View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20937_low_1 (Length: 658)

Name: NF20937_low_1
Description: NF20937
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20937_low_1
NF20937_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-643)||(15081381-15081999)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (72-643)||(18661872-18662444)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 15081999 - 15081381
Alignment:
Q  18 tgttagatcaggacaataacctattcttcagaaaaaagagtgaactccggattcagagtgtaatacttgacatttgttctaaaatgaatttaacttagct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15081999 tgttagatcaggacaataacctattcttcagaaaaa-gagtgaactctggattcagagtgtaatacttgacatttgttctaaaatgaatttaacttagct 15081901  T
Q  118 tctgctctattagatataataatatgaaaaatatcatataatatgttggtcttatcttagtatcttaggttatcttttgagactggcttatcaaggatct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  15081900 tctgctctattagatataataatatgaaaaatatcttataatatcttggtcttatcttagtatcttaggttatcttttgagattggtttatcaaggatct 15081801  T
Q  218 gagattctgttttagggctccttttcatattgataaataagtcaatatctttattttctttctcgtacatcctctaaacctatgccatcattgttctgct 317  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15081800 gagattctgttttaggactccttttcatattgataaataagtcaatatctgtattttctttcttgtccatcctctaaacctatgccatcattgttctgct 15081701  T
Q  318 gatgtgttccctgaactacattataataataccattatctctatacttactttcttttagtacacagtgcacaaattccatccagattctctgataattg 417  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15081700 gatgtgttccctgaact--attataataataccattatctctatacttactttcttttagtacacagtgcacaaattccatccagcttctctgataattg 15081603  T
Q  418 ctgcagctgcctactattataactggatatttttccaacggattttcttaccaaagctaccgtcaacagacttgcaaggaactgatctccacattcctaa 517  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15081602 ctgctgctgcttgctattataactggatatttttccaacggactttcttaccaaagctaccgtcaacagacttgcaaggaactgatctccacattcctaa 15081503  T
Q  518 aatttcacttctgtcctaaaattataggaactgatctccactgctacggtcggacatcttaacatggatctgtcctatttctgctatccccagttgccaa 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15081502 aatttcacttctgtcctaaaattataggaactgatctccactg----agtcggacatcttaacatggatctgtcctatttctgctatccccagttgccaa 15081407  T
Q  618 gtttcacttcttcataactgcctttg 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15081406 gtttcacttcttcataactgcctttg 15081381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 72 - 643
Target Start/End: Original strand, 18661872 - 18662444
Alignment:
Q  72 agagtgtaatacttgacatttgttctaaaatgaatttaacttagcttctgctctattagatataataatatgaaaaatatcatataatatgttggtctta 171  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  18661872 agagtgtaatacttggcatttgttctaaaatgaatttaacttagcttctgctctattagatataataatatgaaaaatattttataatatcttggtctta 18661971  T
Q  172 tctt-agtatcttaggttatcttttgagactggcttatcaaggatctgagattctgttttagggctccttttcatattgataaataagtcaatatcttta 270  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18661972 tctttagtatcttaggttatcttttgagattggtttatcaaggatctgagattctgttttagggctccttttcatattgataaataagtcaatatcttta 18662071  T
Q  271 ttttctttctcgtacatcctctaaacctatgccatcattgttctgctgatgtgttccctgaactacattataataataccattatctctatacttacttt 370  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662072 ttttctttctcgtccatcctctaaacctatgccatcattgttctgctgatgtgttccctgaactacattataataataccattatctctatacttacttt 18662171  T
Q  371 cttttagtacacagtgcacaaattccatccagattctctgataattgctgcagctgcctactattataactggatatttttccaacggattttcttacca 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662172 cttttagtacacagtgcacaaattccatccagcttctctgataattgctgcagctgcctgctattataactggatatttttccaacggattttcttacca 18662271  T
Q  471 aagctaccgtcaacagacttgcaaggaactgatctccacattcctaaaatttcacttctgtcctaaaattataggaactgatctccactgctacggtcgg 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662272 aagctaccgtcaacagacttgcaaggaactgatctccacattcctaaaatttcacttctgtcctaaaattataggaactgatctccactgctacggtcgg 18662371  T
Q  571 acatcttaacatggatctgtcctatttctgctatccccagttgccaagtttcacttcttcataactgcctttg 643  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662372 acatcttaacatggatctgtcctatttctgctatccccagttgccaagtttcacttcttcataactgcctttg 18662444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University