View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20998_high_1 (Length: 750)

Name: NF20998_high_1
Description: NF20998
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20998_high_1
NF20998_high_1
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (12-735)||(23247223-23247948)
chr6 (12-735)||(23251635-23252360)
chr6 (12-735)||(23257608-23258338)
chr6 (12-654)||(23266169-23266808)
chr6 (297-530)||(23587038-23587271)
chr6 (200-505)||(23283472-23283777)
chr6 (202-521)||(23289787-23290106)
chr6 (246-529)||(23391300-23391583)
chr6 (306-529)||(23583164-23583386)
chr6 (203-556)||(23633978-23634331)
chr6 (304-530)||(23506899-23507125)
chr6 (29-159)||(23289602-23289729)
chr6 (17-117)||(23391074-23391174)
chr6 (15-159)||(23283248-23283389)
chr6 (306-553)||(23594113-23594360)
chr6 (59-142)||(23593009-23593092)
chr6 (15-117)||(23582849-23582948)
chr6 (15-117)||(23586732-23586831)
chr6 (63-98)||(23633835-23633870)
chr6 (639-693)||(23507265-23507319)
chr6 (703-732)||(23266820-23266849)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 735
Target Start/End: Original strand, 23247223 - 23247948
Alignment:
Q  12 tcatcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatactcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctggca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  23247223 tcatcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcgtcatactcatgatactcaaagctatgtgtaggtgacatcaacgccatattcctccacaactctggca 23247322  T
Q  112 tattcaacatttcctgctcttcttctacttccacacaaaacctattcaggtcctttgtggcgacgacatcttcgacaatttcaatattgttagtcattaa 211  Q
    ||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||    
T  23247323 tattcaacatttcctcctgttcatcaacttccacacaaaacatattcagctcctttgtggcgacgacatctacgatagtgtcaatattgttagtcattaa 23247422  T
Q  212 agtattgtctggcctaaatgtttcggcagcttcagcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgccacaccgagtct 311  Q
    |||||||||||| ||||| | |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||   ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23247423 agtattgtctggtctaaaagcttcggccgcttttgtagctgccttttgaatatcttttattgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgagtct 23247522  T
Q  312 gcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctagccaaatcc 411  Q
    | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  23247523 gagaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgccattgcagcaacatcgtgggctcgggcagccatctccggtgttggaaaagttcccagccaaatcc 23247622  T
Q  412 tattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatctt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23247623 tattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatctt 23247722  T
Q  512 tctccctgctcgcttcttcaggatgcttgatgctaaccgcacctcagaatccggtgatgatgcgtggaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgt 611  Q
     |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23247723 cctccctgctcgcttcttcgggttacttgatgctaaccgcacctcagaacccggtgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggagtgt 23247822  T
Q  612 gaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgtgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgggaattg--gagagtttgttttaag 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  23247823 gaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgtgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgggaattggagagagtttgttttaag 23247922  T
Q  710 agaatgaagagtaaggtgtgttatat 735  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  23247923 agaatgaagagtaaggtgtgttatat 23247948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 735
Target Start/End: Original strand, 23251635 - 23252360
Alignment:
Q  12 tcatcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatact---catgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctg 108  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251635 tcatcatcttgaaagtcttgtatatgaatatcttcatactgatcatgatacccaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctg 23251734  T
Q  109 gcatattcaacatttcctgctcttcttctacttccacacaaaacctattcaggtcctttgtggcgacgacatcttcgacaatttcaatattgttagtcat 208  Q
    |||||||||||| |||||   ||||||| ||||| |||| |||| ||||||| |||| ||| ||||| ||| || | ||  | ||||| |   | |||||    
T  23251735 gcatattcaacacttcct---cttcttcgacttcaacacgaaacatattcagctcctgtgttgcgacaacagctacaacggtgtcaatgtcactggtcat 23251831  T
Q  209 taaagtattgtctggcctaaatgtttcggcagcttcagcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgccacaccgag 308  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23251832 taaagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgtagctgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgag 23251931  T
Q  309 tctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctagccaaa 408  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23251932 tctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgctatcgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaa 23252031  T
Q  409 tcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatat 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23252032 tcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagacagggtgacgagtttccttaaatat 23252131  T
Q  509 ctttctccctgctcgcttcttcaggatgcttgatgctaaccgcacctcagaatccggtgatgatgcgtggaagggagaaaaatcttttgaggaaatggag 608  Q
    ||| ||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23252132 cttcctccccgctctcttcttcgggttgcttgatgctaaccgcacctcagaatccggtgatgatgcgtcgaagggagaaaaatcttttgaggaaatggag 23252231  T
Q  609 tgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgtgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgggaattg--gagagtttgtttt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  23252232 tgtgaataggaagagttgttagtacttatcatatgtatgtgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtggtaattggagagagtttgtttt 23252331  T
Q  707 aagagaatgaagagtaaggtgtgttatat 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23252332 aagagaatgaagagtaaggtgtgttatat 23252360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 735
Target Start/End: Original strand, 23257608 - 23258338
Alignment:
Q  12 tcatcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatact---catgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctg 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  23257608 tcatcatcttgaaagtcttgtacatgaatatcttcatactgatcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctcaacaattctg 23257707  T
Q  109 gcatattcaacatttcctgctcttcttctacttccacacaaaacctattcaggtcctttgtggcgacgacatcttcgacaatttcaatattgttagtcat 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||  | | ||  | |||||||  ||| ||||    
T  23257708 gcatattcaacatttcctgctcttcttcgacttccacacaaaacatattcaactcctttgtggccacgacaggtactacggtgtcaatatcattaatcat 23257807  T
Q  209 taaagtattgtctggcctaaatgtttcggcagcttcagcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgccacaccgag 308  Q
    |||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23257808 taaagtcttgtctggtctaaaagcttcggcagcttcagcagccgccttttgaatatcttttatcgcggaagttgctggaataggaaggcgccacaccgag 23257907  T
Q  309 tctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctagccaaa 408  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || |||||||    
T  23257908 tctgcaaaattgagacaggcatagcggcccctcaatgccattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatttcgggtgttggaaaagtccccagccaaa 23258007  T
Q  409 tcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatat 508  Q
    ||||  |||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||    
T  23258008 tcctggtctttgtgttgggttccctcatttcacacacccatttatctaagttcctcttcctcacacctctatacatcgggtggcgagtttccttgaagat 23258107  T
Q  509 ctttctccctgctcgcttcttcaggatgcttgatgctaaccgcacctcagaatccggtgatgatgcgtggaagggagaaaaatcttttgaggaaatggag 608  Q
    ||| |||||||||||||||||  || | || |  ||||| || ||||| |||| ||| | |||   ||   | | |||| |  || |||||| ||||||     
T  23258108 cttcctccctgctcgcttctttgggttactagccgctaatcgtacctccgaattcggagttgacatgtcatacgaagaagatgctgttgagggaatggat 23258207  T
Q  609 tgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgtgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgggaattg----gagagtttgtt 704  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||    |||||||  ||    
T  23258208 tgtgaataggaagagttgttagtagtaaacatatgtatgtgttggagagagtggaaaattgttttaagaggaaaagtggcaattggagagagagttgttt 23258307  T
Q  705 ttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatat 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258308 ttaagagaatgaagagtaaggtgtgttatat 23258338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 12 - 654
Target Start/End: Original strand, 23266169 - 23266808
Alignment:
Q  12 tcatcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatact---catgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctg 108  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  23266169 tcatcatcttgaaagtcttgaaaatgaaaatcttcatattgatcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccaaaactccg 23266268  T
Q  109 gcatattcaacatttcctgctcttcttctacttccacacaaaacctattcaggtcctttgtggcgacgacatcttcgacaatttcaatattgttagtcat 208  Q
    |||||||||||||||||      |||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||| || | ||| | ||||| ||| || ||||    
T  23266269 gcatattcaacatttcc------tcttcttcttccacacaaaacatattcaactcctttgtggcgacaacagctacaacagtctcaatgttggtaatcat 23266362  T
Q  209 taaagtattgtctggcctaaatgtttcggcagcttcagcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgccacaccgag 308  Q
    || |||||||||||| ||||| | |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||   ||  |||||||| |||||||| |||||||||||     
T  23266363 tatagtattgtctggtctaaaagcttcggcggcttttgtagctgccttttgaatatcttttattgaggaagttgctggaataggaagccgccacaccgaa 23266462  T
Q  309 tctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctagccaaa 408  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23266463 tctgcaaaattgagacaggcgtagcgacccctcaatgccatcgcagcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttggaaaagttcctagccaaa 23266562  T
Q  409 tcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatat 508  Q
    | ||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  23266563 ttctagtcttcgtgttgggttccctcatttcacaaacccatttatctaagttcctcttccttacacctctatacaccgggtggcgagtttccttgaatat 23266662  T
Q  509 ctttctccctgctcgcttcttcaggatgcttgatgctaaccgcacctcagaatccggtgatgatgcgtggaagggagaaaaatcttttgaggaaatggag 608  Q
    ||| |||||||||| ||||||| || | || | |||||| || | ||| || |||||| ||||    | | ||| |||| |  ||| |||||||||||||    
T  23266663 cttcctccctgctctcttcttcgggttactagctgctaatcgtatctccgattccggtaatgagttatagtaggaagaagatgcttctgaggaaatggag 23266762  T
Q  609 tgtgaataggaagagttgttagtactaatcatatgtatgtgttgga 654  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  23266763 tgtgaataggaagagttgttagtagtaaacatatgtatgtgttgga 23266808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 297 - 530
Target Start/End: Original strand, 23587038 - 23587271
Alignment:
Q  297 cgccacaccgagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaag 396  Q
    |||||| | |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  23587038 cgccacgctgagtctgcaaagttgagacaagcgtagcggcccctcaatgccattgcagcaacatcgtgggcacgggctgccatctcggcagttggaaaag 23587137  T
Q  397 ttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagt 496  Q
    | |||||||||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  23587138 tccctagccaaatcttagtcttcttgttaggctccctcatttcacaaacccatttatctaagttcctcttcctcactcctctatagactgggtggcgagt 23587237  T
Q  497 ttccttaaatatctttctccctgctcgcttcttc 530  Q
    |||||| ||  |||| |||||||| |||||||||    
T  23587238 ttccttgaacttcttcctccctgcacgcttcttc 23587271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 200 - 505
Target Start/End: Original strand, 23283472 - 23283777
Alignment:
Q  200 gttagtcattaaagtattgtctggcctaaatgtttcggcagcttcagcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgc 299  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || || |  ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||   |  ||||  || || |||||||| | |    
T  23283472 gttagtcattaaagtcttgtctggtctgaaagcctcggcggcttctgcagctgccctttgaatgtcttttgcttcagcggaggcaggaataggaagcctc 23283571  T
Q  300 cacaccgagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttc 399  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||| |||||| |    
T  23283572 cacaccgagtctgcaaagttgagacaggcatagcggccccttaatgccatggctgcaacgtcgtgtgctcgtgcagccatctcagccgttggaaaagtcc 23283671  T
Q  400 ctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttc 499  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  23283672 ctagccaaatcctagtctttttgttgggttccctcatttcacaaacccatttatctaagttcctcttcctcacacccctatacaccgggtggcgagtctc 23283771  T
Q  500 cttaaa 505  Q
    ||||||    
T  23283772 cttaaa 23283777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 202 - 521
Target Start/End: Original strand, 23289787 - 23290106
Alignment:
Q  202 tagtcattaaagtattgtctggcctaaatgtttcggcagcttcagcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgcca 301  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || |  || || |||||  |||||||| ||||||| ||||||   |  ||||  || || ||||||||   |||    
T  23289787 tagtcattaaagtcttgtctggtctgaaagcctcagcggcttctccagctgccctttgaatgtcttttgcttcagcggaggcaggaataggaagcttcca 23289886  T
Q  302 caccgagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcct 401  Q
    | |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  23289887 cgccgagtctgcaaagttgagacaggcgtagcggcccctcaatgcaattgctgcaacgtcgtgtgcacgggcagccatctcggctgttgcaaaagtccct 23289986  T
Q  402 agccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttcct 501  Q
    |||||||||||| ||||  | || || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  23289987 agccaaatcctagtcttcttatttggttccctcatttcacacacccatttatctaagttcctcttcctcacacctctatacaccgggtggcgagtctcct 23290086  T
Q  502 taaatatctttctccctgct 521  Q
    ||||  |||| |||||||||    
T  23290087 taaacttcttcctccctgct 23290106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 246 - 529
Target Start/End: Original strand, 23391300 - 23391583
Alignment:
Q  246 gcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgccacaccgagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatg 345  Q
    ||||| |||||||| |||||||||  ||  | ||| || |||||||| || |||||| | |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23391300 gcagccgccttttgtatatcttttgcctgagtggtggcaggtatagggagccgccacgcggagtctgcaaagttgagacaggcgtagcggcccctcaatg 23391399  T
Q  346 ctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctagccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaac 445  Q
    | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||  || ||||  | || || |||||||||||||| ||    
T  23391400 ccattgcggcaacatcatgtgctcgggctgccatctccgcagttggaaaagtgcctagccaaattttagtcttcttatttggttccctcatttcacacac 23391499  T
Q  446 ccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaatatctttctccctgctcgcttctt 529  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||| |||||||| ||||||||    
T  23391500 ccatttatctaagtttcttttcctcacacccctatataccgggtggcgagtctccttgaacttcttcctccctgcacgcttctt 23391583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 306 - 529
Target Start/End: Original strand, 23583164 - 23583386
Alignment:
Q  306 gagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctagcc 405  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| || |||| |||||| |||||||    
T  23583164 gagtctgcaaagttgagacaggcgtagcggccc-tcaatgccattgcagcaacatcgtgggcacgggttgccatctccgcagttggaaaagtccctagcc 23583262  T
Q  406 aaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaa 505  Q
    ||||| || ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  23583263 aaatcttagtcttcttgttaggcttcctcatttcacaaacccatttatctaagttcctcttccttacacccctatagaccgggtggcgagtctccttgaa 23583362  T
Q  506 tatctttctccctgctcgcttctt 529  Q
      |||| |||||||| ||||||||    
T  23583363 cttcttcctccctgcacgcttctt 23583386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 203 - 556
Target Start/End: Original strand, 23633978 - 23634331
Alignment:
Q  203 agtcattaaagtattgtctggcctaaatgtttcggcagcttcagcagctgccttttgaatatcttttatcttggcggttgctggtataggaaggcgccac 302  Q
    |||| ||||||| |||||||| || || |  ||||||||||| ||||| | |||||| |||||| || |||  |  || || || |||||||| ||| |     
T  23633978 agtcgttaaagtcttgtctggtctgaaagcctcggcagcttctgcagccgtcttttgtatatctcttgtctctgtagtggcaggaataggaagccgcgag 23634077  T
Q  303 accgagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttccta 402  Q
     | ||||| || ||||| |||||||||| ||| || || ||||| | ||| || ||||| || ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  23634078 gcagagtcagcaaaattaagacaggcgttgcgacctcttaatgccaatgccgcgacatcatgtgctcgtgctgccatctcggccgttggaaaagtcccta 23634177  T
Q  403 gccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttcctt 502  Q
    |||||||| || ||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| || || ||||||||||| || |||||    
T  23634178 gccaaatcttagtcttcttgttaggctccctcatttcacacacccatttatctaagttcctcctcctcacacccctgtacaccgggtggcgtgtctcctt 23634277  T
Q  503 aaatatctttctccctgctcgcttcttcaggatgcttgatgctaaccgcacctc 556  Q
     ||  |||| |||||||| ||||||||| || |  |||| |||||||| |||||    
T  23634278 gaacttcttcctccctgcacgcttcttcggggtagttgaagctaaccggacctc 23634331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 304 - 530
Target Start/End: Original strand, 23506899 - 23507125
Alignment:
Q  304 ccgagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctag 403  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||  ||  |||| || | ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23506899 ccgagtctgcaaagttgagacaggcgtcgccacctttcaacgccagtgccgcaacatcatgggcccgagctgccatctcggctgttggaaaagttcctag 23506998  T
Q  404 ccaaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttcctta 503  Q
    ||||||| |  ||||| |||| ||||  || |||||||| |||||||||| || ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  23506999 ccaaatcttggtctttttgttaggctgtcttatttcacacacccatttatctaggttcctactcctcacacccctatacaccgggtggcgagtttccttg 23507098  T
Q  504 aatatctttctccctgctcgcttcttc 530  Q
    ||| |||| |||||| | |||||||||    
T  23507099 aatttcttcctccctccacgcttcttc 23507125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 159
Target Start/End: Original strand, 23289602 - 23289729
Alignment:
Q  29 ttgtacatgaatatcttcatactcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctggcatattcaacatttcctgc 128  Q
    |||||||| || |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||      
T  23289602 ttgtacatcaaaatcttcatactcatg---ctcaaaactatgtgtaggggacattagtgccatatttttccacaactcttgcatattcaacacttcctct 23289698  T
Q  129 tcttcttctacttccacacaaaacctattca 159  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  23289699 tctttttcgacttccacacaaaacatattca 23289729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 117
Target Start/End: Original strand, 23391074 - 23391174
Alignment:
Q  17 atcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatactcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctggcatattc 116  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  23391074 atcttgaaagtcttgaacatgaatattttcatattcattatacccagagctatgtgtaggagacattagtgccatattcctcaacaactctggcatgttc 23391173  T
Q  117 a 117  Q
    |    
T  23391174 a 23391174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 159
Target Start/End: Original strand, 23283248 - 23283389
Alignment:
Q  15 tcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatactcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctggcatat 114  Q
    ||||||||||| ||||||| || || || ||||||||||||   ||| |  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  23283248 tcatcttgaaagtcttgtaaatcaaaattttcatactcatg---ctccatactatgtgtaggggacattaacgccatattcctccacatctctgacatat 23283344  T
Q  115 tcaacatttcctgctcttcttctacttccacacaaaacctattca 159  Q
    |||||| |||||  |||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  23283345 tcaacacttcctcttctttttcgacttccacacaaaacatattca 23283389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 306 - 553
Target Start/End: Original strand, 23594113 - 23594360
Alignment:
Q  306 gagtctgcgaaattgagacaggcgtagcgtcccctcaatgctattgcggcaacatcgtgggctcgggctgccatctcggctgttgaaaaagttcctagcc 405  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| |  || |||||||| | ||  || ||||| |||||||| ||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||    
T  23594113 gagtctgcaaagttgagacaagcgtaacaacctctcaatgccaatgtcgcgacatcatgggctcgtgcttccatctcagccattggaaaagttcctagcc 23594212  T
Q  406 aaatcctattctttgtgttcggctccctcatttcacaaacccatttatttaagttcctcttcctcacacctctatagaccgggtggcgagtttccttaaa 505  Q
    | ||| || || |  |||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||  |||||||||| ||||||| |||||||| |||  |||| ||    
T  23594213 atatcttagtcatcttgttaggctccctcatttcacacacccatttacctaaattcctactcctcacacccctatagatcgggtggcaagtcaccttgaa 23594312  T
Q  506 tatctttctccctgctcgcttcttcaggatgcttgatgctaaccgcac 553  Q
      ||||||| | ||| ||||||||  || | ||||  |||||||||||    
T  23594313 cttctttctgcatgcacgcttctttggggtacttgcagctaaccgcac 23594360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 142
Target Start/End: Original strand, 23593009 - 23593092
Alignment:
Q  59 ctcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctggcatattcaacatttcctgctcttcttctacttc 142  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| || ||||||| ||||| ||||| |||| ||||    
T  23593009 ctcaacgctatgtgtaggggacattagagccatattcctcaacgactctggaatgttcaacacttcctcctctttttcttcttc 23593092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 117
Target Start/End: Original strand, 23582849 - 23582948
Alignment:
Q  15 tcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatactcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctggcatat 114  Q
    ||||||||||| ||||   ||| ||||| || |||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||| |||| |    
T  23582849 tcatcttgaaagtctt---cattaatatattgatactcataataccccaagctatgtgtaggagacattagcgccatattactccacatctcttgcatgt 23582945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 117
Target Start/End: Original strand, 23586732 - 23586831
Alignment:
Q  15 tcatcttgaaaatcttgtacatgaatatcttcatactcatgatactcaaagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctccacaactctggcatat 114  Q
    ||||||||||| ||||   ||| ||||| || |||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||| |||| |    
T  23586732 tcatcttgaaagtctt---cattaatatattgatactcataataccccaagctatgtgtaggagacattagcgccatattactccacatctcttgcatgt 23586828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 98
Target Start/End: Original strand, 23633835 - 23633870
Alignment:
Q  63 aagctatgtgtaggggacattagtgccatattcctc 98  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23633835 aagctatgtgtaggggacattagagccatattcctc 23633870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 639 - 693
Target Start/End: Original strand, 23507265 - 23507319
Alignment:
Q  639 atatgtatgtgttggatagagtggaaaatggttttgagaggtaaagtgggaattg 693  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || ||| |||||||||||||    
T  23507265 atatgtatgtgttggagagaatggaaaaaggtttagaaagggaaagtgggaattg 23507319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 703 - 732
Target Start/End: Original strand, 23266820 - 23266849
Alignment:
Q  703 ttttaagagaatgaagagtaaggtgtgtta 732  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23266820 ttttaagagaatgaagagtaaggtgtgtta 23266849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University