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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20978_low_1 (Length: 998)

Name: NF20978_low_1
Description: NF20978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20978_low_1
NF20978_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-980)||(43365300-43366268)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 924; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 924; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 980
Target Start/End: Original strand, 43365300 - 43366268
Alignment:
Q  12 catcatcacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 111  Q
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T  43365300 catcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 43365399  T
Q  112 tccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 211  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365400 tccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 43365499  T
Q  212 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 311  Q
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T  43365500 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 43365599  T
Q  312 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365600 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 43365699  T
Q  412 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 511  Q
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T  43365700 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 43365799  T
Q  512 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 611  Q
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T  43365800 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 43365899  T
Q  612 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgta 711  Q
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T  43365900 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgta 43365999  T
Q  712 tatcaatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagtta 811  Q
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T  43366000 tatcgatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagtta 43366099  T
Q  812 tagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgctt 911  Q
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T  43366100 tagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgctt 43366199  T
Q  912 aaataaaacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaact 980  Q
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T  43366200 aaataaaaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaact 43366268  T

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