View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20993_low_1 (Length: 646)
Name: NF20993_low_1
Description: NF20993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20993_low_1 |
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| [»] scaffold0008 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0008 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:
Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 624
Target Start/End: Original strand, 68449 - 69072
Alignment:
| Q |
1 |
agagaggaaggggaataataaataggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggttgaaccgatggaccta |
100 |
Q |
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| T |
68449 |
agagaggaaggggaataataaagaggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggttgaaccgatggaccta |
68548 |
T |
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| Q |
101 |
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200 |
Q |
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| T |
68549 |
tgtggtgtggaataaatgaggagaattattgttgacaagggacatgtgcatttacaagaatacccgaatgaaaattttaagttggaactgcagatagtta |
68648 |
T |
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| Q |
201 |
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300 |
Q |
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| T |
68649 |
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68748 |
T |
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| Q |
301 |
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400 |
Q |
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68848 |
T |
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| Q |
401 |
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500 |
Q |
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| T |
68849 |
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68948 |
T |
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| Q |
501 |
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600 |
Q |
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| T |
68949 |
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69048 |
T |
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601 |
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624 |
Q |
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69049 |
aattgatctaggatacgaaggaca |
69072 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 624
Target Start/End: Original strand, 76292 - 76915
Alignment:
| Q |
1 |
agagaggaaggggaataataaataggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggttgaaccgatggaccta |
100 |
Q |
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| T |
76292 |
agagaggaaggggaataataaagaggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggttgaaccgatggaccta |
76391 |
T |
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| Q |
101 |
tgtggtgtggaataaatgaggagaattattgttgacaagggacatgtgcatttacaagaatacccgaatgaaaattttaagttggaactgcagatagtta |
200 |
Q |
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| T |
76392 |
tgtggtgtggaataaatgaggagaattattgttgacaagggacatgtgcatttacaagaatacccgaatgaaaattttaagttggaactgcagatagtta |
76491 |
T |
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| Q |
201 |
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300 |
Q |
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| T |
76492 |
gggagtcctcttgtcgattaaagagttttgagatgaaaggtttaaagcaaaaatgtggtttaattcctgtcaagtagtgggttgtagaggaattggaaaa |
76591 |
T |
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| Q |
301 |
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400 |
Q |
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76691 |
T |
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| Q |
401 |
aacaaggaaaccaatgtcatatttcaggcatatatggtacccaaaaaagggcaataaagagataacatggcaactaatttgtaatggacatgttttagag |
500 |
Q |
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| T |
76692 |
aacaaggaaaccagtgtcatatttcaggcatatatggtacccagaaaagggcaataaagggataacatggcaactaatttgtaatggacatgttttacag |
76791 |
T |
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| Q |
501 |
attttaacgacattatcttttcctcaaagaagatgggaggcaatatacgaagccaaaacaatatgcttcatcataaacgagttatggataactgcggact |
600 |
Q |
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| T |
76792 |
attttaacgacattatcttttcctcaaagaagatgggaggcaatatacgaagccaaaacaatatgcttcatcataaacgagttatggataactgcggact |
76891 |
T |
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| Q |
601 |
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624 |
Q |
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aattgatctaggatacgaaggaca |
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