View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20950_high_5 (Length: 523)

Name: NF20950_high_5
Description: NF20950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20950_high_5
NF20950_high_5
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (11-503)||(23016953-23017445)
chr3 (14-490)||(23148662-23149138)
chr3 (14-504)||(23036060-23036550)
chr3 (18-492)||(23038943-23039417)
chr3 (14-490)||(23145824-23146300)
chr3 (14-490)||(23139950-23140426)
chr3 (14-481)||(23032627-23033079)
chr3 (14-504)||(23024162-23024652)
chr3 (211-337)||(22946461-22946587)
chr3 (211-400)||(22971945-22972134)
chr3 (187-400)||(22831829-22832042)
chr3 (187-483)||(22941367-22941663)
chr3 (216-337)||(22919131-22919252)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-504)||(21779703-21780193)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (14-504)||(6374-6864)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (54-499)||(12609800-12610245)
chr1 (123-482)||(15885691-15886050)
chr1 (198-499)||(12636896-12637197)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (184-499)||(62048-62363)
scaffold0059 (43-79)||(62468-62504)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (187-400)||(5594023-5594236)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 23017445 - 23016953
Alignment:
Q  11 cacagattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  23017445 cacagattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggatgttataaaaatgaaaggacgggttgat 23017346  T
Q  111 gaaaaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggta 210  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017345 gaaaaatgcataaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggta 23017246  T
Q  211 aagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccaga 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017245 aagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagactaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccaga 23017146  T
Q  311 gaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctggg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23017145 gaagttttatccagagagattcattgacaacggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtggtggaagaagaatatgccctggg 23017046  T
Q  411 agtacattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatcaaatgtgacgaa 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23017045 agtacattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccggtggaatcaaatgtgacgaa 23016953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 14 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 23149138 - 23148662
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |  ||||||||||    
T  23149138 agattgggcaatggtagagatggtaaaggatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaaaggttgatgaa 23149039  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| | ||  |||| ||| | | |||||||||| |||| ||||||||| || |||    
T  23149038 aattgcatcaatgaactcaattatttgaaattagttgtcaaagaaaccttaaggctacaccctccggcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaag 23148939  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    | ||||| ||| ||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  23148938 cgtgtgatataaatggttatcacattccgattaagactaaagtgataatcaatgcttgggcaattgcaagagattcaaactactggactgaaccagagag 23148839  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  23148838 gttttatccagagagattcattgaaagcgatattgactataaagggagtaacttcgagtacattccttttggtgccggaagaagaatatgcccagggagc 23148739  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaat 490  Q
    | ||| |||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23148738 atatttggtttgagaaatattgagctggccctagcaatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaat 23148662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 14 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 23036550 - 23036060
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| | |||| || ||     
T  23036550 agattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagag 23036451  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || || ||||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||| | |||    
T  23036450 aattgtatcaacgaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaag 23036351  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||  ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  23036350 catgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagag 23036251  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  23036250 attttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaactttgagtacattccttttggtgccggaagaagaatatgcccagggagc 23036151  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatcaaatgtgacgaat 504  Q
    ||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  23036150 acatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttccaagtggaatcaaaagtgaagaat 23036060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 23039417 - 23038943
Alignment:
Q  18 tgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaaaaat 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |    
T  23039417 tgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaatt 23039318  T
Q  118 gcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatg 217  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||  |||||||||||| |||||||||||| || || ||||    
T  23039317 gcatcaatgaactcaattatttgaagtcagttgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctgccaagagaatgtcgtcaaacatg 23039218  T
Q  218 tgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaagttt 317  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||||  ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||  |||    
T  23039217 tgagataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgagccggagagattt 23039118  T
Q  318 tatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagtacat 417  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||| |  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  23039117 tatccagagagattccttgacagcgccattgactataaaggaagtaattatgagtacattccttttggtgccggaagaagaatatgcccagggagcacat 23039018  T
Q  418 tcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatca 492  Q
    | |||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23039017 ttggtttgagaagtattgagctggcccttgcaatgttgttgtatcattttgactggaagcttccaagtggaatca 23038943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 14 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 23146300 - 23145824
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  23146300 agattgggcaatggtagaattggtaaaggatccaagaatcatgaagaaagcacaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 23146201  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| | ||  |||| ||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| || |||    
T  23146200 aattgcatcaatgaactcaattatttgaaattagttgtcaaagaaaccttaaggctacaccctccagcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaag 23146101  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
     |||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||| || | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23146100 aatgtgatataaatggttatcacataccgattaagactaaggtgttagtcaatgcttgggcagttgcaagagatccaaactactggactgaaccagagag 23146001  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  23146000 gttttatccagagagattcatcgacagcgatattgactataaagggagtaactttgagtacattccttttggtgctggaagaagaatatgtccagggagc 23145901  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaat 490  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23145900 acatttggtttgacaaatattgagctggtccttgcaatgttattgtatcattttgactggaagcttcctagtggaat 23145824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 14 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 23140426 - 23139950
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  23140426 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagtgcaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 23140327  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || |||||||| || |||  |||| |||||||| | |||||||||||| | || |||||  || | || |||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  23140326 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcgtcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 23140227  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |  | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140226 catgtgagatacatggttatcacataccatttaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaatcgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 23140127  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
     |||||||||||||||||||| |  | |  ||||||||||||||||||| | || || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||     
T  23140126 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatgcccaggaagc 23140027  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaat 490  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  23140026 atatttggtttgagaaatgttgagttgacccttgcaacattgttgttttattttgattggaagcttccgagtggaat 23139950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 23033079 - 23032627
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| |  ||||||||||    
T  23033079 agattgggcgatgacagaaatgataagagatcaacgaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaaaggttgatgaa 23032980  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || | ||||   || |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  23032979 aattacatccccgatctcaattatttgaaatcagtcgtcaaagaaacccttaggttccaccctacagtacctcttttgctaccaagagaatgcggtcaag 23032880  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |  ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||         
T  23032879 catgtgagataaatggttatcacataccaattaaaagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaactactggactgaacca----- 23032785  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
              ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  23032784 ----------gagagattcatcgacagcgctattgactataaaggaagtaattttgagtacattccctttggtgccggaagaagaatatgcccagggagt 23032695  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcc 481  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23032694 acatttggtttgagaaatattgagctggccctcgcgatgttgttgtatcattttgactggacgcttcc 23032627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 14 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 23024652 - 23024162
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||| |||| || ||||||| | ||||||| ||     
T  23024652 agattgggcaatggcagaaatggtaaagaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgcgagagattttcaatatgaaaggaagggttgaagag 23024553  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || || ||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||| | | ||| |||||  |||| |||||||||| | ||     
T  23024552 aattgtatcaatgaacttaattatttgaaatcaattgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccggcaccacttttaataccgagagaatgtgctcaat 23024453  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||| ||||| | |||||| |||| |||  |||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||     
T  23024452 catgtaagatagacggttatgacattccaactaagactaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggaccgaaccagagag 23024353  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
    ||||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||     
T  23024352 gttttatccagagagattcatcgatagtgatattgactataaagggagtaactttgagtatattccttttggtgcgggacgaagaatatgtccagggagc 23024253  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatcaaatgtgacgaat 504  Q
    | ||| |||||| ||| ||||||| | |||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||| ||||    
T  23024252 atatttggtttgcgaagtgttgagctagcccttgcaaagttgttgtaccattttgattggaagcttcctaatggaatcaaaagtgaagaat 23024162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 211 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 22946587 - 22946461
Alignment:
Q  211 aagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccaga 310  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| | || |  | ||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || |||||||| |||||    
T  22946587 aagcatgtgagattgatggttatcacataccaatcaatagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaagggatccaaaatattggactgatccaga 22946488  T
Q  311 gaagttttatccagagagattcattga 337  Q
     ||||||||||| || ||||| |||||    
T  22946487 taagttttatcctgaaagatttattga 22946461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 211 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 22972134 - 22971945
Alignment:
Q  211 aagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccaga 310  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||||||| | || |  | ||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || |||||||| |||||    
T  22972134 aagcttgtgagattgatggttatcacataccaatcaaaagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaagggatccaaaatattggactgatccaga 22972035  T
Q  311 gaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaat 400  Q
     ||||||||||| || ||||| ||||| ||   | |||| |  ||||| |  || || || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22972034 taagttttatcctgaaagatttattgatagttctcttgatttcaaaggaacaaattttgagtacattccatttggtgctggaagaagaat 22971945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 187 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 22832042 - 22831829
Alignment:
Q  187 ttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagaga 286  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| | |||||  |||| |  || |||||| | ||||||||||| || | ||||||    
T  22832042 ttttgcttccaagagaatgtggaaaagcatgtgagataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggctattggaagaga 22831943  T
Q  287 tccaaactactggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggt 386  Q
    ||||||  | |||   || ||||| |  |||||||| || ||||||||||| ||  || | |||||||| || | ||| || || | |||||||||||||    
T  22831942 tccaaatcattgggacgacccagaaagattttatcctgaaagattcattgatagttgtgtggactataagggtaataattttgagttcattccttttggt 22831843  T
Q  387 gctggaagaagaat 400  Q
    ||||| ||||||||    
T  22831842 gctggtagaagaat 22831829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 483
Target Start/End: Original strand, 22941367 - 22941663
Alignment:
Q  187 ttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagaga 286  Q
    ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||| | |||||  |||| |  || |||||| | ||||||||||| || | ||||||    
T  22941367 ttttgcttccaagagaatgtggacaagcatgtgaaataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggccattggaagaga 22941466  T
Q  287 tccaaactactggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggt 386  Q
    ||||||  | |||  ||| |||||||  |||||||| || || || ||||| ||  || | || ||||| || | ||| || || | |||||| ||||||    
T  22941467 tccaaatcattgggatgacccagagagattttatcctgaaaggtttattgaaagttgtgtagattataagggaaataattttgagttcattccatttggt 22941566  T
Q  387 gctggaagaagaatatgccctgggagt-acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttccca 483  Q
    |||||||||||||| || || |||||| ||||| ||||||   ||||||||||   | |||||  ||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  22941567 gctggaagaagaatgtgtcc-gggagtaacatttggtttggtcaatgttgagtacccacttgcattgttgatgtatcactttgattggaaacttccca 22941663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 22919252 - 22919131
Alignment:
Q  216 tgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaagt 315  Q
    ||||| ||| |||| ||| | ||||||| |||||| || || ||| ||||||| |  ||||| | ||  |||||||||||||||| ||||||  |||| |    
T  22919252 tgtgaaataaatggatatgaaataccagctaagactaaagtcatagttaatgcgtctgcaattggaatggatccaaactactggaatgaaccgaagaaat 22919153  T
Q  316 tttatccagagagattcattga 337  Q
    |||||||||| || ||||||||    
T  22919152 tttatccagaaaggttcattga 22919131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 14 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 21780193 - 21779703
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  21780193 agattgggcaatggtagaaatggtaagggatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagagaagttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 21780094  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |||| ||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| || |||    
T  21780093 aattgcatcaatgaactcaattatttgaaatcagttgtcaaagaaaccttaaggctacaccctccagcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaag 21779994  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21779993 catgtgatataaatggttaccacattccgattaagactaaggtgataatcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaactactggactgaaccagagat 21779894  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  21779893 gttttatccagagagattcatcgatagcgatattgactttaaagggagtaattttgagtacattccatttggtgccggaagaagaatatgcccagggagc 21779794  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatcaaatgtgacgaat 504  Q
    ||||| |||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||    
T  21779793 acatttggtttgagaaatattgagacgacccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttccaagtgggatcaaaagtgaagaat 21779703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 255; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 14 - 504
Target Start/End: Original strand, 6374 - 6864
Alignment:
Q  14 agattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| | || ||||| | | |||| | |  ||||||||||    
T  6374 agattgggcaatggcagaaatgataagggagccaagaataatgatgaaagcacaagctgaggtgcgagaagtttttacattgaatggaaaggttgatgaa 6473  T
Q  114 aaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 213  Q
    || | ||| |   |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6474 aattacattagcaaactcaattatttgaaatcagtcgtcaaagaaacccttaggttacaccctccagcacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 6573  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  6574 catgtgagataaatggttataacataccgtttaggagtaaggtgataatcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaacttctggactgaaccagagag 6673  T
Q  314 gttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagt 413  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  6674 gttttatccagagagattcactgacagcactattgactataaagggggtaattttgagtacattccttttggtgctggaagaagaatttgcccaggaagt 6773  T
Q  414 acattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatcaaatgtgacgaat 504  Q
    | ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||    
T  6774 atatttggtttgagaaatgttgagctggcgcttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttccatgtggaatcaaaagtgaagaat 6864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 54 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 12610245 - 12609800
Alignment:
Q  54 atgaagaaagcacaagatgaagtgagggaggttttaaaaatgaaagaacgggttgatgaaaaatgcatcaatgaactcagttatctgaaatcagttgtca 153  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||  | || || ||||||| |   ||||| ||||| || || |||||||||| |||| | || |||||||| |    
T  12610245 atgaagaaagcacaagatgaggtaagagatatattcaacatgaaaggaaatgttgaagaaaattgtataaatgaactcacttatttaaagtcagttgtga 12610146  T
Q  154 aagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaa 253  Q
    |||| ||| | || ||||||||| |||  |||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||||  |||||| | || |  ||    
T  12610145 aagagaccttaaggttacatcctccaggtcctcttttacttccaagagaatgtggacaagcatgtgagattgatgggtatcgtataccaatcaaaagcaa 12610046  T
Q  254 ggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactat 353  Q
    ||||||| | ||||| ||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||  |||||||||     
T  12610045 ggtgatagtcaatgcatgggcgattggaagagatccaaagtactggactgaaccagagaagttttatccggagagattcatcggtagctctattgactac 12609946  T
Q  354 aaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagtacattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgt 453  Q
    ||||||| ||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||  ||     
T  12609945 aaagggaataattttgagtacattccctttggtgctggaagaagaatatgtccaggtagcacatttggtttgataaatgttgagttggcacttgcattga 12609846  T
Q  454 tgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatcaaatgtga 499  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  12609845 tgttgtatcactttgattggaagcttcccaatggaatgaaaggtga 12609800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 123 - 482
Target Start/End: Original strand, 15885691 - 15886050
Alignment:
Q  123 aatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgaga 222  Q
    ||||| |||| |||| |||| |||||||| ||||| ||| | || ||||| ||| |||  |||||||| || |||||||||||||   ||||||||||||    
T  15885691 aatgagctcacttatttgaagtcagttgtgaaagagaccttaaggttacaccctccagctcctcttttacttccaagagaatgtgaacaagcatgtgaga 15885790  T
Q  223 tacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccagagaagttttatcc 322  Q
    |  |||||||||| ||||||   || |  ||||||||| | ||||| ||||| || | |||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  15885791 ttgatggttatcatataccaaccaaaagcaaggtgatagtcaatgcatgggcgattggaagagatccaaagtattggactgaaccagagaggttttatcc 15885890  T
Q  323 agagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaagaatatgccctgggagtacattcggt 422  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |  ||||| |||    
T  15885891 agagagattcattggtagctctattgactataaagggaataattttgagtacattccttttggttctggaagaagaatatgcccgggcataacatttggt 15885990  T
Q  423 ttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttccc 482  Q
    |||  ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||| |||||||    
T  15885991 ttggtaaatgttgagttggcacttgcattgttgttgtatcactttgattggaggcttccc 15886050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 198 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 12637197 - 12636896
Alignment:
Q  198 agagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactact 297  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||  | || ||||| |||||||  || |  ||||||||| | ||||| ||| |||| |  ||||||||||| ||||    
T  12637197 agagaatgtggacaagcatgtgaaattgaagggtatcatataccagccaaaagtaaggtgatagtaaatgcatggacaattggtagagatccaaagtact 12637098  T
Q  298 ggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtgctggaagaag 397  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||| | ||| || || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12637097 ggactgaaccagagaggtttcatccagagagattcattggtagctctattgactacaaaggaaataattttgagtacattccttttggtgcaggaagaag 12636998  T
Q  398 aatatgccctgggagtacattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcccagtggaatcaaatgt 497  Q
    ||||||||| || |  ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||| ||    
T  12636997 aatatgcccaggcatcacatttggtttgataaatgttgagttggcacttgcattgttgttatatcactttgattggaggcttcccaatggaatgaaaggt 12636898  T
Q  498 ga 499  Q
    ||    
T  12636897 ga 12636896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 128; Significance: 6e-66; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 184 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 62363 - 62048
Alignment:
Q  184 ctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaag 283  Q
    ||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||||  |||| ||||| |||||| | || || ||| ||||| ||||||| |||||||||| |||    
T  62363 ctcttttacttccaagagaatgtagagaagcatgtgagattgatgggtatcatataccaatgaaaacaaagctgatagttaatgcatgggcaatcggaag 62264  T
Q  284 agatccaaactactggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattcctttt 383  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||   ||||||||| || |||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  62263 agatccaaggtactggacggaaccagagaggttttatccagagagattcattggtagttctattgactacaacgggaataatttcgagtacattcctttt 62164  T
Q  384 ggtgctggaagaagaatatgccctgggagtacattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttccca 483  Q
    |||||||||| |||||||||||| || |||| ||| |||||||  | | ||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  62163 ggtgctggaaaaagaatatgcccaggcagtaaatttggtttgatgagtcttgagctggcacttgcaatgttgttgtatcactttgattggaagcttccca 62064  T
Q  484 gtggaatcaaatgtga 499  Q
     |||||| ||||||||    
T  62063 atggaatgaaatgtga 62048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 43 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 62504 - 62468
Alignment:
Q  43 atccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgag 79  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  62504 atccaagagtgatgaagaaagcacaagatgaagtgag 62468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 187 - 400
Target Start/End: Original strand, 5594023 - 5594236
Alignment:
Q  187 ttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagacgaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagaga 286  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| | |||||  |||| |  || |||||| | ||||||||||| || | ||||||    
T  5594023 ttttgcttccaagagaatgtggaaaagcatgtgagataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggctattggaagaga 5594122  T
Q  287 tccaaactactggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacagcggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggt 386  Q
    ||||||  | |||   || ||||| |  |||||||| || ||||||||||| ||  || | |||||||| || | ||| || || | |||||||||||||    
T  5594123 tccaaatcattgggacgacccagaaagattttatcctgaaagattcattgatagttgtgtggactataagggtaataattttgagttcattccttttggt 5594222  T
Q  387 gctggaagaagaat 400  Q
    ||||| ||||||||    
T  5594223 gctggtagaagaat 5594236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University