View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20938_high_8 (Length: 369)

Name: NF20938_high_8
Description: NF20938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20938_high_8
NF20938_high_8
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (16-345)||(971461-971790)
chr1 (16-348)||(942191-942523)
chr1 (33-345)||(949197-949509)
chr1 (33-348)||(960169-960484)
chr1 (47-348)||(936302-936603)
chr1 (68-348)||(909573-909850)
chr1 (66-295)||(975127-975356)
chr1 (66-295)||(419805-420034)
chr1 (43-295)||(924081-924333)
chr1 (44-293)||(916031-916280)
chr1 (65-211)||(901854-902002)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (66-295)||(10537-10766)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 16 - 345
Target Start/End: Original strand, 971461 - 971790
Alignment:
Q  16 attgaacttgcaattgacaaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactc 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971461 attgaacttgcaattcacaaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactc 971560  T
Q  116 aacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagcttt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971561 aacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagcttt 971660  T
Q  216 gtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggttt 315  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  971661 gtataacttcattggaatctatggttgatttcaccatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggttt 971760  T
Q  316 gcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971761 gcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaa 971790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 16 - 348
Target Start/End: Original strand, 942191 - 942523
Alignment:
Q  16 attgaacttgcaattgacaaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactc 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942191 attgaacttgcaattcacaaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactc 942290  T
Q  116 aacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagcttt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942291 aacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagcttt 942390  T
Q  216 gtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggttt 315  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  942391 gtataacttcattggaatctatggttgatttcaccatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggttt 942490  T
Q  316 gcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaagaa 348  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  942491 gcaacaatatgtaatagcaaaaggagtgaagaa 942523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 33 - 345
Target Start/End: Original strand, 949197 - 949509
Alignment:
Q  33 caaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 132  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949197 caaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaattggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 949296  T
Q  133 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949297 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaa 949396  T
Q  233 tctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatag 332  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949397 tctatggttgatttcactatttcaaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatag 949496  T
Q  333 caaaaggagtgaa 345  Q
    |||||||||||||    
T  949497 caaaaggagtgaa 949509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 33 - 348
Target Start/End: Original strand, 960169 - 960484
Alignment:
Q  33 caaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 132  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960169 caaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 960268  T
Q  133 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960269 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaa 960368  T
Q  233 tctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatag 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  960369 tctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgtaatag 960468  T
Q  333 caaaaggagtgaagaa 348  Q
    ||||||||||||||||    
T  960469 caaaaggagtgaagaa 960484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 47 - 348
Target Start/End: Original strand, 936302 - 936603
Alignment:
Q  47 gcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaagg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| | |||||||| || |||  ||| ||||||||||||||| || | |    
T  936302 gcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattcaatacctttttcttcaagcaaagttgaaaacatccttaacttgttctccatcaaggaaggaacagaag 936401  T
Q  147 aagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgattt 246  Q
    || ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  936402 aatctgaaattgtgaagaacacaataagtgagtgtgaagaaaatggcatcaaaggagaggaaaagctttgtgtaacatcattggaatctatggttgattt 936501  T
Q  247 cactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaag 346  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||| | ||| | || | ||  |||||| ||||||| || |||||||| ||||||    
T  936502 cactacttcgaaacttggaaacaatgtcgaagctgtttcaacagaagtgaaaaaagaaagcagtgacttgcaagaatatgtaatggcaaaaggtgtgaag 936601  T
Q  347 aa 348  Q
    ||    
T  936602 aa 936603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 68 - 348
Target Start/End: Original strand, 909573 - 909850
Alignment:
Q  68 gttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaa 167  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||| | || ||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| |  |    
T  909573 gttgcgaattccattcccttttcatcaaacaaattggaaaacatccttaactacttctccatcaagcaaggatcgacggaatctgaaattgtgaagaaca 909672  T
Q  168 caataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaa 267  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| || ||| || |||||    
T  909673 caataagtgaatgtgaagcatatggtatcaaaggagaggaaaagctttgtgtgacatcattggaatctatgattgatttcactactttgaagcttggaaa 909772  T
Q  268 caatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaagaa 348  Q
    |||||||||  || |||| ||||||||  ||  | | ||   |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  909773 caatgttgacactgtttcaacagaagtaaatggagaaag---tggtttacaacaatatgtaatagcaaacggagtgaagaa 909850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 66 - 295
Target Start/End: Original strand, 975127 - 975356
Alignment:
Q  66 aagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaag 165  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||   ||||||| |||| |||||||  | | | |||||||| |     
T  975127 aagttgctaattcaatacccttttcatcaaacaagatggaatacataatcaacaagttaaacatcaagaaagggtcaaagggtgttcagattgtgaagaa 975226  T
Q  166 aacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcgga 265  Q
     || || |||||||||||||   | || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||     
T  975227 caccatcagtgagtgtgaagagcaagggatcaaaggagaggaaaaggtttgtgtaacatcattggagtctatggttgatttcacgacttctaaacttggt 975326  T
Q  266 aacaatgttgaagctatttccacagaagtg 295  Q
    || |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  975327 aaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtg 975356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 420034 - 419805
Alignment:
Q  66 aagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaag 165  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||   ||||||| |||| |||||||  | | | |||||||| |     
T  420034 aagttgctaattcaatacctttttcattaaacaaggtggaatacataatcaacaagttaaacatcaagaaagggtcaaagggtgttcagattgtgaagaa 419935  T
Q  166 aacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcgga 265  Q
     || || |||||||||||||   | || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||     
T  419934 caccatcagtgagtgtgaagagcaagggatcaaaggagaggaaaaggtttgtgtaacatcattggagtctatggttgatttcactacttctaaacttggt 419835  T
Q  266 aacaatgttgaagctatttccacagaagtg 295  Q
    || |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  419834 aaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtg 419805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 43 - 295
Target Start/End: Original strand, 924081 - 924333
Alignment:
Q  43 tggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatca 142  Q
    |||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||| | || ||||||||| |||||||     
T  924081 tggagcaacattcttgcctcgtgaagttgctaattccataccattttcatcaaacaaagtggaaaacatccttaactacttctccatcaagcaaggatcg 924180  T
Q  143 aaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttg 242  Q
      ||||  ||||||||||||||  || ||  ||   ||||||     ||  ||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||| || || |||||||    
T  924181 gcggaatatgaaattgtgaaaaacaccattggtagttgtgaaatgcctgctatcgaaggagaggaaaagagttgtgtaacatcattagagtcaatggttg 924280  T
Q  243 atttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtg 295  Q
    ||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  924281 atttcactacttctaagcttggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtg 924333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 44 - 293
Target Start/End: Original strand, 916031 - 916280
Alignment:
Q  44 ggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaa 143  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||  | || ||||||||| ||||||||     
T  916031 ggagcaacattcttgcctcgtgaagtcgctaattccataccattttcatcaaacaaagtggaaaacatccttaattacttctccatcaagcaaggatcag 916130  T
Q  144 aggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttga 243  Q
     |||| |||||| | |||||  | | ||  || | |||||| |   |   ||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  916131 cggaatctgaaaatttgaaacaagccattggttattgtgaaacgcctactatcgaaggagaggaaaagagttgtgtaacatcattagaatcaatggttga 916230  T
Q  244 tttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaag 293  Q
    |||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  916231 tttcactacttctaagcttggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaag 916280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 65 - 211
Target Start/End: Original strand, 901854 - 902002
Alignment:
Q  65 gaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaa-a 163  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || || ||| | |||||||||||| |||||||||| ||  || |||||||||| |    
T  901854 gaagttgctaattccattcccttttcatcaaacaaagtggaaaaaatccttaaccacttttccatcaagcaaggatcaaaagagtctaaaattgtgaaga 901953  T
Q  164 agaacaata-agtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaag 211  Q
    | | || || ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||    
T  901954 ataccattatagtgagtgtgaagaaaatgacatcaaaggagagcaaaag 902002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 295
Target Start/End: Original strand, 10537 - 10766
Alignment:
Q  66 aagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaag 165  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||   ||||||| |||| |||||||  | | | |||||||| |     
T  10537 aagttgctaattcaatacctttttcattaaacaaggtggaatacataatcaacaagttaaacatcaagaaagggtcaaagggtgttcagattgtgaagaa 10636  T
Q  166 aacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcgga 265  Q
     || || |||||||||||||   | || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||     
T  10637 caccatcagtgagtgtgaagagcaagggatcaaaggagaggaaaaggtttgtgtaacatcattggagtctatggttgatttcactacttctaaacttggt 10736  T
Q  266 aacaatgttgaagctatttccacagaagtg 295  Q
    || |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  10737 aaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtg 10766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University