View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20980_low_9 (Length: 403)

Name: NF20980_low_9
Description: NF20980
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20980_low_9
NF20980_low_9
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (7-403)||(55908559-55908955)
chr4 (50-395)||(546828-547173)
chr4 (122-323)||(1524397-1524598)
chr4 (159-387)||(1600443-1600671)
chr4 (50-366)||(7225751-7226067)
chr4 (17-296)||(553361-553640)
chr4 (125-321)||(659701-659895)
chr4 (109-366)||(8186959-8187216)
chr4 (17-395)||(640797-641172)
chr4 (131-395)||(1548265-1548527)
chr4 (107-234)||(8184030-8184157)
chr4 (306-377)||(12121314-12121385)
chr4 (56-314)||(53761692-53761947)
chr4 (163-296)||(12116513-12116646)
chr4 (217-380)||(6006409-6006573)
chr4 (50-272)||(55505070-55505289)
chr4 (122-325)||(1552676-1552879)
chr4 (306-377)||(1504968-1505039)
chr4 (142-233)||(1519143-1519234)
chr4 (267-377)||(558630-558740)
chr4 (115-380)||(3438420-3438684)
chr4 (115-228)||(7307840-7307953)
chr4 (132-395)||(532186-532443)
chr4 (306-377)||(1489218-1489289)
chr4 (26-180)||(566080-566234)
chr4 (261-326)||(1533898-1533963)
chr4 (125-233)||(1513408-1513516)
chr4 (341-380)||(570737-570776)
chr4 (162-233)||(12121458-12121529)
chr4 (280-326)||(1495830-1495876)
chr4 (122-291)||(570338-570507)
chr4 (125-209)||(1508028-1508112)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (7-403)||(1037495-1037891)
chr2 (150-380)||(32785629-32785856)
chr2 (56-325)||(45244994-45245263)
chr2 (301-374)||(44575459-44575532)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (17-363)||(495-841)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (49-395)||(51764282-51764625)
chr3 (50-315)||(51113700-51113965)
chr3 (50-388)||(13470581-13470916)
chr3 (58-293)||(51120834-51121069)
chr3 (242-395)||(514567-514720)
chr3 (262-326)||(1657374-1657438)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (56-374)||(18315133-18315451)
chr8 (56-228)||(27922429-27922601)
chr8 (122-395)||(32151288-32151558)
chr8 (341-395)||(17627898-17627952)
chr8 (149-371)||(17636260-17636486)
chr8 (134-228)||(17628020-17628114)
chr8 (92-314)||(34936083-34936305)
[»] chr6 (23 HSPs)
chr6 (58-396)||(6432084-6432419)
chr6 (31-395)||(6594448-6594809)
chr6 (50-315)||(14820608-14820873)
chr6 (58-375)||(7119080-7119394)
chr6 (58-375)||(7131558-7131872)
chr6 (58-315)||(6394787-6395044)
chr6 (50-315)||(6402775-6403040)
chr6 (56-395)||(6426432-6426768)
chr6 (56-391)||(7994028-7994360)
chr6 (49-210)||(14818296-14818457)
chr6 (77-387)||(6409948-6410255)
chr6 (56-315)||(6585156-6585415)
chr6 (50-315)||(6415881-6416146)
chr6 (50-380)||(10579593-10579921)
chr6 (56-240)||(19632360-19632544)
chr6 (40-323)||(11936186-11936469)
chr6 (40-323)||(11948166-11948449)
chr6 (56-206)||(6603230-6603380)
chr6 (266-392)||(9411483-9411609)
chr6 (134-315)||(6596847-6597028)
chr6 (131-180)||(14802332-14802381)
chr6 (106-395)||(6423188-6423474)
chr6 (266-314)||(8913904-8913952)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (77-395)||(19468341-19468656)
chr1 (62-198)||(7554415-7554551)
chr1 (266-392)||(9581199-9581325)
chr1 (17-392)||(9586521-9586893)
chr1 (336-392)||(29658807-29658863)
chr1 (63-180)||(29718977-29719094)
chr1 (336-392)||(29691322-29691378)
chr1 (336-392)||(29718834-29718890)
chr1 (336-395)||(30827308-30827367)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (77-395)||(41889393-41889711)
chr5 (56-325)||(32267396-32267662)
chr5 (65-395)||(41901377-41901704)
chr5 (50-207)||(20478109-20478266)
chr5 (339-380)||(37938092-37938133)
chr5 (339-395)||(38267395-38267451)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (63-315)||(10614521-10614773)
chr7 (58-314)||(15092071-15092327)
chr7 (56-170)||(10170145-10170259)
chr7 (56-170)||(10177670-10177784)
chr7 (269-321)||(7977712-7977764)
chr7 (339-379)||(10614794-10614834)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (141-310)||(1388-1560)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 55908955 - 55908559
Alignment:
Q  7 agtagcataggcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttca 106  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908955 agtaacattggcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttca 55908856  T
Q  107 tcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908855 tcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacct 55908756  T
Q  207 ctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcaca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908755 ctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcaca 55908656  T
Q  307 aataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcatttagtaac 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908655 aataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcatttagtaac 55908559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 50 - 395
Target Start/End: Original strand, 546828 - 547173
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |  ||||||||||| || ||||||||||| | |  ||| | |||||| |||| ||  ||||||||||||||| | |    
T  546828 tctcttagttttgtgcagttttctagcacatgtttcactcccttctctgtgacatgaaaacattcttccagtaacaattccaaaagcccacaacaactct 546927  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcact-c 248  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  |||  |||| |||||||||| | |||||| |||| |||||||| |||||| |||| || ||| |||||| |    
T  546928 ttgagatcacatagagtgtttcatcattgacaattgtacgtgacaagttcaccacctccaatttaggaacttcaaagttcattccaaataggttcactac 547027  T
Q  249 tagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaag 348  Q
    || |||| | || ||| |||||||| || | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| | ||  | || ||||||||    
T  547028 ta-aacaattggataagttcaaatgccttatcttacaacatctccttaaaacatcacaaatactgtcttcagatatgttacgacaataacttaaatcaag 547126  T
Q  349 aaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||| ||||||    
T  547127 cagttgcaaattggggaacatggaaggaaacattttgatgctttcat 547173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 1524598 - 1524397
Alignment:
Q  122 aacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactt 221  Q
    |||||||| |||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||| || |  |||||||    
T  1524598 aacagttgcaaaagcccacgacaactctgtgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacttgtacgtgacaaattcaacacctccaaattgggaactt 1524499  T
Q  222 taaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcaga 321  Q
     |||||| |||| | | ||||  | | ||||||||| |||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| | |  |||||||||||||||    
T  1524498 caaagttcattccatgaagttctattttagaacagttggctaagttcaaatgcctaagtttacaacatctccttaaaacctgaagaataccttcttcaga 1524399  T
Q  322 ta 323  Q
    ||    
T  1524398 ta 1524397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 159 - 387
Target Start/End: Original strand, 1600443 - 1600671
Alignment:
Q  159 tatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagta 258  Q
    ||||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||| |||||||| | || | |||||| |||||| ||||   | || |||| | | ||||| |     
T  1600443 tatagagtgcttcatcgtcaacccttgtatatgacaagttcaacacctccagtttaagaacttcaaagttcattcctcgcagcttcattattgaacactg 1600542  T
Q  259 ggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaa 358  Q
    |||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||| | |||||||    
T  1600543 ggctaagttcaaatgtctaattttagaaaatctccttaaaacttgacaaataccttcttcagatatgttaatgcaactgctcaaatcaagcagttgcaaa 1600642  T
Q  359 ttggggaaaatggaagcaaacaatatgat 387  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  1600643 ttgggaaaattggaagcaaacattatgat 1600671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 50 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 7226067 - 7225751
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| |||||  |||||||||| || || || ||||  || ||||| ||||| |||  |||| ||||||| || ||||| ||||| ||||||||| | |    
T  7226067 tctctcagttgcttgcagttttctaccacgtgcttcaatcccttctcggtgacctcaaaacaactttccagtaatagttgcaaaagtccacaacaactct 7225968  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    |||| |||| |   |||  ||  |||||||| | ||||||||||||||| || ||||| |||||  |||||| |||||| ||  |  |||| ||||||||    
T  7225967 ttgatatcacacgaagtcctttgtcatcaactcttgtatgtgacaagttcaagacctccaattcgagaacttcaaagttcatgttgcgtagcttcactct 7225868  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaaga 349  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||  ||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||     
T  7225867 tggacagtaggataagttcaaatgtctaatcttacaacatctccgtaaaacttgacaaaccccttcttcatacatgttatgggaagagctcaaatcaagc 7225768  T
Q  350 aattgcaaattggggaa 366  Q
    |  | ||||||||||||    
T  7225767 agctccaaattggggaa 7225751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 296
Target Start/End: Original strand, 553361 - 553640
Alignment:
Q  17 gcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaatttt 116  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| |||  |||||       
T  553361 gcatgcactttatcacaaccccccaaatcgatctctctaagttgtgtgcagttttctaccacatgattcactcctttatctgtgacatcactacaataaa 553460  T
Q  117 ccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcagg 216  Q
     ||  |||||||| ||||||||| ||||| | ||||| |||| ||  |||| |||||||||||| | ||||  ||||||||| |||||||| | ||   |    
T  553461 acaacaacagttgcaaaagcccagaacaactctttgaaatcacattaagtgcttcatcatcaactcttgtaaatgacaagttcaacacctccagtttgag 553560  T
Q  217 aactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctcctta 296  Q
    |||||||||||| | | || |||  |||||||| ||||||  || ||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  553561 aactttaaagttcaatgtacgtaacttcactcttgaacagcgggttaagttcaaatgtctaatgttacaacatgtcctta 553640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 125 - 321
Target Start/End: Original strand, 659701 - 659895
Alignment:
Q  125 agttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaa 224  Q
    |||||||||| |||| |||||||  ||||||||| ||||  |||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||| ||    
T  659701 agttgtaaaaccccaaaacaattccttgagatcacatag--tgtttcattattaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaa 659798  T
Q  225 agtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcaga 321  Q
    | ||||||    |||| ||| |||| |||||| ||||||| || |||| |||||  |||||||||||||||| || || || |||| ||||||||||    
T  659799 aatttattactcgtagcttccctcttgaacagcaggctaagtttaaatatctaatgttacaacatctccttaaaatttgaccaatatcttcttcaga 659895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 109 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 8187216 - 8186959
Alignment:
Q  109 acaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctct 208  Q
    |||||||||||| ||||  || ||||||||||||||| | ||||| ||   ||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||     
T  8187216 acaattttccagtaacaactgcaaaagcccacaacaactctttgaaattgcataaagtgttttatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctcc 8187117  T
Q  209 aattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaa 308  Q
    | ||  | || || |||||| ||||     ||    ||||| | |||||||||||| |||||||  |||| || |||||||||| | | ||||| |||||    
T  8187116 agtttggaaatttcaaagttcattccggagagcccaactcttggacagtaggctaagttcaaatccctaatctcacaacatctcttcaaaacttgacaaa 8187017  T
Q  309 taccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaa 366  Q
    |||||||||||||||||| || |||    ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8187016 taccttcttcagatatgtcatagcaatgactcaaatcaagcaactgcaaattggggaa 8186959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 640797 - 641172
Alignment:
Q  17 gcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaatttt 116  Q
    |||||||| |||| |||||||   |||| ||| ||||| | || | |||||||||| || ||||| ||||| || |||| ||| || | || ||||| ||    
T  640797 gcattcactttattacaaccctttaaattgacctctcttaattctttgcagttttctaccacatgattcactcccttctttgttacataatgacaatctt 640896  T
Q  117 ccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcagg 216  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||  ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||||| |||   ||    
T  640897 ccagtaacagatgcaaaagaccacggcaattctttgaggtcacgtagagtgtttcatcatcaacgtttgtatctgacaagttcaacacctccaatattgg 640996  T
Q  217 aactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttct 316  Q
     | || ||| || |||| |||||| || |||| |  |||   |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| | ||||   | ||    
T  640997 tagttcaaatttcattccaagtaggtttactccatcacaaccggctaagttcaaatgtctaacattacaacatatccttaaaacttgaaaaat---tcct 641093  T
Q  317 tcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    ||||||| || ||  ||    ||||||||||| ||  | ||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  641094 tcagatacgtgatcacaatcactcaaatcaagcaaccgtaaatttgggaacatggaagcaaacattattatgttttcat 641172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 131 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 1548527 - 1548265
Alignment:
Q  131 aaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagttta 230  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| || |||||| |    
T  1548527 aaaagcccacaacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttca 1548428  T
Q  231 -ttctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttat 329  Q
     | | |||||| |||||| |  |||     ||||| ||||| ||||||| ||||||||||   |||| |||||||||||||||||| || ||||||  |     
T  1548427 gtccaaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccac 1548331  T
Q  330 ggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
     |||     |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||| | | ||||| ||||||    
T  1548330 tgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcat 1548265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 107 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 8184157 - 8184030
Alignment:
Q  107 tcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacct 206  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| | ||||||||   |||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  8184157 tcacaattttccagtaacagttccaaaagcccacaacaactctttgagattgcatagagtgctatatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacct 8184058  T
Q  207 ctaattcaggaactttaaagtttattct 234  Q
    ||| ||  ||||||| |||||| |||||    
T  8184057 ctagtttcggaacttcaaagttcattct 8184030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 306 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 12121385 - 12121314
Alignment:
Q  306 aaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaa 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12121385 aaataccttcttcagatatgttatagcaaaaactcaaatcaagcaattgcaaattggggaaaacggaagcaa 12121314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 56 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 53761947 - 53761692
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||||| || || || ||||| | |||||||| || ||| || | ||| |||||||||| |||||| || ||||    
T  53761947 agttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcccttgtccgtgacattatcacaatgtttcagtaata-ttgcaaaagcccacgacaattcttcgaga 53761849  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaaca 255  Q
    ||| |  |||||||| ||| | |||    |||  ||||||||| ||| ||||||  |  ||||||  |||||| |||| || ||| |||||||| |||||    
T  53761848 tcaca--gagtgttttatcgttaactttcgtaaatgacaagttcaacgcctctagcttgggaactacaaagttcattccaattagcttcactcttgaaca 53761751  T
Q  256 gtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaatacctt 314  Q
     | |||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  53761750 ctcggctaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 53761692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 163 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 12116646 - 12116513
Alignment:
Q  163 gagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggct 262  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| | |||||| |||||| | ||||| | | | ||||||||||||    
T  12116646 gagtgattcatcatcaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctaaatttggaacatcaaagttcattctacgcagttttatttttgaacagtaggct 12116547  T
Q  263 aaattcaaatgtctaaccttacaacatctcctta 296  Q
    || ||  |||| || |  ||||||||||||||||    
T  12116546 aagttttaatgccttagtttacaacatctcctta 12116513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 217 - 380
Target Start/End: Original strand, 6006409 - 6006573
Alignment:
Q  217 aactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaa-ttcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| || | || ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||| |  || ||||||    
T  6006409 aactttaaagtctattctaagtagcttcagtcttgaacagttggtttaagttcaaatgtctaatcttactacatttccttaaaacttgagcaacaccttc 6006508  T
Q  316 ttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaaca 380  Q
     ||||||||||  | ||| ||||||||||| |  | ||| ||||||||| |||  ||||||||||    
T  6006509 atcagatatgtactcgcaagagctcaaatccaagagttgtaaattggggcaaactgaagcaaaca 6006573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 55505289 - 55505070
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||| || |||||||||||   ||| | ||||| ||  ||||  || ||||| |||| |||||| |    
T  55505289 tctcttagttgtgtgcagttttctaacacgtgtttcactcccttctctgtgac---atcgctatttttcaataacaaatgcaaaagtccacgacaattct 55505193  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||| |||||   ||||| ||||||||| |||||||||| ||  || ||| ||||||| |||| || ||| |||||| |    
T  55505192 ttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacacctctagttgggggactctaaagttcattccaattaggttcactgt 55505093  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaat 272  Q
     |||||||||||||  |||||||    
T  55505092 tgaacagtaggctaggttcaaat 55505070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 1552879 - 1552676
Alignment:
Q  122 aacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactt 221  Q
    ||||| || |||||||||| |||||| ||||| |||| || |||||||||||||| || |  |||||||||||| || ||||| || | ||  |||| ||    
T  1552879 aacagctgcaaaagcccacgacaattctttgatatcacattgagtgtttcatcattaatatttgtatgtgacaaattcaacacttccagtttgggaattt 1552780  T
Q  222 taaagtttattctaagtagtttcact-ctagaacagta--ggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttc 318  Q
     |||||| | || |||||| ||| || ||| || | ||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||    
T  1552779 caaagttcagtccaagtagcttcccttctataaaactatgggctaagttcaaatgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttcgtc 1552683  T
Q  319 agatatg 325  Q
     ||||||    
T  1552682 tgatatg 1552676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 1505039 - 1504968
Alignment:
Q  306 aaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaa 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1505039 aaataccttcttcagatatgttatggcaataactaaaattaaccaattgcaaattggggaaaacggaagcaa 1504968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1519234 - 1519143
Alignment:
Q  142 acaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattc 233  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| ||  |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||| |||||| ||||    
T  1519234 acaagtgtttgagatcacatagagtgcttattcatcaacccttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaagttcattc 1519143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 267 - 377
Target Start/End: Original strand, 558630 - 558740
Alignment:
Q  267 tcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaa 366  Q
    ||||||||||||  ||| ||||| |||||| ||| | ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||  || |||||||||| |||| |||||| |||||    
T  558630 tcaaatgtctaatgttagaacatgtccttaaaacatgacaaatacctttttctgatattttatgacaatagatcaaatcaagcaatttcaaattcgggaa 558729  T
Q  367 aatggaagcaa 377  Q
    || ||||||||    
T  558730 aacggaagcaa 558740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 3438684 - 3438420
Alignment:
Q  115 ttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattca 214  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| | || |||| ||| ||||||||| | ||||||||||||| | || ||||| ||||      
T  3438684 ttccagtaacagttgcaaaagcccacaacaactctttgagattacatggagtattt-atcatcaactcttgtatgtgacaagctcaatacctccaatttt 3438586  T
Q  215 ggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaatacctt 314  Q
    | ||| | |||||| |||  |   |  |||||||   ||||    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  || |||||    
T  3438585 gaaacatcaaagttcattgcacacaaattcactcctaaacaaccagctaagttcaaatgtctaatcttacaacatctccttaaaacttgaataacacctt 3438486  T
Q  315 cttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaaca 380  Q
    | ||||||||||  | |||    |||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  3438485 cgtcagatatgtagtcgcattctctcacatcaagcagctgcaaattggggaaaatagaagaaaaca 3438420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 228
Target Start/End: Original strand, 7307840 - 7307953
Alignment:
Q  115 ttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattca 214  Q
    |||||| ||||| || ||||||| ||||||| | ||||||||||||   |||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| || ||||| ||||      
T  7307840 ttccagtaacaggtgcaaaagcctacaacaactctttgagatcatacgtagtgcttcatcatcaacttctgtatatgacaagttcaatacctccaatttg 7307939  T
Q  215 ggaactttaaagtt 228  Q
    ||||||||||||||    
T  7307940 ggaactttaaagtt 7307953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 395
Target Start/End: Original strand, 532186 - 532443
Alignment:
Q  132 aaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttat 231  Q
    ||||| ||| |||||| |||||| ||| ||| ||  ||||||||||||    ||||| ||||||||| ||||||||||  |  || |||| |||||| ||    
T  532186 aaagctcacgacaattctttgaggtcacataaagcttttcatcatcaatgtttgtatatgacaagttcaacacctctagcttggggacttcaaagttcat 532285  T
Q  232 tctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatgg 331  Q
    || |||||| |||||||| ||| ||   | ||| ||||||| ||| | ||||||   |||| | | ||||| | |||||||||||| |||||||||||      
T  532286 tccaagtagattcactcttgaagag---gttaagttcaaatctctgatcttaca---tctcttcaaaacttgataaataccttctttagatatgttataa 532379  T
Q  332 caggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    ||  ||||||| || || |  || ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||    
T  532380 caatagctcaagtccagcatatgtaaattggggaaaatggatgcaaacattataatgctttcat 532443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 1489289 - 1489218
Alignment:
Q  306 aaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaa 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |  |||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||    
T  1489289 aaataccttcttcagatatgttatagcaataagtcaaattaagcaattgcaaattggggaaaagggcagcaa 1489218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 180
Target Start/End: Original strand, 566080 - 566234
Alignment:
Q  26 ttatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaaca 125  Q
    |||| ||||||| |||| | || |||||| ||||||||||||||||| || |  |||||||| || |||||||| || |  | |  || || |||  |||    
T  566080 ttataacaaccctccaacttgatttctctcagttgtgtgcagttttccaccaggtgtttcactcccttctctgtaacattttgattatattgcagtgaca 566179  T
Q  126 gttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaac 180  Q
    | || |||||||||| ||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  566180 gctgcaaaagcccacgacagtactttgagatcacatagagtgtttcatcatcaac 566234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 261 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 1533963 - 1533898
Alignment:
Q  261 ctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgt 326  Q
    |||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||    
T  1533963 ctaagttcaaatgtgtcatcttacaacatctccttaaaacatgactaataccttcttcagatatgt 1533898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1513516 - 1513408
Alignment:
Q  125 agttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaa 224  Q
    ||||| |||||||||| ||||   |||||||| |  |||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||| |||| ||  ||||||| ||    
T  1513516 agttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacgtagagtgtttcatcatcaacatttgtaaatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaa 1513417  T
Q  225 agtttattc 233  Q
    |||| ||||    
T  1513416 agttcattc 1513408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 341 - 380
Target Start/End: Original strand, 570737 - 570776
Alignment:
Q  341 aaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaaca 380  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  570737 aaatcaagtagttgcaaattggggaaaatggaagcaaaca 570776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 162 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 12121529 - 12121458
Alignment:
Q  162 agagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattc 233  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||| |||| ||  ||||||| |||||| ||||    
T  12121529 agagtgtttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattc 12121458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 1495876 - 1495830
Alignment:
Q  280 cttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgt 326  Q
    ||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||    
T  1495876 cttacaacatctccttaaaacatgaccaataccttcttcagatatgt 1495830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 291
Target Start/End: Original strand, 570338 - 570507
Alignment:
Q  122 aacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactt 221  Q
    |||||||| |||||||| | |||| | ||||| |||| |||||||  ||| | |||||| | ||||| ||||||||| |||||||| | ||   ||||||    
T  570338 aacagttgcaaaagcccgcgacaactctttgaaatcagatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctcgagtttgagaactt 570437  T
Q  222 taaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatct 291  Q
     |||||| | || | | ||||||||| | || ||||  ||||| |||||||| ||||  |||||||||||    
T  570438 caaagttcaatccacgcagtttcacttttgagcagtgagctaagttcaaatgcctaagtttacaacatct 570507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 125 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 1508112 - 1508028
Alignment:
Q  125 agttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctcta 209  Q
    ||||| |||||||||| ||||   |||||||| | | | ||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| ||||    
T  1508112 agttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacacacagtgtttcatcatcaacattggtatgtgacaagttcaacacttcta 1508028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 1037891 - 1037495
Alignment:
Q  7 agtagcataggcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttca 106  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037891 agtaacattggcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttca 1037792  T
Q  107 tcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037791 tcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacct 1037692  T
Q  207 ctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcaca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1037691 ctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaatagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttaaaacttcaca 1037592  T
Q  307 aataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcatttagtaac 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037591 aataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcatttagtaac 1037495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 150 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 32785856 - 32785629
Alignment:
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||| ||  ||| |||||||||| |||| | |  | |  | |||    
T  32785856 ttgagatcacataaagtgcttcatcatcaattcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggagctttaaagttcattcgacggtgctcgattct 32785757  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaaga 349  Q
     ||| ||| | | |||||||||||||||| |||| |||||||   || || || |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||     
T  32785756 tgaaaagtggtccaaattcaaatgtctaatcttagaacatct---taaaaattgacaaataccttcttcagatatgttatagcaatagctcaaatcaagt 32785660  T
Q  350 aattgcaaattggggaaaatggaagcaaaca 380  Q
    | |||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  32785659 agttgcaaattggaaaaaatagaagaaaaca 32785629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 45245263 - 45244994
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| | || ||| |||| ||  || ||||| |||||||||| |||| | |||||||    
T  45245263 agttgtgtgcaattttctaccacatgtttcactcccttatctgtgacatgataacattttttcaataatagttgcaaaagcccacgacaactctttgaga 45245164  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaaca 255  Q
    ||| || ||||||||||||||||||   ||| | |||||| || |||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| | ||| || || ||| |||||    
T  45245163 tcacatggagtgtttcatcatcaaccattgtctctgacaaattcaacacctcaagttttggaacttcaaagtttattccacgtaattccagtcttgaaca 45245064  T
Q  256 gtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatg 325  Q
    | |  |||| || ||||| ||||  |||||||||||||||| ||| | ||| || |||||| ||| ||||    
T  45245063 gcaaactaagtttaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacatgacacattccttctccagttatg 45244994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 301 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 44575532 - 44575459
Alignment:
Q  301 ttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaag 374  Q
    |||||||||| |||||   ||||||| || |||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  44575532 ttcacaaatatcttctatggatatgtaatagcaaaagctcaaatcaagtaattgcaaattgggaaaaatggaag 44575459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 17 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 841 - 495
Alignment:
Q  17 gcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaatttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  841 gcattcacattatcacaacccccaaaatcgatttatcgaagttgtgtgcagttttctactacatgtttcacaccattctctatgacttcatcacaatttt 742  T
Q  117 ccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcagg 216  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  741 ccagtaacagttgtaatagcccacaacaattcttcgagatcatatagagtgtttcatcatcgacacttgtatgtgacaagttaaacacctctaattcagg 642  T
Q  217 aactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttct 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  641 aactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagtaggctaaattcaaatgtctagccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttct 542  T
Q  317 tcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggg 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  541 tcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgtaaattggg 495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 51764625 - 51764282
Alignment:
Q  49 ttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattg 148  Q
    |||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||  |||| | |||||||| |||||| || ||||| |||||||| ||||||||     
T  51764625 ttctctcaattgtgtgcagttttcaaccacatgtttcactcccttctccttgacattatcacaatgttccagtaatagttgcaaaagcccgcaacaattc 51764526  T
Q  149 tttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactc 248  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||   ||||  ||||||||  |||||||| |  |  ||||||  |||||| |||| |||||| |||||||    
T  51764525 tttgagatcgcatagagtgttttatcatcaacttttgtaaatgacaagtctaacacctccagcttcggaactgcaaagttcattccaagtagcttcactc 51764426  T
Q  249 tagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaag 348  Q
    | ||||| | || ||  |||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||||||| | ||   ||| |||||||  || ||| ||  | ||||||||    
T  51764425 ttgaacattcggataggttcaaatgcctaatcttagaacatctccttaaaacttcacagacac---ctttagatatgcgattgcaagaattaaaatcaag 51764329  T
Q  349 aaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
     |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  51764328 cagctgcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatgctttcat 51764282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 50 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 51113965 - 51113700
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |  | |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| | |    
T  51113965 tctcttagttttgtgcatttttctaccacatgcttcactcccttctctgtgacatggtaacaatttttcagtaacagttgcaaaagcccacaacaactct 51113866  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||  |||||||| | ||  ||| ||| |||||| |||| |||||| |||| | |    
T  51113865 tcgagatcacatagagtgtttcatcatcaaccattgtatttgacaagtctaacacctccagtttgggagcttcaaagttcattccaagtagcttcagttt 51113766  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
     |||||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  51113765 tgaacagtaagctaatttcaaatgcctaattttacaacatctctttaaaacttgacaaataccttc 51113700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 50 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 13470916 - 13470581
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| || |  |||||||| | || ||||  ||| || || ||||| ||||||||||||||||| |    
T  13470916 tctcttagctgtgtgcagttctctaccacatgtttcactccctcttctgtgacattatgacaaagttcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattct 13470817  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |||| |||||| |||||| |    
T  13470816 ttgagatcatatagagtgttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaaagttcattccaagtagcttcacttt 13470717  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaaga 349  Q
       ||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |   |||| |  || |||  |  ||||||||||     
T  13470716 tttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaatacctttt---gataagagattgcaacaattcaaatcaagc 13470620  T
Q  350 aattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatg 388  Q
    |  ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  13470619 agctgcaaattggggaaattggaagcaaacattatgatg 13470581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 58 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 51121069 - 51120834
Alignment:
Q  58 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatc 157  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| || || | |||||| |    |||  |||| ||| ||| ||| |||||||||| |||| | ||||||||     
T  51121069 ttgtgtgcagttttctaccacatgtttcactcctttttgtgtgacatacaaacagctttctagagacaattgcaaaagcccacgacaactctttgagatt 51120970  T
Q  158 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagt 257  Q
    | ||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||| ||||   |||||| |||||| |||| | | ||||||||||| |||||      
T  51120969 acatatagtttttcatcatcaactcttgtatgcgacaagttcaacacctccaatttgagaacttcaaagttcattccatgcagtttcactcttgaacaac 51120870  T
Q  258 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctcc 293  Q
     ||  || ||||| |||||||  |||||||||||||    
T  51120869 cggtgaagttcaagtgtctaatgttacaacatctcc 51120834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 514720 - 514567
Alignment:
Q  242 ttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctca 341  Q
    |||||||| || |||| |||||| |||||||| |||| |||| | |||||| ||| ||||| ||| |||| ||  |||||||||||||  ||  ||||||    
T  514720 ttcactcttgagcagtgggctaagttcaaatgcctaatcttagaccatctctttaaaacttgacagatacttttgtcagatatgttatcacaatagctca 514621  T
Q  342 aatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    ||||||  |  |||||||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||||||    
T  514620 aatcaattagctgcaaattcgggaaaattgaagcaaacattataaggttttcat 514567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 262 - 326
Target Start/End: Original strand, 1657374 - 1657438
Alignment:
Q  262 taaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgt 326  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| || ||| ||| | |  ||||||||||||||||||||    
T  1657374 taaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttcttcagatatgt 1657438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 18315451 - 18315133
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  ||  | || ||||||||||| |||  |||   |||||  |||||||| ||||||| || |||| | |||||||    
T  18315451 agttgtgtgcagttttctaccacatacttttctcctttctctgtgacatcacaacagcgttccaataacagttgcaaaagcctacgacaactctttgaga 18315352  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaa-c 254  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||||||| |||| | |||| |||| ||| ||| |    
T  18315351 tcacatagagtgcttcatcatcaacttttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaactttaaagttcattccacgtagcttcattcttgaatc 18315252  T
Q  255 agtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattg 354  Q
    |  || |||| ||||| ||||||| || | |||| || | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || ||    
T  18315251 acgag-ctaagttcaactgtctaatctcagaacaacttcgtaaaacttgacaaataccttcttcaggtatgttatcgcagtagctcaaatcaagcaactg 18315153  T
Q  355 caaattggggaaaatggaag 374  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  18315152 caaattggggaaaatggaag 18315133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 56 - 228
Target Start/End: Original strand, 27922429 - 27922601
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||| |||||  |||| ||||||||| ||  ||| ||  ||||||||||||||| | |||||||    
T  27922429 agttgagtgcagttttctaccacatggttcactcccttctttgtgaaatcattacaattttcaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactctttgaga 27922528  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtt 228  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||  ||||||| ||||||    
T  27922529 tcatataaagtgcttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagtt 27922601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 122 - 395
Target Start/End: Original strand, 32151288 - 32151558
Alignment:
Q  122 aacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactt 221  Q
    |||||||| |||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||  ||||||||| |||||||| |  |  | |||||    
T  32151288 aacagttgcaaaagcccactacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaaccttgtacatgacaagtttaacacctccagattggaaactt 32151387  T
Q  222 taaagtttattctaagtagtttcac-tctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcag 320  Q
      ||||| |||| | | || ||||| | || |||||  ||  ||||||||||| |||| || | | |||||   || ||||| |||||| ||||||||||    
T  32151388 cgaagttcattccacgcagcttcacatgta-aacagccggtgaaattcaaatgcctaatctcagagcatct---taaaacttgacaaattccttcttcag 32151483  T
Q  321 atatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  32151484 atatgttatggcaacacctcaaatcaagcagttgcaaattagggaaaatggaagcaaacattttgatgttatcat 32151558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 341 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 17627952 - 17627898
Alignment:
Q  341 aaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  17627952 aaatcaagcagttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattttgatgttttcat 17627898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 17636486 - 17636260
Alignment:
Q  149 tttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttat----tctaagtagtttc 244  Q
    |||||||||| ||| | || |||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||| |||||| ||    || | ||||||||    
T  17636486 tttgagatcacatacaatgcttcatcgtcaactcctgtttgtgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcattcgatcgatgtagtttc 17636387  T
Q  245 actctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaat 344  Q
    ||||| |||||   | |||| |||||||| ||||  ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||  || ||||| |||| |||    |  ||||    
T  17636386 actcttgaacatcggcctaagttcaaatgcctaatattagaacatccccttaaaacttgacaaatacctttctctgatattttattgcaatctcgtaaat 17636287  T
Q  345 caagaaattgcaaattggggaaaatgg 371  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||    
T  17636286 caagcagctgcaaattggggaaaatgg 17636260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 17628114 - 17628020
Alignment:
Q  134 agcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtt 228  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |  ||||| || ||||||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||| || || |||||||||    
T  17628114 agcccaaaacaattctttgagatcacacggagtgctttatcatcaactctagtatgtgacaagttcaacacctccaatttagaaagtttaaagtt 17628020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 34936305 - 34936083
Alignment:
Q  92 ttctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtg 191  Q
    ||||| ||||| |||  ||||||||  || || ||||| |||||||||| |||| | |||| |||   ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||    
T  34936305 ttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatg 34936206  T
Q  192 acaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatct 291  Q
    ||||||  |||||||||| ||  ||||| | |||| | |||||  | || |||||| | ||||| | ||| || | |||||||||||  | |||||||||    
T  34936205 acaagtccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatct 34936106  T
Q  292 ccttagaacttcacaaatacctt 314  Q
    ||||| ||| | | |||||||||    
T  34936105 ccttaaaacatgataaatacctt 34936083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 23)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 58 - 396
Target Start/End: Original strand, 6432084 - 6432419
Alignment:
Q  58 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatc 157  Q
    ||||||||| ||||| || ||| ||||||| || |||| |||||| | ||||||||| | ||| || ||||| | ||||||||||||||| ||| |||||    
T  6432084 ttgtgtgcatttttctaccacaagtttcactcccttctgtgtgacattatcacaattgtacaggaatagttgcagaagcccacaacaattctttaagatc 6432183  T
Q  158 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagt 257  Q
    | ||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||  |  |  ||||||| |||||| |||| | |||| |||||| |   ||| |    
T  6432184 acataaagtgtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcacttttatacaat 6432283  T
Q  258 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 357  Q
    ||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||  |||   ||| ||  | | ||||||||||  ||||||    
T  6432284 aggctaagttcaaatgtttaagtttacaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcatttatacgatgacaccaacgcaaatcaagatgttgcaa 6432380  T
Q  358 attggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcatt 396  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  6432381 attggggaaaatggaagcaaacattatgatcctttcatt 6432419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 6594809 - 6594448
Alignment:
Q  31 acaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgt 130  Q
    |||||||| |||||  | |||||| | ||||||||||||||| || ||||||||  | || | ||||||||  | |||||||||||| ||    ||||||    
T  6594809 acaacccctcaaatacatttctctcaattgtgtgcagttttctaccacatgtttggctccctcctctgtgagatgatcacaattttctagttttagttgt 6594710  T
Q  131 aaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagttta 230  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||| |||||||||||   ||||| ||||||||  |||||||| | ||  ||||||  ||||||||    
T  6594709 aaaagcccacaacaattctttgagatcacacgtagtgtctcatcatcaacctctgtatttgacaagtacaacacctccagtttgggaactaaaaagttta 6594610  T
Q  231 ttctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatg 330  Q
    ||| | |||| |||||||| |||||   || ||| | ||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||| | ||     
T  6594609 ttccatgtagcttcactcttgaacacccggataagtacaaatgtgtaatcttataacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatttgatc 6594513  T
Q  331 gcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    | |  | ||||||||||| |  | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6594512 ggaaaacctcaaatcaagcagctccaaagtggggaaaatagaagcaaacaatatgatgttttcat 6594448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 50 - 315
Target Start/End: Original strand, 14820608 - 14820873
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| || |||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| || || | | | ||||||||||||||||| |    
T  14820608 tctctcagctgtgtgcagttttttaccacatgtttcacacccttctctgtgacatcattacatttttcaagtaataatcgcaaaagcccacaacaattct 14820707  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||||||   ||||| ||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  |||||| |||| | ||||||||||||     
T  14820708 tggagatcatataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgggaactgcaaagttaattccatgtagtttcactcc 14820807  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
     |||||  |  |||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||    
T  14820808 tgaacaaaattctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaccttgacaaataccttc 14820873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 58 - 375
Target Start/End: Original strand, 7119080 - 7119394
Alignment:
Q  58 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatc 157  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||  | || | |||||| | || ||||| || ||| || ||||  |||||||| |||||||| || ||||||    
T  7119080 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcacttctttttttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 7119179  T
Q  158 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagt 257  Q
    | || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |   ||||   |||||| |||| |||||| |||||||| |||||||    
T  7119180 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggtgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 7119279  T
Q  258 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 357  Q
     |||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||| ||    
T  7119280 gggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 7119376  T
Q  358 attggggaaaatggaagc 375  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  7119377 attggggaaaaaggaagc 7119394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 58 - 375
Target Start/End: Original strand, 7131558 - 7131872
Alignment:
Q  58 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatc 157  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||  | || | |||||| | || ||||| || ||| || ||||  |||||||| |||||||| || ||||||    
T  7131558 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactgctttgtttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 7131657  T
Q  158 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagt 257  Q
    | || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |   ||||   |||||| |||| |||||| |||||||| |||||||    
T  7131658 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggcgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 7131757  T
Q  258 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 357  Q
     |||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||| ||    
T  7131758 gggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 7131854  T
Q  358 attggggaaaatggaagc 375  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  7131855 attggggaaaaaggaagc 7131872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 58 - 315
Target Start/End: Original strand, 6394787 - 6395044
Alignment:
Q  58 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatc 157  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||| || |||||||| |  | |||||| || ||    | ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6394787 ttgtgtgcagttttctaccacatgttccacacccttttctgtgacatttttacaattatcaagttgtaattgcaaaagcccacaacaattctttgagatc 6394886  T
Q  158 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagt 257  Q
    | | | || |||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||| |  || ||||||  |||||| |||| | ||||||||||| | ||||||     
T  6394887 acagaaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacttttgaacaga 6394986  T
Q  258 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
    | ||||| ||||||||| ||| |||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  6394987 aagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttctttaaaacttgacaaataccttc 6395044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 50 - 315
Target Start/End: Original strand, 6402775 - 6403040
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||| | || || |||||||| | || ||||| |  ||  || ||||  |||||||||| |||||| |    
T  6402775 tctctcagttgtgtacagttttctatcacatgtttcgctcccttttctgtgacattataacaatctctcaataatagtttcaaaagcccactacaattct 6402874  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||    |||| ||||||||| ||||| |||| ||  ||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  6402875 ttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacttctagttggggaactgcaaagtttattccaagtagcttcactct 6402974  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
     |||||    | ||| |||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  6402975 tgaacacccagttaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 6403040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 56 - 395
Target Start/End: Original strand, 6426432 - 6426768
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||  ||||||  | | ||||||||| || || | ||| |||| || ||||||||| |||||||    
T  6426432 agttgtgtgcagttttctaccacttgtttcacacccttcattgtgacacctttacaattttcaagtaataattgcaaaatccgacaacaattctttgaga 6426531  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaaca 255  Q
    ||  ||| |  |||||||||||||  | ||| | |||||| || |||||||| |  || ||||||  |||||| |||| | ||||||||||  | |||||    
T  6426532 tcgcataaaaagtttcatcatcaatgcttgtgtttgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacgtttgaaca 6426631  T
Q  256 gtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgc 355  Q
    | | ||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||||||| | | ||||     |||||||||| |  ||     
T  6426632 gaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaacttcacaaatac---cttcagatatttcacggcaaaccttcaaatcaagtagctgt 6426728  T
Q  356 aaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  6426729 aaattggggaaaatggaagcatacattatgatgatttcat 6426768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 56 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 7994360 - 7994028
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || | ||| || || |||| ||||  ||| || || ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||    
T  7994360 agttgcgtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctcggtaacatcattacaaagttcaagtaatagttgcaaaagtccagaacaattctttgaga 7994261  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaaca 255  Q
    ||| ||| |||||||| |||| ||| | ||||| ||||| ||| ||||||||||  |  ||||||  |||||| ||||  ||||| |||||||| | |||    
T  7994260 tcacatatagtgtttcgtcattaacccttgtatttgacatgttcaacacctctagcttcggaactacaaagttcattcctagtagcttcactcttgtaca 7994161  T
Q  256 gtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgc 355  Q
     | |||||  |||||||| || | |||||||||| |||||| ||| | ||||||||   ||||||||||   || ||| ||  ||||||| || |  |||    
T  7994160 atcggctatgttcaaatgcctgatcttacaacatttccttaaaacgtaacaaatac---cttcagatataccattgcaagaattcaaatcgagcatctgc 7994064  T
Q  356 aaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttt 391  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7994063 aaatttgggaaaatggtagcaaacaatatgatgttt 7994028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 49 - 210
Target Start/End: Original strand, 14818296 - 14818457
Alignment:
Q  49 ttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattg 148  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||| || || | | | ||||||||| |||||||     
T  14818296 ttctctcagctgtgtgcagttttctactacatgtttcacacccttctctgtgacattattacaattttcaagtaataatcgcaaaagcccagaacaattc 14818395  T
Q  149 tttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaa 210  Q
    || ||||||||||| |||||||||| ||||||   ||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  14818396 ttggagatcatataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaa 14818457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 387
Target Start/End: Original strand, 6409948 - 6410255
Alignment:
Q  77 acatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcat 176  Q
    ||||||||||| || |||| |||||| | |||||| || | || ||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||    
T  6409948 acatgtttcactcccttctgtgtgacattatcacagttgtacaaaaatagttgcaaaagccgacaacaattctttgagatcacataaagagtttcatcat 6410047  T
Q  177 caacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtct 276  Q
    |||| | ||||| |||| |||| |||||||  |  |  ||||||| |||||| |||| | |||| |||||| |    || |||||||| | ||||||  |    
T  6410048 caacgcttgtatttgactagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcacttttttgcaataggctaagtccaaatgctt 6410147  T
Q  277 aaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagca 376  Q
    || |||||||||| ||  || ||||| ||||||||   |||||||||| |  |||||     |||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||    
T  6410148 aagcttacaacatttctgtaaaacttgacaaatac---cttcagatatttgctggcaacccgtcaaatcaagtagttgtaaattgggaaaaatggaagca 6410244  T
Q  377 aacaatatgat 387  Q
    ||||| |||||    
T  6410245 aacaaaatgat 6410255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 56 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 6585415 - 6585156
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    |||||||||||  |||| || ||||||||||  || ||||||||||| |  ||||||  || ||| || ||||  |||||| || ||||| | |||||||    
T  6585415 agttgtgtgcaaatttctaccacatgtttcagtcccttctctgtgacattttcacaacctttcagtaatagttccaaaagcgcagaacaactctttgaga 6585316  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaaca 255  Q
    ||| |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| || ||||| || |  | ||||  ||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  6585315 tcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaagttcaatacctccaactgggtaactaaaaagtttattccaagtagcttcactcttgaaca 6585216  T
Q  256 gtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
        |  || |||||||| ||||  ||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  6585215 cccagtaaagttcaaatgcctaatattaaaacatctccttaaaacatgacaaataccttc 6585156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 315
Target Start/End: Original strand, 6415881 - 6416146
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||    |||||||| | |||||||  ||| || || ||||| |||||||| | |||||| |    
T  6415881 tctcttagttgtgtgcagttctctaccacatgtttcactcccacttctgtgacattatcacaaaattcaagtaatagttgcaaaagcccgctacaattct 6415980  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactct 249  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||| |||   ||||| ||||||||| |||||||| |  |  ||||||  |||||  |||| | |||| |||||| |    
T  6415981 ttgagatcacatagagagttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccaggttgggaactacaaagtccattccatgtagcttcacttt 6416080  T
Q  250 agaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
       |||  ||||||| |||||||| | || |||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  6416081 tttacaaaaggctaagttcaaatgcccaatcttacaacatatctttaaaacttgacaaataccttc 6416146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 10579921 - 10579593
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccag-aaacagttgtaaaagcccacaacaattg 148  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || || |||| ||||||    | ||| |||| ||| ||| ||||  ||||||| |||||||||     
T  10579921 tctctaagttgtgtgcagttttctaccacatgtttaactcccttctttgtgacccttttacagtttttcagtaaatagttccaaaagccgacaacaattc 10579822  T
Q  149 tttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactc 248  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||| |||||||| |  |  |||| |  ||  |||||||||||| | |||||||    
T  10579821 tttgagatcgaatagagtgttttatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaattacaatctttattctaagtcgcttcactc 10579722  T
Q  249 tagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaag 348  Q
    | | ||| | |||||| ||||||||  ||| ||||| |||||| | |  ||||| | ||||||   ||||||||||||  | ||| |   ||||||||||    
T  10579721 ttggacatttggctaagttcaaatgcttaatcttaccacatcttcctgaaacttgaaaaatac---cttcagatatgtattcgcaagtattcaaatcaag 10579625  T
Q  349 aaattgcaaattggggaaaatggaagcaaaca 380  Q
     |  |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  10579624 cagctgcaaattggggaaaaaggaagctaaca 10579593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 56 - 240
Target Start/End: Original strand, 19632360 - 19632544
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    |||||| |||||||||| || || |||||||| || ||||||||||  | | ||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  19632360 agttgtttgcagttttctaccacgtgtttcactcccttctctgtgatattagcacaatttttcagtaagagttgcaaaagcccacaacaattctttgaga 19632459  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtag 240  Q
    ||| | | |||   |||||||||||   |||||  |||||||  ||||||||||  |  ||||||  ||||||||||| ||||||    
T  19632460 tcacaaaaagttgctcatcatcaacctttgtatacgacaagtccaacacctctagcttgggaactagaaagtttattccaagtag 19632544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11936469 - 11936186
Alignment:
Q  40 caaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagccca 139  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || |||||  |||| || || ||||||||  | ||||||  ||  ||  ||||||| |||||||||    
T  11936469 caaatcgacctctctcatttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagccca 11936370  T
Q  140 caacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagta 239  Q
    | |||| | |||||||||  |||||||| || ||| ||||| | ||||  ||||||||  |||||||| | ||  ||||||| |||||| | | || |||    
T  11936369 ctacaactctttgagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtacgta 11936270  T
Q  240 gtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagata 323  Q
    | |||| ||| ||||||   | |||||||||||||||||  ||||||||| || ||| ||| | |  |||||||||||||||||    
T  11936269 gcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttcttcagata 11936186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11948449 - 11948166
Alignment:
Q  40 caaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagccca 139  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || |||||  |||| || || ||||||||  | ||||||  ||  ||  ||||||| |||||||||    
T  11948449 caaatcgacctctctcatttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagccca 11948350  T
Q  140 caacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagta 239  Q
    | |||| | |||||||||  |||||||| || ||| ||||| | ||||  ||||||||  |||||||| | ||  ||||||| |||||| | | || |||    
T  11948349 ctacaactctttgagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtacgta 11948250  T
Q  240 gtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagata 323  Q
    | |||| ||| ||||||   | |||||||||||||||||  ||||||||| || ||| ||| | |  |||||||||||||||||    
T  11948249 gcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttcttcagata 11948166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 6603380 - 6603230
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| | || ||||| || ||  || ||||  |||||||||  |||| | |||||||    
T  6603380 agttgtttgcagttttctaccacatgtttcactcctttctctgtgacataataacaatatttcaataatagttccaaaagcccaggacaactctttgaga 6603281  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacct 206  Q
    ||  ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||    
T  6603280 tcgcatagactgtttcatcatcaacacctgtatctgccaagtccaacacct 6603230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 266 - 392
Target Start/End: Original strand, 9411483 - 9411609
Alignment:
Q  266 ttcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattgggga 365  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| |   |||||||||| | ||||||||||   ||   |||||||||||| |  |||||||||||||    
T  9411483 ttcaaatgtctaatgttaccacatctccttaaaacctgcaaaataccttcgttagatatgttacaacatccgctcaaatcaagcagctgcaaattgggga 9411582  T
Q  366 aaatggaagcaaacaatatgatgtttt 392  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||    
T  9411583 aaatggaagcaaaccttttgatgtttt 9411609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 6597028 - 6596847
Alignment:
Q  134 agcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattc 233  Q
    |||||| ||||||| ||||||||    |||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| |||||||| |  |  |||| || ||||||||||     
T  6597028 agcccagaacaattctttgagatagcgtagagtgtttcatcatcaacatttgtacttgacaagttcaacacctccagctggggaatttcaaagtttattt 6596929  T
Q  234 taagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
     |||| | ||||| || ||||| | |||| | ||||||||  ||| ||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  6596928 caagtcgcttcacacttgaacattcggctcagttcaaatgcttaatcttatcacatctcctgaaaacttgacaaataccttc 6596847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 180
Target Start/End: Original strand, 14802332 - 14802381
Alignment:
Q  131 aaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaac 180  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  14802332 aaaagaccacaacaattctttgaaatcacatagagtgtttcatcatcaac 14802381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 106 - 395
Target Start/End: Original strand, 6423188 - 6423474
Alignment:
Q  106 atcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacc 205  Q
    |||||||| ||| || || ||||| |||| |||||||||| | |||||||||  ||||||||||| |||   ||| | ||||| ||||||||| ||||||    
T  6423188 atcacaatcttcaagtaatagttgcaaaatcccacaacaactctttgagatcgcatagagtgttttatcgctaactcttgtatttgacaagttcaacacc 6423287  T
Q  206 tctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcac 305  Q
    || |  |  ||||||| |||||| |||  | |||| ||||||     ||| |||||||| ||||||||| ||| || || |||| ||| || ||| | ||    
T  6423288 tccagcttgggaacttaaaagttcattgcacgtagcttcacttgttcacaataggctaagttcaaatgtttaagctcacgacatttccgtaaaacatgac 6423387  T
Q  306 aaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    ||||||   | ||| |||| | ||||||     |||||||||| | ||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6423388 aaatac---catcaaatatttgatggcaacccttcaaatcaagtagttttaaattagggaaaatggaagcaaacattatgatgatttcat 6423474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 266 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 8913952 - 8913904
Alignment:
Q  266 ttcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaatacctt 314  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  8913952 ttcaaatgtttaatcttacaacatcttcttaaaacttgacaaatacctt 8913904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 77 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 19468656 - 19468341
Alignment:
Q  77 acatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcat 176  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||   |||| ||| | ||  ||||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  19468656 acatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaaccgtccacaaataattccaaaagtccacaacagttctttgagatcacataaagtgtttcatcat 19468557  T
Q  177 caacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtct 276  Q
    ||||   ||||| |||||| || |||||||| |  |  ||||||  |||||| | || |||||| |||||||| ||||||| |||||| || ||||| ||    
T  19468556 caacctttgtatctgacaacttcaacacctccagcttgggaactacaaagttcactccaagtagattcactcttgaacagtgggctaagtttaaatgcct 19468457  T
Q  277 aaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagca 376  Q
    ||  ||| |||| ||||||| ||||| |||||| |||||    |||||||  | ||| ||| |||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||    
T  19468456 aatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttcc---gatatgtggttgcatgagttcaaatcaagcagctgcaaattgggaaaaatggaagca 19468360  T
Q  377 aacaatatgatgttttcat 395  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  19468359 aacattatgatgttttcat 19468341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 198
Target Start/End: Original strand, 7554415 - 7554551
Alignment:
Q  62 gtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatat 161  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| | ||||||   || ||| |||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||    
T  7554415 gtgcagttttctaccacatgcttcactcccttttctgtgacattatcacatcctttcagtaacagttgtaaaagtccaccacaactctttgagatcatat 7554514  T
Q  162 agagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagtt 198  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  7554515 agagtgcttcatcatcaacacttgtatatgataagtt 7554551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 392
Target Start/End: Original strand, 9581199 - 9581325
Alignment:
Q  266 ttcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattgggga 365  Q
    ||||||||||||| || |||||||||  ||| ||||| ||||||||||  || ||||||||||  |||   || || |||||| |  |||||||||||||    
T  9581199 ttcaaatgtctaatctgacaacatctttttaaaacttgacaaatacctcttttagatatgttacagcaatggcgcagatcaagcagctgcaaattgggga 9581298  T
Q  366 aaatggaagcaaacaatatgatgtttt 392  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||    
T  9581299 aaattgaagcaaacattatgatgtttt 9581325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 392
Target Start/End: Original strand, 9586521 - 9586893
Alignment:
Q  17 gcattcacattatcacaaccccccaaatcgacttctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaatttt 116  Q
    |||||||  ||||||||||| | |||||||| |||| | || |||||||| ||||| || ||| | ||||  |||||   |||||| | || ||||||||    
T  9586521 gcattcaatttatcacaacctctcaaatcgatttcttttagatgtgtgcaattttctaccacacgcttcaatccattgcttgtgacatgataacaatttt 9586620  T
Q  117 ccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcagg 216  Q
     | | || || || ||||| |||| ||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||| ||||||||||  |  ||    
T  9586621 tctgtaaaagatgcaaaagtccacgacaattcattgaggtcacataaagtgtttcatcattaacatctgtatatgacaagttcaacacctctagcttggg 9586720  T
Q  217 aactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttct 316  Q
     |||| ||| || |||  |||||| || ||   |||||   | | ||  ||||||||||||| || |||||||||   || ||||| ||||||||||  |    
T  9586721 gacttcaaaattaatttcaagtaggtttacaggagaac---aagatatgttcaaatgtctaatctgacaacatctttgtaaaacttgacaaatacctctt 9586817  T
Q  317 tcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgtttt 392  Q
    | ||||||||||  |||   || || |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  9586818 ttagatatgttacagcaatggcacagatcaagcagctgcaaattggggaaaattgaagcaaacattatgatgtttt 9586893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 336 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 29658863 - 29658807
Alignment:
Q  336 agctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgtttt 392  Q
    ||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29658863 agctcaaatcaagcacttccaagttggggaaaatggaagcaaacaatatgatgtttt 29658807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 29719094 - 29718977
Alignment:
Q  63 tgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgac-ttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatat 161  Q
    |||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||| ||| ||||| ||||||||| |  |||| || ||||    
T  29719094 tgcagttttgaaccacatgtttcactccattctctgtgacattcat-acaactttccagtaacaattgcaaaaggccacaacaactcgttgatatgatat 29718996  T
Q  162 agagtgtttcatcatcaac 180  Q
     ||||| || |||||||||    
T  29718995 ggagtgatttatcatcaac 29718977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 29691378 - 29691322
Alignment:
Q  336 agctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgtttt 392  Q
    ||||||||||||| |  | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29691378 agctcaaatcaagcacctccaagttggggaaaatggaagcaaacaatataatgtttt 29691322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 29718890 - 29718834
Alignment:
Q  336 agctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgtttt 392  Q
    ||||||||||||| |  | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29718890 agctcaaatcaagcacctccaagttggggaaaatggaagcaaacaatataatgtttt 29718834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 336 - 395
Target Start/End: Original strand, 30827308 - 30827367
Alignment:
Q  336 agctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    ||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  30827308 agctcaaatcaagcacctccaaattggggaaaatagaagtaaacaataggatgttttcat 30827367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 77 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 41889711 - 41889393
Alignment:
Q  77 acatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcat 176  Q
    ||||| ||||| || |||| |||||| |||| ||||||||  || |||| ||   ||||||| |||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  41889711 acatgattcactcccttctttgtgacatcataacaatttttaagtaacaatttcgaaagcccgcaacaactctttgagatcttataaagtgtttcatcat 41889612  T
Q  177 caacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtct 276  Q
    ||||   ||||| ||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||| |||  |||||| |||||| | |||||   || ||| ||||||| |||    
T  41889611 caacttttgtatatgataagttcaacacctccaatttgggaactttaaagttcatttcaagtagcttcactattgaacatccggataagttcaaatatct 41889512  T
Q  277 aaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagca 376  Q
    ||  ||||||||| |||||| ||||| |  ||||||||| ||| |||||  |   ||   |||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||    
T  41889511 aatgttacaacatatccttaaaacttgagtaataccttcatcaaatatgcgacaacaattgctcaaatcaagtagctgcaaattagggaaaatggaagca 41889412  T
Q  377 aacaatatgatgttttcat 395  Q
    |||| |||||||| |||||    
T  41889411 aacattatgatgtcttcat 41889393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 325
Target Start/End: Original strand, 32267396 - 32267662
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||||  |||| ||||||||  ||  ||| ||  ||||||||||||||| | |||||||    
T  32267396 agttgcgtgcagttttctactacatgcttcactcccttctttgtgatatcattacaatttttaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactctttgaga 32267495  T
Q  156 tcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaaca 255  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||   ||| ||||||||||| || ||||| ||||  ||||||| |||||| |||     |||||||||| | |||||    
T  32267496 tcatataaagtgcttcatcatcaactattgtttgtgacaagttcaatacctccaatttgggaacttcaaagttcatt---tctagtttcactgttgaaca 32267592  T
Q  256 gtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatg 325  Q
     | || ||| |||||||||||||  ||||||||| |||||| || || |   ||||||||||||||||||    
T  32267593 ctgggataagttcaaatgtctaatgttacaacatatccttaaaaattgaacgataccttcttcagatatg 32267662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 65 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 41901704 - 41901377
Alignment:
Q  65 cagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatataga 164  Q
    |||||||| || ||||| ||||| || |||| |||||| |||| ||||| ||  ||  ||| ||  ||||| ||||||||| | |||||||||||||| |    
T  41901704 cagttttctaccacatgcttcactcccttctttgtgacatcattacaatcttgaagtgacaatttcaaaagtccacaacaactctttgagatcatataaa 41901605  T
Q  165 gtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggctaa 264  Q
    ||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||| ||||     |||| ||||| | ||||| | || |||    
T  41901604 gtgcttcatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagtctatt---tctagtctcactatggaacacttggataa 41901508  T
Q  265 attcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaaattgggg 364  Q
     |||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||| |  ||||||||||||| |||||  |   ||   |||||||||||| |  ||||||||||||    
T  41901507 gttcaaatgtctaatgttacaacacatccttaaaacttgaacaataccttcttcaaatatgcgacaacaattgctcaaatcaagcagctgcaaattgggg 41901408  T
Q  365 aaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    ||||||||||| |||| | |||||| |||||    
T  41901407 aaaatggaagcgaacattgtgatgtcttcat 41901377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 20478266 - 20478109
Alignment:
Q  50 tctctgagttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgt 149  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||  |||||| | ||| ||||||| ||| |  | ||| |||||||||||||||||      
T  20478266 tctctcagttgtgtgcagttttctacgacatgtttcgctcctttcattgtgacattatcgcaatttttcagtagtatttgcaaaagcccacaacaattcc 20478167  T
Q  150 ttgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctc 207  Q
    ||||||||| | | | |||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||    
T  20478166 ttgagatcacagataatgtttcgtcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctc 20478109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 380
Target Start/End: Original strand, 37938092 - 37938133
Alignment:
Q  339 tcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaaca 380  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37938092 tcaaatcaagaaattgcagattggggaaaatggaagcaaaca 37938133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 339 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 38267451 - 38267395
Alignment:
Q  339 tcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 395  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||    
T  38267451 tcaaattaagaaattgcagactggggaaaatggaagcatatagtatgaggttttcat 38267395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 63 - 315
Target Start/End: Original strand, 10614521 - 10614773
Alignment:
Q  63 tgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatcatata 162  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || |  |||||||| | || | ||  ||| || || ||||| |||||||||| ||| || || ||||||| |||    
T  10614521 tgcagttttctaccacatgtttcactccttcttctgtgacattatgagaaagttcaagtaatagttgcaaaagcccactacagttcttcgagatcacata 10614620  T
Q  163 gagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagtaggct 262  Q
    |||||||| ||||| |||    |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   || ||| |||| |||||| |||||| |   ||| ||||||    
T  10614621 gagtgttttatcattaaccttcgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaacgttcattccaagtagcttcacttttttacaataggct 10614720  T
Q  263 aaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttc 315  Q
    || |||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  10614721 aagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttc 10614773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 58 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 15092327 - 15092071
Alignment:
Q  58 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgagatc 157  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||||| ||    |||||||| | || ||||  ||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  15092327 ttgtgtgcagttttctagcacatgtttcactcccacttctgtgacattataacaaaattcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatc 15092228  T
Q  158 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactctagaacagt 257  Q
      ||||||||||| ||||| |||   ||| | |||||| || |||||||| |  || ||||||  |||||| |||| | |||||||||| ||  ||||      
T  15092227 gcatagagtgttttatcattaacctttgtttctgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacacttaaacatc 15092128  T
Q  258 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaatacctt 314  Q
      | ||| ||||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||| | |||||||||    
T  15092127 cagttaagttcaaatgtttaagcttataacatttccttaaaacttgagaaatacctt 15092071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 56 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 10170259 - 10170145
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||||| |||||||||    ||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||| | || ||| ||||  ||||| ||||||||||  |||||||    
T  10170259 agttgtgagcagttttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaattgttcacaaatagtttcaaaagtccacaacaatactttgaga 10170160  T
Q  156 tcatatagagtgttt 170  Q
    ||| |||||||||||    
T  10170159 tcacatagagtgttt 10170145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 56 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 10177784 - 10177670
Alignment:
Q  56 agttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattgtttgaga 155  Q
    ||||||| |||||||||    ||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||| | || ||| ||||  ||||| ||||||||||  |||||||    
T  10177784 agttgtgagcagttttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaattgttcacaaatagtttcaaaagtccacaacaatactttgaga 10177685  T
Q  156 tcatatagagtgttt 170  Q
    ||| |||||||||||    
T  10177684 tcacatagagtgttt 10177670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 269 - 321
Target Start/End: Original strand, 7977712 - 7977764
Alignment:
Q  269 aaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcaga 321  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  7977712 aaatgtctaatgttacaacatctccttaaaacttgaccaataccttcttcaga 7977764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 339 - 379
Target Start/End: Original strand, 10614794 - 10614834
Alignment:
Q  339 tcaaatcaagaaattgcaaattggggaaaatggaagcaaac 379  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10614794 tcaaatcaagcagttgcaaattggggaaattggaagcaaac 10614834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 1560 - 1388
Alignment:
Q  141 aacaattgtttgagatcatatagagtgtttcatcatca---acacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaag 237  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||   |||  ||||| ||||||||  ||||||||||  | |||||||  |||||| |||  ||     
T  1560 aacaattctttgagatcacatagagtgtttcatcatcatcaacatttgtatttgacaagtccaacacctctagcttaggaactacaaagttcatttcaaa 1461  T
Q  238 tagtttcactctagaacagtaggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaata 310  Q
    ||| | |||    |||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  1460 taggtccacagatgaacaccaggctaagttcaaatgtctaatcttataacatctccttaaaacttgacaaata 1388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University