View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20934_high_3 (Length: 588)

Name: NF20934_high_3
Description: NF20934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20934_high_3
NF20934_high_3
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (1-573)||(712668-713240)
chr6 (1-528)||(710512-711039)
chr6 (1-505)||(702266-702770)
chr6 (1-505)||(717568-718072)
chr6 (1-507)||(716526-717029)
chr6 (78-370)||(722484-722779)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (42-488)||(35313394-35313843)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (243-379)||(20353897-20354033)
chr5 (255-392)||(20357809-20357946)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (264-392)||(5278442-5278570)
chr4 (264-392)||(5286423-5286551)
chr4 (243-379)||(5282505-5282641)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (243-409)||(6235378-6235544)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 573
Target Start/End: Original strand, 712668 - 713240
Alignment:
Q  1 caccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  712668 caccaaatgatttttttttctcagtgaaagaaggaaacatatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacagttaatgatatactaggactaaa 712767  T
Q  101 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  712768 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagattcttatagtgttggag 712867  T
Q  201 ggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctca 300  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  712868 ggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggcctca 712967  T
Q  301 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 400  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  712968 ttcactttcaattgaatgttgggtatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 713067  T
Q  401 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaac 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713068 atctaatccaaaaatttcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggataatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaac 713167  T
Q  501 tagaattgcaggctgtgatatgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatg 573  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713168 tagaattgcaggctgtgatatgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatg 713240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 711039 - 710512
Alignment:
Q  1 caccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  711039 caccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaa 710940  T
Q  101 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  710939 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatcaaggggactaaatcccccacatactcaccctagagccactgagattcttatagtgttggag 710840  T
Q  201 ggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctca 300  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  710839 ggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctca 710740  T
Q  301 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710739 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 710640  T
Q  401 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  710639 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattttgggtggacaacaac 710540  T
Q  501 tagaattgcaggctgtgatatgtgcttg 528  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  710539 tagaattgcaggtcgtgatatgtacttg 710512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 702770 - 702266
Alignment:
Q  1 caccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  702770 caccaaatgatttctttttctcagtaaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacagttaatgatatactaggactaaa 702671  T
Q  101 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  702670 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatcaaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagatacttatagtgttagag 702571  T
Q  201 ggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  702570 ggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctca 702471  T
Q  301 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702470 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 702371  T
Q  401 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  702370 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaactac 702271  T
Q  501 tagaa 505  Q
    |||||    
T  702270 tagaa 702266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 718072 - 717568
Alignment:
Q  1 caccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  718072 caccaaatgatttctttttctcagtaaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacagttaatgatatactaggactaaa 717973  T
Q  101 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  717972 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagatacttatagtgttagag 717873  T
Q  201 ggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  717872 ggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcataacaaaagtactaaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctca 717773  T
Q  301 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717772 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 717673  T
Q  401 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717672 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaac 717573  T
Q  501 tagaa 505  Q
    |||||    
T  717572 tagaa 717568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Original strand, 716526 - 717029
Alignment:
Q  1 caccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||| || ||| |||||  |||||||||     || |||| ||| ||| ||||| ||||    
T  716526 caccagatgatttctttttctcaataaaagaagaaaacatatcaagtcaacttggttcgcaagtgacactacccacagttagtgagatattaggattaaa 716625  T
Q  101 cactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagag 200  Q
     ||| | ||||||||| ||||||| ||||| || ||| | | ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| |||    
T  716626 tactcttggtatctcttttgctcgtattgattttgcaccaaagggtctaaatcctccacatgctcaccctagagcagctgagatacttatagtgttggag 716725  T
Q  201 ggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctca 300  Q
    ||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  716726 ggtactctcaatgtcggttttgttacttctaacccagaaaaccgtctcattacaaaagttcttaacaaaggagatgtctttgtgtttccaattggtctta 716825  T
Q  301 ttcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttgg 400  Q
    |||||||||||   ||| ||||  |||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||| ||| || | || ||||| |||  ||| |  ||||||||    
T  716826 ttcacttccaacataatatgggggatggaaatgcggttgtcatttctggacttaacagccataattcaagagttatcactattattaaggaggtatttgg 716925  T
Q  401 atctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaac 500  Q
     |||||||   |||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||     
T  716926 gtctaatc---aaatttcttcagaacttctcaccaaggctcttcaagtggacaataacatagttgacaatcttcagaaacaattctggttggacaacaat 717022  T
Q  501 tagaatt 507  Q
    |||||||    
T  717023 tagaatt 717029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 78 - 370
Target Start/End: Original strand, 722484 - 722779
Alignment:
Q  78 gttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagcca 177  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  722484 gttaatgagatattaggattaaacactcttggtgtctctcttgctcgtattgactttgcacctaagggtataaatcctccacacactcaccctagagcca 722583  T
Q  178 ctgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccg---tctcatcacaaaagtactgaacaaaggaga 274  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||  |||| || |||  ||||||||||| |||||   |   || ||| |||||||  || |||||||||||    
T  722584 ctgagatacttatggtgttagatggtactctcaatgttggcttttatacttctaatcaagaaagtagtactcccattacaaaagatctcaacaaaggaga 722683  T
Q  275 tgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccagg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||   ||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  722684 tgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttcgagcataatacaggagatggaaatgcggttgcaatttctggatttagcagtcaaaatccagg 722779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 42 - 488
Target Start/End: Original strand, 35313394 - 35313843
Alignment:
Q  42 tcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatcta 141  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| ||| ||||||| |||||  | ||||| ||| | |||||| | || || ||| | |    
T  35313394 tcaaatccactcggatcaaaagtgactccagtgacggttaatgaaatattaggactcaacacacttggtatatctttggctcgcgtcgattttgcaccaa 35313493  T
Q  142 ggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaa 241  Q
      || ||||||||||| || || || || |||| ||| ||||||||| |||| || || || ||||| || || || |||||| | || |||| ||| ||    
T  35313494 aaggtctaaatcctcctcacacccacccaagaggcaccgagattcttgtagttttggaaggcacactttacgttggatttgtttcctcaaatcaagacaa 35313593  T
Q  242 ---ccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagtt 338  Q
       ||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||  | ||  ||    
T  35313594 taaccgtctcttcaccaaagtattgaacaaaggtgatgtatttgtgtttccaatcggtctcattcacttccaattgaacgttggttatggggaggctatt 35313693  T
Q  339 gctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaag 438  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| || || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||  ||||||||||||||||    
T  35313694 gccattgctggtcttagtagccaaaaccctggagtgattaccattgcaaatgctgtgtttggatctaaaccaccaatttctttggaagttctcaccaaag 35313793  T
Q  439 cttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgg 488  Q
    | |||||||| || || ||| || | ||| |||||||||| |||||||||    
T  35313794 cctttcaagtggataaaaatgtaatcgactatcttcaaaagcaattctgg 35313843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 243 - 379
Target Start/End: Original strand, 20353897 - 20354033
Alignment:
Q  243 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 342  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || |||||||    
T  20353897 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 20353996  T
Q  343 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 379  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  20353997 ttgctggacttagcagtcaaaatccaggagtaatcac 20354033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 255 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 20357946 - 20357809
Alignment:
Q  255 aaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggactta 354  Q
    ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  20357946 aaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaatgccgttgctattgctggactta 20357847  T
Q  355 gcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgct 392  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  20357846 gcagtcaaaatccaggagttatcaccgttgcaaatgct 20357809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 264 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 5278570 - 5278442
Alignment:
Q  264 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 363  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5278570 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5278471  T
Q  364 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 392  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  5278470 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5278442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 264 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 5286551 - 5286423
Alignment:
Q  264 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 363  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5286551 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgccgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5286452  T
Q  364 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 392  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  5286451 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5286423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 243 - 379
Target Start/End: Original strand, 5282505 - 5282641
Alignment:
Q  243 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 342  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| || || |||||||    
T  5282505 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgattggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 5282604  T
Q  343 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 379  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  5282605 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcac 5282641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 243 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 6235544 - 6235378
Alignment:
Q  243 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 342  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || || |||||||    
T  6235544 cgtctcttcaccaaagtgctaaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactaaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 6235445  T
Q  343 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatcc 409  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |||| |||||| | |||  |||||||||    
T  6235444 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcaccgttgcaaatgctttgtttaaatctaatcc 6235378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University