View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2100R-Insertion-2 (Length: 968)

Name: NF2100R-Insertion-2
Description: NF2100R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2100R-Insertion-2
NF2100R-Insertion-2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (9-968)||(46957422-46958379)
chr1 (549-961)||(21140103-21140512)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 46958379 - 46957422
Alignment:
Q  9 tgttggaggatgaaaaacaaggccgggttcagtgcattgcatgtggcagtggcagtaacaggtttggttgaatatactgctgattttcgttgtttctgct 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46958379 tgttggaggatggaaaacaaggccgggttcagtgcattgcttgtggcagtggcagtaacaggtttggttgaatatactgctgattttcgttgtttctgct 46958280  T
Q  109 ttgttcatctgttttgaatttattataatattaaaggcattgaggttatatgcttttagggcgcgatgtgatgaggcaataggcaccgnnnnnnnnnnnn 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  46958279 ttgttcatctgttttgaatttattatgatattaaaggcattgaggttatatgcttttagggcgcgatgtgatgaggcaataggcaccgaaaaattagaaa 46958180  T
Q  209 nnnnnnnnc-tgtggtatgatcattttgcgttaatgattaatctttgtctgtcacgtaaacttgtgaagctcagttgtgtagtgggtgttggttagtttg 307  Q
              |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46958179 aaaaaaactgtgtggtatgatcattttgcggtaatgattaatctttgtctgtcacgtcaacttgtgaagctcagttgtgtagtgggtgttggttggtttg 46958080  T
Q  308 atttttatctgacaacattctaacttagcttcagcattcgggccgtgatcctannnnnnnnaattcccatctgaccgacactatcatttccattttgtta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46958079 atttttatctgacaacattctaacttagctttagcattcgggccgtgatcctattttttttaattcccatctgaccgacactatcatttccattttgtta 46957980  T
Q  408 actgaagttactctcaaaatctgggcatgaatatcctagcaaacttggtccttgaaacagtctgttgccaaatttggttccttgtgtgtatttgactgca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46957979 actgaagttactctcaaaatctgggcatgaatatcctagcaaacttggtccttgaaacagtctg---ccaaatttggttccttgtgtgtatttgactgca 46957883  T
Q  508 ttggatttagttggcaaacttgctatgtcatatttatgggtatttaaagttattactctaaaagtcacaattgatttggtcagctgtgaattcacacttg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46957882 ttggatttagttggcaaacttgctatgtcatatttatgggtatttaaagtcattactctaaaagtcacaattgatttggtcagctgtgaattcacacttg 46957783  T
Q  608 ctggaaactagttttgtttttgtgcatgcaacattgtctaggcttgccagtaagttttgataaggatattatatgttgcgatatacagttggaaaatagc 707  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46957782 ctggaaaatagttttgtttttgtgcatgcgacattgtctaggcttgccagtaagttttgataaggatattatatgttgcgatatacagttggaaaatagc 46957683  T
Q  708 gagttagtgagcccgttaagtttatctacttgtattttacattgttgatttctattgcctataaagagttgttcacatacaacttattgtatgtgaacat 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  46957682 gagttagtgagcccgttaagtttatctacttgtattttacattgttgatttctattgcctataacgagttgttcacatacaaaatattgtatgtgaacat 46957583  T
Q  808 tcttattgtatgtgtttttaatatttattgagcttatatatttctgctgttgatatgcttgttccgttagaaattcctggaagtggtacttacaaactac 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46957582 tcttattgtatgtgtttttaatatttattgagcttatatatttctgctgttgatatgcttgttctgttagaaattcctggaagtggtacttacaaactac 46957483  T
Q  908 ttgcagttcagttcaagtttgttggtggtctgtaggatttggtagattgggaaaacttagt 968  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46957482 ttgtagttcagttcaagtttgttggtggtctgtaggatttggtagattgggaaaacttagt 46957422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 549 - 961
Target Start/End: Complemental strand, 21140512 - 21140103
Alignment:
Q  549 atttaaagttattactctaaaagtcacaattgatttggtcagctgtgaattcacacttgctggaaactagttttgtttttgtgcatgcaacattgtctag 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21140512 atttaaagttattactctaaaagtcgcaattgatttggttagctgtgaattcacacttgctggaaactagttttgtttttgtgcatgcgacattgtctag 21140413  T
Q  649 gcttgccagtaagttttgataaggatattatatgttgcgatatacagttggaaaatagcgagttagtgagcccgttaagtttatctacttgtattttaca 748  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  21140412 gattgccagtaagttttgataaagatatcatatattgcgatatacagttggaaaatagcgagttagtgagcccgttaagtttatctact---attttaca 21140316  T
Q  749 ttgttgatttctattgcctataaagagttgttcacatacaacttattgtatgtgaacattcttattgtatgtgtttttaatatttattgagcttatatat 848  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21140315 ttgttgatttctattgcctataaagagttgtttacatacaacttattgtatgtgaacattcttgttgtatgtgtttttaatatttattgagcttatatat 21140216  T
Q  849 ttctgctgttgatatgcttgttccgttagaaattcctggaagtggtacttacaaactacttgcagttcagttcaagtttgttggtggtctgtaggatttg 948  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21140215 ttctgctgttgatatgcttgttccgttagaaattcctggaagtggtacttacaaacttcttgtagttcagttcaagtttgttggtggtgtgtaggatttg 21140116  T
Q  949 gtagattgggaaa 961  Q
    |||||||||||||    
T  21140115 gtagattgggaaa 21140103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University