View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20954_high_45 (Length: 361)

Name: NF20954_high_45
Description: NF20954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20954_high_45
NF20954_high_45
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (18-351)||(2363139-2363472)
chr6 (18-351)||(2368885-2369218)
chr6 (34-295)||(2340111-2340372)
chr6 (71-295)||(2351564-2351788)
chr6 (31-295)||(2307430-2307694)
chr6 (49-328)||(2357847-2358126)
chr6 (138-289)||(14711314-14711465)
chr6 (43-295)||(2261160-2261412)
chr6 (138-229)||(14753385-14753476)
chr6 (154-265)||(2297361-2297472)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (35-338)||(4305850-4306153)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (31-351)||(5804109-5804429)
[»] scaffold0408 (1 HSPs)
scaffold0408 (138-229)||(587-678)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2363472 - 2363139
Alignment:
Q  18 gttttcgtgttgcttaatccaaaagtttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaat 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363472 gttttggtgttgcttaatccaaaagtttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaat 2363373  T
Q  118 gcagcatttgaagccctaatgatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2363372 gcagcatttgaagccctaatgatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaatatctttatg 2363273  T
Q  218 cgttgtaagaaacctttccggtttgaatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccattt 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363272 cgttgtaagaaacctctccggtttgaatactaatggatctgaccaaacattaggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccattt 2363173  T
Q  318 tttacatcatattcacctaaactgcaattctctg 351  Q
     ||||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  2363172 cttacatcatatccacctaaattacaattctctg 2363139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2369218 - 2368885
Alignment:
Q  18 gttttcgtgttgcttaatccaaaagtttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaat 117  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2369218 gttttggtgttggttaatccaaaagtttcagtcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaat 2369119  T
Q  118 gcagcatttgaagccctaatgatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatg 217  Q
    ||| ||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  2369118 gcaccatttgaaggccaaatgacattccagggcaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgatgacctctaacatcaacgtctttatg 2369019  T
Q  218 cgttgtaagaaacctttccggtttgaatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccattt 317  Q
     || ||||||||||  || ||||||||| | |||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  2369018 ggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatttgaccaaatatttggatcagtgtgaatctttctaagattcaaaattaaccgtgttcctttt 2368919  T
Q  318 tttacatcatattcacctaaactgcaattctctg 351  Q
     ||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  2368918 cttacatcatatccatctaaattgcaattctctg 2368885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 34 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 2340372 - 2340111
Alignment:
Q  34 atccaaaagtttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaatgcagcatttgaagccc 133  Q
    ||||||| | |||| ||||||||| ||  |||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||| ||    
T  2340372 atccaaaggcttcactcatatcaacagcatcaggtgttggatttaagatatcaaaggaatgcaaaaaactagctagggtgaaatgcagcatttgaagtcc 2340273  T
Q  134 taatgatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaacctt 233  Q
     || |||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||| |||||||    
T  2340272 aaacgatattccaggacatttccttctaccacttccaaatggtaatagttcaaaatgattacctctaacatcaacagctttatgagtggtaaaaaacctt 2340173  T
Q  234 tccggtttgaatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagatt 295  Q
    || ||||||||  |||||||||| | ||||||| | ||||| || |||||||||||||||||    
T  2340172 tctggtttgaactctaatggatctggccaaacactaggatctgtttgaatcttccaaagatt 2340111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 71 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 2351788 - 2351564
Alignment:
Q  71 tggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaatgcagcatttgaagccctaatgatattccgggacaaatccttctaccacctcca 170  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| |||||||  |||||||| || || |||||| | |||||  |||||||||||| ||||    
T  2351788 tggatttaagatatcaaaggaatgcaaaaaacttgctagagtgaaatgcacaatttgaagtccaaaagatattgcaggacacttccttctaccacttcca 2351689  T
Q  171 aatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaacctttccggtttgaatactaatggatccgaccaaacattgg 270  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||| | |    
T  2351688 aatggtagtagttcaaaatgattacctctaacatcaacaactttatgagtggtaagaaacctttctggtttgaactctaatggatctgaccaaacactag 2351589  T
Q  271 gatcagtgtgaatcttccaaagatt 295  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  2351588 gatcagtttgaatcttccaaagatt 2351564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 2307694 - 2307430
Alignment:
Q  31 ttaatccaaaagtttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaatgcagcatttgaag 130  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||| | |||||   | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||    
T  2307694 ttaatccaaaggattcactcatatcaacaagttcaggggttggatttaagatatcaaaggaatgcaaaaaactagctagaatgaaatgcagcatttgaag 2307595  T
Q  131 ccctaatgatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaac 230  Q
     || | ||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| | |||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||     
T  2307594 tccaagtgatattccagggcatatccttctaccacttccaaatggcaatagcacaaaattactacccctaacatcaacatctttatgagtggtaagaaat 2307495  T
Q  231 ctttccggtttgaatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagatt 295  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||| | ||||| ||| ||||| |||| |||| ||||||||||    
T  2307494 ctttctggtttgaactctaatggatctggccaaatattaggatccgtgttaatcctccaaagatt 2307430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 2358126 - 2357847
Alignment:
Q  49 tcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaatgcagcatttgaagccctaatgatattccggg 148  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||  || || || |||||| | ||    
T  2358126 tcatatcaataggctcactcgatgaatacaagatttcaaatgaatgcaaaaaattagccaaaattaaatgcatcatttctagtccaaaagatatttcagg 2358027  T
Q  149 acaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaacctttccggtttgaatact 248  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||   |||| || ||||||||||||||  ||  ||||||| ||||| ||||| ||   |    
T  2358026 acaaatccttctaccacttccaaatggtaacaactcaaagtgacaccctcgaacatcaacatctttataagtgttaagaaatctttctggtttaaacttt 2357927  T
Q  249 aatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccattttttacatcata 328  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || || || ||||||||||| || |||| ||| ||||| ||| | ||||||||    
T  2357926 aatggatccgaccaaacattatggtctgtttggattttccaaagatttaagattagtcgagttccttttatgacatcata 2357847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 138 - 289
Target Start/End: Original strand, 14711314 - 14711465
Alignment:
Q  138 gatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaacctttccg 237  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || |    
T  14711314 gatattccaggacacatccttcttccacttccaaatggtaaaagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgagttgtaagaaatctctcag 14711413  T
Q  238 gtttgaatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttcca 289  Q
    |||||||  | |||||||||| ||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  14711414 gtttgaactccaatggatccggccaaacactaggatcagtttggatcttcca 14711465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 43 - 295
Target Start/End: Original strand, 2261160 - 2261412
Alignment:
Q  43 tttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaatgcagcatttgaagccctaatgatat 142  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| |||  |||||  ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| | ||| ||||| || || |||||    
T  2261160 tttcagtcatatcaacaggttcactagatccatttacaatttcaaaggagtgtaaaaaattagccaaagttaaatgaatcatatgaagaccaaaagatat 2261259  T
Q  143 tccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaacctttccggtttg 242  Q
    ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| | |||  |   |||||||| ||| || || |||||||| ||||| ||||||    
T  2261260 tcctggacatatccttctaccacttccaaatggtaacaactcaaaatgttgacccttggcatcaacatttttgtgagtggtaagaaatctttctggtttg 2261359  T
Q  243 aatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagatt 295  Q
    ||  |||||||||| | ||||| | | ||||| || ||||| |||||||||||    
T  2261360 aactctaatggatctggccaaatacttggatcggtttgaattttccaaagatt 2261412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 229
Target Start/End: Original strand, 14753385 - 14753476
Alignment:
Q  138 gatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaa 229  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  14753385 gatattccaggacaaatccttcttccacttccaaatggtaaaaactcaaaatgatgacccttaacatcaacatctttatgagttgtaagaaa 14753476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 2297472 - 2297361
Alignment:
Q  154 tccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaacctttccggtttgaatactaatgg 253  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || | ||||||||  | ||| | || |||||||||||| |  || |||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  2297472 tccttcttccacttccaaatggcaacaactcaaaattttgacccccaagatcaacatctttgttagtggtaagaaacctttcaggtttaaattctaatgg 2297373  T
Q  254 atccgaccaaac 265  Q
    ||| ||||||||    
T  2297372 atctgaccaaac 2297361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 35 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 4306153 - 4305850
Alignment:
Q  35 tccaaaagtttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaatgcagcatttgaagccct 134  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||     
T  4306153 tccaaaagcttcagtcatatcaataggttcagctgatgcctttgagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagataaatgcaccatttgaaggcca 4306054  T
Q  135 aatgatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaaccttt 234  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||| || |||||||||| ||    
T  4306053 taagatattcctggacaaatccttctaccacttccaaatggtaataactcaaaatgatgacccttaacatcaacacctttatgagtagtaagaaaccgtt 4305954  T
Q  235 ccggtttgaatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccattttttacatcatattcacc 334  Q
    | ||||||||  |||| || ||  ||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||  |||| ||  ||||| ||||| ||||||||  ||||    
T  4305953 ctggtttgaactctaaaggttctaaccaaaccttaggatcagtatggatcttccatagattcatgattagtctagttccttttttgacatcataaccacc 4305854  T
Q  335 taaa 338  Q
    ||||    
T  4305853 taaa 4305850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 351
Target Start/End: Original strand, 5804109 - 5804429
Alignment:
Q  31 ttaatccaaaagtttcattcatatcaataggttcacttgatggatttaagatttcaaaggaatgcaaaaaactagccaaagttaaatgcagcatttgaag 130  Q
    ||||||||||   |||| ||||||||||| |||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||    
T  5804109 ttaatccaaattcttcagtcatatcaataagttcaggtgttggatttaagatatcaaaggaatgcaaaaaactagctagagtaaaatgcaccatttgaag 5804208  T
Q  131 ccctaatgatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaac 230  Q
     || ||  ||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  5804209 tccaaaacatattccaggacatttccttctaccacttccaaatggttgtagttcaaaatgattacccctaacatcaatatctttatgagttgtaagaaac 5804308  T
Q  231 ctttccggtttgaatactaatggatccgaccaaacattgggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccattttttacatcatatt 330  Q
    ||||| || || ||  |||||||||  | ||||||| |  |||| || || ||||||||||||||    |||||||| ||||| ||| | |||| |||      
T  5804309 ctttctggcttaaaatctaatggatttggccaaacactaagatctgtttggatcttccaaagatttgtgattaatcgagttccttttgtaacatgataac 5804408  T
Q  331 cacctaaactgcaattctctg 351  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  5804409 cacctaaagtgcaattctctg 5804429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408 (Bit Score: 52; Significance: 9e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0408
Description:

Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 678 - 587
Alignment:
Q  138 gatattccgggacaaatccttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaacatctttatgcgttgtaagaaa 229  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  678 gatattccaggacaaatccttcttccacttccaaatggtaaaaactcaaaatgatgacccttaacatcaacatctttatgagttgtaagaaa 587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University