View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20962_high_4 (Length: 668)

Name: NF20962_high_4
Description: NF20962
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20962_high_4
NF20962_high_4
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-651)||(21434566-21435229)
chr2 (26-647)||(27073888-27074508)
chr2 (1-647)||(26990399-26991044)
chr2 (25-647)||(27029305-27029930)
chr2 (84-636)||(27153403-27153960)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-647)||(34692656-34693301)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (482-647)||(50171614-50171779)
chr4 (197-248)||(50172008-50172059)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 608; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 608; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 651
Target Start/End: Original strand, 21434566 - 21435229
Alignment:
Q  1 agttgccaggaattcgacctcaattgcaaatcacttgctgagttgcatattgatgaaaatgaaactgatggagcgcttgccagaattctcaaagtgctta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21434566 agttgccaggaattcgacctcaattgcaaatcacttgctgagttgcatattgatgaaaatgaaactgatggagcgcttgccagaattctcaaagtgctta 21434665  T
Q  101 gacatatcaactccaaattcttcgatgtatgtctcatatgttgctgataaaatgtttgttgtatttgatatattgctaaaactgtatggtggggttttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21434666 gacatatcaactccaaattcttcgatgtatgtctcatatgttgctgataaaatgtttgttgtatttgacatattgctaaaactgtatggtggggttttgt 21434765  T
Q  201 aggaacttcaaggagatcttgtcgatcgagatgtgaggcaggtagttagttatcgttttgatatttatctttcttctagttcgtgcattttgtatttttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21434766 aggaacttcaaggagatcttgtcgatcgagatgtgaggcaggtagttagttatcgttttgatatttatctttcttctagttcgtgcattttgtatttttg 21434865  T
Q  301 ttgatggaaatataagttaacttgtcatcctagtttgatattctgataatgttatgtcattctttcaatcaattcatgatttccaggttttgtcatcact 400  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21434866 ttgacggaaatatcagttaacttgtcatcctagtttgatattctgataatgttatgtcattctttcaatcaattcatgatttccaggttttgtcatcact 21434965  T
Q  401 tcgaggtgaagtcctaagcggatgtataatcg-------------ttttaatggtcatgacttacgaaaactcaggaggatagcagagcggttaggagct 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21434966 tcgaggtgaagtcctaagcggatgtataatcgttttcagttgtgcttttaatggtcatgacttacgaaaactcaggaggatagcagagcggttaggagct 21435065  T
Q  488 acttgtttgacagaacttggccccactgtgacacatgcagttgctaatgagttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaaagaaaataagtttttgg 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21435066 acttgtttgacagaacttggccccactgtgacacatgcagttgctaatgagttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaaagaaaataagtttttgg 21435165  T
Q  588 ttaatcgtcgatggctagaggcttcaaatttctttttgcaaaagcagcctgaggagaactacat 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21435166 ttaatcgtcgatggctagaggcttcaaatttctttttgcaaaagcagcctgaggagaactacat 21435229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 26 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 27074508 - 27073888
Alignment:
Q  26 gcaaatcacttgctgagttgcatattgatgaaaatgaaactgatggagcgcttgccagaattctcaaagtgcttagacatatcaactccaaattcttcga 125  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27074508 gcaaatcacttgttgcattgcatattgatgagaatgaaactgatggtgcgcttgccaaaatactcgaagtgctaagacagatcaactacaaattcttcga 27074409  T
Q  126 tgtatgtctcatatgttgctgataaaatgtttgttgtatttgatatattgctaaaactgtatggtggggttttgtaggaacttcaaggagatcttgtcga 225  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27074408 tgtatgtctgataagttgttgataaaaaatttgttgtatttgatatgttgctaaaactgtgttgtggggatttgtaggaacttcaaggagatcttgttga 27074309  T
Q  226 tcgagatgtgaggcaggtagttagttatcgttttgatatttatctttcttctagttcgtgcattttgtatttttgttgatggaaatataagttaacttgt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||| ||||||||||| ||| |||||        ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  27074308 tcgagatgtgaggcaggtagttagttatctttt---tattcatctttcttctggtttgtgca--------ttttgctgatggaaatataagttaatttgt 27074220  T
Q  326 catcctagtttgatattctgataatgttatgtcattctttcaatcaattcatgatttccaggttttgtcatcacttcgaggtgaagtcctaagcggatgt 425  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||    
T  27074219 catcctagtgtcatattctgataatgttatgttatgcttgcaatcaattcttgttttccaggttttgtcatcatttcaaggtgaagtcttaagaggatgt 27074120  T
Q  426 ataatcgttttaa----------tggtcatgacttacgaaaactcaggaggatagcagagcggttaggagctacttgtttgacagaacttggccccactg 515  Q
     | ||| |||| |          | ||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||    
T  27074119 gtgatcattttcagccttaattttcgtggtgacttgcggaaactcaggaggatagcagagcggttaggagctacttgtttgaaaaaacatgaccccactg 27074020  T
Q  516 tgacacatgcagttgctaatgagttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaaagaaaataagtttttggttaatcgtcgatggctagaggcttcaaa 615  Q
    ||||||||| |||||||| ||| || |||||| | ||||||   ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27074019 tgacacatgtagttgctactgattttgtaactaaagagtcccgctgggccgtgaaagaaaagaagtttttggttaatcgtcgatggctagaggctgcaaa 27073920  T
Q  616 tttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27073919 tttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 27073888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 647
Target Start/End: Original strand, 26990399 - 26991044
Alignment:
Q  1 agttgccaggaattcgacctcaattgcaaatcacttgctgagttgcatattgatgaaaatgaaactgatggagcgcttgccagaattctcaaagtgctta 100  Q
    ||||| ||||| |||| |||| | ||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||| ||||||| |    
T  26990399 agttgtcaggacttcggcctccaatgcaaatcacttgctgcattgaatattgatgagaatgaaaatgatggtgcgcttgccaaaatactcgaagtgctaa 26990498  T
Q  101 gacatatcaactccaaattcttcgatgtatgtctcatatgttgctgataaaatgtttgttgtatttgatatattgctaaaactgtatggtggggttttgt 200  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||    
T  26990499 gacagatcaactacaaattcttcgatgtatgtcagataagttgttgataaaaaatttgttgtatttgatatgttgctaaaactgtgttgtggggatttgt 26990598  T
Q  201 aggaacttcaaggagatcttgtcgatcgagatgtgaggcaggtagttagttatcgttttgatatttatctttcttctagttcgtgcattttgtatttttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||||| |||||||||        |||||    
T  26990599 aggaacttcaaggagatcttgttgatcgagatgtgaggcaggtagttagttatc---ttgttattcatctttcttctggttcgtgca--------ttttg 26990687  T
Q  301 ttgatggaaatataagttaacttgtcatcctagtttgatattctgataatgttatgtcattctttcaatcaattcatgatttccaggttttgtcatcact 400  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| |    
T  26990688 ctgatggaaatataagttaatttgtcatcctagtgtcatattctgataatgttatgttatgcttgcaatcaattcttgttttccaggttttgtcatcatt 26990787  T
Q  401 tcgaggtgaagtcctaagcggatgtataatcgtt-------ttaatggtca---tgacttacgaaaactcaggaggatagcagagcggttaggagctact 490  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | ||||||       |||||  |||   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26990788 tcgaggtgaagtcttaagaggatgtgtgatcgttttcagccttaattttcatggtgacttgcgaatactcaggaggatagcagagcggttaggagctact 26990887  T
Q  491 tgtttgacagaacttggccccactgtgacacatgcagttgctaatgagttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaaagaaaataagtttttggtta 590  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| | ||| ||  || || |||||| ||||||||  |||||| | | |||| || |||||||||||||    
T  26990888 tgtttgaaaaaacttgaccccactgtgacacatgtaattggtacagattttgtaactaaggagtcccggtgggccgtgcaagagaagaagtttttggtta 26990987  T
Q  591 atcgtcgatggctagaggcttcaaatttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 647  Q
     |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26990988 gtcgtcgttggctagaggctgcaaatttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 26991044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 25 - 647
Target Start/End: Original strand, 27029305 - 27029930
Alignment:
Q  25 tgcaaatcacttgctgagttgcatattgatgaaaatgaaactgatggagcgcttgccagaattctcaaagtgcttagacatatcaactccaaattcttcg 124  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  27029305 tgcaaatcacttgctgcattgaatattgatgagaatgaaactgatggtgcgcttgccaaaatactcgaagtgctaagacagatcaactacaaattcttcg 27029404  T
Q  125 atgtatgtctcatatgttgctgataaaatgtttgttgtatttgatatattgctaaaactgtatggtggggttttgtaggaacttcaaggagatcttgtcg 224  Q
    |||||||||  ||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27029405 atgtatgtcagataagttgttgataaaaaatttgttgtatttgatatgttgctaaaactgtgtagtgggaatttgtaggaacttcaaggagatcttgttg 27029504  T
Q  225 atcgagatgtgaggcaggtagttagttatcgttttgatatttatctttcttctagttcgtgcattttgtatttttgttgatggaaatataagttaacttg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||  ||   ||  | ||||||||||| |||    
T  27029505 atcgagatgtgaggcaggtagttagttatc---ttgttattcatctttcttctggttcgtgcattttg--ttgatgaaaat--atatataagttaatttg 27029597  T
Q  325 tcatcctagtttgatattctgataatgttatgtcattctttcaatcaattcatgatttccaggttttgtcatcacttcgaggtgaagtcctaagcggatg 424  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||    
T  27029598 tcatcctagtgtcatattctgataatgttatgttatgcttgcaatcaattcttgttttccaggttttgtcatcatttcgaggtgaagtcttaagaggatg 27029697  T
Q  425 tataatcgttttaa----------tggtcatgacttacgaaaactcaggaggatagcagagcggttaggagctacttgtttgacagaacttggccccact 514  Q
    | | || ||||| |          | ||  |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||    
T  27029698 tgtgattgttttcagccttaattttcgtggtgacttgcgaatactcaggaggatagcagagaggttaggagctacttgtttgaaaaaacatgaccccact 27029797  T
Q  515 gtgacacatgcagttgctaatgagttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaaagaaaataagtttttggttaatcgtcgatggctagaggcttcaa 614  Q
    |||||||||| |||||||| ||| || |||||| | ||||||   ||||| |   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  27029798 gtgacacatgtagttgctactgattttgtaactaaagagtcccgctgggccgttgaagaaaagaagtttttggttaatcgtcgatggctagaggctgcag 27029897  T
Q  615 atttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 647  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27029898 atttctatttccaaaagcagcctgaggaaaact 27029930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 84 - 636
Target Start/End: Original strand, 27153403 - 27153960
Alignment:
Q  84 aattctcaaagtgcttagacatatcaactccaaattcttcgatgtatgtctcatatgttgctgataaaatgtttgttgtatttgatatattgctaaaact 183  Q
    |||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  27153403 aattctgaaagtgctaagactgatcaactc-aaattcttcgatgtatatctcatacgtcgctgataaaaagtctgttgtatttgatatattgctaaaact 27153501  T
Q  184 gtatggtggggttttgtaggaacttcaaggagatcttgtcgatcgagatgtgaggcaggtagttagttatcgttttgatatttatctttcttctagttcg 283  Q
    || |||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||| ||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||     
T  27153502 gtgtggtgggaatttgttggaacttcaaggagaccttgtcgatcaagacatgaggcagatagctagttatcttgttgatagttatctttcttctagttca 27153601  T
Q  284 tgcattttgtatttttgttgatggaaatataagttaacttgtcatcctagtttgatattctgataatgttatgtcattctttcaatcaattcatgatttc 383  Q
    ||||||||| ||  ||       |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  27153602 tgcattttg-ataatta------gaaatataagttaatttgtgatcctagtgagatatttcgataacgttatatcactcttgcaatcaattcatgttttc 27153694  T
Q  384 caggttttgtcatcacttcgaggtgaagtcctaagcggatgtataatcgttttaa-------------tggtcatgacttacgaaaactcaggaggatag 470  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |             |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27153695 catgttttgtcatcacttcgaggtgaagtcctaagcggatgtgtgatcgttttcagctgtgcttttcatggtcatgacttacgaaaactcaggaagatag 27153794  T
Q  471 cagagcggttaggagctacttgtttgacagaacttggccccactgtgacacatgcagttgctaatgagttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaa 570  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||| |||| |||    
T  27153795 cagagcggttaggagctactcatttaacagaacttaggcccactgtgacacatgtagttgctaatgcgtttgtaactaaggagtctatgtgagcagtgaa 27153894  T
Q  571 agaaaataagtttttggttaatcgtcgatggctagaggcttcaaatttctttttgcaaaagcagcc 636  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27153895 cgaaaatatgtttttggttaatcgtcgatggatagaggcttcaaatttctttttgcaaaagtagcc 27153960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 647
Target Start/End: Original strand, 34692656 - 34693301
Alignment:
Q  1 agttgccaggaattcgacctcaattgcaaatcacttgctgagttgcatattgatgaaaatgaaactgatggagcgcttgccagaattctcaaagtgctta 100  Q
    ||||| ||||| |||| |||| | ||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||| ||||||| |    
T  34692656 agttgtcaggacttcggcctccaatgcaaatcacttgctgcattgaatattgatgagaatgaaattgatggtgcgcttgccaaaatactcgaagtgctaa 34692755  T
Q  101 gacatatcaactccaaattcttcgatgtatgtctcatatgttgctgataaaatgtttgttgtatttgatatattgctaaaactgtatggtggggttttgt 200  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||    
T  34692756 gacagatcaactacaaattcttcgatgtatgtcagataagttgttgataaaaaatttgttgtatttgatatgttgctaaaactgtgttgtggggatttgt 34692855  T
Q  201 aggaacttcaaggagatcttgtcgatcgagatgtgaggcaggtagttagttatcgttttgatatttatctttcttctagttcgtgcattttgtatttttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||| ||||||||||| |||||||||        |||||    
T  34692856 aggaacttcaaggagatcttgttgatcgagatgtgaggcaggtagttagttatctttt---tattcatctttcttctggttcgtgca--------ttttg 34692944  T
Q  301 ttgatggaaatataagttaacttgtcatcctagtttgatattctgataatgttatgtcattctttcaatcaattcatgatttccaggttttgtcatcact 400  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| |    
T  34692945 ctgatggaaatataagttaatttgtcatcctagtgtcatattctgataatgttatgttatgcttgcaatcaattcttgttttccaggttttgtcatcatt 34693044  T
Q  401 tcgaggtgaagtcctaagcggatgtataatcgtt-------ttaatggtca---tgacttacgaaaactcaggaggatagcagagcggttaggagctact 490  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | ||||||       |||||  |||   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34693045 tcgaggtgaagtcttaagaggatgtgtgatcgttttcagccttaattttcatggtgacttgcgaatactcaggaggatagcagagcggttaggagctact 34693144  T
Q  491 tgtttgacagaacttggccccactgtgacacatgcagttgctaatgagttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaaagaaaataagtttttggtta 590  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| | ||| ||  || || |||||| ||||||||  |||||| | | |||| || |||||||||||||    
T  34693145 tgtttgaaaaaacttgaccccactgtgacacatgtaattggtacagattttgtaactaaggagtcccggtgggccgtgcaagagaagaagtttttggtta 34693244  T
Q  591 atcgtcgatggctagaggcttcaaatttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 647  Q
     |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34693245 gtcgtcgttggctagaggctgcaaatttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 34693301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 7e-20; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 482 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 50171779 - 50171614
Alignment:
Q  482 ggagctacttgtttgacagaacttggccccactgtgacacatgcagttgctaatga-gttggtaactgaggagtccatgtgggcagagaaagaaaataag 580  Q
    |||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||| | ||| ||||||| ||||   ||||||||  |||||||| |||    
T  50171779 ggagctacctgtttgatggaacttgaccccactgtgacacatgtggttgctactgatgctgg-aactgagaagtctcggtgggcagttaaagaaaagaag 50171681  T
Q  581 tttttggttaatcgtcgatggctagaggcttcaaatttctttttgcaaaagcagcctgaggagaact 647  Q
    ||||||||| |||  |||||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  50171680 tttttggttcatccccgatggatagaggctgcaaactacttttggcaaaagcaaccagaggagaact 50171614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 50172059 - 50172008
Alignment:
Q  197 ttgtaggaacttcaaggagatcttgtcgatcgagatgtgaggcaggtagtta 248  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50172059 ttgtagaaacttcaaggagatcttgttgatcgagatgtgaggcaggtagtta 50172008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University