View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20950_low_15 (Length: 319)

Name: NF20950_low_15
Description: NF20950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20950_low_15
NF20950_low_15
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-301)||(29990719-29991019)
chr5 (7-301)||(29999429-29999723)
chr5 (1-301)||(29963114-29963414)
chr5 (1-301)||(30011384-30011684)
chr5 (1-301)||(30044993-30045293)
chr5 (34-301)||(30070823-30071090)
chr5 (1-301)||(29952009-29952309)
chr5 (1-301)||(30005861-30006161)
chr5 (1-301)||(29943888-29944188)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 29990719 - 29991019
Alignment:
Q  1 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29990719 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactctgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 29990818  T
Q  101 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29990819 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgtcagtgagattgtagagaa 29990918  T
Q  201 tcttattgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29990919 tgttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 29991018  T
Q  301 g 301  Q
    |    
T  29991019 g 29991019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 7 - 301
Target Start/End: Original strand, 29999429 - 29999723
Alignment:
Q  7 aaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcgggtc 106  Q
    ||||||||| | |||||| |||| |  ||||||||||| ||| | | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29999429 aaagggttgcctttttctgagtatggtccttattggcgcagtatgaggaaattttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcgggtc 29999528  T
Q  107 ctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttat 206  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29999529 ctattagaaaagaggagttgggtgttttggttaacactttgaagaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtcgagaatcttat 29999628  T
Q  207 tgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattggag 301  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||| |||||  ||||||| ||||    
T  29999629 tgaggatattgtgtataagatgatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgacttgaagaagatgattaaagatggattaactttgatgggag 29999723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 29963114 - 29963414
Alignment:
Q  1 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 100  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29963114 ggttccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaactttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgt 29963213  T
Q  101 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 200  Q
      ||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||  | ||  | |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29963214 ttggtcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttgttttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 29963313  T
Q  201 tcttattgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  29963314 tcttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgatttaaagaagttggttcaagaaggaatggctatgcttgga 29963413  T
Q  301 g 301  Q
    |    
T  29963414 g 29963414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 30011684 - 30011384
Alignment:
Q  1 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 100  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30011684 ggttccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaactttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgt 30011585  T
Q  101 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 200  Q
      ||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||  | ||  | |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30011584 ttggtcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttgttttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 30011485  T
Q  201 tcttattgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  30011484 tcttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtaggggtaagtatgagcaatttgatttaaagaagttggttcaagaaggaatggctatgcttgga 30011385  T
Q  301 g 301  Q
    |    
T  30011384 g 30011384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 30045293 - 30044993
Alignment:
Q  1 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 100  Q
    |||| ||||||| |||| |||| | |||| |  ||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30045293 ggttccaaagggatggctttttgtgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgt 30045194  T
Q  101 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 200  Q
    | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30045193 ctggtcctattagaaaagaggagttgagtattttggttaacactttgaagaaagctgctttggttggtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagagaa 30045094  T
Q  201 tcttattgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 300  Q
    ||| || |||||||||||||||||| | || || ||| |  ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045093 tctaatagaagatattgtgtataagttgatgtttggtcggagtaagtatgagcaatttgacttgaagagtttggttcaagaaggattggctttgattgga 30044994  T
Q  301 g 301  Q
    |    
T  30044993 g 30044993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 34 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 30071090 - 30070823
Alignment:
Q  34 ccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcgggtcctattagaacagaggagttgggtattt 133  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  30071090 ccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtctggtcctattagaaaagaggagttgagtattt 30070991  T
Q  134 tggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattgaagatattgtgtataagataatatt 233  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| | || ||    
T  30070990 tggttaacactttgaagaaagctgctttggttggtgaggttgtgaatgttagtgaggtagtagagaatctaatagaagatattgtgtataagttgatgtt 30070891  T
Q  234 gggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattggag 301  Q
     ||  |  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  30070890 tggacggagtaagtatgagcaatttgacttgaaaaatttggttcaacaagaattggttttgattggag 30070823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 29952009 - 29952309
Alignment:
Q  1 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 100  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29952009 ggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaactttgcactttaaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgt 29952108  T
Q  101 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 200  Q
      ||| ||||||| |  ||  |||||| | ||||| ||||  | ||| | |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29952109 ttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagagaa 29952208  T
Q  201 tcttattgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||| |||||||| || |||| | |||||||||| | |||||||||| |||||    
T  29952209 tcttattgaggatattgtgtataagatgatattgggtcggagcaagtatgatcaatttgacttaaagagggtggttcaagacgtattggctttggttgga 29952308  T
Q  301 g 301  Q
    |    
T  29952309 g 29952309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 30005861 - 30006161
Alignment:
Q  1 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 100  Q
    |||| ||||||| |||| |||||| |||| |  ||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  30005861 ggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgt 30005960  T
Q  101 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 200  Q
      ||||||||||| |  ||| |||||| | |||||||||   ||||| | |||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30005961 ttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttatatctttggagaaagctgccttggagggtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagagaa 30006060  T
Q  201 tcttattgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| |  |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| |||    
T  30006061 tcttattgaggatattgtgtataagatgatgtttggtcggagtaagtatgagcaatttgacatgaataagttagttctagaagcaatggctttgatggga 30006160  T
Q  301 g 301  Q
    |    
T  30006161 g 30006161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 29943888 - 29944188
Alignment:
Q  1 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactgtgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||| || ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  29943888 ggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgactcttattggcgtagtgtgagaaaactttgtacttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgt 29943987  T
Q  101 cgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaa 200  Q
      ||||||||||| |  ||| |||||| | ||||||||||  ||||| | |||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  29943988 ttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctctggagggtgaggttgtgaatgttagtgaggctgtagagaa 29944087  T
Q  201 tcttattgaagatattgtgtataagataatattgggtagaggtaagtatgagcaatttgatttgaagaagttggttcaagaaggattggctttgattgga 300  Q
    | |||| || |||||||||||||||||  | |||||| |  |||||||||| ||  ||||  | |||| |||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  29944088 tgttatagaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatgatcatattgacctaaagaggttggttcaagacgtaatggctttgattgga 29944187  T
Q  301 g 301  Q
    |    
T  29944188 g 29944188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University