View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2100R-Insertion-1 (Length: 985)

Name: NF2100R-Insertion-1
Description: NF2100R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2100R-Insertion-1
NF2100R-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-981)||(334037-335011)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 925; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 925; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 981
Target Start/End: Complemental strand, 335011 - 334037
Alignment:
Q  12 ccatcattattcacaagaatatgttattactagccaaagcgtttgataatacctgagcattatctgttttcaatttttgaagctcttcctgggtgcatat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  335011 ccatcattattcacaagaatatgttattactagccaaagcgtttgataatacctgagcattatctgttttcaatttttgaagctcttcctgggtgcatat 334912  T
Q  112 gagccta--gatgatacaaagcaaggttaatgagtaaaaccacctatattttagcatataatccaactaacttttataatacaatacctccattgcaaat 209  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  334911 gagcctatagatgatacaaagcaaggttaatgagtaaaaccacctatattttagcatataatccaactaacttttataatacaatacctccattgcaaat 334812  T
Q  210 cagttatctcatgaagcaactccttttccctctcgtgagctgattcaagctgcagtaatgtatagccgatatttcttttaaattaataccgggaaaaaca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  334811 cagttatctcatgaagcaactccttttccctctcgtgagctgattcaagctgcagtaatgtatagccgatatttcttttaaattaataccgggaaaagca 334712  T
Q  310 gatataatggcattcaaataaaacgattttaatacaaacgagagaaagaaaaatgtctacttataggtaatacagcaagtaaacttgttgcatttggatt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  334711 gatataatggcattcaaataaaacgatcttaatacaaacgagagaaagaaaaatgtctacttataggtaatacagcaagtaaacttgttgcatttggatt 334612  T
Q  410 ttacaaattcaacttatttccttgctaattgataagcaccaaacacttgggaaacctcacttaaaagttagctgtcaaagaaaaagaaccacaccattta 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  334611 ttacaaattcaacttatttccttgctaattgataagcaccaaacacttgggaaacctcacttaaaagttagctgtcaaagaaaaagaaccacaccattta 334512  T
Q  510 actacaccgaaaatttcatactaatatggacttagcatcctataaaacccaagttcttatcactaatttgtacggtactagcgatcagggcctgtcttcc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  334511 actacaccgaaaatttcatactaatatggacttagcatcctataaaacccaagttcttatcactaatttgtacggtactagcgatcagggcctgtcttcc 334412  T
Q  610 attcatcttaaatccaatttacctccagcacaccaaaaatcgcagtgaattatgtaccctaggttttgactcaaatattttccagtttgctctctagtct 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  334411 attcatcttaaatccaatttacctccagcacaccaaaaatcgcagtgaattatgtaccctaggttttgactcaaatattttccagtttgctctctagtct 334312  T
Q  710 agacaaattacaccctaatcactttataatttgatagctgcaattgtaactaagctaaccttgagaattcaattgtgagaaatacatcatataatcatat 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  334311 agacaaattacaccctaatcactttataaattgatagctgcaattgtaactaagctaaccttgagaattcaattgtgagaaatacatcatataatcatat 334212  T
Q  810 aaattataaattttaaaacctacaaactaaagcagcattttgtattatccaacattttgacacttcaaccaatagtacatatgattcccagagagacata 909  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  334211 aaattataaattttaaaacctacaaactcaagtagcattttgtattatccaacattttgacacttcaaccaatagtacatatgattcccagagagacata 334112  T
Q  910 ggtcattcgcaaataaatgaaaatgagtctaactgat--aaatcaag-cctttaaatacataccaaggatttctc 981  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  334111 ggtcattcgcaaataaatgaaaatgagtctaactgataaaaatcaagccctttaaatacataccaaggatttctc 334037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University