View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20983_high_1 (Length: 680)

Name: NF20983_high_1
Description: NF20983
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20983_high_1
NF20983_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-672)||(2207084-2207739)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 672
Target Start/End: Original strand, 2207084 - 2207739
Alignment:
Q  18 atattgagtcatactcaagcagtgtctcgtatcatggaagtcatgttaaattcggatacaaggtacaatttacaattgagccaaatataaaagctctttt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2207084 atattgagtcatactcaagcagtgtctcgtatcatggaagtcatgttaaattcggatacaaggtaaaatttacaatggagccaaatataaaagctctttt 2207183  T
Q  118 ttattgtgcatctacatgtaccggtaggccatgacctggctagaataaaatgagttttagttgtatggtcattcatgtgtggagtgggtttctagtccta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207184 ttattgtgcatctacatgtaccggtaggccatgacctggctagaataaaatgagttttagttgtatggtcattcatgtgtggagtgggtttctagtccta 2207283  T
Q  218 actggtaacttgttgatattagacaaaatataaaatagggttaaattgtttttgtcatgaaatacgacctcagtacttcatgtctccactgatgggttat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207284 actggtaacttgttgatattagacaaaatataaaatagggttaaattgtttttgtcatgaaatacgacctcagtacttcatgtctccactgatgggttat 2207383  T
Q  318 cgtttttcatcttgaaggagatcatcatatatgtcatttacgggatcatcatatgcgtcacgaacatatgatgttgatgttgttgttgtcattgtatcag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207384 cgtttttcatcttgaaggagatcatcatatatgtcatttacgggatcatcatatgcgtcacgaacatatgatgttgatgttgttgttgtcattgtatcag 2207483  T
Q  418 ttaacaaggtagacctcaaaatttaaagtgcttacacaactagttactgtaaacacaccaaaaatatcatcacatcgacaaggatagttgaactcacaac 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207484 ttaacaaggtagacctcaaaatttaaagtgcttacacaactagttactgtaaacacaccaaaaatatcatcacatcgacaaggatagttgaactcacaac 2207583  T
Q  518 ctcattagtttatctaaatgtgatttgatgatgatttaaaatcccagtgccataagaaaacattgttagctcacatatcttaacaca-tttttnnnnnnn 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||           
T  2207584 ctcattagtttatctaaatgtgatttgatgatgatttaaaatcccagtgccagaagaaaacattgttagctcacatatcttaacacatttttttaaaaaa 2207683  T
Q  617 nncatataataaattcacgtcttctcaaacgttattcttatactctctctgctcct 672  Q
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2207684 aacatataatagattcacgtcttctcaaacgttattcttatactctctctgatcct 2207739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University