View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20982_low_3 (Length: 468)

Name: NF20982_low_3
Description: NF20982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20982_low_3
NF20982_low_3
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-451)||(26126707-26127157)
chr4 (1-451)||(26064763-26065213)
chr4 (36-451)||(26096798-26097213)
chr4 (1-451)||(26084488-26084938)
chr4 (1-451)||(26120050-26120500)
chr4 (1-451)||(26036115-26036565)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Original strand, 26126707 - 26127157
Alignment:
Q  1 ttgtaaacccatatcctagtggtaaaaacgatacgagaccaacccatcataggttcgtcgaagacatcgttgtagccataagttgtcatgttatcatggc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  26126707 ttgtaaacccatatcctagttgtatgaacgatacgagaccaacccatcagaggttcgtcaaagacatcgttaaagccataagctgtcatgttatcatgac 26126806  T
Q  101 catcactcatggactctacatccgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgcaaatatataatgtcgatgtctgatagaagaacgctatatcccaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26126807 catcgctcatggactctacatccgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgcaaatatacaatgtcgatgtctgatagaagaacgctatatcccaa 26126906  T
Q  201 ctgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcccagagacagccgcgctccctcctgtttttccaacagtatcaataccatcatccgggtctcttttg 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26126907 ctgcaaaaattctcttaaaatacgaaatttaagcccagagacagccgctctccctcctatttttccaacagtatcaatagcatcatccgggtctcttttg 26127006  T
Q  301 taaaatgggactttattcgattcgcaaaactttgaaatttcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccgactctcttgatattggtgaacc 400  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26127007 taaaacgggactttatttgattcacaaaactttgaaatttcatcgtctaaggcaacaactaaataattaggtataccgactctcttgatattggtgaacc 26127106  T
Q  401 agacctcgagggtttccttaacattggagtttgcaagggcaactatgatct 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26127107 agacctcgagggtttccttaacattggagtttgcaagggcaactatgatct 26127157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Original strand, 26064763 - 26065213
Alignment:
Q  1 ttgtaaacccatatcctagtggtaaaaacgatacgagaccaacccatcataggttcgtcgaagacatcgttgtagccataagttgtcatgttatcatggc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||||||||||||||  || || ||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |    
T  26064763 ttgtaaacccatatcctagttgtatgaactattcgagaccaacccatcacgggctcatcatagatatcgttgtagccataagctgtcatgttattatgac 26064862  T
Q  101 catcactcatggactctacatccgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgcaaatatataatgtcgatgtctgatagaagaacgctatatcccaa 200  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  26064863 catcgctcatggactcaacatccgaatcacggtataaatgatcaaaaggattctgcaaatatataatatcggtgtctgatagaagaacgctatatcccag 26064962  T
Q  201 ctgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcccagagacagccgcgctccctcctgtttttccaacagtatcaataccatcatccgggtctcttttg 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||  |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26064963 ctgcaaaaattcccttagaatacgaaatttaagcccggagacagccgttctctttcctctttttccaacagcatcaataccattatccgggtctcttttg 26065062  T
Q  301 taaaatgggactttattcgattcgcaaaactttgaaatttcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccgactctcttgatattggtgaacc 400  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  26065063 taaaatgggacttgattcaattcacaaaactttgcaatctcatcgtctaaggcaacaactagataattagatataccaactctcttgatattagtgaacc 26065162  T
Q  401 agacctcgagggtttccttaacattggagtttgcaagggcaactatgatct 451  Q
    |||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26065163 agacttccaggatctccttaacattggagtttgcaagggcaactatgatct 26065213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 36 - 451
Target Start/End: Original strand, 26096798 - 26097213
Alignment:
Q  36 agaccaacccatcataggttcgtcgaagacatcgttgtagccataagttgtcatgttatcatggccatcactcatggactctacatccgaatcacggtat 135  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  26096798 agaccaacccatcccagggtcgtcgaagacatcgttgtaaccataagctgtcatgttatcatgaccatcactcatggactcaacatctgaatcacggtat 26096897  T
Q  136 agatgatcaaaaggattctgcaaatatataatgtcgatgtctgatagaagaacgctatatcccaactgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcc 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||     
T  26096898 agatgatcaaaaggattctgcaaatatacaatgtcgatgtctgaaagaagaacactatatcccaactgcaaaaattctcttagaatatgaaatttgagcg 26096997  T
Q  236 cagagacagccgcgctccctcctgtttttccaacagtatcaataccatcatccgggtctcttttgtaaaatgggactttattcgattcgcaaaactttga 335  Q
      |||||||||||||      |  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  26096998 tggagacagccgcgccgttgaccatttttccaacagtatcaaaaccattgtccgggtctctttggtaaaatgggactttattcgattcacaaaactttgc 26097097  T
Q  336 aatttcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccgactctcttgatattggtgaaccagacctcgagggtttccttaacattggagtttgca 435  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||    
T  26097098 aatctcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccaactctcttgatattggtgaaccagacctcgaggatctccttcacatttgagtttgca 26097197  T
Q  436 agggcaactatgatct 451  Q
    |||| |||||| ||||    
T  26097198 agggtaactataatct 26097213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Original strand, 26084488 - 26084938
Alignment:
Q  1 ttgtaaacccatatcctagtggtaaaaacgatacgagaccaacccatcataggttcgtcgaagacatcgttgtagccataagttgtcatgttatcatggc 100  Q
    ||||||||  ||||||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||  | | || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |    
T  26084488 ttgtaaacaaatatcctcgtggtataaacgttagtagaccaacccatcccatggtctttgaagacatcgttgtagccataagctgtcatgttattatgac 26084587  T
Q  101 catcactcatggactctacatccgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgcaaatatataatgtcgatgtctgatagaagaacgctatatcccaa 200  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26084588 catcgctcatggactcaacatccgaatcacggtataaatgatcaaaaggattctgcaaatatacaatgtcgatgtctgatagaagaacactatatcccaa 26084687  T
Q  201 ctgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcccagagacagccgcgctccctcctgtttttccaacagtatcaataccatcatccgggtctcttttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |    |    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |    
T  26084688 ctgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcccggagacagccccaccgtttggaatttttccaacagtatcaatatcattatccgggtctctttgg 26084787  T
Q  301 taaaatgggactttattcgattcgcaaaactttgaaatttcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccgactctcttgatattggtgaacc 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26084788 taaaatgggactttattagattcacaaaattttgcaatctcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccaactctcttgatattggtgaacc 26084887  T
Q  401 agacctcgagggtttccttaacattggagtttgcaagggcaactatgatct 451  Q
    ||||||||||  || |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  26084888 agacctcgagcattgccttcacatttgagtttgcaagggtaactatgatct 26084938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Original strand, 26120050 - 26120500
Alignment:
Q  1 ttgtaaacccatatcctagtggtaaaaacgatacgagaccaacccatcataggttcgtcgaagacatcgttgtagccataagttgtcatgttatcatggc 100  Q
    ||||||||  |||||||  |||||||||||  || |||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |    
T  26120050 ttgtaaacaaatatcctcctggtaaaaacgccactagaccaacccatcccagggtcgttgaagacatcgttgtagccataagctgtcatgttattatgac 26120149  T
Q  101 catcactcatggactctacatccgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgcaaatatataatgtcgatgtctgatagaagaacgctatatcccaa 200  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  26120150 catcgctcatggactcaacatccgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgcaaatatacaatatcgatgtctgatagaagaacactgtatcccaa 26120249  T
Q  201 ctgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcccagagacagccgcgctccctcctgtttttccaacagtatcaataccatcatccgggtctcttttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||| |||    |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26120250 ctgcaaaaattctcttagaatacggaatttgagactggagacagcctcgccgtttggaatttttccaacagtatcaataccattatccgggtctcttttg 26120349  T
Q  301 taaaatgggactttattcgattcgcaaaactttgaaatttcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccgactctcttgatattggtgaacc 400  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26120350 taaaatgggacttgattcgattcacaaaactttgcaatctcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccaactctcttgatattggtgaacc 26120449  T
Q  401 agacctcgagggtttccttaacattggagtttgcaagggcaactatgatct 451  Q
    ||| ||||||| | || || ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  26120450 agatctcgaggatctctttcacatttgagtttgcaagggtaactatgatct 26120500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Original strand, 26036115 - 26036565
Alignment:
Q  1 ttgtaaacccatatcctagtggtaaaaacgatacgagaccaacccatcataggttcgtcgaagacatcgttgtagccataagttgtcatgttatcatggc 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||  | ||   |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  26036115 ttgtaaacccatatcctcatggtatgagcgtatcgagcccaacccatcgcaggttcgtcgaagacatcgttatagccgtaagctgtcatgttattatggc 26036214  T
Q  101 catcactcatggactctacatccgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgcaaatatataatgtcgatgtctgatagaagaacgctatatcccaa 200  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||  ||||| | |||||||||    
T  26036215 catcactcatggactcgacatctgaatcacggtatagatgatcaaaaggattctgtaaatatacaatgtcaacgtctgataagagaacaccatatcccaa 26036314  T
Q  201 ctgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcccagagacagccgcgctccctcctgtttttccaacagtatcaataccatcatccgggtctcttttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   | ||||||||  ||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26036315 ctgcaaaaattctcttagaatacgaaatttaagcccggagacagcatggttccctccttgttttccaatggtgtcaataccatcatctgggtctcttttg 26036414  T
Q  301 taaaatgggactttattcgattcgcaaaactttgaaatttcatcgtctaaggcaacaactagataattaggtataccgactctcttgatattggtgaacc 400  Q
    ||||||||||||| ||| | ||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||    
T  26036415 taaaatgggacttgatttgtttcacaaaattttgaaatctcatcgtctaaagcaacaactagataattagatataccaactctcttgatatttgagaacc 26036514  T
Q  401 agacctcgagggtttccttaacattggagtttgcaagggcaactatgatct 451  Q
    ||||||| |   | ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  26036515 agacctctaacatctccttcacattggaatttgcaagtgctactatgatct 26036565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University