21514303 - 21513683
Alignment:
Q  2 aaaggtcagagagttcaatgcaaactggctttggtgataacaagagacagatcaacaaaatgaggttgcagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21514303 aaaggtcagagagttcaatgcaaactggctttggtgataacaagagacagatcaacaaaatgaggttgcagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaat 21514204  T
Q  102 ctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaaggagtggtggaataataacaaggatggagaaaatacttttgaagt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21514203 ctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaaggagtggtggaataataacaaggatggagaaaatacttttgaagt 21514104  T
Q  202 ttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaataactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21514103 ttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaataactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgat 21514004  T
Q  302 atttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttttctcttattagctgatctcataaggaattgtgtac 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21514003 atttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacactgagattgatttttctcttattagctgatctcataaggaattgtgtac 21513904  T
Q  402 acataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatggtattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaa 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21513903 acataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatggtattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaa 21513804  T
Q  502 atgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgatgaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatct 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21513803 atgggttcaaaaagaatttattgtcgctaaagaaattgggtcaactctaatgcaagatccatgatgaaagtggaatcttaaaagtggtgaaagataatct 21513704  T
Q  602 tgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  21513703 tgtggtgataaaagcagaaaa 21513683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Original strand, 42267024 - 42267572
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacattta---aaggagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||   |  |||||||||||| ||  ||   |||||||| |||    
T  42267024 cagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatatcaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggagtgttgg 42267123  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    ||||  || ||| ||||||| || | || ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||     
T  42267124 aatatcaagaagaatggagagaagaattctgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagtgaagcag 42267223  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| |||||||||||   |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  42267224 caaccagttctaaaggcgaaagacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgcaaca-------tggcacatgactccacaccgagattggtttt 42267316  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||  ||||||||    ||||||| || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  42267317 tctcttatgagcctatctcagaaggatctgtgtacatgggaaatgaccatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatgg 42267416  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||| | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  42267417 tactgttcgaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacact 42267516  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  42267517 gaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 42267572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 48701017 - 48700469
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacattta---aaggagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||   |  |||||||||||| ||  ||   |||||||| |||    
T  48701017 cagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatatcaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggagtgttgg 48700918  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    ||||  || ||| ||||||| || | || ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||     
T  48700917 aatatcaagaagaatggagagaagaattctgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagtgaagcag 48700818  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| |||||||||||   |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  48700817 caaccagttctaaaggcgaaagacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgcaaca-------tggcacatgactccacaccgagattggtttt 48700725  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||  ||||||||    ||||||  || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  48700724 tctcttatgagcctatctcagaaggatctgtgtacatgggaaatgatcatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatgg 48700625  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||| | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  48700624 tactgttagaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacact 48700525  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  48700524 gaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 48700469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 30949379 - 30948831
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaag---gagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||  || ||||||||||   |  |||||||||||| ||  |||||   ||||| |||    
T  30949379 cagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaataatatcaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggagtgttgg 30949280  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    |||||||| ||| ||||||| || | || ||||| | ||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||     
T  30949279 aataataagaagaatggagagaagaattctgaagctacaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagtgaagcag 30949180  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| |||||| ||||   ||||   ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||| || | ||||||| ||||    
T  30949179 caaccagttctgaaggcgaaagacaactcaacgatgtatggataatggattcaggtgcaacatggca-------catgactccacaccgagattggtttt 30949087  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
     ||||||| |||  |||||| |||||   |||||||    ||||||  || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  30949086 actcttatgagcctatctcagaaggatcagtgtacatgggaaatgatcatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatgg 30948987  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||| | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  30948986 tactgttagaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacagt 30948887  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  30948886 gaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 30948831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 138; Significance: 8e-72; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 71 - 622
Target Start/End: Original strand, 34353135 - 34353679
Alignment:
Q  71 agtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaaggagtggtggaata 170  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || ||||||| ||   |  |||||||||||| ||  |||||||||| |||||||    
T  34353135 agtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatatcaaatgttacggttgtggcatgaaagggcacgtaaaggagtgttggaata 34353234  T
Q  171 ataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaataac 270  Q
      || ||| ||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| |||||||||| |||| |||    
T  34353235 tcaagaagaatggagagaagaattttgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagcgaggcaacaac 34353334  T
Q  271 tagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttttctc 370  Q
     |||||||||||   |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || | ||||||| ||||||||    
T  34353335 cagttctaaaggcgaaagacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgcaaca-------tggcacatgactccacaccgagattggtttttctc 34353427  T
Q  371 ttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatggtatt 470  Q
    |||| |||  |||||| |||||  ||||||||    ||||||  || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| |||||||||| |    
T  34353428 ttatgagcctatctcagaaggatctgtgtacatgggaaatgatcatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatggtact 34353527  T
Q  471 gtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgatgaaa 570  Q
     || | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |||||    
T  34353528 cttagaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacactgaaa 34353627  T
Q  571 gtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  34353628 gtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgataaaagcagaaaa 34353679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Original strand, 41719531 - 41720079
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacattta---aaggagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || | ||||||||   |  |||||||||||| ||  ||   |||||||| |||    
T  41719531 cagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatattaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggagtgttgg 41719630  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    ||||  || ||| ||||||| || | || ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| |||||||||| |||     
T  41719631 aatatcaagaagaatggagagaagaattctgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagcgaggcag 41719730  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| |||||||||||   |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  41719731 caaccagttctaaaggcgaaagacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgcaaca-------tggcacatgactccacaccgagattggtttt 41719823  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||  ||||||||    ||||||  || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  41719824 tctcttatgagcctatctcagaaggatctgtgtacatgggaaatgatcatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatgg 41719923  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||| | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  41719924 tactgttagaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacact 41720023  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  41720024 gaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 41720079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 9443288 - 9442740
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacattta---aaggagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||   |  |||||||||||| ||  ||   |||||||| |||    
T  9443288 cagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatatcaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggagtgttgg 9443189  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    ||||  || ||| ||||||| || | || ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||     
T  9443188 aatatcaagaagaatggagagaagaattctgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagtgaagcag 9443089  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| |||||||||||   |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  9443088 caaccagttctaaaggcgaaagacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgcaaca-------tggcacatgactccacaccgagattggtttt 9442996  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||  ||||||||    ||||||| || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  9442995 tctcttatgagcctatctcagaaggatctgtgtacatgggaaatgaccatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatgg 9442896  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||| | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  9442895 tactgttcgaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacact 9442796  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  9442795 gaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 9442740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 27877905 - 27877357
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacattta---aaggagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||   |  |||||||||||| ||  ||   |||||||| |||    
T  27877905 cagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatatcaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggagtgttgg 27877806  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    ||||  || ||| ||||||| || | || ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||     
T  27877805 aatatcaagaagaatggagagaagaattctgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagtgaagcag 27877706  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| |||||||||||   |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  27877705 caaccagttctaaaggcgaaagacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgcaaca-------tggcacatgactccacaccgagattggtttt 27877613  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||  ||||||||    ||||||| || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  27877612 tctcttatgagcctatctcagaaggatctgtgtacatgggaaatgaccatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatgg 27877513  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||| | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  27877512 tactgttcgaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacact 27877413  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  27877412 gaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 27877357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 5822471 - 5821923
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacattta---aaggagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||   |  |||||||||||| ||  ||   |||||||| |||    
T  5822471 cagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatatcaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggagtgttgg 5822372  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    ||||  || ||| ||||||| || | || ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| ||||||||||||||     
T  5822371 aatatcaagaagaatggagagaagaattctgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagcgaagcag 5822272  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| |||||||||||   |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  5822271 caaccagttctaaaggcgaaagacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgcaaca-------tggcacatgactccacaccgagattggtttt 5822179  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||  ||||||||    ||||||  || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  5822178 tctcttatgagcctatctcagaaggatctgtgtacatgggaaatgatcatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatgg 5822079  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||| | |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  5822078 tactgttagaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacact 5821979  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  5821978 gaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 5821923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 70 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 2816459 - 2815911
Alignment:
Q  70 cagtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaag---gagtggtgg 166  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||| | |  |||||||||||  ||  |||||   ||||| |||    
T  2816459 cagtgggagtcaaaatcatgctaggtcaaaatctcgaagaaagaagaatatcaaatgctacagttgtggcatgaaagagcacataaagaaggagtgttgg 2816360  T
Q  167 aataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaa 266  Q
    ||||  || ||| ||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| ||  ||||||||||||| ||||||     
T  2816359 aatatcaagaagaatggagagaagaattttgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacgggaaaatcttgtatagtgaagcag 2816260  T
Q  267 taactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttt 366  Q
     ||| | ||||||||||  |||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||       |||||||| || ||||||||| ||||    
T  2816259 caaccaattctaaaggtgaaagacgactcaacgatgtcttgataatggattcaggtgcaatatggca-------catgactccacactgagattggtttt 2816167  T
Q  367 tctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatgg 466  Q
     ||||||| |||  |||||  |||||   |||||||    ||||||| || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| |||||| |    
T  2816166 actcttatgagcctatctctgaaggatcagtgtacatgggaaatgaccatgccttagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgattg 2816067  T
Q  467 tattgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgat 566  Q
    || |||||| |||||||| || ||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   |    
T  2816066 tactgtttgaaaaatacaaggagtgcgtcatgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacact 2815967  T
Q  567 gaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  2815966 gaaagtggaatctttaaagtagtgaaaagcaatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 2815911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 283
Target Start/End: Original strand, 42586235 - 42586288
Alignment:
Q  230 accttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaataactagttctaaaggt 283  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||    
T  42586235 acctgagatgatggagaaatcttgtatagcggagcagcaattagttctaaaggt 42586288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 5e-70; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 622
Target Start/End: Original strand, 826530 - 827148
Alignment:
Q  2 aaaggtcagagagttcaatgcaaactg--gctttggtgataacaagagacagatcaacaaaatgaggttgcagtgggagtcaaaatgataataggtcaaa 99  Q
    |||||||||||||||||| |||| | |  ||||||  ||| || |||| |||||||||  || | ||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  826530 aaaggtcagagagttcaaagcaagcagaggctttgacgatgacgagaggcagatcaacggaacgtggccgcagtgggagtcaaaatcatggtaggtcaaa 826629  T
Q  100 atctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaaggag---tggtggaataataacaaggatggagaaaatactttt 196  Q
    |||||| |||| |||| || | ||||||||   |  |||||||||||| ||  ||||| ||   || |||||||  || ||| ||||||| || | || |    
T  826630 atctcgaagaaagaagaatattaaatgctacggttgtggcatgaaagggcacgtaaagaaggaatgttggaatatcaagaagaatggagagaagaattct 826729  T
Q  197 gaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaataactagttctaaaggtagaagaagtctca 296  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| || |||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||   |||| | ||||    
T  826730 gaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgacggggaaatcctgtatagcgaagcagcaaccagttctaaaggcgaaagacgactca 826829  T
Q  297 acgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgatttttctcttattagctgatctcataaggaattg 396  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||| || | ||||||| |||||||||||| |||  |||||| |||||  ||    
T  826830 acgatgtctggataatggattcaggtgcaacatggca-------catgactccacaccgagattggtttttctcttatgagcctatctcagaaggatctg 826922  T
Q  397 tgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatggtattgtttgcaaaatacatggggtaagtca 496  Q
    ||||||    ||||||  || |  | ||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||| |||||||||| |||| | |||||||| || ||  ||||    
T  826923 tgtacatgggaaatgatcatgcattagaaattgctggagtcggtactatcagattaaagatgcatgatggtactgttagaaaaatacaaggagtgcgtca 827022  T
Q  497 tgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgatgaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagat 596  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  827023 tgtaaaggggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgacctcgggtgtaagatccacactgaaagtggaatcttgaaagtagtgaaaggt 827122  T
Q  597 aatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  827123 aatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 827148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 155 - 333
Target Start/End: Original strand, 15603878 - 15604056
Alignment:
Q  155 aaggagtggtggaataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgt 254  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| |||| ||||||||| | ||||||||    
T  15603878 aaggtgtgctggaataataaaaagaatggagagaacacttatgaagcttcaacatctcaaggatgtgttgcaagtacctcagatgatgggggaatcttgt 15603977  T
Q  255 atagcgaagcaataactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggca 333  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||  | ||| | | ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15603978 atagcgaagcaacaactatttataaatttggaacacgactcaacgatgtctggataatggattcaggtgtaacatggca 15604056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 566 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 13842548 - 13842492
Alignment:
Q  566 tgaaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaa 622  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||| ||||    
T  13842548 tgaaagtggcatcttgaaagtagtgaaaggaaatcttctggtgatgaaagcaaaaaa 13842492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 107 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 13842957 - 13842779
Alignment:
Q  107 agaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaag---gagtggtggaataataacaaggatggagaaaatacttttgaagttt 203  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  ||| ||| || ||||||   ||||| ||||||||||| ||| |  || | || |||| || || ||    
T  13842957 agaaggaagaatctcaaatgctacaattatggtctgagagggcacttaaagactgagtgttggaataataagaagaactgatagaagacttctgcagctt 13842858  T
Q  204 caacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaataactagttctaaagg 282  Q
    |||||||| |||||||  ||| ||| | |||  |||||||| ||||| | |||| | |||||| |||||||| ||||||    
T  13842857 caacatcttaaggatgtgttgaaagtatcttgaatgatggtaaaatcatatataacaaagcaacaactagttataaagg 13842779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 71 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 8137654 - 8137106
Alignment:
Q  71 agtgggagtcaaaatgataataggtcaaaatctcgtagaaggaaggatctcaaatgctaaaatcatggcatgaaaggacatttaaag---gagtggtgga 167  Q
    ||||||| ||||||| ||  | ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||  |||||||| ||| || ||||||   ||||  ||||    
T  8137654 agtgggaatcaaaatcatggtcggttaaaatctcgaagaaagaagaatctcaaatgctacaattgtggcatgagaggtcacttaaagaatgagtcttgga 8137555  T
Q  168 ataataacaaggatggagaaaatacttttgaagtttcaacatctcaaggatgcattggaagcaccttagatgatggtgaaatcttgtatagcgaagcaat 267  Q
    ||||||| ||| ||||||| || |||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||| ||| | || |||||| || ||| || || ||||||||| |      
T  8137554 ataataagaagaatggagagaagacttatgaagcttcaatatctcaaggatgtgttgcaagtatctcagatgacggggaactcctgcatagcgaagaagc 8137455  T
Q  268 aactagttctaaaggtagaagaagtctcaacgatatttggataatggattcaggtgcaacatggcaattggcacatgactctacgctgagattgattttt 367  Q
     |||||||||||||    |||| | ||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||        ||||||| ||   ||||||| ||||     
T  8137454 gactagttctaaagtcgaaagatgactcaacgatgtctagataaaggattcaggtgcaacatggcat-------atgactccacatcgagattggtttta 8137362  T
Q  368 ctcttattagctgatctcataaggaattgtgtacacataaaatgactatactgttgaaattgttggagtcgtcactattacattaaagatacatgatggt 467  Q
    ||||||| |||  || ||| |||||    |||||| |  ||||||| || |  | ||||||| || |||||  ||||| | ||||||||| |||||||||    
T  8137361 ctcttatgagcctatttcagaaggatcaatgtacataggaaatgaccatgccttagaaattgctgaagtcggtactatcagattaaagatgcatgatggt 8137262  T
Q  468 attgtttgcaaaatacatggggtaagtcatgtaaatgggttcaaaaagaatttattgtccctagaaaaattgggtcaactcgagtgcaagatccatgatg 567  Q
    | |||| | |||||||| || |||  |||| |||||||||| || ||||||||||||||  | | | |||||| | | |||| ||| ||||||||   ||    
T  8137261 actgttcgaaaaatacaaggagtacatcatctaaatgggttgaagaagaatttattgtctgttggacaattggatgatctcgggtgtaagatccacactg 8137162  T
Q  568 aaagtggaatcttgaaagtggtgaaagataatcttgtggtgatgaaagcagaaaat 623  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||||||    
T  8137161 aaagtggaatcttgaaagtagtgaaatgcaatcttgtggtgatgaaagaagaaaat 8137106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University