View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21004_low_4 (Length: 449)

Name: NF21004_low_4
Description: NF21004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21004_low_4
NF21004_low_4
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (10-435)||(39571208-39571633)
chr3 (11-425)||(39581667-39582090)
chr3 (77-434)||(39585297-39585654)
chr3 (106-434)||(39575097-39575425)
chr3 (22-430)||(39565742-39566150)
chr3 (127-435)||(39568508-39568816)
chr3 (127-434)||(39561138-39561445)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 435
Target Start/End: Original strand, 39571208 - 39571633
Alignment:
Q  10 gcacagagaagtaaactctaatcatatagaatcaatccattataattgtcaaaaattcaattcattataatgatatgctaattagttgatatcagggcat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39571208 gcacagagaagtaaactctaatcatatagaatcaatccattataattgtcaaaaattcaattcattataatgatatgctaattagttgatatcggggcat 39571307  T
Q  110 atatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571308 atatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcaccgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatc 39571407  T
Q  210 atgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccact 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571408 atgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccact 39571507  T
Q  310 tccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||||||    
T  39571508 tccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccatttttttaactccatgttttgtgcttcaagaa 39571607  T
Q  410 tcaccttccatggaatgtcacctttg 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  39571608 tcaccttccatggaatgtcacctttg 39571633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 11 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 39582090 - 39581667
Alignment:
Q  11 cacagagaagtaaactctaatcatatagaatcaatccattataatt--gtcaaaaat---tcaattcattataatgatatgctaatta----gttgatat 101  Q
    |||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||    | ||| || | |||||||| ||||||||    |||||| |    
T  39582090 cacagagaagaaagctctaatcaaatagaatcgatccattataattttgtcaaaaaaatataaatccactgtaatgataagctaattaattagttgatgt 39581991  T
Q  102 cagggcatatatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagct 201  Q
     || ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||| ||||| || | |||||||||     
T  39581990 tagtgcatatatacatcacataattttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcaccaagcgcaaatatatcacaatcttctgcgcagcaccaagca 39581891  T
Q  202 tgatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaa 301  Q
     |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  39581890 cgatggtcatggccgtttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcgtctccatctcagaaactgaagctacttttattttaa 39581791  T
Q  302 tctccacttccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgt 401  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||     
T  39581790 tctccacttccacttctggtgttgtgaacataccctctttgtaatcacttccactcaccaaatccatcttcaaccatttttttaactccatgttttgtga 39581691  T
Q  402 ttcaagaatcaccttccatggaat 425  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  39581690 ttcaagaatcactttccatggaat 39581667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 77 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 39585654 - 39585297
Alignment:
Q  77 taatgatatgctaattagttgatatcagggcatatatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatc 176  Q
    |||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  39585654 taattataagctaattagttgatgttagtgcatatatacatcacataattttgcatccaaatcaaaaagcctccaaagctccacctaatgcaaatatatc 39585555  T
Q  177 acattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctca 276  Q
    ||| |||||||   ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  ||||||||||||    
T  39585554 acaatcttcagtgttgcaccatgcttgatgattatgaccatttttgcatccacactcattccagttattcaatctccatttatttttgttctccatctca 39585455  T
Q  277 acaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaacc 376  Q
     |||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  39585454 gcaaccgaaggaacttttattttaatctccacttccacttctgttgttgtgaacataccctctttgcaatcacttccactcacaaattccattttcaacc 39585355  T
Q  377 annnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttccatggaatgtcaccttt 434  Q
    |       |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  39585354 atttttttaactccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaatctcaccttt 39585297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 106 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 39575425 - 39575097
Alignment:
Q  106 gcatatatacattgcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgat 205  Q
    ||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||    
T  39575425 gcatatatacatcacatatttttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctccacctaatgcaaatatatcacaatcttcagtgttgcaccaagctcgat 39575326  T
Q  206 gatcatgaccatttttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctc 305  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  39575325 gatcatgaccatttttacatccacacttgttccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctccgcaaccgaagctacttttattttaatctc 39575226  T
Q  306 cacttccacttctggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttca 405  Q
    ||||||||| |  || ||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||       |||||||||||||||| ||||    
T  39575225 cacttccacctacggcgttatgaatataccctctttgcaatcacttccactcaacaaatccatcttcaaccatttttttaactccatgttttgtgattca 39575126  T
Q  406 agaatcaccttccatggaatgtcaccttt 434  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  39575125 agaatcactttccatggaatctcaccttt 39575097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 22 - 430
Target Start/End: Original strand, 39565742 - 39566150
Alignment:
Q  22 aaactctaatcatatagaatcaatccattataatt--gtcaaaaat-tcaattcattataatgatatgctaattagttgatatcagggcatatatacatt 118  Q
    |||||||||  || |||||| |||||| |||||||  ||||||||  |||||  |||||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||| |     
T  39565742 aaactctaacaatttagaattaatccactataattttgtcaaaaaaatcaatctattataatgataagctaattagttgatgttagtgcctatatacgta 39565841  T
Q  119 gcataactttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatt 218  Q
    ||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||  ||   || |||||||||||||| ||||| || | |||||||||  |||| ||||| || ||    
T  39565842 gcataatcttgcatcaaaactaaaaagcctccaaagcgcca---aacgcaaatatatcacactcttctgcgcagcaccaagcacgatggtcatggccgtt 39565938  T
Q  219 tttgcatccacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttct 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39565939 tttgcatccacactcattccaattattcaatctcctgttattttgcttctccatctcagcaaccgaggctacttttattttaatctccacttccacttct 39566038  T
Q  319 ggtgtactgaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttcc 418  Q
    || ||  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  39566039 ggcgttatgaacataccctctttgaaatcactgccactcaccaaatccatcttcaaccatttttttaactccatgttttttgattcaagaatcactttcc 39566138  T
Q  419 atggaatgtcac 430  Q
    ||||||| ||||    
T  39566139 atggaatctcac 39566150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 127 - 435
Target Start/End: Original strand, 39568508 - 39568816
Alignment:
Q  127 ttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatttttgcatc 226  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |  ||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  39568508 ttgcatcaaaattaaaaagcctctaaagctgcaccaagcgcaaataaatcacaatcttcggcgctgcaccaagcattatgatcatgaccatttttgcatc 39568607  T
Q  227 cacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttctggtgtact 326  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       
T  39568608 cacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagccactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgg 39568707  T
Q  327 gaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttccatggaatg 426  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||     
T  39568708 gaacatagcctctttgcaatcacttctactcaccaaatccattttcaaccatttttttagctccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaatc 39568807  T
Q  427 tcacctttg 435  Q
    |||||||||    
T  39568808 tcacctttg 39568816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 127 - 434
Target Start/End: Original strand, 39561138 - 39561445
Alignment:
Q  127 ttgcatcaaaatcaaaaagcctccaaagctgcactgaatgcaaatatatcacattcttcagcactgcaccaagcttgatgatcatgaccatttttgcatc 226  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |   | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  39561138 ttgcattaaaatcaaaaagcctccaaagctgcgccaagcacgaatatatcacaatcttcagcgctgcaccaagcgtgatgatcatggccattcttgcatc 39561237  T
Q  227 cacactcattccaattattcaatctcctcttattttgcttctccatctcaacaactgaagctactcttattttaatctccacttccacttctggtgtact 326  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       
T  39561238 cacactcattccaattattcaaccttctcttattcttcttttccatctcagcaaccgaagtcactcttattttaatttccacttccacttctggtgttgg 39561337  T
Q  327 gaacataccctctttgcactcacttccactcaccaaatccattttcaaccannnnnnnaactccatgttttgtgtttcaagaatcaccttccatggaatg 426  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  || ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||     
T  39561338 gaacatagcctctttgcaatcacttccactcactaaatatatcttcaaccatttttttaactccatgttttgtgattcaagaatcactttccatggaatc 39561437  T
Q  427 tcaccttt 434  Q
    ||||||||    
T  39561438 tcaccttt 39561445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University