View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21008_high_5 (Length: 455)
Name: NF21008_high_5
Description: NF21008
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21008_high_5 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 416
Target Start/End: Original strand, 36692556 - 36692962
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaggtaaaaacaaaggtaatatttttatttgtacataaactattctttataagcataacacactacacacatagatgcaattataaaatacacacat |
111 |
Q |
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| T |
36692556 |
atgaaggtaaaaacaa-ggtaatatttttatttgtacataaactattttttataagcataacacactacacacatagatgcaattataaaatacacacat |
36692654 |
T |
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| Q |
112 |
gttgaccaagttgattaataattgattagcactgttattatcctatcaatagaaccattaatttaaaagaaacttccaatcaaaaataataataataatt |
211 |
Q |
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| T |
36692655 |
gttgaccaagttgattaataattgattagcactgttattatcctatcaatagaaccattaatttaaaagaaacttccaatcaaaaataataataataatt |
36692754 |
T |
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| Q |
212 |
aaggaacgttagacacaactggcactcgctag---aatgcttcagattaactatagatacgttgaaaatgaagagtgctacttaacaatcaattccattc |
308 |
Q |
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| T |
36692755 |
aaggaacgttagacaccactggcactcgctagaataatgcttcaaattaactatagatacgttgaaaatgaagagtgctacttaacaatcaattccattc |
36692854 |
T |
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| Q |
309 |
cacgcattgggattaattatccttaatttgttgatgtatactactatcatacgcattcattaagaaaatattttgtgcacatctctcgagggtatataca |
408 |
Q |
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| T |
36692855 |
cacgcattgggattaattattcttaatttgttgatgtatactactattctacgcattcattaagaaaatattttgtgcacatatcttgagggtgtatata |
36692954 |
T |
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| Q |
409 |
ctttaaaa |
416 |
Q |
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| T |
36692955 |
ttttaaaa |
36692962 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 416
Target Start/End: Original strand, 36708657 - 36709063
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaggtaaaaacaaaggtaatatttttatttgtacataaactattctttataagcataacacactacacacatagatgcaattataaaatacacacat |
111 |
Q |
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| T |
36708657 |
atgaaggtaaaaacaa-ggtaatatttttatttgtacataaactattttttataagcataacacactacacacatagatgcaattataaaatacacacat |
36708755 |
T |
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| Q |
112 |
gttgaccaagttgattaataattgattagcactgttattatcctatcaatagaaccattaatttaaaagaaacttccaatcaaaaataataataataatt |
211 |
Q |
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| T |
36708756 |
gttgaccaagttgattaataattgattagcactgttattatcctatcaatagaaccattaatttaaaagaaacttccaatcaaaaataataataataatt |
36708855 |
T |
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| Q |
212 |
aaggaacgttagacacaactggcactcgctag---aatgcttcagattaactatagatacgttgaaaatgaagagtgctacttaacaatcaattccattc |
308 |
Q |
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| T |
36708856 |
aaggaacgttagacaccactggcactcgctagaataatgcttcaaattaactatagatacgttgaaaatgaagagtgctacttaacaatcaattccattc |
36708955 |
T |
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| Q |
309 |
cacgcattgggattaattatccttaatttgttgatgtatactactatcatacgcattcattaagaaaatattttgtgcacatctctcgagggtatataca |
408 |
Q |
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cacgcattgggattaattattcttaatttgttgatgtatactactattctacgcattcattaagaaaatattttgtgcacatatcttgagggtgtatata |
36709055 |
T |
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| Q |
409 |
ctttaaaa |
416 |
Q |
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36709056 |
ttttaaaa |
36709063 |
T |
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