View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20963_low_18 (Length: 429)

Name: NF20963_low_18
Description: NF20963
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20963_low_18
NF20963_low_18
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (13-164)||(49289844-49290002)
chr3 (183-341)||(38231297-38231455)
chr3 (177-341)||(21559559-21559725)
chr3 (177-341)||(46111971-46112137)
chr3 (177-341)||(51339811-51339974)
chr3 (183-341)||(34749925-34750085)
chr3 (187-341)||(20856182-20856334)
chr3 (177-341)||(30735523-30735688)
chr3 (177-275)||(36370433-36370531)
chr3 (174-275)||(22894675-22894776)
chr3 (183-275)||(29460664-29460756)
chr3 (183-275)||(29471516-29471608)
chr3 (209-341)||(39467129-39467262)
chr3 (175-341)||(36749402-36749570)
chr3 (178-275)||(43999988-44000085)
chr3 (174-275)||(50966126-50966226)
chr3 (174-275)||(51069261-51069361)
chr3 (185-291)||(39072352-39072458)
chr3 (183-275)||(48200689-48200781)
chr3 (371-419)||(49290004-49290052)
chr3 (201-291)||(53638157-53638247)
chr3 (186-270)||(29820399-29820483)
chr3 (184-256)||(11008422-11008494)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (183-341)||(36315565-36315724)
chr2 (185-341)||(37914265-37914421)
chr2 (177-341)||(16089820-16089984)
chr2 (183-341)||(44958117-44958277)
chr2 (183-341)||(33732573-33732732)
chr2 (184-341)||(3830925-3831081)
chr2 (178-341)||(37498890-37499057)
chr2 (167-341)||(14572983-14573159)
chr2 (185-341)||(6376266-6376418)
chr2 (185-311)||(24137151-24137281)
chr2 (187-341)||(41188777-41188932)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (177-341)||(46192357-46192522)
chr4 (183-341)||(45829286-45829444)
chr4 (183-341)||(49243819-49243978)
chr4 (169-341)||(44275696-44275869)
chr4 (177-341)||(21390983-21391148)
chr4 (177-341)||(7217763-7217929)
chr4 (177-341)||(28093123-28093289)
chr4 (177-341)||(35544910-35545076)
chr4 (183-341)||(3672278-3672438)
chr4 (178-341)||(6112629-6112793)
chr4 (184-341)||(52191228-52191386)
chr4 (184-308)||(51038768-51038893)
chr4 (184-310)||(54849793-54849919)
chr4 (27-95)||(47794119-47794187)
chr4 (183-225)||(43245522-43245564)
chr4 (184-248)||(25437007-25437071)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (174-341)||(36346592-36346760)
chr7 (185-341)||(5811191-5811348)
chr7 (178-341)||(7700504-7700669)
chr7 (185-341)||(31148296-31148453)
chr7 (183-341)||(7699910-7700070)
chr7 (183-341)||(7700108-7700268)
chr7 (183-341)||(7700306-7700466)
chr7 (179-330)||(23980131-23980283)
chr7 (183-341)||(42220990-42221150)
chr7 (183-341)||(45782687-45782847)
chr7 (185-341)||(13108154-13108310)
chr7 (183-341)||(28307522-28307682)
chr7 (183-341)||(34828070-34828228)
chr7 (178-341)||(26972230-26972395)
chr7 (183-341)||(34108430-34108590)
chr7 (179-341)||(21807350-21807513)
chr7 (183-341)||(30887704-30887863)
chr7 (221-341)||(46475066-46475188)
chr7 (170-297)||(38321000-38321127)
chr7 (216-308)||(20086690-20086782)
chr7 (185-341)||(15020288-15020442)
chr7 (197-311)||(36957447-36957561)
chr7 (221-270)||(42950113-42950162)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (185-341)||(14022940-14023097)
chr6 (177-332)||(3986942-3987098)
chr6 (174-341)||(3118074-3118243)
chr6 (185-341)||(24208450-24208607)
chr6 (172-341)||(15345687-15345855)
chr6 (183-333)||(13697573-13697723)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (177-341)||(4300571-4300736)
chr5 (178-311)||(17225318-17225449)
chr5 (176-341)||(27553401-27553567)
chr5 (176-330)||(1815655-1815810)
chr5 (185-337)||(19596100-19596252)
chr5 (183-341)||(39370931-39371091)
chr5 (177-341)||(40887969-40888135)
chr5 (190-341)||(14831555-14831708)
chr5 (185-341)||(13347134-13347292)
chr5 (185-341)||(2237282-2237440)
chr5 (183-275)||(33404531-33404623)
chr5 (178-341)||(9408066-9408231)
chr5 (214-341)||(31800593-31800721)
chr5 (188-341)||(41003879-41004031)
chr5 (183-267)||(12164255-12164339)
chr5 (178-270)||(19124572-19124662)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (179-341)||(2509024-2509188)
chr1 (169-341)||(34307165-34307339)
chr1 (185-341)||(19258700-19258857)
chr1 (178-341)||(39249890-39250055)
chr1 (185-341)||(28647359-28647516)
chr1 (169-334)||(46901769-46901936)
chr1 (183-298)||(29099821-29099935)
chr1 (184-262)||(10146971-10147049)
chr1 (236-308)||(8848915-8848987)
chr1 (200-270)||(9642966-9643036)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (183-341)||(36189220-36189378)
chr8 (177-341)||(10203662-10203828)
chr8 (183-340)||(12665348-12665508)
chr8 (183-341)||(30432343-30432502)
chr8 (177-341)||(33726009-33726175)
chr8 (183-341)||(42162602-42162762)
chr8 (183-341)||(44081784-44081944)
chr8 (183-341)||(18184557-18184716)
chr8 (178-341)||(31318804-31318969)
chr8 (178-341)||(43186026-43186190)
chr8 (184-272)||(31545-31633)
chr8 (184-289)||(3690683-3690788)
chr8 (200-267)||(42668884-42668951)
chr8 (174-306)||(35849516-35849651)
chr8 (227-319)||(38845073-38845165)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (179-341)||(6718-6882)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (179-341)||(87190-87354)
[»] scaffold0277 (1 HSPs)
scaffold0277 (206-243)||(5943-5980)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 164
Target Start/End: Original strand, 49289844 - 49290002
Alignment:
Q  13 tcatgatcccatagttcaacaattagcatgtcgtgtaatccatcctccacaacgaagtcaaatgtttgattccatactggatttagagtttcatttacaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49289844 tcatgatcccatagttcaacaattagcatgtcgtgtaatccatcctccacaacgaagtcaaatgtttgattccatactggatttagagtttcatttacaa 49289943  T
Q  113 cctgagaatacatta---attattattgtttaat----aatctattgaaactatatata 164  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  49289944 cctgagaatacattaattattattattgtttaataatcaatctattgaaactatatata 49290002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 38231297 - 38231455
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||  ||| |    
T  38231297 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagatatgaaaa-tggtaa 38231395  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||||| || |||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38231396 taatgtaatgtgaaatgactaaactacccctgacacatggggtgtacataagaggtgtat 38231455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Original strand, 21559559 - 21559725
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||     
T  21559559 aagagctcttatacataaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaaa 21559658  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     ||| || || |||| | |||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21559659 gggtaatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggggtgtacataagaggtgtat 21559725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 46112137 - 46111971
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||     
T  46112137 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtgacatacaccattttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaa 46112038  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatgggg-tgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||| || |||| | |||| | ||||||| |||||| |||||||| |||| |||| ||||||||    
T  46112037 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatggggatgtatataaaaggtgtat 46111971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 51339974 - 51339811
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||     
T  51339974 aagagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacatccttttacaccca--cacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaa 51339877  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaatacc-ctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||| || |||| | |||| | ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  51339876 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacctctaacacatgatgtgtacataagaggtgtat 51339811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 34750085 - 34749925
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  34750085 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 34749986  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | | ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  34749985 tgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacataggggtgtacataagaagtgtat 34749925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 187 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 20856334 - 20856182
Alignment:
Q  187 atacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataat 286  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| | |||| ||    
T  20856334 atacatgaaccactttaggtggcatacacccttttacacccatacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaa-aagatataaaaag-gatgatgat 20856237  T
Q  287 gtgatatgaaatgattaaaataccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||| | ||||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20856236 gtgatataaaattactaaatacccctgacacatggggtgtacatgagaggtgtat 20856182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 30735688 - 30735523
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30735688 aagagctcttatatatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatctgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaag 30735589  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatga-ttaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||| || |||| | |||| | | |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30735588 -ggtgatgatatgatgttaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtat 30735523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 36370531 - 36370433
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36370531 aagagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 36370433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 174 - 275
Target Start/End: Original strand, 22894675 - 22894776
Alignment:
Q  174 tttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaa 273  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  22894675 tttaggagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaa 22894774  T
Q  274 aa 275  Q
    ||    
T  22894775 aa 22894776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 275
Target Start/End: Original strand, 29460664 - 29460756
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  29460664 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacttttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 29460756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 275
Target Start/End: Original strand, 29471516 - 29471608
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  29471516 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacttttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 29471608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 209 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 39467262 - 39467129
Alignment:
Q  209 catacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||| | |||||||    
T  39467262 catacacccttttacacccacacatatttgtgacatgtgccaaaaatattgaaagaagagatgaaaaggggtgaggatgtgatatgaaattactaaaata 39467163  T
Q  309 -ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     || ||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  39467162 tccataacacatgaggtgtacatgggaggtgtat 39467129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 175 - 341
Target Start/End: Original strand, 36749402 - 36749570
Alignment:
Q  175 ttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaa 274  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  36749402 ttaagagctcttatacatgaaccaccttagatgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaa 36749501  T
Q  275 agaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaatacc-ctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |  |||||| || |||| | |||| | | ||||||| |||| ||||| |||||||||||| | ||||||    
T  36749502 aagggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacctctaatacatgagggtgtacataaaaagtgtat 36749570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 275
Target Start/End: Original strand, 43999988 - 44000085
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  43999988 agagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 44000085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 174 - 275
Target Start/End: Original strand, 50966126 - 50966226
Alignment:
Q  174 tttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaa 273  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  50966126 tttaagagctcttatacatgaac-atcttaggtggcatacacccttttacatctattcacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaa 50966224  T
Q  274 aa 275  Q
    ||    
T  50966225 aa 50966226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 174 - 275
Target Start/End: Original strand, 51069261 - 51069361
Alignment:
Q  174 tttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaa 273  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  51069261 tttaagagctcttatacatgaac-atcttaggtggcatacacccttttacatctattcacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaa 51069359  T
Q  274 aa 275  Q
    ||    
T  51069360 aa 51069361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 185 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 39072458 - 39072352
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    ||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||     
T  39072458 ttatacatgaatcaccttagatgacatacacccttttacacccacatacatttgtgacatgtggcataaacattaaaagaagagatgaaaatgggtgatg 39072359  T
Q  285 atgtgat 291  Q
    |||||||    
T  39072358 atgtgat 39072352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 183 - 275
Target Start/End: Original strand, 48200689 - 48200781
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| | |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  48200689 tcttattcatgaatcatcttaggtggcatacacctttttacatccacatatatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaa 48200781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 371 - 419
Target Start/End: Original strand, 49290004 - 49290052
Alignment:
Q  371 tatttaaaaacccaataacatcataagtcttacttactcgggtcctttg 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49290004 tatttaaaaacccaataacatcataagtcttacttactcgggtcttttg 49290052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 291
Target Start/End: Original strand, 53638157 - 53638247
Alignment:
Q  201 ttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgat 291  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||  |||||||| |||||||||||| | | | |||||| |||||||    
T  53638157 ttaggtggcatacaccctttaacacccacacacaatcgtgacatgtggtaaaaacatggaaagaagagatgagagggggtgatgatgtgat 53638247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 29820483 - 29820399
Alignment:
Q  186 tatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagat 270  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||  |||| ||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||    
T  29820483 tatacatagaccaccttaggtggcatacacactttgacacccacatacaattgtgagatgtagcaaaaacattaaaagaagagat 29820399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 11008494 - 11008422
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaaca 256  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||| || | | ||| || |||||||||||| ||||||||    
T  11008494 cttatacatggaccactttaggtggcgtacatcctttgactctcgcacgcaattgtgacatgtggcaaaaaca 11008422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 36315565 - 36315724
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36315565 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 36315664  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36315665 taatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctgacacatgaggtgtacataagaggtgtat 36315724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 37914421 - 37914265
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37914421 ttatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaggggtgata 37914322  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaataccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  37914321 atgtgatgtgaaatgattaaaataccctggtacatggggtgtacataagaggtgtat 37914265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Original strand, 16089820 - 16089984
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  16089820 aagagctcttatacatgaaccaccttaagtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaa- 16089918  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||| | || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16089919 aggtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 16089984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 44958117 - 44958277
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  44958117 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagggtga 44958216  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  44958217 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtatacataagaggtgtat 44958277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 33732573 - 33732732
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||     
T  33732573 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgg 33732672  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  33732673 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatatatggggtgtacataagaggtgtat 33732732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 184 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 3831081 - 3830925
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgat 283  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3831081 cttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacaca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagtggtgat 3830984  T
Q  284 aatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     || |||| | |||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3830983 tatctgatgtaaaattactaatatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 3830925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 37499057 - 37498890
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagat-aaaaag 276  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37499057 agagctcttatatatcaaccatcttaactggcatacatccttttacactcacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 37498958  T
Q  277 a-ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatgggg-tgtacataagaggtgtat 341  Q
    | |||||| || |||| | |||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37498957 agggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggatgtacataagaggtgtat 37498890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 167 - 341
Target Start/End: Original strand, 14572983 - 14573159
Alignment:
Q  167 gtatttatttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaag 266  Q
    |||||| | |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  14572983 gtatttttataagagctcttatacataaaccaccttaggtggcatccacccttttacatccacacacatttgtgacacgtagcaaaaacattgaaagaag 14573082  T
Q  267 agataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||  |||  |||||| || |||| | |||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14573083 agatggaaaagggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggggtgtacataagaggtgtat 14573159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 6376418 - 6376266
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |     |||||||||||||||| ||||  |||||      
T  6376418 ttatacataaaccaccataggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggc-----cattgaaagaagagatgaaaatgggtgagg 6376324  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaatacc-ctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| | |||||||  |||||||||    
T  6376323 atgtgatgtgaaattactaaaatacctctaacacatgagatgtacatgggaggtgtat 6376266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 185 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 24137281 - 24137151
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacc----cacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggt 280  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  24137281 ttatacataaaccaccttaggtggtatacaccctttgacacctacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaagggat 24137182  T
Q  281 gataatgtgatatgaaatgattaaaataccc 311  Q
    ||  ||||||| |||||| | ||||||||||    
T  24137181 gaggatgtgatgtgaaattactaaaataccc 24137151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 341
Target Start/End: Original strand, 41188777 - 41188932
Alignment:
Q  187 atacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataat 286  Q
    ||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||| | | | ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | || || ||||| | |||| ||    
T  41188777 atacatgaaccactttatgtgacatacacccttttatatctatacatatttatgacatgtggcaaaaacattgaaaaatgatatgaaaagggatgatgat 41188876  T
Q  287 gtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||| | |||| | ||||||| | || ||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  41188877 gtgatgtaaaattactaaaatatctctgacacatgtgatgtacatgagaggtgtat 41188932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Original strand, 46192357 - 46192522
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46192357 aagagctcttatacatgaatcaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaag 46192456  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  46192457 gggtgataatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctggtacatggggtgtacataagaggtgtat 46192522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 45829444 - 45829286
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45829444 tcttatacatgaaccactttaggtgacatacacctttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaggggtga 45829345  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||| ||||||||    
T  45829344 taatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctggcatatggggtgtacataa-aggtgtat 45829286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 49243819 - 49243978
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  49243819 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaaagtga 49243918  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  49243919 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatggagtgtacataagaggtgtat 49243978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 169 - 341
Target Start/End: Original strand, 44275696 - 44275869
Alignment:
Q  169 atttatttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagag 268  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  44275696 atttatttaagagctcttatacataaaccaccttaggtggcatataccattttacactcacacacatttgtgacacgtgccaaaaatattgaaagaagag 44275795  T
Q  269 ataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || ||||  |||||| || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44275796 attaaaaagggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 44275869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 21391148 - 21390983
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||     
T  21391148 aagagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaat 21391049  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
      ||||  || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21391048 gagtgaatatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacataaaaggtgtat 21390983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Original strand, 7217763 - 7217929
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||     
T  7217763 aagagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacaccctttaacacctacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattaaaataagagataaaaaa 7217862  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaatacc-ctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||| || |||| | |||| | |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7217863 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacctataacacatgagggtgtacataagaggtgtat 7217929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 28093289 - 28093123
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||     
T  28093289 aagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaaggagagatgaaaaa 28093190  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||| || |||| | |||  | | ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  28093189 gggtgatgatatgatgtaaaaatactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtat 28093123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Original strand, 35544910 - 35545076
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35544910 aagagctcttatacatgaaccatcttaggtggtatacaccattttacatccacatacatttgtgatacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaag 35545009  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatga-ttaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||| || |||| | |||| | | |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  35545010 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtat 35545076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 3672278 - 3672438
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  3672278 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 3672377  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| |  ||| | | ||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  3672378 tgatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtat 3672438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Original strand, 6112629 - 6112793
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||      
T  6112629 agagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacaccattttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 6112728  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | |||| || |||| | |||| | | ||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||||    
T  6112729 gatgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatggagtgtacataagaagtgtat 6112793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 184 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 52191386 - 52191228
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgat 283  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| | | ||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||    
T  52191386 cttatacatggaccaccttaggtggcatataccttttaacagccacacagaattgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaaaggataagaggagatgat 52191287  T
Q  284 aatgtgatatgaaatgattaaaatac-cctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||||||  ||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  52191286 gatgtgatgcgaaattactaaaatactcctaacatatggggtgtacacgagaggtgtat 52191228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 184 - 308
Target Start/End: Original strand, 51038768 - 51038893
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagat-aaaaagaggtga 282  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||    
T  51038768 cttatatatggaccaccttaggtggcatacaaactttgacacccacacacaattgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaagggggtga 51038867  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata 308  Q
    |  |||||| |||||| | |||||||    
T  51038868 tggtgtgatgtgaaattactaaaata 51038893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 184 - 310
Target Start/End: Original strand, 54849793 - 54849919
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagagg-tga 282  Q
    ||||||||||||||| ||||| | || ||||  |||| | |||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | ||||| |||    
T  54849793 cttatacatgaaccaccttagatagcgtacacactttgatacccacacgcagttgtgacaagtgacaaaaatattgaaagaagagat-gagagaggatga 54849891  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaatacc 310  Q
    | ||||||| |||||| |||||||||||    
T  54849892 tgatgtgatgtgaaattattaaaatacc 54849919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 47794187 - 47794119
Alignment:
Q  27 ttcaacaattagcatgtcgtgtaatccatcctccacaacgaagtcaaatgtttgattccatactggatt 95  Q
    ||||||||  ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  47794187 ttcaacaagcagcatatcatgtaatccatcctctacaacaaagtcaaatgtttgattccaaacaggatt 47794119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 183 - 225
Target Start/End: Original strand, 43245522 - 43245564
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacac 225  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  43245522 tcttatacatgaaccatcttagatgacatacacccttttacac 43245564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 25437071 - 25437007
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtga 248  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||| ||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  25437071 cttatacatggaccaccttaggtgacatacaccttttaacatccatacacaattgtgacatgtga 25437007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 174 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 36346760 - 36346592
Alignment:
Q  174 tttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaa 273  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  36346760 tttaagagctcttatacataaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccagacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaa 36346661  T
Q  274 aagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || ||||||| || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36346660 aa-aggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtgtacataagaggtgtat 36346592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 5811348 - 5811191
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||      
T  5811348 ttatacataaaccaccataggtggcatacatcctttttcacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggggtgagg 5811249  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  5811248 atgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgggaggtgtat 5811191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 7700669 - 7700504
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  7700669 agagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaag 7700570  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaataccc-taacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | |||| || |||||| |||| | |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  7700569 gatgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtat 7700504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 31148296 - 31148453
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||     
T  31148296 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacatggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaatgggtgatg 31148395  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaat-accctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || |||| | |||| | |||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  31148396 atatgatgtaaaattactaaaataagcctaacatatggggtgtgtataagaggtgtat 31148453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 7700070 - 7699910
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  7700070 tcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaggatga 7699971  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaataccc-taacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  7699970 tgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtat 7699910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 7700268 - 7700108
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  7700268 tcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaggatga 7700169  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaataccc-taacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  7700168 tgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtat 7700108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 7700466 - 7700306
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  7700466 tcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaggatga 7700367  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaataccc-taacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  7700366 tgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtat 7700306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 179 - 330
Target Start/End: Original strand, 23980131 - 23980283
Alignment:
Q  179 gagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagag 278  Q
    ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  23980131 gagttgttatacataaaccaccataggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggg 23980230  T
Q  279 gtgataatgtgatatgaaatgattaaaatacc-ctaacacatggggtgtacat 330  Q
    ||||  ||||||| |||||| | ||||||||| |||||| ||| | |||||||    
T  23980231 gtgaggatgtgatgtgaaattactaaaatacctctaacatatgagatgtacat 23980283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 42221150 - 42220990
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  42221150 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacttttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaaggggtga 42221051  T
Q  283 taatgtgatatgaaatga-ttaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | | |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  42221050 tgatatgatgttaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtat 42220990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 45782847 - 45782687
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  45782847 tcttatacatcaaccactttaggtggcatacatcattttacacccacacacatttgtgacacgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 45782748  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggg-gtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  45782747 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggagtgtacataaaaagtgtat 45782687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 13108154 - 13108310
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||| |||||      
T  13108154 ttatacataaaccaccttaggcggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacgttgaaagaagagat-gaaaggggtgagg 13108252  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  13108253 atgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgaaaggtgtat 13108310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 28307682 - 28307522
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  28307682 tcttatacataaactaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgcgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 28307583  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaataccc-taacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  28307582 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccttaacatatgggggtgtacataagaggtgtat 28307522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 34828070 - 34828228
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  34828070 tcttatacatgaaccaccttgggtg-catacatccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagtgatga 34828168  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  34828169 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacatatggggtgtgcataagtggtgtat 34828228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 26972395 - 26972230
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||      
T  26972395 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttatgacacgtggcaaaaacattgaaaggagagatgaaaaag 26972296  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||||| || |||| | |||| | | ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26972295 ggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtat 26972230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 34108430 - 34108590
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  34108430 tcttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacatatgacaaaaacattgaatgaagagatgaaaaagggtga 34108529  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggg-gtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | | ||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  34108530 tgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggagtgtacataagaagtgtat 34108590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 179 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 21807513 - 21807350
Alignment:
Q  179 gagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagag 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||  |    
T  21807513 gagttcttatacatgaaccaccttagatggcatacaccattttacacccacacaaatttgtgatatgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaatgg 21807414  T
Q  279 gtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||| |||| || |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||    
T  21807413 atgatgatgttatgtgaaattactaaaatacccctaacacgtggggtgtatatgagaagtgtat 21807350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 30887704 - 30887863
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  30887704 tcttatacatgaacaatcttaggtggcatacacacttttacacccacatacatttgtgacacgtagcaaaaacattgaatgaagagatgaaaaagggtga 30887803  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaatacc-ctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | | ||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  30887804 tgatatgatgtaaaattacttaaatacctctaatacatggggtgtatataagaagtgtat 30887863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 221 - 341
Target Start/End: Original strand, 46475066 - 46475188
Alignment:
Q  221 tacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaataccc--taacaca 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||| | ||||||||||  |||||||    
T  46475066 tacacccatacacatttgtgacatgtaacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggggtgacgatgtgatgtgaaattactaaaataccccataacaca 46475165  T
Q  319 tggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || | ||||||| ||||||||||    
T  46475166 tgagatgtacatgagaggtgtat 46475188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 170 - 297
Target Start/End: Original strand, 38321000 - 38321127
Alignment:
Q  170 tttatttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagaga 269  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  38321000 tttatataagagtccttatacattaaccatcttaggtggcatacacattttaacacccacatacaattgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagata 38321099  T
Q  270 taaaaagaggtgataatgtgatatgaaa 297  Q
    | | | ||||||||  |||||| |||||    
T  38321100 tgagaggaggtgatggtgtgatgtgaaa 38321127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 216 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 20086782 - 20086690
Alignment:
Q  216 ccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata 308  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| | |||||||    
T  20086782 ccttttacacccacatacatttgagacatctggcaaaaacattaaaagaagagataaaaaggggtgatgatgtgatgtgaaattactaaaata 20086690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 15020288 - 15020442
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||   |||| |||||      
T  15020288 ttatacataaaccaccataggtggcatacaaccttttacacccaca--catttgtgacatatggcaaaaacattgaaagaagaga-cgaaaggggtgaag 15020384  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || |||| |||||| | ||||||| |||||||||||| | |||| ||  |||||||||    
T  15020385 atatgatgtgaaattactaaaatatccctaacacatgagatgtatatgggaggtgtat 15020442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 197 - 311
Target Start/End: Original strand, 36957447 - 36957561
Alignment:
Q  197 catcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgatatgaa 296  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||  | ||||||||| || | ||    
T  36957447 catcttaggtggcatacacccttttacatccatacatatttgtgacacgtgacaaaaatattgtaagaagagatgaaaatggatgataatgtaatgtaaa 36957546  T
Q  297 atgattaaaataccc 311  Q
    || | ||||||||||    
T  36957547 attactaaaataccc 36957561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 221 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 42950162 - 42950113
Alignment:
Q  221 tacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagat 270  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  42950162 tacacccacacacatttgtgatatgtggcaaatacattgaaaaaagagat 42950113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 14022940 - 14023097
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||      
T  14022940 ttatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgacaaggggtgacg 14023039  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  14023040 atgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgggaggtgtat 14023097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 177 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3987098 - 3986942
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  3987098 aagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaag 3986999  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaataccc-taacacatggggtgtacataa 332  Q
     | ||||||| |||| | |||| | | |||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  3986998 ggatgataatatgatgtaaaattactcaaatacccttaatacatggggtatacataa 3986942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 174 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 3118243 - 3118074
Alignment:
Q  174 tttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaa 273  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  3118243 tttaagagctcttatatatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacactcacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaatagataaa 3118144  T
Q  274 aagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggg-gtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||  |||| | |  |||| | |||| | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  3118143 aaagggtggtgacatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatgggagtgtacataagagatgtat 3118074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 24208450 - 24208607
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||      
T  24208450 ttatacataaaccatcataggtggtatacactattttacacccacacacatttgtgatatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgagg 24208549  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  24208550 atgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtaaatgagaggtgtat 24208607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 172 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 15345855 - 15345687
Alignment:
Q  172 tatttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagata 271  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |  |||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||     
T  15345855 tatttaagagctcttatacatcaaccaccttaggtggcatatactcttttacacccataca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaaaagatg 15345758  T
Q  272 aaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaat-accctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||| ||||||| || |||||| |||| | | ||||  |||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  15345757 aaaaaaggtgatgatatgatatcaaattactcaaatgcccctaatacatagggtgtacataagaagtgtat 15345687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 183 - 333
Target Start/End: Original strand, 13697573 - 13697723
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  13697573 tcttatacataaaccatcttagatgacatgcacccttttacacc-atacacatttgtgatacgtggtaaaaacattgaaagaagagatgaaaacgggtga 13697671  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataag 333  Q
    | || |||||| |||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  13697672 tgatatgatataaaattactaaaatatctctaacacatggggtgtacataag 13697723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 4300736 - 4300571
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||     
T  4300736 aagagctcttatacatgaaccattttaggtgacatatatccttttacacccacacatatttgtgacatatggcaaaaacattgaaataagagataaaaaa 4300637  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||| | ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  4300636 tggtggtgatgtgatgtgaaattattaaaatatccctaacacatgaggtgtacatgagagatgtat 4300571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 178 - 311
Target Start/End: Original strand, 17225318 - 17225449
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17225318 agagctcttatacatgaaccactttaggtggcatact--cttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaga 17225415  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaataccc 311  Q
    |||||| ||||||| |||||| | ||||||||||    
T  17225416 ggtgatgatgtgatgtgaaattactaaaataccc 17225449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 176 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27553567 - 27553401
Alignment:
Q  176 taagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  27553567 taagagctcttatacatgaaccattttaggtggcatataccattttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagaagaaaa 27553468  T
Q  276 gaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaatac-cctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
      |||||| || |||| | |||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27553467 atggtgattatctgatgtaaaattactaaaatactcctaacacatagggtgtacataagaggtgtat 27553401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 176 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 1815810 - 1815655
Alignment:
Q  176 taagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  1815810 taagagctcttatacatgaaccatcttaggtgacatacacccttttacatccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 1815711  T
Q  276 gaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacat 330  Q
    | |||||| || |||| | |||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  1815710 ggggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatagggtgtacat 1815655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 185 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 19596252 - 19596100
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| | ||||||    
T  19596252 ttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacatccacgcacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagaggtgaaaata-gtgata 19596154  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggt 337  Q
    |||| || |||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19596153 atgtaatgtgaaatgactaaactacccctgacacatggggtgtacataagaggt 19596100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 39370931 - 39371091
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  39370931 tcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtgccaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 39371030  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | | ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  39371031 tgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtat 39371091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 40888135 - 40887969
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||     
T  40888135 aagagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacactcttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaa 40888036  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaatacc-ctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||| | || |||| | |||| | ||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  40888035 gggtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacctctaatagatgggggtgtacataagaggtgtat 40887969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 190 - 341
Target Start/End: Original strand, 14831555 - 14831708
Alignment:
Q  190 catgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtg 289  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||| || ||    
T  14831555 catgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgatacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgatgatatg 14831654  T
Q  290 atatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || | |||| ||| ||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||    
T  14831655 atgtaaaattattcaaatacccctaatacgtaggggtgtacataagaagtgtat 14831708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 13347134 - 13347292
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagat-aaaaagaggtgat 283  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  13347134 ttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaatagatgaaaaaga-gtgat 13347232  T
Q  284 aatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     || |||| |  ||| | | ||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  13347233 gatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtat 13347292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 2237282 - 2237440
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||     
T  2237282 ttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgatg 2237381  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || |||| | |||| | | ||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||    
T  2237382 atatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacttgggggtgtacataagaagtgtat 2237440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 183 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 33404623 - 33404531
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaa 275  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  33404623 tcttatacatgaaccaccttaggtgccatacacacttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 33404531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 9408231 - 9408066
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||      
T  9408231 agagctcttatacatgaaccacctcaggtgacatacgcccttttacactcacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 9408132  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||||| || |||| | |||| | | ||||| |||||| | || ||||||||||||||| ||||||    
T  9408131 ggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatatatgggggtgtacataagaagtgtat 9408066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 214 - 341
Target Start/End: Original strand, 31800593 - 31800721
Alignment:
Q  214 atccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccct 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||| |||| ||||| |||||| || |||| | |||| | ||||||| ||||    
T  31800593 atccttttacacccacacacatttatgacacgtggcaaaaatattgaaagaaaagatgaaaaggggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccct 31800692  T
Q  313 aacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  31800693 aacatatggggtgtacacaagaggtgtat 31800721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 188 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 41004031 - 41003879
Alignment:
Q  188 tacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatg 287  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||| | |||| |||    
T  41004031 tacatgaaccactttaggtggcatacacccttttacactcatacacatttatgacatgtggcaaaaatattgaaa-aagatataaaaagggatgatgatg 41003933  T
Q  288 tgatatgaaatgattaaaataccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||| | |||| | ||||   |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  41003932 tgatgtaaaattactaaatatccctgacatatggggtgtacatgagaggtgtat 41003879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 183 - 267
Target Start/End: Original strand, 12164255 - 12164339
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaaga 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | || |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  12164255 tcttatacatgaaccatcttaggtggcacacattctttaatactcacacacagttgtggcatgtggcaaaaacattgaaagaaga 12164339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 19124662 - 19124572
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagat 270  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  19124662 agagttcttatacatggactatcttagatggcataca-catttgacacccacacacaattgtgacgtgtggcaaaaacatt-aaagaagagat 19124572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 179 - 341
Target Start/End: Original strand, 2509024 - 2509188
Alignment:
Q  179 gagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagag 278  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  2509024 gagttcttatacatgaaccaccttaggtgacatacatccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 2509123  T
Q  279 gtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||| | || |||| | |||| | ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  2509124 gtggtgatatgatgtaaaattactaaaatatccctaatacatgagggtgtacataagaggtgtat 2509188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 169 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 34307339 - 34307165
Alignment:
Q  169 atttatttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagag 268  Q
    ||||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||     
T  34307339 atttattttggagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagat 34307240  T
Q  269 ataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggg-gtgtacataagaggtgtat 341  Q
    || ||||  |||||| || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34307239 atgaaaaagggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggagtgtacataagaggtgtat 34307165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 19258857 - 19258700
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |     
T  19258857 ttatacataaaccatctaaggtggcatacacctttttacacccacatatatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaaaaagagatgaaaaggggtggtg 19258758  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  19258757 atgtgatgtgaaattattaaaatattcctaacacatggggtgtacatgagagatgtat 19258700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 39250055 - 39249890
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||      
T  39250055 agagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccatacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 39249956  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || | || | || | |||| | ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  39249955 gatggtgatataatgtaaaattactaaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaggtgtat 39249890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 185 - 341
Target Start/End: Original strand, 28647359 - 28647516
Alignment:
Q  185 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgata 284  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |     
T  28647359 ttatacatgaaccacctaaggttgcatacatctttttacacccacacatatttgtgatatttggcaaaaacattgaaagaatagatgaaaaggggtggtg 28647458  T
Q  285 atgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  28647459 atgtgatgtgaaattattaaaatattcctaacacatgggatgtacatgagagatgtat 28647516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 46901936 - 46901769
Alignment:
Q  169 atttatttaagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagag 268  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  46901936 atttatttatgagctcttatacatgaaccaccttaggtgacatacaccattttacaccaacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattaaaagaagag 46901837  T
Q  269 ataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaatac-cctaacacatgg-ggtgtacataaga 334  Q
    || ||||  |||||| || |||| | |||| | | |||||| ||| | |||||| |||||||||||||    
T  46901836 atgaaaaagggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatactcctgatacatggcggtgtacataaga 46901769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 183 - 298
Target Start/End: Original strand, 29099821 - 29099935
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||    
T  29099821 tcttatacataaaccaccttagatggcatacactcttt-acgtccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaaaaagaaattaaaaggggtga 29099919  T
Q  283 taatgtgatatgaaat 298  Q
    | ||||||| ||||||    
T  29099920 tgatgtgatgtgaaat 29099935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 184 - 262
Target Start/End: Original strand, 10146971 - 10147049
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaa 262  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  10146971 cttatacatggaccaccttaggtggcatacaccctttgacccccacacacaattgtgacatgtggcaaaaacagtgaaa 10147049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 8848987 - 8848915
Alignment:
Q  236 ttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | | ||||| | |||||| |||||| |||||||||    
T  8848987 ttgtgacatgtgacaaaaacattgaaataagagatgggagggggtgagagtgtgatgtgaaattattaaaata 8848915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 9643036 - 9642966
Alignment:
Q  200 cttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagat 270  Q
    ||||| ||||||| | | ||| ||||||||||| | ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  9643036 cttagatggcatataccttttaacacccacacataattgtgacacatgacaaaaacaatgaaagaagagat 9642966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 36189220 - 36189378
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||  ||||    
T  36189220 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacatacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaaggagtga 36189319  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||    
T  36189320 tgatatgatataaaattattaaaatacccctaacatat-gggtgtacataagtggtgtat 36189378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Original strand, 10203662 - 10203828
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||     
T  10203662 aagagttcttatacatgaaccaccttaggtgacatacatccttttacatccacacacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaaaaa 10203761  T
Q  277 aggtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     |||| | || |||||| |||| | ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10203762 gggtggtgatatgatataaaattactaaaatatccctaatacatgagggtgtacataagagatgtat 10203828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 183 - 340
Target Start/End: Original strand, 12665348 - 12665508
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga-ggtg 281  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  12665348 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacactcacacacatttgtaacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaagggtg 12665447  T
Q  282 ataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgta 340  Q
    || || |||| | |||| | ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  12665448 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtatacataagaggtgta 12665508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 30432343 - 30432502
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  30432343 tcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttatacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggggtga 30432442  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaataccc-taacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | |||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  30432443 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccataatatatgggatgtacataagaggtgtat 30432502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 341
Target Start/End: Original strand, 33726009 - 33726175
Alignment:
Q  177 aagagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaag 276  Q
    ||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  33726009 aagagttgttatacataaaccactttaggtggcatacacctttttacacccacaaacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaag 33726108  T
Q  277 agg-tgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
     || |||  ||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  33726109 tggatgacgatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaagtgtacatgggaggtgtat 33726175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 42162602 - 42162762
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  42162602 tcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacccttttacacccaaacacatttgtgacacgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 42162701  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||| | |||| | | ||||| |||||| |||| ||||||||||||| | ||||||    
T  42162702 tgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataaaaagtgtat 42162762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 44081784 - 44081944
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  44081784 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtaacacgtggaaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 44081883  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || | || | |||| | | ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  44081884 tgatataatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtat 44081944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 18184557 - 18184716
Alignment:
Q  183 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtga 282  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| |||   ||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  18184557 tcttatatatgaaccaccttaagtgacatacacccttttacatccacacatatttgtgacacgtggtgaaaacattgaatgaagagatgaaaaggggtga 18184656  T
Q  283 taatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    | || |||||| |||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  18184657 tgatatgatataaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacataaaaggtgtat 18184716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Original strand, 31318804 - 31318969
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||      
T  31318804 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatataactttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 31318903  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaatac-cctaacacat-ggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||||| || |||| | |||| | | |||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  31318904 ggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatactcctaatacatgggggtgtatataagaagtgtat 31318969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 178 - 341
Target Start/End: Original strand, 43186026 - 43186190
Alignment:
Q  178 agagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaaga 277  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |    
T  43186026 agagttcttatacatcaaccactttaggtggcatatactcttttacacctgcacacatttgtgatatgtggcaaaaacattgaaagaaaagatgaaaaaa 43186125  T
Q  278 ggtgataatgtgatatgaaatgattaaaat-accctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||||| || |||||| |||| | | ||||  |||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  43186126 ggtgatgatatgatataaaattactcaaatgcccctaatacatagggtgtacataagaagtgtat 43186190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 184 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 31633 - 31545
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataa 272  Q
    |||||| ||| |||||||||||| |||||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31633 cttatatatgtaccatcttaggtagcatacacactttgacacccacatacaattgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataa 31545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 184 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 3690788 - 3690683
Alignment:
Q  184 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgat 283  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||  | |||| ||| ||||||||||| | | ||||||||    
T  3690788 cttatacatgaatcatcttaggtgacatacatcctttgatatccacacacacttgtgacatgtagcgaaaatattaaaagaagagatgagatgaggtgat 3690689  T
Q  284 aatgtg 289  Q
     |||||    
T  3690688 gatgtg 3690683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 42668951 - 42668884
Alignment:
Q  200 cttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaaga 267  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  42668951 cttaggtggcatacacactttgacacccacacacaattgtgacacgtggcaaaaacattaaaagaaga 42668884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 35849651 - 35849516
Alignment:
Q  174 tttaagagttcttatacatgaaccatctt-aggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacat--tgaaagaagagat 270  Q
    ||||||||  |||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||  || |||||| ||  | |||||||||||    
T  35849651 tttaagagcacttatacatgtatcatctttaggtggcatacatcatttaacacttacacacaattgtgacacatggcaaaaaaatattaaaagaagagat 35849552  T
Q  271 aaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaa 306  Q
     | ||| || ||| |||||||||||||| |||||||    
T  35849551 gagaaggggcgatgatgtgatatgaaattattaaaa 35849516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 38845165 - 38845073
Alignment:
Q  227 cacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagaggtgataatgtgatatgaaatgattaaaat-accctaacacat 319  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| |||| || || |||||| |||||||  ||||| | |||||| ||||||||||||    
T  38845165 cacacacaattgtgacatgtggaaaaaatattgaaagaaaagat-aagaggggtgatgatgtgatgagaaattactaaaataaccctaacacat 38845073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 179 - 341
Target Start/End: Original strand, 6718 - 6882
Alignment:
Q  179 gagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagag 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  6718 gagttcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 6817  T
Q  279 gtgataatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatg-gggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    ||||| || |||| | |||| | | ||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  6818 gtgatgatatgatgtaaaattacttaaatatccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtat 6882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 179 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 87354 - 87190
Alignment:
Q  179 gagttcttatacatgaaccatcttaggtggcatacatccttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagataaaaagag 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||       
T  87354 gagttcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttgtacacc-acacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaata 87256  T
Q  279 gtgat--aatgtgatatgaaatgattaaaata-ccctaacacatggggtgtacataagaggtgtat 341  Q
    |||||   || | |||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  87255 gtgatgatatataatataaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataaaaggtgtat 87190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 206 - 243
Target Start/End: Original strand, 5943 - 5980
Alignment:
Q  206 tggcatacatccttttacacccacacacatttgtgaca 243  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  5943 tggcatacacccttttacacccacgcacatttgtgaca 5980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University