View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21000_high_1 (Length: 731)

Name: NF21000_high_1
Description: NF21000
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21000_high_1
NF21000_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-715)||(4410601-4411305)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 677; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 677; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 715
Target Start/End: Original strand, 4410601 - 4411305
Alignment:
Q  11 atcatcaaatgttgctaacttaacgaatctcgcttatagttcctcgaattgtagcaatgagctttcactaagtcttgcaacatctccaacttcaggtcaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4410601 atcatcaaatgttgctaacttaacgaatctcgcttatagttcctcgaattgtagcaatgagctttcactaagtcttgcaacatctccaacttcagttcaa 4410700  T
Q  111 tgctcagagattagttgttcagacttaactcatagcatgaatggaacaagatcaggtttggaacaagcctcatgtagtagtatggaactttctatgagtt 210  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4410701 tgctcagagattagttgttctgacttaactcatagcatgaatggaacaagatcaggtttggaacaagcctcatgtagtagtatggaactttctatgagtt 4410800  T
Q  211 tagggaatgataaacatgtcaagttttcgcctgcaatattaggatcaagataccttgctgtaattcaggaaatacttgttcaaattgcaacattttcatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4410801 tagggaatgataaacatgtcaagttttcgcccgcaatattaggatcaagataccttgctgtaattcaggaaatacttgttcaaattgcaacattttcatt 4410900  T
Q  311 tgaaaatcttgatgagataaactattccggttctggtgttagaggccgaggaaataaatcaacttcgttgaacacagccaagcgaaggataggaataaat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4410901 tgaaaatcttgatgagataaactattccggttctggtgttagaggccgaggaaataaatcaacttcgtcaaacacaaccaagcgaaggataggaataaat 4411000  T
Q  411 cgcgacgagagtcctatgtcagaagcttatgctgattcttcattgcaaaggcatgctgttgaatcaaagcaatctcaactcttgatgcttctacagatgg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4411001 cgcgacgagagtcctatgtcagaagcttatgctgattcttcattgcaaaggcatgctgttgaatcaaagcaatctcaactcttgatgcttctacagatgg 4411100  T
Q  511 tacattgctaaccacttagattacattacattcatttggttttcgtaaaaccgtttacggtcctgattgcgttagtatatgtctgctggtttcactcttg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4411101 tacattgctaaccacttagattacattacattcatttggttttcgtaaaaccgtttatggtcctgattgcgttagtatatgtctgctggtttcactcttg 4411200  T
Q  611 aacatggaaaaaattgatttctgatgtgtagaacggattttgacatctttggatgttttctagtagagttggtacttagagctagaattttgagcttttg 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4411201 aacatggaaaaaattgatttctgatgtgtagaacggattttgacatctttggatgttttctagtagagttggtacttagagctagaattttgagcttttg 4411300  T
Q  711 cctct 715  Q
    |||||    
T  4411301 cctct 4411305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University