View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20983_high_4 (Length: 582)

Name: NF20983_high_4
Description: NF20983
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20983_high_4
NF20983_high_4
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (16-563)||(16231720-16232267)
chr2 (16-563)||(34690379-34690926)
chr2 (16-563)||(34712791-34713338)
chr2 (79-180)||(33860757-33860858)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (72-525)||(38138116-38138563)
chr1 (78-329)||(43044767-43045018)
chr1 (78-329)||(43066973-43067224)
chr1 (78-329)||(43083611-43083862)
chr1 (16-329)||(3300501-3300814)
chr1 (77-322)||(45983957-45984202)
chr1 (72-286)||(50912189-50912403)
chr1 (78-329)||(43076828-43077071)
chr1 (78-186)||(40034955-40035063)
chr1 (93-511)||(7891229-7891641)
chr1 (456-511)||(43044591-43044646)
chr1 (456-511)||(43067345-43067400)
chr1 (456-511)||(3300325-3300380)
chr1 (456-511)||(43083435-43083490)
chr1 (381-508)||(40035258-40035379)
chr1 (453-511)||(43077219-43077277)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (78-289)||(4231272-4231483)
chr4 (456-511)||(4231056-4231111)
chr4 (92-141)||(19964822-19964871)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (82-286)||(4619499-4619703)
chr8 (93-322)||(1846263-1846492)
chr8 (73-179)||(4787667-4787773)
chr8 (73-179)||(4297399-4297505)
chr8 (449-496)||(4619295-4619342)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (82-260)||(16348983-16349161)
chr5 (450-496)||(16348753-16348799)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (83-148)||(39242536-39242601)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (235-286)||(7520141-7520192)
chr6 (235-286)||(7529678-7529729)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 16232267 - 16231720
Alignment:
Q  16 atgaagtaattgtgaagggagtttcacccggtttgatgaggattggttatgacactgatgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16232267 atgaagtaattgtgaagggagtttcacccgctttgacgaggattggttataacgctgatgatattccatttgttcccatctctggttttaagtgagataa 16232168  T
Q  116 catcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgaccaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  16232167 catcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttgttgaagctattgaccaaatcagcgagcctaagaggcccgaaggcaagcct 16232068  T
Q  216 ctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactga 315  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232067 ctgcgacttccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactga 16231968  T
Q  316 cttttgctcctactaagctgcaatctggggtcaagtctattcagaagtttcaggaaaacattagtgaggcccttcctggtgatattgtgggatttcgcct 415  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  16231967 cttttgcccctactaagctacaatctggggtcaagtctattcagaagtttcaggaaaacattaatgaggcccttcctgctgatattgttggatttcgcct 16231868  T
Q  416 tacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgc 515  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16231867 tactaacaagacattgtctgataagaatctcatgcgaggctatgtagcctcaaactccgaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgc 16231768  T
Q  516 gttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcct 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16231767 gttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcct 16231720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 16 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 34690926 - 34690379
Alignment:
Q  16 atgaagtaattgtgaagggagtttcacccggtttgatgaggattggttatgacactgatgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataa 115  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34690926 atgaactaattgtgaagggaatttcacccgctttgatgaggattggttataacacagataaaattccatttgttcccatctctggttataagggagataa 34690827  T
Q  116 catcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgaccaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcct 215  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||  ||||||||||    
T  34690826 catcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttcaggcaagcct 34690727  T
Q  216 ctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactga 315  Q
     ||  ||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||    
T  34690726 ttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctga 34690627  T
Q  316 cttttgctcctactaagctgcaatctggggtcaagtctattcagaagtttcaggaaaacattagtgaggcccttcctggtgatattgtgggatttcgcct 415  Q
    ||||||| || |||  |||||||||||| || |||||| | |||| |  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  34690626 cttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgcagatgcatcatgaaaacatcagtgaggcccttcctggtgatattgtgggattgcacct 34690527  T
Q  416 tacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgc 515  Q
    ||| || |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  34690526 tacaaataagaaattgtccgataagaatcttaggcgaggctatgttgcgtcagactccaagtatgaaccggccatggaggctgctaaatttacatctcgt 34690427  T
Q  516 gttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcct 563  Q
    |||||  || |||| ||||| ||   |||||| |||||||||||||||    
T  34690426 gttatcgtctttaaccacccttcaaagattaccaaaggatatactcct 34690379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 16 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 34713338 - 34712791
Alignment:
Q  16 atgaagtaattgtgaagggagtttcacccggtttgatgaggattggttatgacactgatgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataa 115  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34713338 atgaactaattgtgaagggaatttcacccgctttgatgaggattggttataacacagataaaattccatttgttcccatctctggttataagggagataa 34713239  T
Q  116 catcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgaccaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcct 215  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||  ||||||||||    
T  34713238 catcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttcaggcaagcct 34713139  T
Q  216 ctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactga 315  Q
     ||  ||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||    
T  34713138 ttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctga 34713039  T
Q  316 cttttgctcctactaagctgcaatctggggtcaagtctattcagaagtttcaggaaaacattagtgaggcccttcctggtgatattgtgggatttcgcct 415  Q
    ||||||| || |||  |||||||||||| || |||||| | |||| |  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  34713038 cttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgcagatgcatcatgaaaacatcagtgaggcccttcctggtgatattgtgggattgcacct 34712939  T
Q  416 tacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgc 515  Q
    ||| || |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  34712938 tacaaataagaaattgtccgataagaatcttaggcgaggctatgttgcgtcagactccaagtatgaaccggccatggaggctgctaaatttacatctcgt 34712839  T
Q  516 gttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcct 563  Q
    |||||  || |||| ||||| ||   |||||| |||||||||||||||    
T  34712838 gttatcgtctttaaccacccttcaaagattaccaaaggatatactcct 34712791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 33860858 - 33860757
Alignment:
Q  79 ttccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattga 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||  | || || ||||||||||||||| ||||    
T  33860858 ttccatttgttcccatctctggttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttga 33860759  T
Q  179 cc 180  Q
    ||    
T  33860758 cc 33860757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 72 - 525
Target Start/End: Original strand, 38138116 - 38138563
Alignment:
Q  72 gatgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaag 171  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||    
T  38138116 gatgaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatcattgaacgctctactaaccttgactggtataagggtcccacccttcttgaag 38138215  T
Q  172 ctattgaccaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgt 271  Q
    || ||||||||||||  || ||||||||||    || ||||||||| | | | || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38138216 ctcttgaccaaatcaaggagcctaagaggctattagacaagcctctccgattaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgt 38138315  T
Q  272 gggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgacttttgctcctactaagctgcaatctggggtcaagtctattcagaagtttcaggaa 371  Q
    |||||| |||||||  || || || || || |||||||   |||||||||| || |||  |||| || ||   || || |||||  ||| |   || |||    
T  38138316 gggacgggttgagagcggtgtcttgaaaccaggaatggcggtgacttttgccccaactgggctgaaaactcttgtgaattctatggagatgcaccatgaa 38138415  T
Q  372 aacattagtgaggcccttcctggtgatattgtgggatttcgccttacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaact 471  Q
    ||  | | |||||||||||||||||| ||||||||||||    ||   | || |     ||||| |||| ||||   ||||||||||||||||||| |||    
T  38138416 aagctcaatgaggcccttcctggtgacattgtgggatttaatgtt--cagcatg----ggtctgttaaggatctccggcgaggctatgttgcctcagact 38138509  T
Q  472 ccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgcgttataatca 525  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  38138510 ccaagcatgacccagccacggaggctgctaaatttacatcccgtgttatcatca 38138563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 78 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 43045018 - 43044767
Alignment:
Q  78 attccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattg 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||  | || || ||||||||||| ||  |||    
T  43045018 attccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttg 43044919  T
Q  178 accaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacg 277  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||| || | ||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  43044918 accaaatcaatgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcg 43044819  T
Q  278 tgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgacttttgctcctact 329  Q
    ||| |||||||| ||  |||| || ||||||||  | |||||||| ||||||    
T  43044818 tgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctact 43044767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 78 - 329
Target Start/End: Original strand, 43066973 - 43067224
Alignment:
Q  78 attccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattg 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||  | || || ||||||||||| ||  |||    
T  43066973 attccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttg 43067072  T
Q  178 accaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacg 277  Q
    |||||||||  || ||||||||||||  || |||||| || | ||| || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  43067073 accaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcg 43067172  T
Q  278 tgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgacttttgctcctact 329  Q
    ||| |||||||| ||  |||| || ||||||||  | |||||||| ||||||    
T  43067173 tgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctact 43067224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 78 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 43083862 - 43083611
Alignment:
Q  78 attccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattg 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||  | || || ||||||||||| ||  |||    
T  43083862 attccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcacttg 43083763  T
Q  178 accaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacg 277  Q
    |||||||||  || ||||||||||||  || |||||| || | ||| || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  43083762 accaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcg 43083663  T
Q  278 tgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgacttttgctcctact 329  Q
    ||| |||||||| ||  |||| || ||||||||  | |||||||| ||||||    
T  43083662 tgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttatcacttttgcccctact 43083611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 3300814 - 3300501
Alignment:
Q  16 atgaagtaattgtgaagggagtttcacccggtttgatgaggattggttatgacactgatgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataa 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||  ||||| || | |||| ||| || | ||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3300814 atgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagacaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataa 3300715  T
Q  116 catcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgaccaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcct 215  Q
    |||  | ||||||||||| || |||||||||||  | || |||||||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||||||||   || ||||||     
T  3300714 catgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagccc 3300615  T
Q  216 ctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactga 315  Q
    || |  || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| || ||||||||  | |    
T  3300614 ctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtca 3300515  T
Q  316 cttttgctcctact 329  Q
    ||||||| ||||||    
T  3300514 cttttgcccctact 3300501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 77 - 322
Target Start/End: Original strand, 45983957 - 45984202
Alignment:
Q  77 tattccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctatt 176  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||| |||||  | || || ||||||||||||||||||    
T  45983957 tattccaattgttcccatctctggttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgattggtacaagggtccaacccttcttgaagctatt 45984056  T
Q  177 gaccaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggac 276  Q
    ||||||||||  || |||| ||||||   || |||||||||   | | || |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  45984057 gaccaaatcaacgagcctatgaggccatcagacaagcctctcagaataccacttcaggatgtctacaagattggaggaatcggaactgtgcctgtgggac 45984156  T
Q  277 gtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgacttttgc 322  Q
    |||||||||||||    || || || |||||||| |||||||||||    
T  45984157 gtgttgagactggttccttgaaccctggaatggtgctgacttttgc 45984202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 72 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 50912403 - 50912189
Alignment:
Q  72 gatgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaag 171  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | || || |||||| ||||||    
T  50912403 gatgaaattccgtttattcccatctctggttttgagggagataacatcattgagcgctctactaaccttgactggtacaaaggtcccacccttattgaag 50912304  T
Q  172 ctattgaccaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgt 271  Q
    || |||| |||||||  || ||||| || ||   |  || |||||| | | | || ||||||  |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  50912303 ctcttgatcaaatcaaggagcctaatagaccatcacacatgcctctccgattaccacttcaggttgtctacaagattggagaaattggaattgtacctgt 50912204  T
Q  272 gggacgtgttgagac 286  Q
    ||||||| |||||||    
T  50912203 gggacgtattgagac 50912189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 78 - 329
Target Start/End: Original strand, 43076828 - 43077071
Alignment:
Q  78 attccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattg 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||| |||||| |||||||  | || || ||||||||||  ||  |||    
T  43076828 attccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttaactggtacaagggtccaacccttcttggggcccttg 43076927  T
Q  178 accaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacg 277  Q
    |||||||||  || ||||||||||||  || |||||  || | |||        |  ||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  43076928 accaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcacctccgact--------acaatgtctacaagtttagaggaattggaactgtacctgtggcacg 43077019  T
Q  278 tgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgacttttgctcctact 329  Q
    |||||||||||| || || || || ||||||||  |||||||||| ||||||    
T  43077020 tgttgagactggtgtcttgaaacctggaatggtggtgacttttgcccctact 43077071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 78 - 186
Target Start/End: Original strand, 40034955 - 40035063
Alignment:
Q  78 attccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattg 177  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||   ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  | || || |||||| |||||||||| |    
T  40034955 attccatttattcccatatctggttttgttggagaaaacatcattgagcgctctactaaccttgattggtacaaaggtcccaccctttttgaagctatcg 40035054  T
Q  178 accaaatca 186  Q
    |||||||||    
T  40035055 accaaatca 40035063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 93 - 511
Target Start/End: Original strand, 7891229 - 7891641
Alignment:
Q  93 atctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgaccaaatcagtgaac 192  Q
    ||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||    || || ||||||||||||||| |||||||| ||||    |    
T  7891229 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgattggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaattcagaaggc 7891328  T
Q  193 ctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggt 292  Q
    ||||||||     |  || |||||| | | | || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||  |    
T  7891329 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 7891428  T
Q  293 attaaagcccggaatggtactgacttttgctcctactaagctgcaatctggggtcaagtctattcagaagtttcaggaaaacattagtgaggcccttcct 392  Q
     || || || |||||||| ||||||||||| || |||  ||| ||| |||  || |||||| |  ||| |   || |||    | | |  ||| ||||||    
T  7891429 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtggagatgcaccatgaagctctcactcgggctcttcct 7891528  T
Q  393 ggtgatattgtgggatttcgccttacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatgg 492  Q
    ||||| ||||||||||||  | |||||||        |||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| ||||    
T  7891529 ggtgacattgtgggatttaacgttacgaatg------tgtctgctaaggatctcaggcgaggctatgttgcctcaaactccaagcgtggcccagctatgg 7891622  T
Q  493 aggctgctaaatttacatc 511  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  7891623 aggctgctgaatttacatc 7891641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 456 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 43044646 - 43044591
Alignment:
Q  456 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  43044646 tatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatc 43044591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 456 - 511
Target Start/End: Original strand, 43067345 - 43067400
Alignment:
Q  456 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  43067345 tatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatc 43067400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 456 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 3300380 - 3300325
Alignment:
Q  456 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  3300380 tatgttgcctcaaactccaaggatgaccctgccaaggaggctgctaactttacatc 3300325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 456 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 43083490 - 43083435
Alignment:
Q  456 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  43083490 tatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaagctgctaactttacatc 43083435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 508
Target Start/End: Original strand, 40035258 - 40035379
Alignment:
Q  381 gaggcccttcctggtgatattgtgggatttcgccttacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatg 480  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    ||| |||||      |||||| |||| |||| | || ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  40035258 gaggcccttcctggtgacattgtgggatttaatgttaagaaca------tgtctgttaaggatctcaagcaaggttatgttgcctcaaactccaacgatg 40035351  T
Q  481 aaccagccatggaggctgctaaatttac 508  Q
    | ||||||||||| || | |||||||||    
T  40035352 atccagccatggaagccgttaaatttac 40035379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 453 - 511
Target Start/End: Original strand, 43077219 - 43077277
Alignment:
Q  453 ggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 511  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  43077219 ggctatgttgcctctaactccatggatgacccagccaaggaggccgctaactttacatc 43077277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 78 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 4231483 - 4231272
Alignment:
Q  78 attccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattg 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  | || || || |||||||| ||| |||    
T  4231483 attccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgattgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtccaacacttcttgaggctcttg 4231384  T
Q  178 accaaatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacg 277  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||   || |||||| || | ||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  4231383 atcaaatcaatgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactacctcttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgttcctgtgggacg 4231284  T
Q  278 tgttgagactgg 289  Q
    ||||||||||||    
T  4231283 tgttgagactgg 4231272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 456 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 4231111 - 4231056
Alignment:
Q  456 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 511  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||    
T  4231111 tatgttgcctcaaacaccaaggatgacccagccaaggaggctgctaacttcacatc 4231056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 141
Target Start/End: Original strand, 19964822 - 19964871
Alignment:
Q  92 catctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttg 141  Q
    ||||||||||||| || |||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  19964822 catctctggttttgagcgagataacttggttgagccctctactaaccttg 19964871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 81; Significance: 8e-38; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 82 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 4619703 - 4619499
Alignment:
Q  82 catttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgacca 181  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||| |||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||    
T  4619703 catttgttcccatctctggttttgagggagataacttgattgagcgttcttctaatcttgactggtacgagggtcccacccttcttgaagctcttgacca 4619604  T
Q  182 aatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgtt 281  Q
    |||||  || ||||| |||||   |  ||||||||| | | | || |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  4619603 aatcaacgagcctaataggccatcaaacaagcctctccgattaccacttcgggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggatgtgtt 4619504  T
Q  282 gagac 286  Q
    |||||    
T  4619503 gagac 4619499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 93 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 1846492 - 1846263
Alignment:
Q  93 atctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgaccaaatcagtgaac 192  Q
    ||||||||||   |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    || || ||||||||||||||| |||||||||||||    |    
T  1846492 atctctggttacgagggagataacatcattgagcactcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 1846393  T
Q  193 ctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggt 292  Q
    ||||||||     |  || |||||| | | | || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||  |    
T  1846392 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 1846293  T
Q  293 attaaagcccggaatggtactgacttttgc 322  Q
     || || || |||||||| |||||||||||    
T  1846292 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgc 1846263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 179
Target Start/End: Original strand, 4787667 - 4787773
Alignment:
Q  73 atgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatggg-cctacccttcttgaag 171  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |  |||| ||||| |||||  ||||||||||  ||||| || |||||||||||||    
T  4787667 atgaaattccatttgttcccatctctagttttgatggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggta-aatgggtccgacccttcttgaag 4787765  T
Q  172 ctattgac 179  Q
    ||||||||    
T  4787766 ctattgac 4787773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 73 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 4297505 - 4297399
Alignment:
Q  73 atgatattccatttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagc 172  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| |  |||| ||||| |||||  ||||||||||  | || || ||||||||||||||    
T  4297505 atgaaattccatttattcccatctctagttttgacggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagc 4297406  T
Q  173 tattgac 179  Q
    |||||||    
T  4297405 tattgac 4297399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 449 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 4619342 - 4619295
Alignment:
Q  449 gcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggc 496  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  4619342 gcgaggctatgttgtctcaaactccaagcatgacccagccaaggaggc 4619295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 82 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 16349161 - 16348983
Alignment:
Q  82 catttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttcttgaagctattgacca 181  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||| || |||||  ||||  | || || ||||||||||||||| ||||||     
T  16349161 catttgttcccatctctggttttgagggagataacttggttgagccctctacaaaacttgatgggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccg 16349062  T
Q  182 aatcagtgaacctaagaggcctgaaggcaagcctctgcaactgccccttcagcatgtctacaagattggaggtattgga 260  Q
    |||||  || ||||||||||    || ||||||||| | | | || ||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  16349061 aatcaacgagcctaagaggctatcagacaagcctctccgattaccacttcagggtgtctacaagattggaggaattgga 16348983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 450 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 16348799 - 16348753
Alignment:
Q  450 cgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggc 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||    
T  16348799 cgaggctatgttgcctcaaactccaagcatcacccagccaaggaggc 16348753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 148
Target Start/End: Original strand, 39242536 - 39242601
Alignment:
Q  83 atttgttcccatctctggttttaagggagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggta 148  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  39242536 atttgttcccatctctggttttaacggagataacttgattgagcgctctactaatattgactggta 39242601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 286
Target Start/End: Original strand, 7520141 - 7520192
Alignment:
Q  235 atgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagac 286  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  7520141 atgtttacaagattggtggtattggaactgtgccagttggacgtgttgagac 7520192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 286
Target Start/End: Original strand, 7529678 - 7529729
Alignment:
Q  235 atgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagac 286  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  7529678 atgtttacaagattggtggtattggaactgtgccagtcggacgtgttgagac 7529729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University