View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20966_high_1 (Length: 729)

Name: NF20966_high_1
Description: NF20966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20966_high_1
NF20966_high_1
[»] scaffold0224 (2 HSPs)
scaffold0224 (401-712)||(13767-14078)
scaffold0224 (116-335)||(14144-14363)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (20-335)||(42932312-42932627)
chr1 (401-712)||(42932693-42933004)


Alignment Details
Target: scaffold0224 (Bit Score: 292; Significance: 1e-163; HSPs: 2)
Name: scaffold0224
Description:

Target: scaffold0224; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 401 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 14078 - 13767
Alignment:
Q  401 ctggatggaagttgtactcagtacaatgaaaatcagaaagcatgtgtcacaaattcacctttgttgcagtacccaaggactagacatgattaaaagggtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14078 ctggatggaagttgtactcagtacaatgaaaatcagaaagcatgtgtcacaaattcacctttgttgcagtacccaaggactagacatgattaaaagggtc 13979  T
Q  501 acgaggttgtatctggggaaatcagcttcaatctcacatatcatacaaaaattaaatgtcccagaagccaaagccacttcacatacaacagataacgttc 600  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13978 acgaagttgtatctggggaaatcagcttcaatctcacatatcatacaaaaattaaatgtcccagaagacaaagccacttcacatacaacagataacgttc 13879  T
Q  601 caggttaactctaatttcaccaacttcacatatcatacttaagtcatagttttattgctgcactaactacattcacacatgccataacagatgaaccatc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13878 caggttaactctaatttcaccaacttcacatatcatacttaagtcatagttttattgctgcactaacttcattcacacatgccataacagatgaaccacc 13779  T
Q  701 ttcatcctcaca 712  Q
    |||||| |||||    
T  13778 ttcatcttcaca 13767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0224; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 116 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 14363 - 14144
Alignment:
Q  116 ctcaatgcccaacaagaagagaatgtatgtcttagaaacattggcgaatactagtctggtggacgctctttattccccaatcgatattcgcaacaaccta 215  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14363 ctcaatgcctaacaagaagagaatgtatgtcttagaaacattgacgaatactagtttggtggatgctctttattccccaatcgatattcgcaacaaccta 14264  T
Q  216 tttagtccaaggtaaaataggaatatcttttacttgatttatatcattgtctacaacaggttttaatgtatagcattttagacaaccatgagtttgaaga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14263 tttagtccaaggtaaaataggaatatcttttacttgatttatatcattgtctacaacaggttttaatgtttagcattttagacaaccatgagtttgaaga 14164  T
Q  316 gtgacctggtcttacaatgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  14163 gtgacctggtcttacaatgt 14144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-163; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 20 - 335
Target Start/End: Original strand, 42932312 - 42932627
Alignment:
Q  20 gcttatcctgttatcattttcacaataactaaagttggttgcttcatccttaatcaggtttggaactgtttctgcaaatgtgataatggcacataactca 119  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42932312 gcttatcctgttatcattttaacaataactaaagtcggttgcttcatccttaatcaggtttggaactgtttctgcaaatgtgataatggcacataactca 42932411  T
Q  120 atgcccaacaagaagagaatgtatgtcttagaaacattggcgaatactagtctggtggacgctctttattccccaatcgatattcgcaacaacctattta 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42932412 atgcccaacaagaagagaatgtatgtcttagaaacattgacgaatactagtttggtggatgctctttattccccaatcgatattcgcaacaacctattta 42932511  T
Q  220 gtccaaggtaaaataggaatatcttttacttgatttatatcattgtctacaacaggttttaatgtatagcattttagacaaccatgagtttgaagagtga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42932512 gtccaaggtaaaataggaatatcttttacttgatttatatcattgtctacaacaggttttaatgtttagcattttagacaaccatgagtttgaagagtga 42932611  T
Q  320 cctggtcttacaatgt 335  Q
    ||||||||||||||||    
T  42932612 cctggtcttacaatgt 42932627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 401 - 712
Target Start/End: Original strand, 42932693 - 42933004
Alignment:
Q  401 ctggatggaagttgtactcagtacaatgaaaatcagaaagcatgtgtcacaaattcacctttgttgcagtacccaaggactagacatgattaaaagggtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42932693 ctggatggaagttgtactcagtacaatgaaaatcagaaagcatgtgtcacaaattcacctttgttgcagtacccaaggactagacatgattaaaagggtc 42932792  T
Q  501 acgaggttgtatctggggaaatcagcttcaatctcacatatcatacaaaaattaaatgtcccagaagccaaagccacttcacatacaacagataacgttc 600  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42932793 acgaagttgtatctggggaaatcagcttcaatctcacatatcatacaaaaattaaatgtcccagaagacaaagccacttcacatacaacagataacgttc 42932892  T
Q  601 caggttaactctaatttcaccaacttcacatatcatacttaagtcatagttttattgctgcactaactacattcacacatgccataacagatgaaccatc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42932893 caggttaactctaatttcaccaacttcacatatcatacttaagtcatagttttattgctgcactaacttcattcacacatgccataacagatgaaccacc 42932992  T
Q  701 ttcatcctcaca 712  Q
    |||||| |||||    
T  42932993 ttcatcttcaca 42933004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University