View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20954_low_14 (Length: 549)

Name: NF20954_low_14
Description: NF20954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20954_low_14
NF20954_low_14
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (80-530)||(6213157-6213607)
chr7 (14-528)||(6180725-6181239)
chr7 (13-528)||(6247546-6248061)
chr7 (160-528)||(6237607-6237975)
chr7 (160-528)||(6208308-6208676)
chr7 (171-528)||(6106340-6106697)
chr7 (269-528)||(6234726-6234985)
chr7 (62-516)||(6089181-6089635)
chr7 (39-524)||(6094540-6095043)
chr7 (303-350)||(6101224-6101271)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6213607 - 6213157
Alignment:
Q  80 aaaagaagcctctcactttgtcgactgaatttgtcggggggagattagataaaaatatccgtaaagtgttgaaacgacttgaggatgatacagtctttgt 179  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||| || ||||||||| | ||||||||||||  ||||  ||||||| |||||||||    
T  6213607 aaaataagcctctcactttgccgactgaatttgtcgggtcgaaattaaatgaaaatatccatgaagtgttgaaactccttgctgatgataaagtctttgt 6213508  T
Q  180 cattggcatctatggaatgggaggagtaggaaaaactttactggcgactctcgtggagaacgaagtgaaaaggaaagcaacttttaaacatgtgttttgg 279  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6213507 cattggcatatatggaatgggaggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtggaaaatgaagtaaaaaggaaagcaacttttaagcatgtgttttgg 6213408  T
Q  280 gtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaagaattagagcag 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6213407 gtcactgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaagaattagagcag 6213308  T
Q  380 aaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttgggaattcatccaga 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6213307 aaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttgggaattcatccaga 6213208  T
Q  480 agtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaacatgtatgtta 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6213207 agtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaacatgtatgtta 6213157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6181239 - 6180725
Alignment:
Q  14 agatgaatagcttagatgatattcatgagataaataagttgatcatcaatatgaaacagcacaagaaaaagaagcctctcactttgtcgactgaatttgt 113  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  6181239 agatgaatagctcagatgacattcataagataaataagttgatcatcaatatgaaagattacaagaaaaagaagcctttcactttgtcaactgaatttgt 6181140  T
Q  114 cggggggagattagataaaaatatccgtaaagtgttgaaacgacttgaggatgatacagtctttgtcattggcatctatggaatgggaggagtaggaaaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6181139 cggggggagattagataaaaatatctgtgaagtgttgaaacaacttgacgatgataaagtctttgtcattggcatatatggaatgggaggagtaggaaaa 6181040  T
Q  214 actttactggcgactctcgtggagaacgaagtgaaaaggaaagcaacttttaaacatgtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaat 313  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  6181039 actttacttgcaactctcgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaacttttaaggatgtgttttgggtcactgtttctcaaaattatagcatctcaaaac 6180940  T
Q  314 tgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaagaattagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaa 413  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |  ||  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  6180939 tgcaacatgatataacaaaaagaataggcttgaagcttgatgaagatgatgaaaaagttagagctggcaacctgtctttggcattggagaaaaagggaaa 6180840  T
Q  414 atcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttgggaattcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgt 513  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  6180839 atcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgaagaaggtgggaattcatccaaaagtaaatggcattaaagtgattctaacaactcgt 6180740  T
Q  514 ttggaacatgtatgt 528  Q
    ||| |||||||||||    
T  6180739 ttgaaacatgtatgt 6180725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6248061 - 6247546
Alignment:
Q  13 gagatgaatagcttagatgatattcatgagataaataagttgatcatcaatatgaaacagcacaagaaaaagaagcctctcactttgtcgactgaatttg 112  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | || |||  |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  6248061 gagatgaatagctcagatgacattcatgagataaatcatttcatcgacaatatgaaacgacacaagaaaaagaagcctttcactttgtcaactgaatttg 6247962  T
Q  113 tcggggggagattagataaaaatatccgtaaagtgttgaaacgacttgaggatgatacagtctttgtcattggcatctatggaatgggaggagtaggaaa 212  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6247961 tcggggggagattagatgaaaaaatccataaagtgttgaaacaacttgacgatgataaagtctttgtcattggcatatatggaatgggaggagtaggaaa 6247862  T
Q  213 aactttactggcgactctcgtggagaacgaagtgaaaaggaaagcaacttttaaacatgtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaa 312  Q
    ||||||||  || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6247861 aactttacatgcaactctcgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaacttttaagcatgtgttttgggtcactgtttctcacaattatagcatcttaaaa 6247762  T
Q  313 ttgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaagaattagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaa 412  Q
     |||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||| || || || |||||||||||| ||||||||||||    
T  6247761 ctgcaacataatatagcaaaaagaataggcttgaagcttgatgaagatgatgaaaaagttagagctgacaacttatctttggcattggagaaaaagggaa 6247662  T
Q  413 aatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttgggaattcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcg 512  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6247661 aatcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgaagaaggtgggaattcatccaaaagtaaatggcattaaagtgattctaacaactcg 6247562  T
Q  513 tttggaacatgtatgt 528  Q
    |||| |||||||||||    
T  6247561 tttgaaacatgtatgt 6247546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 160 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6237975 - 6237607
Alignment:
Q  160 gaggatgatacagtctttgtcattggcatctatggaatgggaggagtaggaaaaactttactggcgactctcgtggagaacgaagtgaaaaggaaagcaa 259  Q
    |||||| ||| ||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6237975 gaggataataaagtgtttgttattggcatatgtggaatgggaggagtcggaaaaactttacttgcaactctcgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaa 6237876  T
Q  260 cttttaaacatgtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaaga 359  Q
    |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6237875 cttttaaggatgtgttttgggtcactgtttctcacaattatagcatctcaaaactgcaacatgatatagcaaaaataataggtgtgaagcttgatgaaga 6237776  T
Q  360 tgatgaaagaattagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcag 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6237775 tgatgaaagaattagagcagaaaatttgtctttggcattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaattatattgatttgcag 6237676  T
Q  460 aagttgggaattcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaacatgtatgt 528  Q
    ||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  6237675 aaggtgggaattcatcaaaaagtgaatggcattaaagtgattttgacaactcggttgaaacatgtatgt 6237607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 160 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6208676 - 6208308
Alignment:
Q  160 gaggatgatacagtctttgtcattggcatctatggaatgggaggagtaggaaaaactttactggcgactctcgtggagaacgaagtgaaaaggaaagcaa 259  Q
    |||||||||| ||| |||||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6208676 gaggatgataaagtgtttgttgttggcatatgtggaatgggaggagtcggaaaaactttacttgcaactcttgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaa 6208577  T
Q  260 cttttaaacatgtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaaga 359  Q
     ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6208576 gttttaaggatgtgttttgggtcactgtttctcacaattatagcatctcaaaactgcaaaatgatatagcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaaga 6208477  T
Q  360 tgatgaaagaattagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcag 459  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6208476 cgatgaaagaattagagcagaaaatttgtctctggcattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaattatattgatttgcag 6208377  T
Q  460 aagttgggaattcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaacatgtatgt 528  Q
    ||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  6208376 aaggtgggaattcatcaaaaagtgaatggcattaaagtgattttgacaactcggttgaaacatgtatgt 6208308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 171 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6106697 - 6106340
Alignment:
Q  171 agtctttgtcattggcatctatggaatgggaggagtaggaaaaactttactggcgactctcgtggagaacgaagtgaaaaggaaagcaacttttaaacat 270  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||  ||    
T  6106697 agtctttgtaattggcatatgtggaatgggaggtgtgggaaaaactttacttgcaactctcgtggagaaggaaggaaaaaggaaaccaacttttaaggat 6106598  T
Q  271 gtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaagaa 370  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||     
T  6106597 gtgatttggatcactgtttctcacaatcatagcatctcaaaactccaacatgatatagcaaaaagaataggcttgaagcttgatgcagatgatgaaagag 6106498  T
Q  371 ttagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttgggaat 470  Q
    ||||||| || || ||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  6106497 ttagagctgacaacttgtcttcggtattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaaggtaggaat 6106398  T
Q  471 tcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaacatgtatgt 528  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||    
T  6106397 tcatccaaaagtgaatggcattaaagtgattctaacaacacgtttgaaacatgtatgt 6106340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 269 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6234985 - 6234726
Alignment:
Q  269 atgtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaag 368  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6234985 atgtgttttgggtcactgtttctcacaattataacatctcaaaattgcaacatgatatagcacaaagaatagatgtgaagcttgatgaagatgatgaaag 6234886  T
Q  369 aattagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttggga 468  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6234885 aattagagcaaaaattttgtctttggcatttgagaaaaaggggaaatcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaaggtggga 6234786  T
Q  469 attcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaacatgtatgt 528  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  6234785 attcatccaaaagtgaatggcattaaagtgattttgacaactcggttgaaacatgtatgt 6234726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 62 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 6089635 - 6089181
Alignment:
Q  62 atatgaaacagcacaagaaaaagaagcctctcactttgtcgactgaatttgtcggggggagattagataaaaatatccgtaaagtgttgaaacgacttga 161  Q
    |||||||||  |||||| || | || ||||||||||||||||| |||||||| |||     ||||||    |||||| | |||||| | ||||  || ||    
T  6089635 atatgaaacgacacaaggaagaaaaacctctcactttgtcgacagaatttgttgggaaagcattagactttaatatcaggaaagtgcttaaacttctaga 6089536  T
Q  162 ggatgatacagtctttgtcattggcatctatggaatgggaggagtaggaaaaactttactggcgactctcgtggagaacgaagtgaaaaggaaagcaact 261  Q
    ||||||   ||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||| || ||    
T  6089535 ggatgaccaagtttttgttattggtatatatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaaccacct 6089436  T
Q  262 tttaaacatgtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatg 361  Q
    || | | ||||||||||||| | |||||| | ||||| ||  |||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  6089435 ttcatagatgtgttttgggttactgtttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacg 6089336  T
Q  362 atgaaagaattagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaa 461  Q
    |||| | |||| ||||||| || ||||| | |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  6089335 atgagaaaattggagcagataacttgtcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaa 6089236  T
Q  462 gttgggaattcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttg 516  Q
    | ||||||||||| || | || ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  6089235 ggtgggaattcatacaaaggtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttg 6089181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 39 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 6095043 - 6094540
Alignment:
Q  39 tgagataaataagttgatcatcaatatgaaacagcacaagaaaaagaagcctctcactttgtcgactgaatttgtcggggggagattagataaaaatatc 138  Q
    |||| ||||||| |||||||   |||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| || |  | |||| | | |||||||    
T  6095043 tgaggtaaataaattgatcaaagatatgaaacgacacaagaaagaaaagcctctcattttgtcgactgaatttgttggagaaacattatacataaatatc 6094944  T
Q  139 cgtaaagtgttgaaacgacttgaggatgatacagtctttgtcattggcatctatggaatgggaggagtaggaaaaactttactggcgactctcgtggaga 238  Q
        ||||||||| ||  || ||||| ||    || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  6094943 gaccaagtgttgagacttctagaggaagacgatgtatttgttattggtatccatggaatgggaggagtgggaaaaactttacttgcaactcttgtggaga 6094844  T
Q  239 acgaagtgaaaaggaaagcaacttttaaacatgtgttttgggtcattgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaat 338  Q
    | ||||| |||||||||| ||||||  |  ||||||||| | |||  ||||||  ||||| |||| | |||||| | |||  ||||||||||||||||||    
T  6094843 atgaagtaaaaaggaaaggaactttcgacaatgtgtttttgatcaacgtttcttccaatttcagcttatcaaaacttcaatttgatattgcaaaaagaat 6094744  T
Q  339 aggtgtgaagcttgatgaagat------------------gatgaaagaattagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagtt 420  Q
    |||||| || ||||| || |||                  ||||| ||| |||| ||| ||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  6094743 aggtgtaaaacttgaagatgatgaagaagaaggagaacaagatgagagagttagggcaaaaactttgtctttggcgttggagacaaagggaaattcaatt 6094644  T
Q  421 cttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttgggaattcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaac 520  Q
    |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| || | | || ||||  |||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  6094643 cttattctagacgatgtttggaaatacattgatttgcaaaaggtgggaattcctctaaatgtgaatgtaattaaagtgattctaacaactcgtttgaaac 6094544  T
Q  521 atgt 524  Q
    ||||    
T  6094543 atgt 6094540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 303 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 6101271 - 6101224
Alignment:
Q  303 catctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagct 350  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6101271 catctcaaaattgcaagatgatatcgcaaaaagaataggtgtaaagct 6101224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University