View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20938_high_5 (Length: 416)

Name: NF20938_high_5
Description: NF20938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20938_high_5
NF20938_high_5
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (17-396)||(17810224-17810602)
chr1 (26-341)||(35900325-35900639)
chr1 (17-340)||(11543005-11543327)
chr1 (20-341)||(44613887-44614207)
chr1 (22-225)||(44146311-44146513)
chr1 (20-168)||(44794187-44794334)
chr1 (242-341)||(44794352-44794451)
chr1 (251-300)||(44146259-44146308)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (22-341)||(29227439-29227757)
chr2 (22-341)||(29340738-29341056)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (20-340)||(27713-28032)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (20-340)||(170760-171079)
scaffold0017 (20-346)||(181841-182166)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-341)||(26729504-26729822)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-312)||(29506090-29506381)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 17 - 396
Target Start/End: Original strand, 17810224 - 17810602
Alignment:
Q  17 tgaagctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctg 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17810224 tgaagctgcgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacata-gagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctg 17810322  T
Q  117 cctgacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaattta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17810323 cctgacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgacttccccactgagattgttccttgacaaattta 17810422  T
Q  217 aggaaatcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctct 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  17810423 aggaaatcaatccaaacaagtactcaatttcagctggtatgtcccctgtaagatggttgcttgaaagatcaatgctttttaaaaacacatcagcatcttt 17810522  T
Q  317 gtaaggttggtctacacctttccacgtcaggaacgaggtaaaatcataaaatatttcgaaagataaagtagccgcactga 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| || ||||||||| |||||    
T  17810523 gtaaggttggtctacacctttccacgtcaggaacgaggtgaaatcataatatatttccaaaaatgaagtagccgtactga 17810602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 26 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 35900639 - 35900325
Alignment:
Q  26 gttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcctgacaga 125  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||| ||||||  | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  35900639 gttccaattggaattttcacatagagcttgttgtttgacaagtccaaccaa-gtgagacgatcaatgtgggctagactggaaggaattcttcctgaaaga 35900541  T
Q  126 tgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaaggaaatca 225  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  35900540 tgatttcttgagagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgttcggaatgatttccccactgagattgttcctcgacaaatttaaggaaatca 35900441  T
Q  226 atccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgtaaggttg 325  Q
    | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| || || | ||||| ||||    
T  35900440 aaccaaataagtactccatttcaactggtatttcccctgtaagatggttgcttgaaagatcaattgtttttaaaaacctataaggatttatgtaaagttg 35900341  T
Q  326 gtctacacctttccac 341  Q
    |||||| |||||||||    
T  35900340 gtctacccctttccac 35900325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 340
Target Start/End: Original strand, 11543005 - 11543327
Alignment:
Q  17 tgaagctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctg 116  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||  | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11543005 tgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaa-gtgagacgatcaatatgagctagactggaaggaattctg 11543103  T
Q  117 cctgacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaattta 216  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  11543104 cctgaaagacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattattttcccactgagattgtttcttgacaaattta 11543203  T
Q  217 aggaaatcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctct 316  Q
    | |||||||||||||  || ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| |||| |||    
T  11543204 atgaaatcaatccaattaaatactcaatttccattggtatttcccctgtaagatggttgcttgacatatcaatgctttttaaaagcctatctgcatttct 11543303  T
Q  317 gtaaggttggtctacacctttcca 340  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||    
T  11543304 gtagggttgatctacacctttcca 11543327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 44614207 - 44613887
Alignment:
Q  20 agctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcct 119  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||    
T  44614207 agctgcgttccaattggaatgtttccacagagctgattgtttgacaaatccaacatggca-agacgatcaatgcgagctatactggaaggaattctacct 44614109  T
Q  120 gacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaagg 219  Q
    || |||  |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44614108 gaaagacaatttcttgacagatcaagaaattcaagtaacttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagattgttccttgacaaatttaagg 44614009  T
Q  220 aaatcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgta 319  Q
    ||||||||||||  ||||| | || |||   |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | || |    
T  44614008 aaatcaatccaattaagtattgaacttccgatggtatttccccagtaagatggttgcttgagagatcaatggtttttaaaaacttatctgcatttttgaa 44613909  T
Q  320 aggttggtctacacctttccac 341  Q
       |||||| ||||||||||||    
T  44613908 gtcttggtccacacctttccac 44613887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 22 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 44146513 - 44146311
Alignment:
Q  22 ctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcctga 121  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  44146513 ctgtgtcccaattggaattttcccatagagccgattatttgacaagtccaacata-gtgagacgatcaatatgagctaggctggaaggaattttgcctga 44146415  T
Q  122 cagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaaggaa 221  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44146414 aagacgatttcttgaaagatcaagaaattctaatgagttaaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagattgttccttgacaaatttaaggaa 44146315  T
Q  222 atca 225  Q
    ||||    
T  44146314 atca 44146311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 168
Target Start/End: Original strand, 44794187 - 44794334
Alignment:
Q  20 agctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcct 119  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  44794187 agctgcgttccaattggaatttctccatagagctcattgtttgaaaaatttaacatagta-agacgatcaatatgagctagactggaaggaattttgcct 44794285  T
Q  120 gacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttc 168  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||    
T  44794286 gacaaatgatttcttgaaagatcaagaaattctaatgagttaaagtttc 44794334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 341
Target Start/End: Original strand, 44794352 - 44794451
Alignment:
Q  242 aatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgtaaggttggtctacacctttccac 341  Q
    |||||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | || |   |||||| ||||||||||||    
T  44794352 aatttcagttggtatttcgcctgtaagatggttgcttgagagatcaatggtttttaaaaacttatctgcatttttgaagtcttggtccacacctttccac 44794451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 251 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 44146308 - 44146259
Alignment:
Q  251 tggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaa 300  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44146308 tggtatttaccctgtaagatggttgcttgagagatcaatggtttttaaaa 44146259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 22 - 341
Target Start/End: Original strand, 29227439 - 29227757
Alignment:
Q  22 ctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcctga 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29227439 ctgtgttccaattggaatttttccatagagttgattgtgtgacaaatccaacatagca-agacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctacctga 29227537  T
Q  122 cagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaaggaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  29227538 aagacgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccacgctgagattgttccttgacaaatttaaggca 29227637  T
Q  222 atcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgtaag 321  Q
    ||||||||||| |||  ||  ||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||     
T  29227638 atcaatccaaataagcgcttcatttcagttggtatttcccccgtaagatggttgcttgagagatcaatggtttttaaaaacctatcagcatttttgtaac 29227737  T
Q  322 gttggtctacacctttccac 341  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  29227738 gttggtttacacctttccac 29227757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 22 - 341
Target Start/End: Original strand, 29340738 - 29341056
Alignment:
Q  22 ctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcctga 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29340738 ctgtgttccaattggaatttttccatagagttgattgtgtgacaaatccaacatagca-agacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctacctga 29340836  T
Q  122 cagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaaggaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  29340837 aagacgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccacgctgagattgttccttgacaaatttaaggca 29340936  T
Q  222 atcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgtaag 321  Q
    ||||||||||| |||  ||  ||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||     
T  29340937 atcaatccaaataagcgcttcatttcagttggtatttcccccgtaagatggttgcttgagagatcaatggtttttaaaaacctatcagcatttttgtaac 29341036  T
Q  322 gttggtctacacctttccac 341  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  29341037 gttggtttacacctttccac 29341056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 340
Target Start/End: Original strand, 27713 - 28032
Alignment:
Q  20 agctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcct 119  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  27713 agctgcgttccaactggaactttcccatagagctgattgtttgacaaatccaacata-gtgagacgatcaatgcgagctagactggaaggaatttcgcct 27811  T
Q  120 gacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaagg 219  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  27812 gacaaatgatttcttgacagatctagaaattcaagtgatttgaagtttcctatgtttaaaatgatttccccactgagattgttccttgacaaatttaatg 27911  T
Q  220 aaatcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgta 319  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | ||||    
T  27912 aaatcaaaccaaataagtactccatttcagttggtatttcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatggtttttaaaaacttatctgcatttttgta 28011  T
Q  320 aggttggtctacacctttcca 340  Q
       ||||||||||||||||||    
T  28012 ccattggtctacacctttcca 28032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 171079 - 170760
Alignment:
Q  20 agctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcct 119  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  171079 agctgcgttccaactggaactttcccatagagctgattgtttgacaaatccaacata-gtgagacgatcaatgcgagctagactggaaggaatttcgcct 170981  T
Q  120 gacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaagg 219  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  170980 gacaaatgatttcttgacagatctagaaattcaagtgatttgaagtttcctatgtttaaaatgatttccccactgagattgttccttgacaaatttaatg 170881  T
Q  220 aaatcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgta 319  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | ||||    
T  170880 aaatcaaaccaaataagtactccatttcagttggtatttcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatggtttttaaaaacttatctgcatttttgta 170781  T
Q  320 aggttggtctacacctttcca 340  Q
       ||||||||||||||||||    
T  170780 ccattggtctacacctttcca 170760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 182166 - 181841
Alignment:
Q  20 agctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcct 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||| ||||||  | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  182166 agctgcgttccaattggaattttcccattgagatgattgtatgacaagtccaaccaa-gtgagacggtcaatgtgagctagactggaaggaattcttcct 182068  T
Q  120 gacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaagg 219  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |    
T  182067 gacagattatttcttgacagatcaagaaattcgagtgacttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccacggagattgttccttgacaaatttaatg 181968  T
Q  220 aaatcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgta 319  Q
    |||||||| |||  ||||| |  ||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| | ||||    
T  181967 aaatcaatgcaactaagtattgcatttcagttggtatttcccctgtaagattgttgcttgagagatcaatcgtttttaaaaacttatctgcatttttgta 181868  T
Q  320 aggttggtctacacctttccacgtcag 346  Q
      ||  |||| ||||||||||| ||||    
T  181867 ccgtctgtctgcacctttccacatcag 181841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 22 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 26729822 - 26729504
Alignment:
Q  22 ctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcctga 121  Q
    |||| ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26729822 ctgtattccagttggaatcttcccatagagcagattgtttgacaaatccaacata-gtgaggcgatcaatatgagctagactggaaggaattcttcctga 26729724  T
Q  122 cagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaaggaa 221  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  26729723 caaatgattacttgatagatcaagaaattcaagtgatttgaagtttcctatgtttgaaattatttccccactaagattgttccttgacaaatttaaggaa 26729624  T
Q  222 atcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcatctctgtaag 321  Q
    ||||||||||  || ||||| ||||||  |||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |    
T  26729623 atcaatccaactaaatactccatttcagttggtatttcccctaaaagatagttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatctgcatttttgtagg 26729524  T
Q  322 gttggtctacacctttccac 341  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  26729523 gttggtcttcacctttccac 26729504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 29506090 - 29506381
Alignment:
Q  20 agctgtgttccaattggaatttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatatgagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcct 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  29506090 agctgcgttccaattggaatttttccataaagctgattgtttgacaaatccaacgta-gtgaggcgatcaatatgagctagactggaaggaattgtgcct 29506188  T
Q  120 gacagatgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgagaatgttccttgacaaatttaagg 219  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  29506189 gatagatgatttcttgatagatcaagaaattcaagtgacttgaattttcctatgtctgaaattatttccccactaagattgttccttgacaaatttaagg 29506288  T
Q  220 aaatcaatccaaacaagtactcaatttcaactggtatgtcccctgtaagatggttgcttgagagatcaatgctttttaaaaacatatcagcat 312  Q
    |  |||||||||  ||||||||||||||   |||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  29506289 atgtcaatccaagtaagtactcaatttctgttggtatttctcctataaggtggttgcttgagagatcaatgctgtttaaaaacttatctgcat 29506381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University