View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2093_low_1 (Length: 754)

Name: NF2093_low_1
Description: NF2093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2093_low_1
NF2093_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-754)||(52114590-52115342)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (197-754)||(7652159-7652716)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 754
Target Start/End: Original strand, 52114590 - 52115342
Alignment:
Q  1 tgctacagtatcctcttcctatgcctatcaatgccgtgcgccaacccaagcttcatcattcccatacaaacctccacctgacatttaaaattttcattga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52114590 tgctacagtatcctcttcctatgcctatcaatgccgtgcgccaacccaagcttcatcattcccatacaaacctccacctgacatttaaaattttcattga 52114689  T
Q  101 gcgcagcaatcaccagtgattcaactcaagcaggacatgaaacaattctcatgaaccaatattagtcaattactcacatctacactcccactctaaacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52114690 gcgcagcaatcaccagtgattcaactcaagcaggacatgaaacaattctcatga-ccaatattagtcaattactcacatctacactcccactctaaacaa 52114788  T
Q  201 gccgatgctgacgcaaagccttaccaaaatgaggttgcattaatcggacatacaaaccattctttgccaccaatgaatcatgggtcccctcttccacaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52114789 gccgatgctgacgcaaagccttaccaaaatgaggttgcattaatcggacatacaaaccattctttgccaccaatgaatcatgggtcccctcttccacaat 52114888  T
Q  301 ccgtcctccattaagcacgactatattgtcaacatgcctcgtcatggcagccctgtgagctattaaaatagtggtcttgtttcccattataagagtgtca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52114889 ccgtcctccattaagcacgactatattgtcaacatgcctcatcatggcagccctgtgagctattaaaatagtagtcttgtttcccattataagagtgtca 52114988  T
Q  401 agagcctcttgcactactcggctcgattctgattcaattgatgagctagcttcatccaacaacaatataggtgcatttttcaggattacccttgcaattg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52114989 agagcctcttgcactactcggctcgattctgattcaattgatgagctagcttcatccaacaacaatataggtgcatttttcaggattacccttgcaattg 52115088  T
Q  501 caatcctctgtttctgtcctggagttaagtcaacacctctcattccaacatgagtatcgtaaccatgaggcaggctactaatgaaatgatgagcattagc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52115089 caatcctctgtttctgtcctggagttaagtcaacacctctcattccaacatgagtatcgtaaccatgaggcaggctactaatgaaatgatgagcattagc 52115188  T
Q  601 tattcttgccgcctctttcatttcagcttcactggcattatgtctggcatatatgatgttttcccttatggttgttgagaagataatcggttcctgctga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52115189 tattcttgccgcctctttcatttcagcttcactggcattatgtctggcatatatgatgttttcccttatggttgttgagaagataattggttcctgctga 52115288  T
Q  701 accagaccaaggtggctccttagccatttcagattatatagttttaaatccctc 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52115289 accagaccaaggtggctccttagccatttcagattatatagttttaaatccctc 52115342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 197 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 7652716 - 7652159
Alignment:
Q  197 acaagccgatgctgacgcaaagccttaccaaaatgaggttgcattaatcggacatacaaaccattctttgccaccaatgaatcatgggtcccctcttcca 296  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||| ||||    
T  7652716 acaagccgatgctgacgaatagccttgccaaaatgaggttgcatcaatcggacatatagaccattttttgccaccaacgaatcatgacttccctcctcca 7652617  T
Q  297 caatccgtcctccattaagcacgactatattgtcaacatgcctcgtcatggcagccctgtgagctattaaaatagtggtcttgtttcccattataagagt 396  Q
    | |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||    
T  7652616 ctatccgtccaccattaagcactacaatattgtccacatgcctcatcattgcagctctatgcgctattaaaacagtggtcttgtttcccattactagtgt 7652517  T
Q  397 gtcaagagcctcttgcactactcggctcgattctgattcaattgatgagctagcttcatccaacaacaatataggtgcatttttcaggattacccttgca 496  Q
     || ||||| ||||| |  |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||||||||||    
T  7652516 atctagagcttcttgtatcactcggcttgactcggattcaattgatgaacttgcttcatccaacaataagattggtgcatttttcagcactacccttgca 7652417  T
Q  497 attgcaatcctctgtttctgtcctggagttaagtcaacacctctcattccaacatgagtatcgtaaccatgaggcaggctactaatgaaatgatgagcat 596  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||    
T  7652416 attgcaattctctgtttctgtcctggggttaaatcaacacctctcatcccaacatgtgtgtcataaccgtgaggcaagctgctaataaaatgatgtgcat 7652317  T
Q  597 tagctattcttgccgcctctttcatttcagcttcactggcattatgtctggcatatatgatgttttcccttatggttgttgagaagataatcggttcctg 696  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7652316 ttgctattcttgcagcctctttcatctcagcttcactggcattatgccttgcatatataatattttcccttatggttgttgagaagataataggttcctg 7652217  T
Q  697 ctgaaccagaccaaggtggctccttagccatttcagattatatagttttaaatccctc 754  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| |||| |||  ||||| || ||||||||||||    
T  7652216 ctgaatcaaaccgaggtggctccttaaccatctcaagttatagagctttaaatccctc 7652159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University