View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20988_low_1 (Length: 1119)
Name: NF20988_low_1
Description: NF20988
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20988_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 320 - 993
Target Start/End: Original strand, 39982585 - 39983258
Alignment:
| Q |
320 |
cccttgcagatgcagcgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtatag |
419 |
Q |
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|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
39982585 |
cccttgcagatgcaacgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtatag |
39982684 |
T |
|
| Q |
420 |
gatgacactcatgtttaagatgttacgaagctactggccccttccagtacactagacactctagttctaagaaatttgtnnnnnnntcatggtgtacatg |
519 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
39982685 |
gatgacactcatgtttaagatgttacgaagctactggccccttccagtac--tagacactctagttctaagaaatttgtaaaaaaatcatggtgtacatg |
39982782 |
T |
|
| Q |
520 |
gtga-------gtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattcatgaacctttagtgttaaatttatatgtctaatat |
612 |
Q |
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|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
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|
| T |
39982783 |
gtgactggtgagtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattcatgaacctttagtgttaaatttat--gtctaatat |
39982880 |
T |
|
| Q |
613 |
ttgtatttaaatttgannnnnnnnnn-cttgctagtatgaatcatgatgttatttgatatatatgaatcatgttatctgaatgcctactttaatatgatt |
711 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
39982881 |
ttgtatttaaatttgatttttttttttcttgctagtatgaatcatgatgttatttgatat----gaatcatgttatctgaatgcctattttaatatgatt |
39982976 |
T |
|
| Q |
712 |
tcaaaatgaagaaattccatatgtctagatactacaatccaaacaaataccgtttatttagattacaaaatccaagcatgagtagttttgaaattttgaa |
811 |
Q |
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| T |
39982977 |
tcaaaaggaagaaattccatacgtctagatactacaatccaaacaaataccgtttatttagattacaaaatccaagcatgagtagttttgaaattttgaa |
39983076 |
T |
|
| Q |
812 |
agcatggggtgagaagaaaatcacttattatctagctccaaaaagaaaaccactcaactttgctaccggcattataacctagaatggaatagaagaatct |
911 |
Q |
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| T |
39983077 |
agcatggggtgagaagaaaatcacttattatctagctccaaaaagaaaactactcaactttgctaccggcattataacctagaatggaatagaagaatct |
39983176 |
T |
|
| Q |
912 |
accggaataattttaaattttggattttttaagtggccaaattgttggaacatattaatttccaaaaaattgatatgtccaa |
993 |
Q |
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| T |
39983177 |
accggaataattttatattttggattttttaagtggccaaattgttggaacatattaatttcccaaaaattgatatgtccaa |
39983258 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 40416758 - 40416147
Alignment:
| Q |
16 |
ctaactatgaggggtatgtatgccacatacatgcttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatgagacttg----- |
110 |
Q |
| |
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|
| T |
40416758 |
ctaactaggaggggtatgtatgccacatacatccttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatggtatgttatcct |
40416659 |
T |
|
| Q |
111 |
cgccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggcatctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctcaatatttagatta |
210 |
Q |
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| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
40416658 |
ccccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggcatctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctcaatatttagatta |
40416559 |
T |
|
| Q |
211 |
tattcctagccatccatgagacacattatttggatatatgtgatggtatttctagatataacatccttacacgaaggaaagttgtagagggcaattgaag |
310 |
Q |
| |
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|
|
| T |
40416558 |
tattcctagccatccatgagacacattatttggatatatgtgatggtatttctagatataacatccttacacgaaggaaagttgtagagggcaattgaag |
40416459 |
T |
|
| Q |
311 |
aagaagtggcccttgcagatgcagcgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgg |
410 |
Q |
| |
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|
|
| T |
40416458 |
aagaagtggcccttgcagatgcagcgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgg |
40416359 |
T |
|
| Q |
411 |
gttgtataggatgacactcatg---tttaagatgttac----------------gaagctactggccccttccagtacactagacactctagttctaaga |
491 |
Q |
| |
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| T |
40416358 |
gttgtataggatgacactcatgctgtttaagatgttacgaagtagatcctcaaggaagctactggccccttccagtac--tagacactctaattctaaga |
40416261 |
T |
|
| Q |
492 |
aatttgtnnnnnnnt------------catggtgtacatggt-gagtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattca |
578 |
Q |
| |
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|| || | | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
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| T |
40416260 |
aagttctaagaaattgaaaaaaaaaatcatggtgtacatggttgagtctaatgaaaaaagcatgtcatcttgcaagagttttaccagcttagctcattca |
40416161 |
T |
|
| Q |
579 |
tgaacctttagtgt |
592 |
Q |
| |
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| T |
40416160 |
tgaacttttagtgt |
40416147 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 208
Target Start/End: Original strand, 39982330 - 39982527
Alignment:
| Q |
16 |
ctaactatgaggggtatgtatgccacatacatgcttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatgagactt-----g |
110 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
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| T |
39982330 |
ctaactaggaggggtatgtatgccacatacatccttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatggtatgttatcct |
39982429 |
T |
|
| Q |
111 |
cgccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggcatctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctcaatatttagat |
208 |
Q |
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| T |
39982430 |
ccccagtttagatacatgcaaactatctctctcgatcgaggaatccaattgtatccattctatagtaaacttggagcacgctagctcaatatttagat |
39982527 |
T |
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