View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20954_low_35 (Length: 428)

Name: NF20954_low_35
Description: NF20954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20954_low_35
NF20954_low_35
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (1-164)||(111875-112038)
scaffold0014 (104-165)||(106061-106122)
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (1-164)||(1913729-1913892)
chr4 (1-164)||(1873990-1874151)
chr4 (1-164)||(12659187-12659350)
chr4 (1-164)||(30673697-30673858)
chr4 (1-164)||(30679790-30679951)
chr4 (3-173)||(910847-911014)
chr4 (14-164)||(18890002-18890150)
chr4 (3-164)||(25687558-25687717)
chr4 (1-164)||(16325714-16325877)
chr4 (3-165)||(16334760-16334922)
chr4 (3-162)||(25697326-25697483)
chr4 (1-164)||(23187963-23188124)
chr4 (1-164)||(23200526-23200687)
chr4 (1-164)||(12428881-12429042)
chr4 (40-164)||(12435382-12435505)
chr4 (40-164)||(42404643-42404766)
chr4 (40-164)||(42411107-42411230)
chr4 (1-162)||(12439290-12439449)
chr4 (302-414)||(44300539-44300652)
chr4 (40-164)||(917324-917447)
chr4 (40-164)||(29333637-29333760)
chr4 (1-165)||(12665705-12665864)
chr4 (12-164)||(55325479-55325631)
chr4 (42-164)||(48305378-48305499)
chr4 (36-164)||(33360213-33360341)
chr4 (42-164)||(4393790-4393912)
chr4 (71-164)||(42119802-42119895)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (173-414)||(38404092-38404332)
chr2 (1-164)||(19437535-19437696)
chr2 (1-164)||(25445057-25445218)
chr2 (1-165)||(19443110-19443272)
chr2 (1-164)||(25454715-25454876)
chr2 (1-164)||(43293134-43293297)
chr2 (1-169)||(43287389-43287557)
chr2 (1-164)||(24053285-24053447)
chr2 (1-164)||(24056620-24056782)
chr2 (42-166)||(31437149-31437273)
chr2 (42-166)||(31433043-31433167)
chr2 (42-117)||(8872287-8872362)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (173-414)||(99682-99922)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-164)||(49486720-49486883)
chr3 (1-164)||(49491217-49491380)
chr3 (1-164)||(21453160-21453323)
chr3 (1-164)||(21458334-21458497)
chr3 (1-164)||(21473104-21473267)
chr3 (8-164)||(15752502-15752658)
chr3 (8-164)||(15758295-15758451)
chr3 (1-164)||(21877164-21877327)
chr3 (5-166)||(2982181-2982340)
chr3 (14-164)||(2978246-2978394)
chr3 (1-164)||(21883424-21883587)
chr3 (1-164)||(21477492-21477654)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-166)||(35270279-35270442)
chr5 (1-164)||(35264538-35264699)
chr5 (1-164)||(23058952-23059113)
chr5 (1-164)||(23053377-23053538)
chr5 (12-164)||(21171196-21171346)
chr5 (1-164)||(39653925-39654086)
chr5 (14-164)||(25365403-25365553)
chr5 (12-164)||(21178057-21178209)
chr5 (12-164)||(16675564-16675711)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (222-414)||(33814113-33814306)
chr1 (222-414)||(33873583-33873776)
chr1 (13-164)||(27347175-27347326)
chr1 (1-164)||(31092945-31093106)
chr1 (1-164)||(31099551-31099712)
chr1 (3-164)||(18540705-18540864)
chr1 (1-164)||(11660177-11660338)
chr1 (1-164)||(35625248-35625411)
chr1 (1-164)||(38736039-38736202)
chr1 (7-164)||(18534983-18535138)
chr1 (1-164)||(37365147-37365310)
chr1 (1-164)||(11654020-11654181)
chr1 (1-164)||(37356729-37356892)
chr1 (33-164)||(28519275-28519405)
chr1 (40-164)||(38984912-38985035)
chr1 (40-164)||(38991099-38991222)
chr1 (14-164)||(7876091-7876239)
chr1 (33-164)||(28512812-28512940)
chr1 (1-164)||(39492740-39492901)
chr1 (173-222)||(36465633-36465682)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-164)||(30714213-30714374)
chr8 (1-164)||(30721990-30722151)
chr8 (1-164)||(30727598-30727759)
chr8 (14-164)||(37204235-37204382)
chr8 (14-164)||(37209712-37209859)
chr8 (40-164)||(21241172-21241295)
chr8 (40-164)||(21247676-21247799)
chr8 (40-164)||(27679660-27679783)
chr8 (40-164)||(27683442-27683565)
chr8 (58-164)||(26196896-26197002)
chr8 (32-155)||(24042881-24043004)
chr8 (71-164)||(26196996-26197089)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (1-164)||(14025-14186)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-164)||(29176544-29176705)
chr7 (1-155)||(29185532-29185684)
chr7 (14-167)||(22826837-22826987)
chr7 (1-164)||(340289-340452)
chr7 (1-164)||(346523-346686)
chr7 (14-164)||(22822537-22822684)
chr7 (34-164)||(8242541-8242671)
chr7 (34-164)||(8248110-8248240)
chr7 (6-164)||(25830392-25830547)
chr7 (64-167)||(2068782-2068885)
chr7 (96-164)||(25493816-25493884)
chr7 (96-164)||(25499053-25499121)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (3-164)||(18738573-18738732)
chr6 (14-164)||(33660902-33661052)
chr6 (40-164)||(23427482-23427605)
chr6 (40-164)||(23421636-23421759)
[»] scaffold0079 (1 HSPs)
scaffold0079 (3-165)||(57938-58100)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (1-164)||(9323-9485)
[»] scaffold0258 (1 HSPs)
scaffold0258 (1-162)||(6276-6435)
[»] scaffold0121 (1 HSPs)
scaffold0121 (96-164)||(11540-11608)


Alignment Details
Target: scaffold0014 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 112038 - 111875
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  112038 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 111939  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111938 aacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 111875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 106122 - 106061
Alignment:
Q  104 ctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacag 165  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  106122 ctaatagtatagcccactaacacatttgctatttggacatccgctgttaatatttataacag 106061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 1913729 - 1913892
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1913729 agaatatgagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 1913828  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1913829 aacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 1913892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 1873990 - 1874151
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1873990 agaataggaaaagtattcttattcactgatgtg--tatctcaatgttacaaatgagctatatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 1874087  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1874088 aacataatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 1874151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 12659187 - 12659350
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  12659187 agaatatgagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcagtgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 12659286  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12659287 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 12659350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 30673697 - 30673858
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  30673697 agaataagagcagtattcttattcactaatgtatttatc--aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 30673794  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30673795 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30673858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 30679790 - 30679951
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  30679790 agaataagagcagtattcttattcactaatgtatttatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 30679887  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30679888 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30679951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 173
Target Start/End: Original strand, 910847 - 911014
Alignment:
Q  3 aataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  910847 aataggagcagtattcttattcactgatctgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aa 910943  T
Q  103 cctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacagttcctctt 173  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  910944 cctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacacttcctctt 911014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 18890150 - 18890002
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18890150 tattcttattcactaatgtgtatatc--aatgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctaatagtat 18890053  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18890052 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18890002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 164
Target Start/End: Original strand, 25687558 - 25687717
Alignment:
Q  3 aataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25687558 aataggagcagtattcttattcactgatctatatatc--aatgttacaaatgagctctgtttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataa 25687655  T
Q  103 cctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25687656 actagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 25687717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 16325714 - 16325877
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  16325714 agaataggaacaatattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaat 16325813  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16325814 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 16325877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 165
Target Start/End: Original strand, 16334760 - 16334922
Alignment:
Q  3 aataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataa 102  Q
    ||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  16334760 aataggaacaatattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataa 16334859  T
Q  103 cctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacag 165  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16334860 cctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacag 16334922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 162
Target Start/End: Original strand, 25697326 - 25697483
Alignment:
Q  3 aataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  25697326 aataggagcagtattcttattcactgatctatatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagtccaataa 25697423  T
Q  103 cctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataa 162  Q
     ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25697424 actagtagtatggcccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataa 25697483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 23188124 - 23187963
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  23188124 agaataggaacagtattcttattcacttatctgtctatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagctcaat 23188027  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    || ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23188026 aaactagtagtatggtccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23187963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 23200687 - 23200526
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||    
T  23200687 agaataggaacagtattcgtattcgctgatctgtctatc--aatgttacaaatgagttctatttatagggaagtagagtaacttatgaactaagcccaat 23200590  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23200589 aaactagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23200526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 12428881 - 12429042
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | |    |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  12428881 agaataggagcagtattcttattcacggatctctca--ctcactgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 12428978  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12428979 aacctattagtatggcccataaacctatttgctctttggacatccactattaatatttataaca 12429042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Original strand, 12435382 - 12435505
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12435382 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 12435480  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  12435481 acatccaatattaatatttataaca 12435505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 42404766 - 42404643
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42404766 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 42404668  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  42404667 acatccaatattaatatttataaca 42404643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 42411230 - 42411107
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42411230 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 42411132  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  42411131 acatccaatattaatatttataaca 42411107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Original strand, 12439290 - 12439449
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| | |    |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  12439290 agaatatgagcagtattcttattcaccgatctctca--ctcactgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 12439387  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataa 162  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12439388 aacctattagtatggcccataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataa 12439449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 302 - 414
Target Start/End: Original strand, 44300539 - 44300652
Alignment:
Q  302 ttcgaatggatcagggatttcgtggacggaggaagagcataagatatttttggttggattgcagaaagttggaaaaggtgatt-gagaggaatctcaagg 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44300539 ttcgaatggatcagggattccgtggacggaggaagagcataagttgttcttggttggattgcagaaagttggaaaaggtgattggagaggaatctcaagg 44300638  T
Q  401 aactatgtgaaaac 414  Q
    ||||||||||||||    
T  44300639 aactatgtgaaaac 44300652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Original strand, 917324 - 917447
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  917324 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccga-aacctagtagtatagcccactaacatatttgctatttag 917422  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  917423 acatccaatattaatatttataaca 917447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 29333760 - 29333637
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29333760 tcaatgttacaaatgagctttatttatagggaaatagagtaggttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 29333662  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  29333661 acatccaatattaatatttataaca 29333637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Original strand, 12665705 - 12665864
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  12665705 agaataggagcagtattcttattcactaatgtgtgtatct-------acaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaag-ccaat 12665796  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg---acatccactattaatatttataacag 165  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||  |||||||   ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12665797 aacctagtagtatggcccaataacacatttattatttggacaacatccactattaatatttattacag 12665864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 55325631 - 55325479
Alignment:
Q  12 agtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatag- 110  Q
    |||||| |||||||||||||| |   ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||  |||||| ||||  ||||||||||||||     
T  55325631 agtattattattcactgatgttt---tctcaatgtaacaaatgagctttatttatagggaaataaagtagtttatgaactaagttcaataacctaatagt 55325535  T
Q  111 --tatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
      |||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  55325534 attatgacccactaacacatttgctatttggacatctattattaatatttataaca 55325479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 42 - 164
Target Start/End: Original strand, 48305378 - 48305499
Alignment:
Q  42 aatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggac 141  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||| ||| | |||||||||| ||||   ||||||||||||||    
T  48305378 aatgttacaa-tgaactctatttatagggaaatagagtagcatataaactaagctcaataatctagtggtatggcccattaacgcgtttgctatttggac 48305476  T
Q  142 atccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  48305477 atccacttttaatatttataaca 48305499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 164
Target Start/End: Original strand, 33360213 - 33360341
Alignment:
Q  36 tatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctat 135  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||| || ||| | ||||||| ||||||||| | | ||||||| |||||||||    
T  33360213 tatctcaatgttacgaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttataaactaaactcaataacttaatagtatagtcaactaacacatttgctat 33360312  T
Q  136 ttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  33360313 ttgtacattcactcttaatatttataaca 33360341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 42 - 164
Target Start/End: Original strand, 4393790 - 4393912
Alignment:
Q  42 aatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggac 141  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||| ||| ||||||| | |  ||||  ||||| ||||| |||    
T  4393790 aatgttacaaatgagctttatttatagggaaataaagtagcttatgaattaaacctaataatctagtagtatgactcgttaacccatttgttatttagac 4393889  T
Q  142 atccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4393890 atccactattaatatttataaca 4393912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 71 - 164
Target Start/End: Original strand, 42119802 - 42119895
Alignment:
Q  71 aaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||| |||||| ||| ||||||| |||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42119802 aaataaagtagtttatggattaagctcaataatctagtagtatgacccattaatccatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 42119895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 173 - 414
Target Start/End: Original strand, 38404092 - 38404332
Alignment:
Q  173 tttttggctattgtttaatagagactttatatatttactaaaacttgaaaaattaacgtgataatttttgtgtttcttactttgtttgaattgattgaaa 272  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38404092 tttttggctattgtttaatagagattctataaattaactaaaacttgaaa--ttaacttgagaatttttttgtttctttctttgtttgaattgattgaaa 38404189  T
Q  273 ttgaaaagtaattattgttattgattttcttcgaatggatcagggatttcgtggacggaggaagagcataagatatttttggttggattgcagaaagttg 372  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  38404190 ttgaaaagtgattattgttattgattttctttgaatggatcaaggattccgtggacggaggaagagcacaagttgttttcggttggattgcagaaagttg 38404289  T
Q  373 gaaaaggtgatt-gagaggaatctcaaggaactatgtgaaaac 414  Q
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38404290 acaaaggtgattggagaggaatctcaaggaactatgtgaaaac 38404332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 19437535 - 19437696
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19437535 agaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgt--ctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 19437632  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19437633 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 19437696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 25445057 - 25445218
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25445057 agaataggaggagtattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 25445154  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25445155 aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 25445218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Original strand, 19443110 - 19443272
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19443110 agaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgt--ctcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 19443207  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacag 165  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19443208 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacag 19443272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 25454715 - 25454876
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  25454715 agaataggagcagtattcttattcaatgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagctcaat 25454812  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25454813 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataaca 25454876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 43293134 - 43293297
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  43293134 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 43293233  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43293234 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatgtttataaca 43293297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 43287389 - 43287557
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  43287389 agaataggagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 43287488  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacagttcc 169  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  43287489 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatctactattaatgtttataacacttcc 43287557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 24053285 - 24053447
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  24053285 agaataggagca-tattcttattcactaatgtatgtatctcaatattacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 24053383  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24053384 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 24053447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 24056620 - 24056782
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  24056620 agaatagaagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagtccaat 24056719  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24056720 aacctagtagtatgg-ccaataacacatttgctatctggacatccactattaatatttataaca 24056782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 31437273 - 31437149
Alignment:
Q  42 aatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggac 141  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||  | || ||||| ||| ||||  ||||| | |||||||    
T  31437273 aatgttacaaatgaactttatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacacagtattatggtccattaactcatttgttgtttggac 31437174  T
Q  142 atccactattaatatttataacagt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  31437173 atccactattaatatttataacagt 31437149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 42 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 31433167 - 31433043
Alignment:
Q  42 aatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggac 141  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||| ||| | | |||  ||| ||||  |||||||||||||||    
T  31433167 aatgttacaaatgaacattatttatagggaaatagaatatcttatgaactaagctcaataaactagttgcatgctccattaactaatttgctatttggac 31433068  T
Q  142 atccactattaatatttataacagt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  31433067 atccactattaatatttataacagt 31433043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 8872362 - 8872287
Alignment:
Q  42 aatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcc 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||||    
T  8872362 aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatatagtagcctatagactaagcccaataatcaaatagtatggcc 8872287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 173 - 414
Target Start/End: Original strand, 99682 - 99922
Alignment:
Q  173 tttttggctattgtttaatagagactttatatatttactaaaacttgaaaaattaacgtgataatttttgtgtttcttactttgtttgaattgattgaaa 272  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  99682 tttttggctattgtttaatagagattctataaattaactaaaacttgaaa--ttaacttgagaatttttttgtttctttctttgtttgaattgattgaaa 99779  T
Q  273 ttgaaaagtaattattgttattgattttcttcgaatggatcagggatttcgtggacggaggaagagcataagatatttttggttggattgcagaaagttg 372  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  99780 ttgaaaagtgattattgttattgattttctttgaatggatcaaggattccgtggacggatgaagagcacaagttgttttcggttggattgcagaaagttg 99879  T
Q  373 gaaaaggtgatt-gagaggaatctcaaggaactatgtgaaaac 414  Q
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  99880 ataaaggtgattggagaggaatctcaaggaactatgtgaaaac 99922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 49486720 - 49486883
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49486720 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatgaattaagctcaat 49486819  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49486820 aacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 49486883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 49491217 - 49491380
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49491217 agaatatgagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatgaattaagctcaat 49491316  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49491317 aacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 49491380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21453323 - 21453160
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21453323 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 21453224  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21453223 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21453160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21458497 - 21458334
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21458497 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 21458398  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21458397 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21458334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21473267 - 21473104
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  21473267 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagtccaat 21473168  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21473167 aagctaatagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21473104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 164
Target Start/End: Original strand, 15752502 - 15752658
Alignment:
Q  8 gagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaa 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  15752502 gagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctag 15752601  T
Q  108 tagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15752602 tagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 15752658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 164
Target Start/End: Original strand, 15758295 - 15758451
Alignment:
Q  8 gagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaa 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  15758295 gagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctag 15758394  T
Q  108 tagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15758395 tagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 15758451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21877327 - 21877164
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21877327 agaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctccatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 21877228  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21877227 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21877164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 5 - 166
Target Start/End: Original strand, 2982181 - 2982340
Alignment:
Q  5 taggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacc 104  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  2982181 taggagaaatattcttattcacttatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacc 2982278  T
Q  105 taatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacagt 166  Q
    || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2982279 tagtagtatagcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacagt 2982340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Original strand, 2978246 - 2978394
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  2978246 tattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 2978343  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978344 ggcccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataaca 2978394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21883587 - 21883424
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21883587 agaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 21883488  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21883487 aacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttggacatccgctattaatatttataaca 21883424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21477654 - 21477492
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||   ||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  21477654 agaataggagcagtattcttatttaccgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagccctatttataaaaaaataaagtagcttatgaactaagcccaat 21477555  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21477554 aacctagtagtatggcccaataacaca-ttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21477492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 35270279 - 35270442
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35270279 agaataggagcagtattcttattcactgatgtg--tatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 35270376  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35270377 aacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacagt 35270442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 35264538 - 35264699
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35264538 agaataggagcagtattcttattcactgatgtg--tatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 35264635  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35264636 aacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 35264699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 23058952 - 23059113
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23058952 agaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgt--ctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 23059049  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23059050 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23059113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 23053377 - 23053538
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  23053377 agaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgt--ctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagctcaat 23053474  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23053475 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23053538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 164
Target Start/End: Original strand, 21171196 - 21171346
Alignment:
Q  12 agtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagt 111  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21171196 agtattcttattcacttatgtg--tatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagt 21171293  T
Q  112 atggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21171294 atggcccactaacacatttgccatttggacatccactattaatatttataaca 21171346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 39653925 - 39654086
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  39653925 agaataagagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttataaatgagctctatttataaggaaatatagtagcttatgaattaagcccaat 39654022  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39654023 aacctagtagtatggtccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataaca 39654086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Original strand, 25365403 - 25365553
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    |||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  25365403 tattcttattcactaatgtgtgttttacaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 25365502  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25365503 ggcccaataacacatttgctatttgaacatccactattaatatttataaca 25365553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 164
Target Start/End: Original strand, 21178057 - 21178209
Alignment:
Q  12 agtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaata--gagtagcctatgaattaagcccaataacctaata 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  21178057 agtattcttattcacttatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagta 21178154  T
Q  110 gtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21178155 gtatggcccactaacacatttgccatttgaacatccactattaatatttataaca 21178209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 16675711 - 16675564
Alignment:
Q  12 agtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagt 111  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||| ||||    
T  16675711 agtattcttattcacttatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagtagcttatgaattaagccc---aacctagtagt 16675617  T
Q  112 atggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16675616 atggcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataaca 16675564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 222 - 414
Target Start/End: Original strand, 33814113 - 33814306
Alignment:
Q  222 aaattaacgtgataatttttgtgtttcttactttgtttgaattgattgaaattgaaaagtaattattgttattgattttcttcgaatggatcagggattt 321  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  33814113 aaattaacttgataatttttgtgtttcttcctttgtttgaattgattgaaattgaaaagtgattattgttattgattttctttgaatggatcagggattc 33814212  T
Q  322 cgtggacggaggaagagcataagatatttttggttggattgcagaaagttggaaaaggtgatt-gagaggaatctcaaggaactatgtgaaaac 414  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| | | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33814213 cgtgcacggaggaagagcacaagctgtttttggttggattgcagaaagttggcatatgtgattagagaagaatctcaaggaactatgtgaaaac 33814306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 222 - 414
Target Start/End: Original strand, 33873583 - 33873776
Alignment:
Q  222 aaattaacgtgataatttttgtgtttcttactttgtttgaattgattgaaattgaaaagtaattattgttattgattttcttcgaatggatcagggattt 321  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  33873583 aaattaacttgataatttttgtgtttcttcctttgtttgaattgattgaaattgaaaagtgattattgttattgattttctttgaatggatcagggattc 33873682  T
Q  322 cgtggacggaggaagagcataagatatttttggttggattgcagaaagttggaaaaggtgatt-gagaggaatctcaaggaactatgtgaaaac 414  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| | | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33873683 cgtgcacggaggaagagcacaagctgtttttggttggattgcagaaagttggcatatgtgattagagaagaatctcaaggaactatgtgaaaac 33873776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 164
Target Start/End: Original strand, 27347175 - 27347326
Alignment:
Q  13 gtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27347175 gtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagta 27347274  T
Q  113 tggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27347275 tggctcaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 27347326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 31092945 - 31093106
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31092945 agaataggagcagtatttttattcactgatgtatatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 31093042  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31093043 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 31093106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 31099551 - 31099712
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31099551 agaataagagcagtatttttattcactgatgtatatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 31099648  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31099649 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 31099712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 3 - 164
Target Start/End: Original strand, 18540705 - 18540864
Alignment:
Q  3 aataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18540705 aataggagcagtattcttattcactgatctgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataa 18540802  T
Q  103 cctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18540803 cctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18540864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11660338 - 11660177
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11660338 agaatatgagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 11660241  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||| || |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11660240 aacatagtagtatggcccactaacacatttgttacttggacatccactattaatatttataaca 11660177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 35625248 - 35625411
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  35625248 agaataggagcagtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaat 35625347  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    || ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35625348 aatctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 35625411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 38736202 - 38736039
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  38736202 agaatatgagcagtattattattcactgatgtatgtatctgaatgttacaaatgaactctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 38736103  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38736102 aacctaatagtatggcccaataacatattttctatttggacaaccactattaatatttataaca 38736039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Original strand, 18534983 - 18535138
Alignment:
Q  7 ggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataaccta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  18534983 ggagcagtattcttattcactgatctgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataaccta 18535080  T
Q  107 atagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18535081 gtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18535138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 37365147 - 37365310
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  37365147 agaataggaacagtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaat 37365246  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37365247 aacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 37365310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11654181 - 11654020
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  11654181 agaataggagcagtattcttattcattgatgtgtatatc--aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagaatagcttatgaattaagcccaat 11654084  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||| || |||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11654083 aacatagtagtatgatccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataaca 11654020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 37356729 - 37356892
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  37356729 agaataggaacggtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttataaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaat 37356828  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37356829 aacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 37356892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 28519405 - 28519275
Alignment:
Q  33 gtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgc 132  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  28519405 gtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgc 28519307  T
Q  133 tatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28519306 tatttggacatccaatattaatatttataaca 28519275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 38985035 - 38984912
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38985035 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 38984937  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  38984936 acatccaatattaatatttataaca 38984912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 38991222 - 38991099
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38991222 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 38991124  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  38991123 acatccaatattaatatttataaca 38991099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 7876239 - 7876091
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  7876239 tattcttattcactaatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagtagcttacgaactaagcctaataacctagtagtat 7876142  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    || ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7876141 ggtccactaacacatttgttatttggacattcactattaatatttataaca 7876091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 33 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 28512940 - 28512812
Alignment:
Q  33 gtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgc 132  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  28512940 gtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgc 28512842  T
Q  133 tatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28512841 --tttggacatccaatattaatatttataaca 28512812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 39492901 - 39492740
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| | |  |||||| | ||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||  |||  | ||||||||||    
T  39492901 agaatatgagcagtattcttattcactgatatat--atctcactcttacaaatgaattttatttatagagaaatagagtagtttatagactaagcccaat 39492804  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    || ||| ||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39492803 aatctattagtatggctcataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 39492740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 173 - 222
Target Start/End: Original strand, 36465633 - 36465682
Alignment:
Q  173 tttttggctattgtttaatagagactttatatatttactaaaacttgaaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||    
T  36465633 tttttggctattgtttaatagagattctataaattaactaaaacttgaaa 36465682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 30714213 - 30714374
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30714213 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 30714310  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714311 aacctagtagtatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataaca 30714374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 30721990 - 30722151
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30721990 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaat 30722087  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30722088 aacctagtagtatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataaca 30722151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 30727598 - 30727759
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30727598 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttttaggaaaatatagtagcttatgaattaagcccaat 30727695  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30727696 aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30727759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 37204382 - 37204235
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  37204382 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 37204286  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37204285 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 37204235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 37209859 - 37209712
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  37209859 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 37209763  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37209762 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 37209712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21241295 - 21241172
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  21241295 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggtccactaacacatttgctatttgg 21241197  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  21241196 acatccaatattaatatttataaca 21241172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21247799 - 21247676
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  21247799 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggtccactaacacatttgctatttgg 21247701  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  21247700 acatccaatattaatatttataaca 21247676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Original strand, 27679660 - 27679783
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27679660 tcaatgttacaaattagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 27679758  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  27679759 acatccaatattaatatttataaca 27679783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Original strand, 27683442 - 27683565
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27683442 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaaacccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 27683540  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  27683541 acatccaatattaatatttataaca 27683565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 58 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 26197002 - 26196896
Alignment:
Q  58 tctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26197002 tctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctatttgaacatccactattaatatt 26196903  T
Q  158 tataaca 164  Q
    |||||||    
T  26196902 tataaca 26196896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 32 - 155
Target Start/End: Original strand, 24042881 - 24043004
Alignment:
Q  32 tgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttg 131  Q
    ||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  24042881 tgtgtattttaatgttacatatgagctctatttatagagaaatagagtagcttatgaactaagcccaataatctaatattatggcccattaacacatttg 24042980  T
Q  132 ctatttggacatccactattaata 155  Q
     |||||||||| |||| |||||||    
T  24042981 ttatttggacacccacaattaata 24043004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 71 - 164
Target Start/End: Original strand, 26196996 - 26197089
Alignment:
Q  71 aaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||  ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26196996 aaatagaaaagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcctataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 26197089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 121; Significance: 7e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 14186 - 14025
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  14186 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtct--ctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagctcaat 14089  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14088 aacctagtagtatggctcactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 14025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 29176705 - 29176544
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  29176705 agaatagaagcagtattcttattcactaatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 29176608  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29176607 aacctagtagtatgacccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 29176544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 29185684 - 29185532
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  29185684 agaatagaagcagtattcttattcactaatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 29185587  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaata 155  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  29185586 aacctagtagtatggcccactaacacattttctatttggacatccaatattaata 29185532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 22826987 - 22826837
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  22826987 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 22826891  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacagtt 167  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22826890 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacagtt 22826837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 340289 - 340452
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  340289 agaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 340388  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  340389 aacctagtagtatggctcaataacacatttgttatttggacatccgctattaatatttataaca 340452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 346523 - 346686
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  346523 agaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagctcaat 346622  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  346623 aacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttggacatccgctattaatatttataaca 346686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 22822684 - 22822537
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  22822684 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 22822588  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22822587 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 22822537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 34 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8242671 - 8242541
Alignment:
Q  34 tgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgct 133  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| || |||| |||||||||| |||||||    
T  8242671 tgtaactcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcctaataatctagtaatatgacccactaacacatttgct 8242572  T
Q  134 atttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8242571 atttggacatccactattaatatttataaca 8242541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 34 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8248240 - 8248110
Alignment:
Q  34 tgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgct 133  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  8248240 tgtaactcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaattaagcctaataatctagtaatatggcccactaacacatttgct 8248141  T
Q  134 atttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8248140 atttggacatccactattaatatttataaca 8248110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 164
Target Start/End: Original strand, 25830392 - 25830547
Alignment:
Q  6 aggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacct 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||  ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| | |||| |||| | ||||||||| || ||    
T  25830392 aggagaagtattcttattcactg--gtgtgtccctcaatgctacaaaggagctctatttatagggaaatataatagcttatggactaagcccaacaatct 25830489  T
Q  106 aatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    | ||| || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25830490 agtag-atagcccattaaccaatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 25830547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 167
Target Start/End: Original strand, 2068782 - 2068885
Alignment:
Q  64 tatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataac 163  Q
    |||||||||||| | |||| |||| | |||||||||| | ||| |||||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2068782 tatagggaaatataatagcttatggactaagcccaatcatctattagtatagcctattaactcatttgctatttggacatccactattaatatttataac 2068881  T
Q  164 agtt 167  Q
    ||||    
T  2068882 agtt 2068885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 25493884 - 25493816
Alignment:
Q  96 ccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||| || ||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  25493884 ccaataagctaatagtatgacccattaacctaattgctatatggacatccacttataatattcataaca 25493816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 25499121 - 25499053
Alignment:
Q  96 ccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||| || ||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  25499121 ccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatatggacatccacttataatattcataaca 25499053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 18738732 - 18738573
Alignment:
Q  3 aataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataa 102  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18738732 aataggagcagtattcttatttactgacgtgtct--ctcaatgttacaaatgagctctatttataggtaaatagagtagcttatgaactaagcccaataa 18738635  T
Q  103 cctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18738634 cctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18738573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Original strand, 33660902 - 33661052
Alignment:
Q  14 tattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtat 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || |||    
T  33660902 tattcttattcaccgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgaactctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtaatat 33661001  T
Q  114 ggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33661002 ggcccataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 33661052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 23427605 - 23427482
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  23427605 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggtccactaacacatttgctatttgg 23427507  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||| | |||||||||||||||||    
T  23427506 acatcaaatattaatatttataaca 23427482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 23421759 - 23421636
Alignment:
Q  40 tcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttgg 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  23421759 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatagtccactaacacatttgctatttgg 23421661  T
Q  140 acatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||| | |||||||||||||||||    
T  23421660 acatcaaatattaatatttataaca 23421636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 58100 - 57938
Alignment:
Q  3 aataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataa 102  Q
    ||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  58100 aataggaacaatattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataa 58001  T
Q  103 cctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataacag 165  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  58000 cctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacag 57938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 9485 - 9323
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  9485 agaataggagaaatattcttattca-tgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 9387  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    |||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9386 aacctagtagtatggcccaataatacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 9323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0258 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0258
Description:

Target: scaffold0258; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Original strand, 6276 - 6435
Alignment:
Q  1 agaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgacctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  |    |||| |||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  6276 agaataggagcaatattcttattcactgatgcatca--ctcactgttacaattgagttctatttacagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaat 6373  T
Q  101 aacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataa 162  Q
    |||||| | |||| |||||  ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6374 aacctattcgtatagcccataaatttatttgctatttggacatccactgttaatatttataa 6435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0121
Description:

Target: scaffold0121; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 164
Target Start/End: Original strand, 11540 - 11608
Alignment:
Q  96 ccaataacctaatagtatggcccactaacatatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 164  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||| || ||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  11540 ccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatgtggacatccacttataatattcataaca 11608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University