View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20985_low_24 (Length: 393)

Name: NF20985_low_24
Description: NF20985
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20985_low_24
NF20985_low_24
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (16-376)||(15608633-15608992)
chr8 (16-377)||(15628656-15629016)
chr8 (16-312)||(15650507-15650803)
chr8 (16-312)||(15626744-15627039)
chr8 (16-377)||(15652498-15652860)
chr8 (144-377)||(15640324-15640557)
chr8 (144-377)||(15617146-15617379)
chr8 (76-377)||(15971362-15971659)
chr8 (99-377)||(12067761-12068034)
chr8 (127-271)||(15990232-15990376)
chr8 (16-156)||(12063176-12063316)
chr8 (185-300)||(12063056-12063171)
chr8 (323-377)||(15990106-15990160)
chr8 (153-232)||(12138814-12138893)
chr8 (71-146)||(15995107-15995184)
chr8 (16-48)||(12068038-12068070)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 16 - 376
Target Start/End: Original strand, 15608633 - 15608992
Alignment:
Q  16 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttctattgaaaatgcctaatctgtaacactagatattgataaagttgca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  15608633 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttcgattgaaaatgcctaacctgcaacactagatattgatacagttgca 15608732  T
Q  116 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15608733 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtagcgatatttttgaaactatgtccaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 15608832  T
Q  216 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgnnn 315  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  15608833 tttgtttttggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatg-tt 15608931  T
Q  316 nnnnnnngctttgacattttatgtgggatatggttatattaattgtttatctttgatgttc 376  Q
           ||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  15608932 tttttttgctttgacattttttatgggatatggttgtgttaattgtttatctttgatgttc 15608992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 16 - 377
Target Start/End: Original strand, 15628656 - 15629016
Alignment:
Q  16 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttctattgaaaatgcctaatctgtaacactagatattgataaagttgca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15628656 atgatcacctagttttaattgaaaatacgtaattgaatagcgtggctttgtttcgattgaaaatgcctaacctgtaacactagatattgataa-gttgca 15628754  T
Q  116 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15628755 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacggtatttttgaaactatgtccaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 15628854  T
Q  216 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgnnn 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       
T  15628855 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgagaacacttcttggtatgatgttt 15628954  T
Q  316 nnnnnnngctttgacattttatgtgggatatggttatattaattgtttatctttgatgttct 377  Q
           ||||||||||||| | |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||    
T  15628955 ttattttgctttgacattttttatgggatatggctgtgttaattgtttatctttgatgttct 15629016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 312
Target Start/End: Original strand, 15650507 - 15650803
Alignment:
Q  16 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttctattgaaaatgcctaatctgtaacactagatattgataaagttgca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15650507 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttcgattgaaaatgcctaacctgtaacactagatattgatacagttgca 15650606  T
Q  116 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15650607 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcagaaatgagtaacgatatttttgaaactatgtccaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 15650706  T
Q  216 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatg 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15650707 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattccattggatgaaaacacttcttggtatgatg 15650803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 312
Target Start/End: Original strand, 15626744 - 15627039
Alignment:
Q  16 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttctattgaaaatgcctaatctgtaacactagatattgataaagttgca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15626744 atgatcacctagttttaattgaaaatacgtaattgaatagcgtggctttgtttcgattgaaaatgcctaacctgtaacactagatattgataa-gttgca 15626842  T
Q  116 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15626843 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacggtatttttgaaactatgtccaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 15626942  T
Q  216 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatg 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15626943 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattccattggatgaaaacacttcttggtatgatg 15627039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 377
Target Start/End: Original strand, 15652498 - 15652860
Alignment:
Q  16 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttctattgaaaatgcctaatctgtaacactagatattgataaagttgca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15652498 atgatcacctagttttaattgaaactacctaattgaatagcgtggctttgtttcgattgaaaatgcctaacctgtaacactagatattgatacagttgca 15652597  T
Q  116 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15652598 ttaaattttccagatcttgtgtcctgcttattcacaaatgagtaacgatatttttgatactatgtccaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcat 15652697  T
Q  216 tttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatg-nn 314  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  15652698 tttgttttgggttaaacatgatatttttcgattcaatgtgttttctctatctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgttt 15652797  T
Q  315 nnnnnnnngctttgacattttatgtgggatatggttatattaattgtttatctttgatgttct 377  Q
            |||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  15652798 ttttttttgctttgacatttttgatgggatatggttgtgttaattgtttatctttgatgttct 15652860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 144 - 377
Target Start/End: Original strand, 15640324 - 15640557
Alignment:
Q  144 tattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttgggataaacatgatattttt 243  Q
    ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15640324 tattcccaaatgagtaacgattttcttgaaactatgtccaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttgggataaacatgatattttt 15640423  T
Q  244 ggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgnnnnnnnnnngctttgacattttatgtggga 343  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||| | |||||    
T  15640424 ggattcaatatgttttctctgtctataagtaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgttttttttttgctttgacattttttatggga 15640523  T
Q  344 tatggttatattaattgtttatctttgatgttct 377  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  15640524 tatggttgtgttaattgtttatctttgatgttct 15640557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 144 - 377
Target Start/End: Original strand, 15617146 - 15617379
Alignment:
Q  144 tattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttgggataaacatgatattttt 243  Q
    ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15617146 tattcccaaatgagtaacgattttcttgaaactatgtccaatgataaaaaaattaatgcaaacttactttattttgttttgggataaacatgatattttt 15617245  T
Q  244 ggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgnnnnnnnnnngctttgacattttatgtggga 343  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          || |||||||||| | |||||    
T  15617246 ggattcaatatgttttctctgtctataagtaactaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgttttttttttgcattgacattttttatggga 15617345  T
Q  344 tatggttatattaattgtttatctttgatgttct 377  Q
    ||| | | | ||||||||||||||||||||||||    
T  15617346 tattggtgtgttaattgtttatctttgatgttct 15617379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 76 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 15971659 - 15971362
Alignment:
Q  76 aaatgcctaatctgtaacactagatattgataaagttgcattaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaac 175  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  15971659 aaatgcctaatctatatcact-gatattgatacagtcacattaaattttccagatctcgcgtcttccttattcacaaatgagtaacaatatttttgaaac 15971561  T
Q  176 tatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaa 275  Q
    ||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15971560 tatatccagtgatccaaaaattaatgcaaacttacttaattttgtgctggcataaacatgatatttttgttttcaatgtgttttctttgtctataattaa 15971461  T
Q  276 ctaattgcattggatgaaaacacttcttggtatgatgnnnnnnnnnngctttgacattttatgtgggatatggttatattaattgtttatctttgatgtt 375  Q
    ||||||  |||  ||  |||||||| |||||||||||          | ||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  15971460 ctaattatattaaatagaaacactttttggtatgatg---tttttttgttttgacattgtttgtgggatatggttgtgttaattgtttatctttgatgtt 15971364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 99 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 12068034 - 12067761
Alignment:
Q  99 atattgataaagttgcattaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaatta 198  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  |||| ||||||||| || || ||||||| ||| ||||    
T  12068034 atattgatacagtcacattaaattttccagatattgtgtcttccttattcagaaatgagtatggatatttttgaaaccatttccaatgatccaaatatta 12067935  T
Q  199 atgcaaacttacttcattttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgcattggatgaaaacac 298  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||||    
T  12067934 atgcaaacttacttcatcttgttttgggataaaaatgatattttttgattc--tgtgttttctctgtcaattattaatgaattgcattggatggaaacac 12067837  T
Q  299 ttcttggtatgatgnnnnnnnnnngctttgacattttatgtgggatatggttatattaattgtttatctttgatgttct 377  Q
    ||||||||||| ||          ||||||||| ||| | |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  12067836 ttcttggtatgttg---tttttttgctttgacaatttttatgggatatggttgtggtaattgtttatctttgatgttct 12067761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 127 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 15990376 - 15990232
Alignment:
Q  127 agatcttgtgtcctccttattcacaaatgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttggg 226  Q
    ||||||||| || |||||||||| || |||||||| ||| |||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15990376 agatcttgtatcttccttattcaaaagtgagtaacaatatttttgaaactgtatccaatgatccaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttggg 15990277  T
Q  227 ataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataa 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15990276 ataaacatgatatttttggattcaatgtgtttcctttgtctataa 15990232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 12063316 - 12063176
Alignment:
Q  16 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaattgaatagcgtggctttgtttctattgaaaatgcctaatctgtaacactagatattgataaagttgca 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  ||    
T  12063316 atgatcacctagtttcaattgaaaatagctaattgaatagtgtggctttgtatcaattggaaatgcctaatctataacactagatatttatacagtcaca 12063217  T
Q  116 ttaaattttccagatcttgtgtcctccttattcacaaatga 156  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  12063216 ttaaattttccagatcttgtgtcttgcttattcacaaatga 12063176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 185 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 12063171 - 12063056
Alignment:
Q  185 tgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgttttctctgtctataattaactaattgca 284  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||| ||    
T  12063171 tgatccaaaaattaatgcagacttacttcattttgttttgggataaacatgatatttttggattcaatgtgctttgtttgtctataattaacttattaca 12063072  T
Q  285 ttggatgaaaacactt 300  Q
    ||||||| ||||||||    
T  12063071 ttggatggaaacactt 12063056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 323 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 15990160 - 15990106
Alignment:
Q  323 gctttgacattttatgtgggatatggttatattaattgtttatctttgatgttct 377  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15990160 gctttgacattgtttgtgagatatggttatgttaattgtttatctttgatgttct 15990106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 153 - 232
Target Start/End: Original strand, 12138814 - 12138893
Alignment:
Q  153 atgagtaacgataattttgaaactatgtcgaatgatcaaaaaattaatgcaaacttacttcattttgttttgggataaac 232  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||  || ||||||| ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  12138814 atgagcaacgatatttttgaaactacatccaatgatccaaatattactgctaacttgcttcattttgttttaggataaac 12138893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 15995184 - 15995107
Alignment:
Q  71 attgaaaatgcctaatctgta--acactagatattgataaagttgcattaaattttccagatcttgtgtcctccttat 146  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| |||  || ||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  15995184 attgaaaatgcctaatctctataacacaagatattgatacagtcacaataaattttcaagatcttgtatcttccttat 15995107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 12068070 - 12068038
Alignment:
Q  16 atgatcacctagttttaattgaaaatacctaat 48  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12068070 atgatcacctagtttcaattgaaaatacctaat 12068038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University