View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20983_low_51 (Length: 225)

Name: NF20983_low_51
Description: NF20983
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20983_low_51
NF20983_low_51
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-225)||(15196285-15196509)
chr1 (1-225)||(15216703-15216927)
chr1 (1-224)||(15195635-15195858)
chr1 (1-224)||(15216053-15216276)
[»] scaffold1961 (1 HSPs)
scaffold1961 (1-207)||(1-207)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-224)||(17570283-17570506)
chr5 (9-224)||(17563195-17563410)
chr5 (1-212)||(17690807-17691018)
chr5 (1-186)||(17683907-17684092)
chr5 (1-186)||(17701991-17702176)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-224)||(14758029-14758252)
chr7 (9-224)||(14765189-14765404)
chr7 (1-213)||(14750118-14750330)
chr7 (1-224)||(14661169-14661392)
chr7 (1-212)||(14652734-14652945)
chr7 (1-186)||(14627317-14627502)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (105-189)||(24395644-24395728)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 15196509 - 15196285
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15196509 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 15196410  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15196409 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 15196310  T
201 aatcacagaaattgattgagtgcta 225  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
15196309 aatcacagaaattgattgagcgcta 15196285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 15216927 - 15216703
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15216927 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 15216828  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15216827 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 15216728  T
201 aatcacagaaattgattgagtgcta 225  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
15216727 aatcacagaaattgattgagcgcta 15216703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 15195858 - 15195635
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||| |||||    
15195858 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgctttgggaattagtatgcaagtactatgctggagaagttgttaacataaaagtgatt 15195759  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||||    
15195758 agaaatataacaaatatgctaatggatttaggaccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccttttctgcagcttccagccgagttctaccgggctg 15195659  T
201 aatcacagaaattgattgagtgct 224  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
15195658 aatcacagaaatttattgagtgct 15195635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 15216276 - 15216053
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||| |||||    
15216276 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgctttgggaattagtatgcaagtactatgctggagaagttgttaacataaaagtgatt 15216177  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||||    
15216176 agaaatataacaaatatgctaatggatttaggaccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccttttctgcagcttccagccgagttctaccgggctg 15216077  T
201 aatcacagaaattgattgagtgct 224  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
15216076 aatcacagaaatttattgagtgct 15216053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1961 (Bit Score: 159; Significance: 8e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold1961
Description:

Target: scaffold1961; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 207 - 1
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||    
207 tgttatttattcaaaccagataaggactcgatttttgaatatgcttttgggattaatatgcaaggactatgctgaggaagtcgttaataaaaaactgatt 108  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
107 agaaaaataacgaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 8  T
201 aatcaca 207  Q
    |||||||    
7 aatcaca 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 17570283 - 17570506
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||| |||| ||| | ||||||||    
17570283 tgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagatgttaatatagaactgatt 17570382  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    | | |||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||||| ||||||    
17570383 aaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttctgtttatgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcagctgagttctacagggctg 17570482  T
201 aatcacagaaattgattgagtgct 224  Q
    |||| |||||||| || |||||||    
17570483 aatctcagaaatttatcgagtgct 17570506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 224
Target Start/End: Original strand, 17563195 - 17563410
Alignment:
9 attcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgattagatatat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||  ||   ||| || ||||||||| |||||  ||||||||||  |||    
17563195 attcaaaccagataaggactcgactgttgaatatgcttttggaattagtacgcagtgagcgtgccggcgaagttgttaatagaggactgattagaagtat 17563294  T
109 aacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctgaatcacag 208  Q
    |||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||    
17563295 aacaaagatgctaattgatacaggtccttccgtttatggggaagaatttgagaatccttttctgctagcttcaactgagttctatcgggctgaatcacag 17563394  T
209 aaattgattgagtgct 224  Q
    | ||| ||||||||||    
17563395 atatttattgagtgct 17563410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 17691018 - 17690807
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||   ||| || |||| |||| | ||| ||||||||    
17691018 tgttatttattcaaaccagataaggaatcgattgtcgaatatgcttttggagtttgtattcaaggagcgtgccggggaagatgttaacagagaactgatt 17690919  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||| || | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||| |  |||  |||||    
17690918 agaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttagctgaatcttacaaggctg 17690819  T
201 aatcacagaaat 212  Q
    |||| |||||||    
17690818 aatcccagaaat 17690807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 17684092 - 17683907
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||  || ||||  ||||| | ||| || |||| |||| | ||| ||||||||    
17684092 tgttatttattcaaaccagataaggactcaactgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaggagtgtgccggggaagatgttaacagagaactgatt 17683993  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctga 186  Q
    ||| || | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
17683992 agaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagaatttgagactccttttctgcaagttttagctga 17683907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 17702176 - 17701991
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  || |||   || ||   ||| || |||| |||| | ||| ||||||||    
17702176 tgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtacttaaagagcgtgccggggaagatgttaacagagaactgatt 17702077  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctga 186  Q
    ||| || | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
17702076 agaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttagctga 17701991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14758252 - 14758029
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||| |||| ||| | ||||||||    
14758252 tgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagatgttaatatagaactgatt 14758153  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    | | |||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||||| ||||||    
14758152 aaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttctgtttaagagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcagctgagttctacagggctg 14758053  T
201 aatcacagaaattgattgagtgct 224  Q
    |||| |||||||| || |||||||    
14758052 aatctcagaaatttatcgagtgct 14758029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 9 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14765404 - 14765189
Alignment:
9 attcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgattagatatat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||  ||  ||   ||| || ||||||||| |||||  ||||||||||  |||    
14765404 attcaaaccagataaggactcgactgttgaatatgcttttggaattagtacacagtgagcgtgccggcgaagttgttaatagaggactgattagaagtat 14765305  T
109 aacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctgaatcacag 208  Q
    |||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||    
14765304 aacaaagatgctaattgatacaggtccttccgtttatgaggaagaatttgagaatccttttctgctagcttcaactgagttctatcgggctgaatcacag 14765205  T
209 aaattgattgagtgct 224  Q
    | ||| ||||||||||    
14765204 atatttattgagtgct 14765189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 14750330 - 14750118
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  || |||| ||||||  ||||||  |||| |||| ||||| ||| ||||    
14750330 tgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtattcaaggagcatgctgcggaagatgttaatagagaaccgatt 14750231  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||| || || |||| |||||||||||||||||||| |  ||||||  | |||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||    
14750230 agaaatctatcaaagatgctaatggatttaggtccctttgtttatgaggaagaatttgagactccttttttacaagtttcagctgagttctatagggctg 14750131  T
201 aatcacagaaatt 213  Q
    |||| ||||||||    
14750130 aatcccagaaatt 14750118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 14661169 - 14661392
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  || |||| ||||||   ||| || |||| |||| | ||| ||||||||    
14661169 tgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtattcaaggagcgtgccggggaagatgttaacagagaactgatt 14661268  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||| || | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| |  |||  |||||    
14661269 agaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagaatttgagactccttttctgcaagttttagctgaatcttacaaggctg 14661368  T
201 aatcacagaaattgattgagtgct 224  Q
    ||||  ||||||  ||||||||||    
14661369 aatctgagaaatatattgagtgct 14661392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 14652734 - 14652945
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||  |||||   ||| || |||| |||| | ||| ||||||||    
14652734 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaggagcgtgccggggaagatgttaacagagaactgatt 14652833  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagttctaccgggctg 200  Q
    ||| || | ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||| |  |||  |||||    
14652834 agaaatgttacaaagatgctgatggatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttagctgaatcttacaaggctg 14652933  T
201 aatcacagaaat 212  Q
    |||| |||||||    
14652934 aatcccagaaat 14652945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Original strand, 14627317 - 14627502
Alignment:
1 tgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgttgatagaaaactgatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  || ||||  || ||   ||| || |||| |||| | ||| ||||||||    
14627317 tgttatttattcaaaccagataaggaatcgattgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaagagcgtgccggggaagatgttaacagagaactgatt 14627416  T
101 agatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctga 186  Q
    ||| || | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
14627417 agaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttagctga 14627502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 105 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 24395728 - 24395644
Alignment:
105 atataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctgagtt 189  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||   ||||| ||||||  || ||| || |||||||||||||||||    
24395728 atataacaaaaatgctaatggatttaggtccagctgtttatggtcaagattttgaggctcattttcttcaagtttcagctgagtt 24395644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University