View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20975_low_1 (Length: 1272)

Name: NF20975_low_1
Description: NF20975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20975_low_1
NF20975_low_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (303-924)||(35923551-35924155)
chr1 (928-1256)||(35923180-35923504)
chr1 (1-230)||(35924209-35924444)
chr1 (1038-1226)||(1466747-1466935)
chr1 (1051-1211)||(5050501-5050661)
chr1 (562-692)||(44577845-44577974)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1034-1254)||(19242359-19242579)
chr5 (1038-1210)||(9211358-9211530)
chr5 (1042-1206)||(12560131-12560296)
chr5 (1038-1210)||(9369955-9370127)
chr5 (1038-1225)||(38783797-38783984)
chr5 (1038-1210)||(35181989-35182162)
chr5 (1078-1202)||(12556892-12557016)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1044-1224)||(9450676-9450856)
chr3 (1038-1226)||(28838370-28838558)
chr3 (1051-1226)||(17724523-17724698)
chr3 (1051-1226)||(19025752-19025927)
chr3 (1038-1239)||(28830405-28830606)
chr3 (1048-1212)||(26640704-26640868)
chr3 (1052-1210)||(20798757-20798914)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1051-1207)||(19538755-19538911)
chr7 (1046-1210)||(19545401-19545565)
chr7 (1054-1210)||(47228519-47228675)
chr7 (1085-1210)||(47465706-47465831)
chr7 (1081-1210)||(19549755-19549885)
chr7 (1081-1194)||(19554968-19555081)
chr7 (1130-1187)||(19551972-19552029)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1044-1208)||(9937274-9937438)
chr8 (1044-1210)||(9939644-9939811)
chr8 (1051-1208)||(9945694-9945854)
chr8 (1069-1183)||(3427899-3428013)
chr8 (596-674)||(6517996-6518073)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1038-1210)||(44089673-44089846)
chr4 (1052-1097)||(38052155-38052200)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1046-1138)||(7959610-7959702)
chr2 (1142-1206)||(43924042-43924105)
chr2 (1080-1120)||(43923991-43924031)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 303 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 35924155 - 35923551
Alignment:
Q  303 tcagacaacttatatcttcttcaacaaaatttatatattcatactaatcctagaaacccaattttttatccnnnnnnnnnncttagatttcattctgcgg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||    
T  35924155 tcagacaacttatatcttcttcaataaaatttatatattcatactaatcctagaaacccaattttttatccaaaaaaaa--cttagatttcattctgcgg 35924058  T
Q  403 gtaataacagaaccccaaaactgtaagatggagggaggcatataacctctcaattgcttcttctgtctcaatttgtcccaaaatctacacactcgttatt 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  35924057 gtaataacagaaccccaaaactgtaagatgg---gaggcatataacctctcaatt------------------tgtcccaaaatctacacgctcgttatt 35923979  T
Q  503 tcaattgctcggtggtgacggagatgaggaagatggtgcagatatggatttaatggtagacatga-----------gagcaacttggttacaaaagtaac 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||    
T  35923978 tcaattgctcggtggtgacggagatgaggaagatgat-cagatatggatttaatggtagacatgatagaaacatgagagcaacttggttacaaaagtaac 35923880  T
Q  592 gggctgcctctcgccaagttcaattagaggagtaaaaagctacaaattaaggttgagatgttgaaaatatagaaacaaagattcaattggaagagattta 691  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35923879 gggctacctctcgccaagttcaattagaggagtaaaaagctacaaattaaggttgagatgttgaaaatatagaaacaaagattcaattggaagagattta 35923780  T
Q  692 gtaagaaactcaaatcatatnnnnnnncctgatatttcagatctgtttttgtgttttgaatagagaaagatttatgttttaagatttaattttggaagct 791  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35923779 gtaagaaactcaaatcatat-aaaaaacctgatatttcagatctgtttttgtgttttgaatagagaaagatttatgttttaagatttaattttggaagct 35923681  T
Q  792 cttttgattgatgaa-------gatggtgaggatctcaacttttcatttaaagatttattgtcattgaagtcaattgtaggcttagttgatgaagatttg 884  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||| |||||    
T  35923680 cttttgattgatgaatgaagatgatggtgaggatctcaacttttcatttaaagatttattgtc----------attgtaggcttagttgatgaaaatttg 35923591  T
Q  885 agttgagatcggaaactgttggaatcaatagttaaggtgc 924  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35923590 agttgagatcggaaactgttggaatcaatagttaaggtgc 35923551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 928 - 1256
Target Start/End: Complemental strand, 35923504 - 35923180
Alignment:
Q  928 ggttttggattaaatcaactaaaattacaatatcactctcccatctctaataaaactaattaaacaaagtttaccaaaataattaactattatttattcn 1027  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||   |||||| || ||||||     
T  35923504 ggttttggactaaatcaactaaaataacaatatcactctcccatctctaataaa-ctaattaaacaaaatttaccaacat---taactactaattattca 35923409  T
Q  1028 nnnnnnttatactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggc 1127  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35923408 aaaaaaatatactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaagc 35923309  T
Q  1128 acccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacca 1227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  35923308 acccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtaagtaattcaatgccatacca 35923209  T
Q  1228 ttttattttatagtctccttccctcacag 1256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35923208 ttttattttatagtctccttccctcacag 35923180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 35924444 - 35924209
Alignment:
Q  1 catgccacggttactaaatcagaagaatgaattcaggtaaaggtttatgagagattcttagcgaagtgaagtttgctggtctgattcacatctagtcaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35924444 catgccacggttactaaatcagaagaatgaattcaggtaaaggtttatgagagattcttagcgaagtgaagtttgctggtctgattcacatctagtcaaa 35924345  T
Q  101 attaactaatggtaaagagagcacatgggaattggtgaaaaccgatttgtgtaaaaa------attggatcatattatgtattgtttcttttcctttcca 194  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35924344 attaactaatggtaaagagaacacatgggaattggtgaaaaccgatttgtgtaaaaactgatgattggatcatattatgtattgtttcttttcctttcca 35924245  T
Q  195 gtttaatcctttatgtttatggtgccgtttacggta 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35924244 gtttaatcctttatgtttatggtgccgtttacggta 35924209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1226
Target Start/End: Complemental strand, 1466935 - 1466747
Alignment:
Q  1038 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 1137  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  1466935 actaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctccta 1466836  T
Q  1138 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 1226  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1466835 agtgcaatggaagtcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatttaatccaatgccatacc 1466747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1051 - 1211
Target Start/End: Original strand, 5050501 - 5050661
Alignment:
Q  1051 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 1150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5050501 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggcgagcacccctcctaagtgcaatggagg 5050600  T
Q  1151 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgta 1211  Q
    ||||   |||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5050601 tcaccaacctaggccatggacctttttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgta 5050661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 562 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 44577974 - 44577845
Alignment:
Q  562 acatgagagcaacttggttacaaaagtaacgggctgcctctcgccaagttcaattagaggagtaaaaagctacaaattaaggttgagatgttgaaaatat 661  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||| || ||| || ||||||||||||||| ||||| ||| |||| | |||||||| ||| ||||| |||| || ||     
T  44577974 acatgagagcagcatggttacagaagcaatgggttgactctcgccaagttcagttagaagagcaaaa-gttacaaattcaggctgagaagttggaattag 44577876  T
Q  662 agaaacaaagattcaattggaagagatttag 692  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44577875 agaaacaaagattcaagtggcagagatttag 44577845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 173; Significance: 2e-92; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1034 - 1254
Target Start/End: Original strand, 19242359 - 19242579
Alignment:
Q  1034 ttatactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccct 1133  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||    
T  19242359 ttatactactattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccgctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagactagcacccct 19242458  T
Q  1134 cctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccattttat 1233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  19242459 cctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaattcaatgtcataccattttat 19242558  T
Q  1234 tttatagtctccttccctcac 1254  Q
    |||||| |||| |||||||||    
T  19242559 tttataatctctttccctcac 19242579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1210
Target Start/End: Original strand, 9211358 - 9211530
Alignment:
Q  1038 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 1137  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || | |    
T  9211358 actataattgggaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctcttcaa 9211457  T
Q  1138 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9211458 agtgcaatgaaggtcacttgcctaggccatgggccttcctgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9211530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1042 - 1206
Target Start/End: Complemental strand, 12560296 - 12560131
Alignment:
Q  1042 aaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggg-tagaccttaggcaggcacccctcctaagt 1140  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  12560296 aaattggaaggggctgcgcgaacgcaaacccccacggcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggggtagaccttaggctagcacccctccaaagt 12560197  T
Q  1141 gcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagt 1206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12560196 gcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 12560131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1210
Target Start/End: Complemental strand, 9370127 - 9369955
Alignment:
Q  1038 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 1137  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |    
T  9370127 actaaaattgggaggggccgcgcgaacgcaagccccaaccacaacatattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccccttcaa 9370028  T
Q  1138 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9370027 agtgcaatgaaggtcacttgcctaggccatgggcctttttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9369955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1225
Target Start/End: Complemental strand, 38783984 - 38783797
Alignment:
Q  1038 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 1137  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | |||||| | ||||||||||||||    
T  38783984 actataattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttaagtaggcacccctccta 38783885  T
Q  1138 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatac 1225  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  38783884 agtgcaatggaggtcaccaacctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgttgtccaatgtcatac 38783797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1210
Target Start/End: Complemental strand, 35182162 - 35181989
Alignment:
Q  1038 actaaaattggaagggg-ccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcct 1136  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | ||||||| |  ||||||||||     
T  35182162 actataattggaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagactagcacccctcca 35182063  T
Q  1137 aagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35182062 aagtgcaatggaggtcaccaatctaggccatgaaccttaatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 35181989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1078 - 1202
Target Start/End: Complemental strand, 12557016 - 12556892
Alignment:
Q  1078 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcat 1177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||| ||| |||||| |    
T  12557016 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttaggccagcacccctccaaagtgcaatggaggtcattgtcttaggctatgagccttctt 12556917  T
Q  1178 gatcacccattgaccccatccaggt 1202  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  12556916 gatcacctattgaccccatccaggt 12556892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 7e-83; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1044 - 1224
Target Start/End: Complemental strand, 9450856 - 9450676
Alignment:
Q  1044 attggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgca 1143  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  9450856 attggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctccaaagtgca 9450757  T
Q  1144 atggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccata 1224  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9450756 atggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccata 9450676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1226
Target Start/End: Original strand, 28838370 - 28838558
Alignment:
Q  1038 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 1137  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  28838370 actaaaattggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctccta 28838469  T
Q  1138 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 1226  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28838470 agtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatataatacaatgccatacc 28838558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 1051 - 1226
Target Start/End: Complemental strand, 17724698 - 17724523
Alignment:
Q  1051 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 1150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  17724698 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgcaatggagg 17724599  T
Q  1151 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 1226  Q
    |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17724598 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccatacc 17724523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 1051 - 1226
Target Start/End: Complemental strand, 19025927 - 19025752
Alignment:
Q  1051 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 1150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  19025927 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgcaatggagg 19025828  T
Q  1151 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 1226  Q
    |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19025827 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccatacc 19025752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1239
Target Start/End: Original strand, 28830405 - 28830606
Alignment:
Q  1038 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 1137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  28830405 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacaacaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaagcacccctccta 28830504  T
Q  1138 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccattttatttta 1237  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||    
T  28830505 agtgcaatggaggtcacctttctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatataatccaatgccataccctttcttttta 28830604  T
Q  1238 ta 1239  Q
    ||    
T  28830605 ta 28830606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1048 - 1212
Target Start/End: Complemental strand, 26640868 - 26640704
Alignment:
Q  1048 gaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatgg 1147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  26640868 gaaggggccgcgcgaacgcaggcccccactgcaacaaattatgatgtaggttccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcctaagtgcaatgg 26640769  T
Q  1148 aggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaa 1212  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  26640768 aggtcacttgtctaggccatgggccttcttgatcacccatcgaccccatccaggtaagtaagtaa 26640704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1052 - 1210
Target Start/End: Original strand, 20798757 - 20798914
Alignment:
Q  1052 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggt 1151  Q
    |||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||    
T  20798757 gggctgcgcgaacgcaagccccg-ctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctttcctaagtgcaatggaggt 20798855  T
Q  1152 cacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20798856 cacttgcctaggccatgaacattcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 20798914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 4e-66; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1051 - 1207
Target Start/End: Original strand, 19538755 - 19538911
Alignment:
Q  1051 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 1150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  19538755 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttaggtagaccttaggatagcacccctccaaagtgcaatggagg 19538854  T
Q  1151 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagta 1207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19538855 tcactttcctaggccatgggccttcgtgatcacccattgaccccatccaggtaagta 19538911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1046 - 1210
Target Start/End: Original strand, 19545401 - 19545565
Alignment:
Q  1046 tggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaat 1145  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||||||    
T  19545401 tggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaagagcacccctccaaagtgcaat 19545500  T
Q  1146 ggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19545501 ggaggtcacttttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 19545565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1054 - 1210
Target Start/End: Complemental strand, 47228675 - 47228519
Alignment:
Q  1054 gccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtca 1153  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  47228675 gccgcgcgaacgcagaccccctcagcaacaaattataatgtaggctccaccacttggatagaccttagaaaaacacccctcctaagtgcaatggaggtca 47228576  T
Q  1154 cttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    | |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47228575 cctttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 47228519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 1085 - 1210
Target Start/End: Original strand, 47465706 - 47465831
Alignment:
Q  1085 attatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacc 1184  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  47465706 attatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttagaaaagcacccctcccaagtgcaatggaggccacctttctaggccatgggccttcatgatcacc 47465805  T
Q  1185 cattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  47465806 cattgaccccatccaggtaagtatgt 47465831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 1081 - 1210
Target Start/End: Original strand, 19549755 - 19549885
Alignment:
Q  1081 acaaattatgatgtagg-ctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatga 1179  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||  |||    
T  19549755 acaaattatgacgtaggtctccaccacttgggtgagccttagacaagcaaccctcctaagtgcaatggaagtcactcgtctaggtcatgggccttattga 19549854  T
Q  1180 tcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  19549855 tcacccattgaccccgtccaggtatgtatgt 19549885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 1081 - 1194
Target Start/End: Original strand, 19554968 - 19555081
Alignment:
Q  1081 acaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgat 1180  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||| |  ||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||  ||||    
T  19554968 acaaattatgacgtaggcaccaccacttgggtgggccttagaccagcaaccctcctaagtgcaatggaggttactcgtctaggtcatggacctttttgat 19555067  T
Q  1181 cacccattgacccc 1194  Q
    || |||||||||||    
T  19555068 catccattgacccc 19555081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1130 - 1187
Target Start/End: Original strand, 19551972 - 19552029
Alignment:
Q  1130 ccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccat 1187  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  19551972 ccctcctaagtgcaatggaggtcactcgtctaggtcatgggccttcttgatcacccat 19552029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 2e-49; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1044 - 1208
Target Start/End: Complemental strand, 9937438 - 9937274
Alignment:
Q  1044 attggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgca 1143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||||| | | |||||||  |||||||||||| |||||||    
T  9937438 attggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaactatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagataggcacccctccgaagtgca 9937339  T
Q  1144 atggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 1208  Q
    |||||||||||   |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9937338 atggaggtcaccaacctaggccatggaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtat 9937274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1044 - 1210
Target Start/End: Complemental strand, 9939811 - 9939644
Alignment:
Q  1044 attggaag-gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgc 1142  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  9939811 attggaagagggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggtaggcacccctccaaagtgc 9939712  T
Q  1143 aatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    ||||||||||||   |||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9939711 aatggaggtcaccaacctaggccatagaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 9939644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 1051 - 1208
Target Start/End: Complemental strand, 9945854 - 9945694
Alignment:
Q  1051 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctcca---ccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatgg 1147  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    | ||||| | | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  9945854 ggggccacgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattataatgtaggctgctgttctacttgagaacaccttaggcagacacccctccaaagtgcaatgg 9945755  T
Q  1148 aggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 1208  Q
    |||||||   |||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9945754 aggtcaccaacctaggccatagaccttcatgatcgtccattgaccccatccaggtaagtat 9945694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1069 - 1183
Target Start/End: Original strand, 3427899 - 3428013
Alignment:
Q  1069 gcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatg 1168  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||||  |||||| | |||    
T  3427899 gcccctactgcaacaaattacgatgtaaactccaccacttgggcagaccttaagctagcacccctccaaggtgcaatggaggtcacacgcctagacgatg 3427998  T
Q  1169 ggccttcatgatcac 1183  Q
    ||||||| |||||||    
T  3427999 ggccttcttgatcac 3428013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 596 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 6518073 - 6517996
Alignment:
Q  596 tgcctctcgccaagttcaattagaggagtaaaaagctacaaattaaggttgagatgttgaaaatatagaaacaaagatt 674  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| | || | |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  6518073 tgcctctcgccaagttcaatttaaggagcagaagg-tacaaaataaggttgagatgttggaaatataaaaacaaagatt 6517996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 90; Significance: 7e-43; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1210
Target Start/End: Complemental strand, 44089846 - 44089673
Alignment:
Q  1038 actaaaattgga-aggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcct 1136  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||   | ||||| | | |||||||  ||||||||||||     
T  44089846 actaaaattgggcaggggccgcgcgaacgcaggccccctcagcaacaaattatgatgtagactgttctacttgagaacaccttagataggcacccctcca 44089747  T
Q  1137 aagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 1210  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  44089746 aagtgcaatggaggtcaccaacctaggccatgagccttcatgatcactcatagaccccatccaggtaagtatgt 44089673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1052 - 1097
Target Start/End: Complemental strand, 38052200 - 38052155
Alignment:
Q  1052 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtagg 1097  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  38052200 gggccgcgcgcacgcaggcctccacaacaacaaattataatgtagg 38052155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1046 - 1138
Target Start/End: Original strand, 7959610 - 7959702
Alignment:
Q  1046 tggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaa 1138  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||   |||||||||||||||    
T  7959610 tggaaggggccgcgcgaacgcagacccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccatttggatagaccttaaaaaggcacccctcctaa 7959702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 1142 - 1206
Target Start/End: Original strand, 43924042 - 43924105
Alignment:
Q  1142 caatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagt 1206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  43924042 caatgaaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatca-ccattgaccccattcaggtaagt 43924105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 1080 - 1120
Target Start/End: Original strand, 43923991 - 43924031
Alignment:
Q  1080 aacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctta 1120  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43923991 aacaaattataatgtaggctccaccacttgagtagacctta 43924031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University