View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20952_low_1 (Length: 741)

Name: NF20952_low_1
Description: NF20952
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20952_low_1
NF20952_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (132-741)||(48798586-48799195)
chr1 (10-137)||(48798361-48798493)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 132 - 741
Target Start/End: Original strand, 48798586 - 48799195
Alignment:
Q  132 agtattgtttgacttgtctatagtgatccggagcaatcataaaaggaagttagcatgcaaagcaatgccagtttcgataagatgtgagcaaaacaccaag 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48798586 agtattgtttgacttgtctatagtgatccggagcaatcataaaaggaagttagcatgcaaagcaatgccagtttcgataagatgtgagcaaaacaccaag 48798685  T
Q  232 gatgggaacggtttggatgtatggcttggccgggtagccatggttggttttgcagtagccattactgttgaaattacttcaggaaaaggactcctagagg 331  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48798686 gatgggaatggtttggatgtatggcttggccgggtagccatggttggttttgcagtagccattactgttgaaattacttcaggaaaaggactcctagagg 48798785  T
Q  332 tatatttgcacaccataacgtaaactttgagttactttatgcatgacttagactgcaatcacttgtcttcaatcttttaagtcatgaaacaaattataat 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48798786 tatatttgcacaccataacgtaaactttgagttactttatgcatgacttagactgcaatcacttgtcttcaatcttttaagtcatgaaacaaattataat 48798885  T
Q  432 ttccatcaaatgattgataattggcttatatgtttttctttctatcacccctatttgtcaaaactcaaatgtttgctttgatattttagctgcaatatgg 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48798886 ttccatcaaatgattgataattggcttatatgtttttctttctatcacccctatttgtcaaaactcaaatgtttgctttgatattttagctgcaatatgg 48798985  T
Q  532 taatcttcctttctcctttactttatagtgtgtatggtatctagttgtaaaattaagctatgtgtctgttcatgatcttttaagctattgagttggtgta 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48798986 taatcttcctttctcctttactttatagtgtgtatggtatctagttgtaaaattaagctatgtgtctgttcatgatcttttaagctattgagttggtgta 48799085  T
Q  632 gtgatatataggttcatataactttctgaatctatgatgcatctaaaaaagtaaattagaaacttccaagtgagtgcaagtttcaacgcgctgaaaccgt 731  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48799086 gtgatatataggttcatataactttctgaatctatgatgcatctaaaaaagtaaattagaaacttccaagtgagtgcaagtttcaacgcgctgaaaccgt 48799185  T
Q  732 aacgaacttt 741  Q
    ||||||||||    
T  48799186 aacgaacttt 48799195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 10 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 48798493 - 48798361
Alignment:
Q  10 ctggcatcatagattaacttcatagacttaggggttaaagtacaaatctcaagcatacaaacgatagaaca-----aaaagccgcgtcttattgtataag 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     ||||||||||||||||||||||||    
T  48798493 ctggcatcatagattaacttcatagacttaggggttaaagtacaaatctcaagcatacaaacgatacaacaaaaacaaaagccgcgtcttattgtataag 48798394  T
Q  105 attaaagtataaaccaaacgatgctacagtatt 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48798393 attaaagtataaaccaaacgatgctacagtatt 48798361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University